gnu: Add perl-crypt-eksblowfish.

* gnu/packages/perl.scm (perl-crypt-eksblowfish): New variable.

gnu: Add qiv.

* gnu/packages/image-viewers.scm (qiv): New variable.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 80.0.3987.162-0.516e2d9 [security fixes].

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 80.0.3987.162.
(%chromium-origin): Update hash.

gnu: r-biocworkflowtools: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocworkflowtools): Update to 1.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mixomics: Update to 6.10.9.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.10.9.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-cytoml: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to  1.12.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-gofuncr: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gofuncr): Update to 1.6.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-genomicinteractions: Update to 1.20.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicinteractions): Update to 1.20.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biomart: Update to 2.42.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.42.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.22.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.22.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-forecast: Update to 8.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): Update to 8.12.

gnu: r-rematch2: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rematch2): Update to 2.1.1.

gnu: r-afex: Update to 0.27-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-afex): Update to 0.27-2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-fs: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-fs): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-performance: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.5.

gnu: r-heatmaply: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 1.1.0.

gnu: r-quantmod: Update to 0.4.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): Update to 0.4.17.

gnu: r-tinytex: Update to 0.21.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.21.

gnu: r-callr: Update to 3.4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.3.

gnu: r-sn: Update to 1.6-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 1.6-0.
[propagated-inputs]: Add r-quantreq.

gnu: r-gtools: Update to 3.8.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtools): Update to 3.8.2.

gnu: r-foreach: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreach): Update to 1.5.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis, r-lifecycle, r-magrittr, and r-vctrs.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: Add emacs-elf-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elf-mode): New variable.

gnu: Add emacs-imenu-list.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-imenu-list): New variable.

gnu: Add emacs-evil-tmux-navigator.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-tmux-navigator): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: toot: Adjust custom phases.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot)[arguments]: 'check is already run
after 'install so replace 'check rather than re-inserting it.

gnu: toot: Update to 0.25.2.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot): Update to 0.25.2.

gnu: vim-asyncrun: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/vim.scm (vim-asyncrun): Update to 2.7.1.

gnu: mpv-mpris: Switch to copy-build-system.

* gnu/packages/video.scm (mpv-mpris)[build-system]: Switch to
copy-build-system.
[arguments]: Add custom 'build phase before 'install phase.

gnu: mpv-mpris: Update to 0.4.

* gnu/packages/video.scm (mpv-mpris): Update to 0.4.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 13.0.01.

* ngu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 13.0.01.
[home-page]: Follow redirect.

gnu: emacs-discover-my-major: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-discover-my-major)[source]: Download
using git-fetch. Use new upstream URI.
[home-page]: Update to new home-page.

system: Move nanorc to XDG_CONFIG_HOME.

* gnu/system/shadow.scm (skeleton-directory): Move .nanorc to
.config/nano/nanorc.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-11.0e9af8d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-11.0e9af8d.

gnu: Add libantlr3c.

* gnu/packages/java.scm (libantlr3c): New variable.

Co-authored by Maxim Cournoyer.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-10.f7d6a54.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-10.f7d6a54.

gnu: git-annex: Update to 8.20200330.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 8.20200330.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: gimp: Disable automatic update checking

* gnu/packages/gimp.scm (gimp)[arguments]: Disable update checking
in #:configure-flags.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gnumach: Fix compilation.

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach)[arguments]: Inherit arguments from
GNUMACH-HEADERS.
[native-inputs]: Add AUTOCONF, AUTOMAKE, and TEXINFO-4.

Revert "gnu: coreutils: Fix cross-compilation to i586-pc-gnu."

This reverts commit 67cbfeae30eb9b7c56145bf72582d71eea177370, which is
not longer necessary now that the 'ld.so' linker script of the cross
glibc contains "libhurduser.so libmachuser.so".

gnu: cross-libc: Build fix for the Hurd.

This fixes cross building of coreutils, e.g.

    ./pre-inst-env guix build --target=i586-pc-gnu coreutils

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Add -lhurduser, -lmachuser for the
Hurd.

gnu: Add spandsp.

* gnu/packages/telephony.scm (spandsp): New variable.

Co-authored by Maxim Cournoyer.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add neverball

* gnu/packages/games.scm (neverball): New variable.

gnu: pam-krb5: Fix CVE-2020-10595.

* gnu/packages/patches/pam-krb5-CVE-2020-10595.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (pam-krb5)[source]: Use it.

gnu: python-pyyaml: Update to 5.3.1 [fixes CVE-2020-1747]

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyyaml): Update to 5.3.1.

gnu: Add perl-class-mix.

* gnu/packages/perl.scm (perl-class-mix): New variable.

gnu: Add perl-params-classify.

* gnu/packages/perl.scm (perl-params-classify): New variable.

gnu: Add perl-devel-callchecker.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-callchecker): New variable.

gnu: Add perl-dynaloader-functions.

* gnu/packages/perl.scm (perl-dynaloader-functions): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-9.5fdbc3e.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-9.5fdbc3e.

profiles: Compute manual database entries in parallel.

This provides a 36% speedup on an SSD and 4 cores for the 1.5K man pages
in the manual database derivation of:

  guix environment --ad-hoc jupyter python-ipython python-ipykernel

* guix/profiles.scm (manual-database)[build]: Add 'print-string',
'print', and 'compute-entry'.  Change 'compute-entries' to call
'compute-entry' in 'n-par-map'.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: coreutils: Fix cross-compilation to i586-pc-gnu.

Until now cross-compilation would fail with:

  i586-pc-gnu-ld: src/copy.o: undefined reference to symbol 'file_chauthor'
  i586-pc-gnu-ld: /gnu/store/…-glibc-cross-i586-pc-gnu-2.29/lib/libhurduser.so.0.3: error adding symbols: DSO missing from command line
  collect2: error: ld returned 1 exit status

* gnu/packages/base.scm (coreutils)[arguments]: When 'hurd-target?', add
 #:configure-flags.

ci: Fix 'evaluation-spec' binding.

* guix/ci.scm (<evaluation>)[spec]: Add "specification", which is what
the JSON field is actually called.

gnu: hwloc@2: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2): Update to 2.2.0.

gnu: hwloc@2: Skip test that fails on emulated hardware.

Works around <https://bugs.gnu.org/40342>.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2)[arguments]: Add
'skip-test-that-fails-on-qemu' phase.

gnu: scdoc: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/man.scm (scdoc): Update to 1.10.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Order module imports in (gnu packages ntp).

This shouldn't cause any conflicts :-)

* gnu/packages/ntp.scm: Order module imports alphabetically.

gnu: sonic: Fix installation directories.

* gnu/packages/speech.scm (sonic)[arguments]: Replace erroneous use of
DESTDIR with PREFIX.  Add the required ‘rpath’ LDFLAGS together with a
‘respect-LDFLAGS’ phase.

gnu: hexchat: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat)[synopsis]: Lowercase ‘client’.

gnu: gmime: Update to 3.2.7.

* gnu/packages/mail.scm (gmime): Update to 3.2.7.

gnu: font-rachana: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/fonts.scm (font-rachana)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: font-rachana: Update to 7.0.3.

* gnu/packages/fonts.scm (font-rachana): Update to 7.0.3.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-8.9f66dbc.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-8.9f66dbc.

gnu: procenv: Make some inputs native & make multiline.

* gnu/packages/linux.scm (procenv)[native-inputs]: New field.
[inputs]: Move groff to native-inputs, move each remaining item on its own line.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: nftables: Make some inputs native.

* gnu/packages/linux.scm (procenv)[native-inputs]: New field.
[inputs]: Move bison & flex to native-inputs.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: sudo: Make some inputs native.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[native-inputs]: New field.
[inputs]: Move groff to native-inputs.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: privoxy: Make some inputs native.

* gnu/packages/tor.scm (privoxy)[native-inputs]: New field.
[inputs]: Move autoconf & automake to native-inputs.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: antlr3: Make antlr3-3.3 public.

This is done in preparation of adding Linphone, which transitively requires
antlr3-3.3 through its belle-sip dependency.

* gnu/packages/java.scm (antlr3): Make antlr3-3.3 public.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: Add emacs-flycheck-elm.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-elm): New variable.

pack: Adjust test to '--dry-run' changes.

This is a followup to 131f50cdc9dbb7183023f4dae759876a9e700bef.

* tests/guix-pack.sh: Use '--no-grafts' in conjunction with '-n' and '-d'.

guix package: Do not misdiagnose upgrades when there are propagated inputs.

Fixes <https://bugs.gnu.org/35872>.
Reported by Andy Tai <atai@atai.org>.

* guix/profiles.scm (list=?, manifest-entry=?): New procedures.
* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): In the '=' case,
use 'manifest-entry=?' to determine whether it's an upgrade.
* tests/packages.scm ("transaction-upgrade-entry, zero upgrades,
propagated inputs"): New test.

guix package: Add 'transaction-upgrade-entry' test.

* tests/packages.scm ("transaction-upgrade-entry, zero upgrades, equivalent package"):
New test.

profiles: 'lower-manifest-entry' recurses on dependencies.

* guix/profiles.scm (lower-manifest-entry)[recurse]: New procedure.
Call it on dependencies and set the 'dependencies' field accordingly.

guix package: 'transaction-upgrade-entry' swallows build requests.

Fixes a regression introduced in
131f50cdc9dbb7183023f4dae759876a9e700bef whereby the install/upgrade
message would not be displayed:

  $ guix upgrade -n
  2.1 MB would be downloaded:
     /gnu/store/…-something-1.2
     /gnu/store/…-its-dependency-2.3

This is because we'd directly abort from 'transaction-upgrade-entry' to
the build handler of 'build-notifier'.

* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): Call 'string=?'
expression in 'with-build-handler'.
* tests/packages.scm ("transaction-upgrade-entry, grafts"): New test.

guix package: 'transaction-upgrade-entry' uses 'lower-manifest-entry'.

* guix/profiles.scm (lower-manifest-entry): Export.
* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry)[lower-manifest-entry*]
[upgrade]: New procedures.
Use 'lower-manifest-entry*' instead of 'package-derivation' to compute
the output file name of PKG.

gnu: emacs-stumpwm-mode: Bump revision.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stumpwm-mode): Bump revision.  This is
a followup to 31ee29161c1b9451b68366e653c7858d8135f8d1.

gnu: Add emacs-dhall-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dhall-mode): New variable.

gnu: Add emacs-haskell-snippets.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-haskell-snippets): New variable.

gnu: Add stumpish.

* gnu/packages/wm.scm (stumpish): New variable.

gnu: Add sbcl-stumpwm-ttf-fonts.

* gnu/packages/wm.scm (sbcl-stumpwm-ttf-fonts): New variable.
* doc/guix-cookbook.texi (Customizing a Window Manager): Document
SBCL-STUMPWM-TTF-FONTS installation and configuration.

gnu: emacs-stumpwm-mode: Update to 0.0.1-1.dd5b037.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stumpwm-mode): Update to 0.0.1-1.dd5b037.

gnu: Add sbcl-clx-truetype.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clx-truetype): New variable.

Revert "system: Move nanorc to XDG_CONFIG_HOME."

This reverts commit bd71818df31364bbd04f3f13b3bbb251636748b4.

This changed caused system reconfiguration to fail like this:

------
building /gnu/store/y1x8asbzw624ywgkpin35p1i4bqnyfy2-skel.drv...
Backtrace:
           4 (primitive-load "/gnu/store/2x7d0jsbgf2ndb5fsk0nj07rhsx?")
In ice-9/eval.scm:
    619:8  3 (_ #f)
In ice-9/boot-9.scm:
   260:13  2 (for-each #<procedure 7ffff6ad8100 at ice-9/eval.scm:3?> ?)
In guix/build/utils.scm:
   343:27  1 (_ "/gnu/store/ajrgkj1s9vdcq00drn703f4zj9dvfrsv-nanorc" ?)
In unknown file:
           0 (copy-file "/gnu/store/ajrgkj1s9vdcq00drn703f4zj9dvfrs?" ?)

ERROR: In procedure copy-file:
In procedure copy-file: No such file or directory
`/gnu/store/v1grsca743phw41lyf63dzmh9nz5jlpn-bash_profile' -> `.bash_profile'
`/gnu/store/xdsaw0mj6axj427hyi6ysrnsxi21n7d5-bashrc' -> `.bashrc'
`/gnu/store/6i0b236dyar78zc5k5hrj5dv3vr4zb9w-zprofile' -> `.zprofile'
`/gnu/store/ajrgkj1s9vdcq00drn703f4zj9dvfrsv-nanorc' -> `.config/nano/nanorc'
builder for `/gnu/store/y1x8asbzw624ywgkpin35p1i4bqnyfy2-skel.drv' failed with exit code 1
------

gnu: reprotest: Update to 0.7.14.

* gnu/packages/diffoscope (reprotest): Update to 0.7.14.
* gnu/packages/patches/reprotest-support-guix.patch: Remove file.
* gnu/local.mk [dist_patch_DATA]: Update accordingly.

gnu: diffoscope: Update to 138.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 138.

gnu: Add python-tortoise-orm.

* gnu/packages/databases.scm (python-tortoise-orm): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-ciso8601.

* gnu/packages/time.scm (python-ciso8601): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-pypika.

Not to be confused with python-pika, which is a different package.

* gnu/packages/databases.scm (python-pypika): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-aiosqlite.

* gnu/packages/databases.scm (python-aiosqlite): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-aiounittest.

* gnu/packages/check.scm (python-aiounittest): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-flycheck-rust.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-rust): New variable.

gnu: sbcl-cl-containers: Update to 20200328.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-containers): Update to 20200328.

gnu: sbcl-serapeum: Update to 20200330.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-serapeum): Update to 20200330.

gnu: Add emacs-racer.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-racer): New variable.

gnu: Add emacs-evil-escape.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-escape): New variable.

system: Move nanorc to XDG_CONFIG_HOME.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Move .nanorc to
.config/nano/nanorc.

gnu: Add emacs-company-coq.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-coq): New variable.

gnu: Add emacs-elm-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elm-mode): New variable.

gnu: Add emacs-caps-lock.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-caps-lock): New variable.