WIP: bees service

gnu: Add bees.

* gnu/packages/file-system.scm (bees): New variable.

WIP:afs-service-commit

gnu: Add kafs-client

* gnu/packages/afs.scm: New file.
* gnu/packages/patches/kafs-client-soname-symlink.patch: New file.

gnu: wireshark: Update to 3.4.5 [security fixes].

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.4.5.

gnu: libupnp: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/upnp.scm (libupnp): Update to 1.14.6.

gnu: waybar: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/wm.scm (waybar): Update to 0.9.7.

gnu: libretro-lowresnx: Update to 1.2.

* gnu/packages/emulators.scm (libretro-lowresnx): Update to 1.2.

gnu: retroarch: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.9.1.
[arguments]: Add '--disable-git_version' to configure flags.

Revert "gnu: Add cl-weir."

This reverts commit 5763eba94cccc4019cb07b0cac6c16132c741e11.

There may be a license issue with this package making it non-free.
Reported by Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu> in
<https://issues.guix.gnu.org/47943>.

gnu: Add cl-weir.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-weir, ecl-weir, sbcl-weir): New variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-pathname-utils.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-pathname-utils, cl-pathname-utils,
  ecl-pathname-utils): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add daemonize.

* gnu/packages/admin.scm (daemonize): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add kraken2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kraken2): New variable.

gnu: libxlsxwriter: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/xml.scm (libxlsxwriter): Update to 1.0.3.

gnu: openvpn: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/vpn.scm (openvpn): Update to 2.5.2.

gnu: openconnect-sso: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect-sso): Update to 0.7.3.

gnu: exfatprogs: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/file-systems.scm (exfatprogs): Update to 1.1.1.

gnu: icedove: Update to 78.10.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 78.10.0.

Update email address for Kei.

* .mailmap: Remove obsolete email for Kei.

cve: Gracefully handle bogus CVE entries.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47941>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>.

* guix/cve.scm (reference-data->cve-references): Gracefully handle lack
of "reference_data".
(cpe-match->cve-configuration): Gracefully handle lack of "cpe23Uri".

gnu: emacspeak: Fix Tclx and espeak server loading.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/42861>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacspeak)[arguments]: In the 'configure' phase,
add Tclx library to the load path of Tcl in the espeak server script.  Remove
'wrap-program' phase.

gnu: wxmaxima: Update to 21.04.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 21.04.0.

gnu: Add crm114.

* gnu/packages/mail.scm (crm114): New variable.

gnu: kitty: Update to 0.20.1.

gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.20.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Blender: Add the missing Voxel Remesher.

* gnu/packages/graphics.scm (blender)[inputs]: Add openvdb.
[arguments]: Pass "-DWITH_OPENVDB=ON" to #:configure-flags.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: julia-inifile: Fix grammar.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-inifile)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: emacs-webpaste: Fix grammar.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-webpaste)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: emacs-svg-icon: Fix grammar.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-svg-icon)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: r-circrnaprofiler: Fix grammar.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-circrnaprofiler)[description]:
  Remove gratuitous use of "allows to".

gnu: emacs-realgud: Fix grammar.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: julia-fillarrays: Fix grammar.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-fillarrays)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: qite: Fix grammar.

* gnu/packages/qt.scm (qite)[description]: Remove gratuitous use of
  "allows to".

gnu: ocaml-mdx: Fix grammar.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-mdx)[description]: Remove gratuitous
  uses of "allows to".

gnu: emacs-consult: Fix grammar.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-consult)[description]: Remove
  gratuitous use of "allows to".

gnu: rust-jni-0.18: Fix grammar.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-jni-0.18)[description]: Remove
  gratuitous use of "permits to".

gnu: rust-wayland-egl-0.28: Fix grammar.

* gnu/packages/crates-graphics.scm
  (rust-wayland-egl-0.28)[description]: Remove gratuitous use of
  "allows to".

gnu: ipxe: Fix grammar.

* gnu/packages/bootloaders.scm (ipxe)[description]: Remove gratuitous
  use of "allows to".

gnu: python-flake8-implicit-str-concat: Fix typo.

* gnu/packages/python-xyz.scm
  (python-flake8-implicit-str-concat)[description]: Fix spelling of
  "formatting".

gnu: sbcl-clip: Fix typo.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clip)[description]: Fix spelling of
  "dependent".

gnu: rust-tint-1: Fix typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tint-1)[description]: Fix "This
  package" typo.

gnu: rust-rawkey-0.1: Fix typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rawkey-0.1)[description]: Fix "This
  package" typo.

gnu: rust-parse-zoneinfo-0.3: Fix typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-parse-zoneinfo-0.3)[description]:
  Fix "This package" typo.

gnu: rust-parking-2: Fix typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-parking-2)[description]: Fix "This
  package" typo.

gnu: go-github-com-mesilliac-pulse-simple: Fix typo.

* gnu/packages/golang.scm
  (go-github-com-mesilliac-pulse-simple)[description]: Fix typo "This
  package".

gnu: rust-gag-0.1: Fix typo.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-gag-0.1)[description]: Fix "This
  package" typo.

gnu: r-msmstests: Fix typo.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-msmstests)[description]: Fix "This
  package" typo.

image: Fix spelling of "evaluate"

* gnu/build/image.scm: Fix typo.

gnu: openjdk: Disallow references to the JDK used for build.

This ensures JDKs don't unintentionally keep references to the one used
to build them, as reported at <https://issues.guix.gnu.org/31719#7> and
fixed by 97a43db8b4416a1450aa61737edba9cf4126cf1c.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8)[arguments]: Add #:disallowed-references.
(openjdk9)[arguments]: Likewise.
(openjdk10)[arguments]: Likewise.
(openjdk11)[arguments]: Likewise.

gnu: openjdk: Avoid non-top-level 'use-modules'.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8, openjdk9, openjdk11)[arguments]:
Replace non-top-level 'use-modules' by '@'.

gnu: openjdk: Fix library substitution when libraries aren't found.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8, openjdk9, openjdk11)[arguments]:
Change 'find-library' to always return a string.  Change 'find-library'
callers to use 'string-append' rather than 'format'.  Starting from
97a43db8b4416a1450aa61737edba9cf4126cf1c, 'find-library' could return #f
and JNI substitutions would emit a literal "#f".

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-djvulibre: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-djvulibre): Update to 0.8.6.

gnu: jgmenu: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (jgmenu): Update to 4.3.0.
  [arguments]: Add 'test-target' keyword. Remove 'fix-tests' phase. Use
  'cc-for-target' instead of hard-coding gcc.

gnu: txr: Update to 256.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 256.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-15.962923c.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-15.962923c.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-14.f20309c.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-14.f20309c.

gnu: Add libcxx+libcxxabi-6.

* gnu/packages/llvm.scm (libcxx+libcxxabi-6): New variable.

gnu: Add libcxxabi-6.

* gnu/packages/llvm.scm (libcxxabi-6): New variable.

gnu: xfce: Autostart mate-polkit.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce):[inputs]: Add mate-polkit-for-xfce.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: Add mate-polkit-for-xfce.

gnu/packages/xfce.scm (mate-polkit-for-xfce) New variable.

Signed-off-by: Leo Prikler <leo.prikler@student.tugraz.at>

gnu: skopeo: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/virtualization.scm (skopeo): Update to 1.2.3.

gnu: ant: Update to 1.10.10.

* gnu/packages/java.scm (ant): Update to 1.10.10.

gnu: libdvdcss: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/video.scm (libdvdcss): Update to 1.4.3.

gnu: wine: Update to 6.6.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 6.6.

gnu: bcachefs-tools: Update to 0.1-5.ce906d6.

* gnu/packages/file-systems.scm (bcachefs-tools): Update to 0.1-5.ce906d6.

gnu: wine-staging: Update to 5.22.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data, wine-staging):
Update to 5.22.

po: Remove file that no longer exists.

This is a followup to d95168321f4a9bf6857b598da0a183b45a868d54.

* po/guix/POTFILES.in: Remove guix/scripts/import/nix.scm.

doc: Clarify further the distinction between the web-based manuals.

As discussed on #guix IRC, several of us struggle to reliably choose the
right option based on the old labels:

https://logs.guix.gnu.org/guix/2021-04-20.log#182137

* doc/build.scm (html-manual-indexes): Try to distinguish between the
two options more clearly.

gnu: Add avro-cpp-1.9.

* gnu/packages/serialization.scm (avro-cpp-1.9): New variable.

gnu: Add nanodbc.

* gnu/packages/databases.scm (nanodbc): New variable.

services: wireguard: Add keep-alive support.

* gnu/services/vpn.scm (<wireguard-peer>): Add 'keep-alive' field.
  (wireguard-configuration-file): Use it.
* doc/guix.texi (VPN Services): Document it.

gnu: guile-git: Update to 0.5.1.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47808>.
Reported by Bone Baboon <bone.baboon@disroot.org>.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git): Update to 0.5.1.

import: Remove Nix importer.

This importer has suffered from bitrot and no longer works with current
Nix and Nixpkgs.  See <https://bugs.gnu.org/32339> and
<https://bugs.gnu.org/36255>.

* guix/import/snix.scm, guix/scripts/import/nix.scm,
tests/snix.scm: Remove.
* Makefile.am (MODULES, SCM_TESTS): Remove them.
* guix/scripts/import.scm (importers): Remove "nix".
* build-aux/test-env.in: Remove NIXPKGS variable.
* configure.ac: Remove '--with-nixpkgs' option.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Remove bit about "guix import
nix".
* etc/completion/fish/guix.fish: Likewise.

gnu: klavaro: Update to 3.12.

* gnu/packages/education.scm (klavaro): Update to 3.12.
[inputs]: Add gtkdatabox.

gnu: xoscope: Update to 2.3.

* gnu/packages/electronics.scm (xoscope): Update to 2.3.
[native-inputs]: Add m4.
[inputs]: Substitute gtk+ for gtk+-2.

gnu: gtkdatabox: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkdatabox): Update to 1.0.0.
[inputs]: Substitute gtk+ for gtk+-2.

gnu: wimlib: Disable static library.

* gnu/packages/backup.scm (wimlib)[arguments]: Add "--disable-static"
to #:configure-flags.

gnu: wimlib: Update to 1.13.4.

* gnu/packages/backup.scm (wimlib): Update to 1.13.4.

gnu: jucipp: Update clang version.

* gnu/packages/text-editors.scm (jucipp)[inputs]: Use clang-11.

gnu: openjdk: Clean up runtime dependencies between Java versions.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8, openjdk9, openjdk11): Do not consider
icedtea/openjdk input paths when rewriting JNI libraries.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-13.a946fe2.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-13.a946fe2.

guix: ci: Rename the checkout 'input' field.

The checkout "input" field has been renamed "channel" in Cuirass 1.0 release.

* guix/ci.scm (<checkout>)[input]: Rename it into ...
[channel]: ... this new field.

gnu: icecat: Update to 78.10.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2021-23961, CVE-2021-23994, CVE-2021-23995,
CVE-2021-23998, CVE-2021-23999, CVE-2021-24002, CVE-2021-29945, and
CVE-2021-29946.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update upstream source hash.

gnu: workrave: Update to 1.10.43.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave): Update to 1.10.43.

gnu: jucipp: Fix description mark-up.

* gnu/packages/text-editors.scm (jucipp)[description]:
Substitute @acronym for @dfn.

gnu: jucipp: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/text-editors.scm (jucipp): Update to 1.6.3.

gnu: usbredir: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/spice.scm (usbredir): Update to 0.9.0.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: s6-linux-utils: Update to 2.5.1.5.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-linux-utils): Update to 2.5.1.5.

gnu: s6-linux-init: Update to 1.0.6.2.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-linux-init): Update to 1.0.6.2.

gnu: s6-portable-utils: Update to 2.2.3.2.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): Update to 2.2.3.2.

gnu: s6-rc: Update to 0.5.2.2.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-rc): Update to 0.5.2.2.

gnu: s6-networking: Update to 2.4.1.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-networking): Update to 2.4.1.1.

gnu: s6-dns: Update to 2.3.5.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-dns): Update to 2.3.5.1.

gnu: s6: Update to 2.10.0.3.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6): Update to 2.10.0.3.

gnu: execline: Update to 2.8.0.1.

* gnu/packages/skarnet.scm (execline): Update to 2.8.0.1.

gnu: skalibs: Update to 2.10.0.3.

* gnu/packages/skarnet.scm (skalibs): Update to 2.10.0.3.

gnu: cdemu-client: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdemu-client): Update to 3.2.5.

gnu: cdemu-daemon: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdemu-daemon): Update to 3.2.5.

gnu: libmirage: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/cdrom.scm (libmirage): Update to 3.2.5.

gnu: mgba: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/emulators.scm (mgba): Update to 0.9.1.