gnu: atlas: Always return #T from build phases.

* gnu/packages/maths.scm (atlas)[arguments]: Always return #T from build
phases; use INVOKE.

gnu: make-blis: Always return #T from configure phase.

* gnu/packages/maths.scm (make-blis)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: kdevplatform: Use INVOKE.

* gnu/packages/kde.scm (kdevplatform)[arguments]: Use INVOKE and return #T
unconditionally.

Merge branch 'staging'

gnu: gnome-shell: Add gdk-pixbuf+svg to inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[inputs]: Add gdk-pixbuf+svg.

gnu: r-rhtslib: Fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib)[arguments]: Add
"--no-staged-install" to configure flags.

gnu: r-ggbio: Fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggbio)[arguments]: Add build phase to
patch out typo.

gnu: r-sjplot: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.6.3.
[propagated-inputs]: Add r-bayestestr, r-insight, and r-performance.

gnu: Add r-performance.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): New variable.

gnu: Add r-bayestestr.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): New variable.

installer: Add missing i18n in the partitioning pages.

* gnu/installer/newt/partition.scm (run-scheme-page): Add missing 'G_'
for ITEMS.
(run-partioning-page): Likewise.
(run-partition-page): Move misplaced call to 'G_'.

doc: Remove outdated paragraph in "Binary Installation".

This is a followup to e9926f80c6553fde50ce1fcfd38d6370f841efd2.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Remove paragraph about not
removing 'guix' from root's profile.

gnu: guix: Update to 0c329bf.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0c329bf.

gnu: ocaml-qtest: Update to 2.9.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-qtest): Update to 2.9.
[source]: Use git-fetch.
[build-system]: Use dune-build-system.

gnu: ocaml-ezjsonm: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ezjsonm): Update to 1.1.0.

gnu: ocaml-re: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-re): Update to 1.9.0.
(ocaml-uri): Fix build.

gnu: ocaml-csv: Update to 2.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-csv): Update to 2.2.
[source]: Use git-fetch.
[build-system]: Use dune-build-system.

gnu: ocaml-spawn: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-spawn): Update to 0.13.0.

self: Rebuild translated manuals.

* guix/self.scm (info-manual): Run po4a and related commands to generate
translated texi files before building translated manuals.
* guix/build/po.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES_NOT_COMPILED): Add it.

tests: Adjust accounts test to shell-as-config change.

This is a followup to 504a0fc636ec591e65b4a229a37e522e425d8a0c.

* tests/accounts.scm ("allocate-passwd with previous state"): Change
expected 'shell' for "alice" to "/bin/sh".

gnu: knot: Fix typos.

* gnu/services/dns.scm: Fix typos.

gnu: bubblewrap: Fix Texinfo markup in description.

Fixes a regression introduced in
7ecd1761a236a2256e420032d561aa6c372d95a8.

* gnu/packages/virtualization.scm (bubblewrap): Fix typo.

vm-image: Allow for password-less sudo.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (sudoers-file): New field.

doc: Suggest 1G of RAM for the VM image.

* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Suggest -m 1024.

vm-image: Mention 'info guix' in the MOTD.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (vm-image-motd): Mention 'info guix'.

vm-image: Add a font to the global profile.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (packages): Add FONT-BITSTREAM-VERA,
for use by xfce-terminal, IceCat, etc.

doc: Update bit about SSH in the VM.

* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Remove mentions of 'lsh-server';
mention 'openssh-service-type' and add a cross-reference.
* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (services): Add a commented-out line
for 'openssh-service-type'.

doc: Recommend virtio-blk to access the VM image.

* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Recommend virtio-blk to access
the image.

maint: Pass '--image-size=30G' to 'guix system vm-image'.

* Makefile.am (GUIX_SYSTEM_VM_IMAGE_FLAGS): New variable.
(release): Use it.

gnu: knot: Add configuration fields.

* gnu/services/dns.scm (knot-zone-configuration)[zonefile-load]
[journal-content, max-journal-usage, max-journal-depth, max-zone-size]:
New fields.
(knot-zone-config): Serialize them.
* doc/guix.texi (DNS Services): Document them.

gnu: gajim: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.1.3.

gnu: python-nbxmpp: Update to 0.6.10.

* gnu/packages/messaging.scm (python-nbxmpp): Update to 0.6.10.

gnu: r-quadprog: Update to 1.5-6.

* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog): Update to 1.5-6.

gnu: r-caret: Update to 6.0-84.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-84.

gnu: r-fpc: Update to 2.1-11.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fpc): Update to 2.1-11.2.

gnu: r-rngtools: Update to 1.3.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rngtools): Update to 1.3.1.1.

gnu: r-mass: Update to 7.3-51.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-51.4.

gnu: r-boot: Update to 1.3-22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boot): Update to 1.3-22.

gnu: r-sf: Update to 0.7-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.7-4.

gnu: r-classint: Update to 0.3-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-classint): Update to 0.3-3.
[propagated-inputs]: Add r-kernsmooth.

gnu: r-survey: Update to 3.36.

* gnu/packages/cran.scm (r-survey): Update to 3.36.
[propagated-inputs]: Add r-mitools.

gnu: r-ordinal: Update to 2019.4-25.

* gnu/packages/cran.scm (r-ordinal): Update to 2019.4-25.

gnu: Add r-mitools.

* gnu/packages/cran.scm (r-mitools): New variable.

gnu: mozjs-38: Fix URI.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs-38): Fix URI.

gnu: wine-staging: Update to 4.7.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.7.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.7.

nls: Fix wrong include name.

* po/doc/guix-manual.zh_CN.po: Fix wrong include name.

services: knot: Fix configuration file generation.

Fixes a regression introduced in
92eb600f8a94afa36142f8f145efaa485b632433.

* gnu/services/dns.scm (knot-config-file): Add ungexp around call to
'knot-configuration-includes'.

system: Add boot file systems to /etc/fstab.

* gnu/system.scm (essential-services): Pass FSTAB-SERVICE-TYPE the list
of file systems that match 'file-system-needed-for-boot?'.

services: file-system: Filter what goes to /etc/fstab.

Fixes a longstanding issue whereby, due to our long fstab that included
pseudo file systems like cgroup mounts, graphical file managers would
display all of these.  Initially reported at
<https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2017-11/msg00084.html>.

* gnu/services/base.scm (file-system-fstab-entries): New procedure.
(file-system-service-type): Use it to extend FSTAB-SERVICE-TYPE.

nls: Update 'zh_CN' translation.

Refer to the right version.*.texi to prevent errors in Makefile.am.

gnu: ocaml-ppxlib: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppxlib): Update to 0.6.0.
(dune): Update to 1.9.1.

gnu: ocaml-migrate-parsetree: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-migrate-parsetree)[properties]: New
field.

gnu: ocaml-ppx-expect: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-inline-test): Update to 0.12.0.
(ocaml-ppx-expect): Update to 0.12.0.

gnu: ocaml-frontc: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-frontc)[properties]: New field.

gnu: ocaml-ppx-tools: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-tools)[properties]: New field.

gnu: ocaml-lwt-log: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-lwt-log)[properties]: New field.

gnu: ocaml-ppx-tools-versioned: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-tools-versioned)[properties]: New
field.

gnu: ocaml-compiler-libs: Add upstream name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-compiler-libs)[properties]: New field.

gnu: ocaml-ppx-derivers: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ppx-derivers): Update to 1.2.1.

gnu: ocaml-pcre: Update to 7.4.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-pcre): Update to 7.4.1.
[build-system]: Use dune-build-system.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-stringext: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-stringext): Update to 1.5.0.
[source]: Use git-fetch.
[build-system]: Use dune-build-system.

gnu: ocaml-zarith: Update to 1.7.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-zarith): Update to 1.7.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-topkg: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-topkg): Update to 1.0.0.

gnu: ocaml-mtime: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-mtime): Update to 1.1.0.

gnu: ocaml-qcheck: Update to 0.9.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-qcheck): Update to 0.9.

gnu: r-with-tests: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-with-tests): Update to 3.6.0.
[arguments]: Adjust "build-reproducibly" phase.
[native-inputs]: Add a texlive-union consisting of texlive-fonts-amsfonts,
texlive-fonts-ec, texlive-latex-amsfonts, texlive-latex-base,
texlive-latex-fancyvrb, texlive-latex-graphics, texlive-latex-hyperref,
texlive-latex-oberdiek, texlive-latex-tools, texlive-latex-upquote, and
texlive-latex-url.

gnu: Add umi-tools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (umi-tools): New variable.

gnu: gdm: Install a placeholder desktop entry.

This fixes <https://bugs.gnu.org/35068>.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]: Add a phase that installs a
placeholder desktop entry file.

Co-authored-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: MPD: Update to 0.21.8.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.8.

gnu: mame: Update to 0.209.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.209.

gnu: dns: Fix configuration formating.

* gnu/services/dns.scm (format-string-list): Fix formating of lists with
only one symbol.

gnu: ocaml-integers: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-integers): Update to 0.3.0.

gnu: ocaml-easy-format: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-easy-format): Update to 1.3.1.
[build-system]: Use dune-build-system.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-fpath: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-fpath): Update to 0.7.2.

gnu: ocaml-ssl: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ssl): Update to 0.5.7.

gnu: ocaml-octavius: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-octavius): Update to 1.2.1.

gnu: ocaml-result: Update to 1.3.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-result): Update to 1.3.
[build-system]: Use dune-build-system.
[source]: Use git-fetch.

gnu: ocaml-utop: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-utop): Update to 2.3.0.

vm-image: Remove NetworkManager & co. and add the DHCP client.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (services): Remove wpa-supplicant,
cups-pk-helper, and NetworkManager.  Add DHCP-CLIENT-SERVICE-TYPE.

gnu: xfdesktop: Stick a Guix logo in the background image.

* gnu/packages/xfce.scm (xfdesktop)[source](modules, snippet): New
fields.
[arguments]: New field.
[native-inputs]: Add INKSCAPE and IMAGEMAGICK.

services: cups-pk-helper: Export.

* gnu/services/desktop.scm (cups-pk-helper-service-type): Export.

vm-image: Use the actual file name of the current file.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl (this-file): Use 'basename' and
'current-source-location'.

doc: Use ftp.gnu.org for downloads.

From now on, everything will be uploaded to ftp.gnu.org instead of
alpha.gnu.org.

* doc/guix.texi (BASE-URL): Switch to ftp.gnu.org.

doc: Add 'BASE-URL' variable.

* doc/guix.texi (BASE-URL): New variable.
(Binary Installation, USB Stick and DVD Installation)
(Running Guix in a VM): Use it instead of hard-coded URL.

installer: Actually reboot when the user presses "Reboot."

* gnu/installer/newt/final.scm (run-install-success-page): Return
'success.
* gnu/installer.scm (installer-program): Check the result of the 'final
step and reboot upon success.

installer: Take 'guix system init' exit code into account.

This allows the installer to distinguish success from failure, and also
ensures the shell that runs 'guix system init' exits upon completion.

* gnu/installer/utils.scm (run-shell-command)[pause]: New procedure.
Add "exec" before COMMAND in the script.  Guard 'invoke' call and handle
'invoke-error?'.  Add call to 'pause' on completion.
* gnu/installer/final.scm (install-system): Remove 'false-if-exception'.

installer: Run wrapped program with 'execl', not 'system'.

'system' invokes /bin/sh, which is certainly not needed here.

* gnu/installer.scm (installer-program): Use 'execl', not 'system'.

system: Provide a new VM image configuration.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl: Rewrite.
* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Adjust accordingly.

accounts: Always honor the configured user account shell.

Starting from commit 0ae735bcc8ff7fdc89d67b492bdee9091ee19e86, Guix
System would preserve the user shell across reconfigure and reboot.
This was done so as to allow for the use of 'chsh'.

This proved to be a misguided decision.  This commit goes back to
considering user shells as config and not "state."

* gnu/build/accounts.scm (allocate-passwd): Do not use shell from
PREVIOUS.

bootstrap: Break automake dependency on generated files.

* bootstrap: Generate stub files for the manual translations whose
generated files are not included in the VCS.
* doc/contributing.de.texi: Remove file.
* doc/contributing.es.texi: Remove file.
* doc/contributing.fr.texi: Remove file.
* doc/contributing.zh_CN.texi: Remove file.
* doc/guix.de.texi: Remove file.
* doc/guix.es.texi: Remove file.
* doc/guix.fr.texi: Remove file.
* doc/guix.zh_CN.texi: Remove file.
* .gitignore: Add them.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: wgetpaste: Add and use wget input.

This package has but one purpose; late binding's overkill.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste)[arguments]: Add ‘use-inputs’ phase.
[inputs]: Add wget.

gnu: hcxdumptool: Update to 5.1.4.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool): Update to 5.1.4.

gnu: hcxtools: Update to 5.1.4.

* gnu/packages/networking.scm (hcxtools): Update to 5.1.4.

gnu: soundtouch: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/audio.scm (soundtouch): Update to 2.1.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
Remove patches.
* gnu/packages/patches/soundtouch-CVE-2018-1000223.patch,
gnu/packages/patches/soundtouch-CVE-2018-14044-14045.patch:
Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: tmux-xpanes: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux-xpanes): Update to 4.1.0.

gnu: librepcb: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/engineering.scm (librepcb): Update to 0.1.1.

gnu: knot-service: Add includes field in configuration.

* gnu/services/dns.scm (knot-configuration): Add includes field.
(verify-knot-configuration): Check includes content.
(knot-config-file): Serialize includes.
* doc/guix.texi (DNS Services): Document it.

gnu: tmux: Update to 2.9.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 2.9.

gnu: certbot: Add support for manual plugin.

* gnu/services/certbot.scm (certificate-configuration): Add challenge,
auth-hook and cleanup-hook fields.
(certbot-command): Use them.
* doc/guix.texi (Certificate Services): Document them.

gnu: ocaml@4.02: Remove the package, affected by a CVE, and its dependent
packages.

This fixes <https://bugs.gnu.org/27462>.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-4.02, camlp4-4.02, ocaml4.02-menhir)
(ocaml4.02-lablgtk, ocaml4.02-findlib, ocaml4.02-ounit)
(ocaml4.02-camlzip, ocaml4.02-ocamlmod, ocaml4.02-zarith)
(ocaml4.02-qcheck, ocaml4.02-qtest, ocaml4.02-stringext)
(ocaml4.02-bisect, ocaml4.02-bitstring, ocaml4.02-result)
(ocaml4.02-topkg, ocaml4.02-rresult, ocaml4.02-sqlite3, ocaml4.02-csv)
(ocaml4.02-mtime, ocaml4.02-cmdliner, ocaml4.02-fmt, ocaml4.02-astring)
(ocaml4.02-alcotest, ocaml4.02-ppx-tools, ocaml4.02-react, ocaml4.02-ssl)
(ocaml4.02-lwt, ocaml4.02-lwt-log, ocaml4.02-logs, ocaml4.02-fpath)
(ocaml4.02-bos, ocaml4.02-xmlm, ocaml4.02-ulex, ocaml4.02-uchar)
(ocaml4.02-uutf, ocaml4.02-jsonm, ocaml4.02-ocurl, ocaml4.02-base64)
(ocaml4.02-omake, ocaml4.02-batteries, ocaml4.02-pcre, ocaml4.02-oasis)
(ocaml4.02-js-build-tools, ocaml4.02-bin-prot, ocaml4.02-fieldslib)
(ocaml4.02-ppx-core, ocaml4.02-ppx-optcomp, ocaml4.02-ppx-driver)
(ocaml4.02-cppo, ocaml4.02-ppx-deriving, ocaml4.02-ppx-type-conv)
(ocaml4.02-ppx-inline-test, ocaml4.02-ppx-bench, ocaml4.02-ppx-compare)
(ocaml4.02-sexplib, ocaml4.02-typerep, ocaml4.02-variantslib)
(ocaml4.02-ppx-sexp-conv, ocaml4.02-ppx-variants-conv)
(ocaml4.02-ppx-here, ocaml4.02-ppx-assert, ocaml4.02-ppx-enumerate)
(ocaml4.02-ppx-let, ocaml4.02-ppx-typerep-conv, ocaml4.02-ppx-sexp-value)
(ocaml4.02-ppx-pipebang, ocaml4.02-ppx-bin-prot, ocaml4.02-ppx-fail)
(ocaml4.02-ppx-custom-printf, ocaml4.02-ppx-sexp-message)
(ocaml4.02-ppx-fields-conv, ocaml4.02-seq, ocaml4.02-re)
(ocaml4.02-ppx-expect, ocaml4.02-ppx-jane, ocaml4.02-core-kernel)
(ocaml4.02-async-kernel, ocaml4.02-async-rpc-kernel, ocaml4.02-core)
(ocaml4.02-async-unix, ocaml4.02-async-extra, ocaml4.02-async)
(ocaml4.02-ocplib-endian, ocaml4.02-easy-format, optcomp)
(ocaml4.02-piqilib, ocaml4.02-uuidm, ocaml4.02-graph, ocaml4.02-piqi)
(ocaml4.02-camomile, ocaml4.02-zed, ocaml4.02-lambda-term): Remove variables.
* guix/build-system/ocaml.scm (default-ocaml4.02)
(default-ocaml4.02-findlib, package-with-ocaml4.02)
(strip-ocaml4.02-variant): Remove variables.