gnu: r-metap: Update to 1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-metap): Move this from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-metap): ...to here and update to 1.2.
[propagated-inputs]: Add r-mutoss and r-tfisher.

gnu: Add r-tfisher.

* gnu/packages/cran.scm (r-tfisher): New variable.

gnu: r-umap: Update to 0.2.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.4.0.

gnu: r-globals: Update to 0.12.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-globals): Update to 0.12.5.

gnu: r-renv: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.9.1.

gnu: r-cli: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-fansi and r-glue.

gnu: r-energy: Update to 1.7-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-energy): Update to 1.7-7.

gnu: r-callr: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.0.

gnu: r-r-utils: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): Update to 2.9.2.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.800.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.800.3.0.

gnu: r-data-table: Update to 1.12.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-data-table): Update to 1.12.8.

gnu: Add r-mutoss.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mutoss): New variable.

Remove runaway patch file.

This was added by accident in 92a0c3ec35412b6105d31432dd1d2effaf2e788d.

* 0001-doc-Fix-typo.patch: Delete file.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (bitlbee-configuration): The field that refers to the bitlbee
package is called "bitlbee", not "package".

gnu: sbcl: Fix missing return value of phase.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl)[arguments]: Return #t in patch-unix-tool-paths
  phase.

gnu: lm-sensors: Fix substitution of grep.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[arguments]: Substitute occurrences of
"grep".

gnu: emacs: Delete the subdirs.el file under the site-lisp directory.

This fixes bug #38533 (see: https://bugs.gnu.org/38533).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[phases]{install-site-start}: Delete the
subdirs.el file.

Reported-by: Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>

gnu: stumpwm: Remove obsolete patch.

* gnu/local.mk (stumpwm-fix-broken-read-one-line.patch): Remove obsolete.

Co-authored-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: stumpwm: Update to 19.11.

* gnu/packages/wm.scm (stumpwm): Update to 19.11.

Co-authored-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>
Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: emacs-lsp-mode: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-mode): Update to 6.2.1.

Signed-off-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: ruby-unicode-display-width: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-unicode-display-width): Update to 1.6.0.

gnu: ruby-nio4r: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-nio4r): Update to 2.5.2.

gnu: ruby-rubocop: Update to 0.77.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rubocop): Update to 0.77.0.

gnu: ruby-safe-yaml: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/ruby.scm(ruby-save-yaml): Update to 1.0.5.
* gnu/packages/patches/ruby-safe-yaml-add-require-time.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: ruby-rouge: Update to 3.13.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rouge): Update to 3.13.0.

gnu: ruby-pathutil: Update to 0.16.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pathutil): Update to 0.16.2.

gnu: gnome: Propagate gnome-contacts.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]: Add
GNOME-CONTACTS.

gnu: gnome-contacts: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-contacts): Update to 3.32.1.

gnu: Add gnome-contacts.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-contacts): New Variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: Add '--load-path' option.

* guix/scripts/lint.scm (%options): Add '--load-path' option.
* doc/guix.texi: Document it.
* tests/guix-lint.sh: Test it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gedit: Build sequentially.

* gnu/packages/gnome.scm (gedit)[arguments]: Pass #:parallel-build?.

gnu: wireshark: Update to 3.0.7.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.0.7.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.11.28.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.11.28.

doc: Mention how to simulate a `guix pull' before submitting patches.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Mention the dummy guix pull
  command in the check list.

doc: Mention how to rebuild guix before submitting patches.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Mention rebuild command in the
  check list.

gnu: emacs-dired-sidebar: Update to 0.1.0-1.21ccb67.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dired-sidebar): Update to 0.1.0-1.21ccb67.

gnu: emacs-tramp-auto-auth: Remove duplicate recipe.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp-auto-auth): Remove duplicate recipe.

gnu: docker-cli: Install shell completion.

* gnu/packages/docker.scm (docker-cli)[arguments]: Install shell completion.

gnu: emacs-tramp-auto-auth: Fix synopsis and description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp-auto-auth): Fix synopsis and description.

gnu: Add emacs-psession.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-psession): New variable.

gnu: Add emacs-tramp-auto-auth.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp-auto-auth): New variable.

gnu: Add emacs-helm-linux-disks.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-linux-disks): New variable.

gnu: Add emacs-isearch-dabbrev.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-isearch-dabbrev): New variable.

gnu: Add emacs-esh-help.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-esh-help): New variable.

gnu: Add emacs-helm-lacarte.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-lacarte): New variable.

gnu: Add emacs-shackle.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shackle): New variable.

gnu: Add emacs-ivy-omni-org.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-omni-org): New variable.

gnu: Add emacs-blackout.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-blackout): New variable.

gnu: Add emacs-repl-toggle.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-repl-toggle): New variable.

gnu: Add emacs-fullframe.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fullframe): New variable.

emacs-build-system: Move the source directory to the start of EMACSLOADPATH.

Fixes issue #38479 (see: https://bugs.gnu.org/38479).

* guix/build/emacs-build-system.scm (add-source-to-load-path): Move the source
directory to the start of the EMACSLOADPATH environment variable.

Reported-by: Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>

emacs-build-system: Make the order of the phases more clear.

* guix/build/emacs-build-system.scm (%standard-phases): Re-arrange to explicit
the ordering of phases.

gnu: guile-next: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.9.6.

services: mcron: Add description.

* gnu/services/mcron.scm (mcron-service-type): Add description.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: glusterfs: Update to 7.0

* gnu/packages/file-systems.scm (glusterfs): Update to 7.0.
[source]: Update URL.
[arguments]: Add "PYTHON=" and"--enable-cmocka" configure flags.
Remove 'replace-config.sub and 'fix-lex phases.  Add 'autogen.
[native-inputs]: Add libtirpc, rpcsvc-proto, autoconf, automake, and
libtool.
[inputs]: Add fuse, libaio, and rdma-core.  Remove lvm2 and sqlite.
* gnu/packages/patches/glusterfs-use-PATH-instead-of-hardcodes.patch:
Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

machine: Remove unnecessary record self-referencing bindings.

'this-machine' and 'this-machine-ssh-configuration' were useless given
that there are no thunked fields.

* gnu/machine.scm (<machine>)[this-machine]: Remove.
* gnu/machine/ssh.scm (<machine-ssh-configuration>)
[this-machine-ssh-configuration]: Remove.

gnu: tcc-boot0: Add ftp.gnu.org URL for the source tarball.

The generated source tarball from gitlab.com is now mirrored at
ftp.gnu.org to ensure that it remains available, unchanged.

* gnu/packages/commencement.scm (tcc-boot0)[source]: Add "mirror://gnu" URL.

gnu: musescore: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.3.4.

build-system: qt: Fix output missing in wrapped variables.

* guix/build/qt-build-system .scm (handle-output): Use directory of
  output, not its name.

gnu: baloo: Blacklist some failing tests.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (baloo)[arguments]<phases>
  {check-setup}: Add creating a BLACKLIST file.

gnu: modem-manager: Update to 1.10.8.

* gnu/packages/freedesktop.scm (modem-manager): Update to 1.10.8.

gnu: network-manager: Update to 1.18.4.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.18.4.

gnu: python-pyatspi: Update to 2.34.0.

* gnu/packages/gnome.scm (python-pyatspi): Update to 2.34.0.

gnu: nautilus: Update to 3.32.3.

* gnu/packages/gnome.scm (nautilus): Update to 3.32.3.

gnu: pipewire: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/linux.scm (pipewire): Update to 0.2.7.

gnu: grilo: Update to 0.3.10.

* gnu/packages/gnome.scm (grilo): Update to 0.3.10.

gnu: python-dbusmock: Update to 0.18.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dbusmock): Update to 0.18.3.
[arguments]: Update phases accordingly.

gnu: gnome-online-accounts: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-online-accounts): Update to 3.32.1.

gnu: file-roller: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (file-roller): Update to 3.32.2.

gnu: epiphany: Update to 3.32.5.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany): Update to 3.32.5.

gnu: gnome-session: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session): Update to 3.32.0.

gnu: yelp: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (yelp): Update to 3.32.2.

gnu: seahorse: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (seahorse): Update to 3.32.2.
[arguments]: Set #:glib-or-gtk? flag.

gnu: quadrapassel: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/games.scm (quadrapassel): Update to 3.32.0.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag and add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase.

gnu: gnome-maps: Update to 3.32.2.1.

* gnu/packages/geo.scm (gnome-maps): Update to 3.32.2.1.

gnu: gnome-klotski: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-klotski): Update to 3.32.0.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag and add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase.
[native-inputs]: Add glib:bin and vala.

gnu: ghex: Update to 3.18.4.

* gnu/packages/gnome.scm (ghex): Update to 3.18.4.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag and add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase.
[native-inputs]: Add glib:bin.

gnu: network-manager: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.18.2.

gnu: gnome-shell: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell): Update to 3.32.2.

gnu: gdm: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm): Update to 3.32.0.
[arguments]: Adjust 'pre-configure' phase accordingly.

gnu: cheese: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (cheese): Update to 3.32.1.

gnu: orca: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (orca): Update to 3.32.0.

gnu: python-pyatspi: Update to 2.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (python-pyatspi): Update to 2.32.1.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/python-pyatspi-python-37.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: devhelp: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (devhelp): Update to 3.32.0.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag.

gnu: gnome-terminal: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-terminal): Update to 3.32.2.

gnu: gnome-sudoku: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-sudoku): Update to 3.32.0.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag and add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase.
[native-inputs]: Add glib:bin and vala.

gnu: gnome-mines: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-mines): Update to 3.32.2.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag.  Add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase;
remove deletion of 'bootstrap' phase which has been obsolete since commit
25280065814aecd7ce56baf4866b0c05acf8028b.

gnu: five-or-more: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (five-or-more): Update to 3.32.0.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Set glib-or-gtk? flag and add 'skip-gtk-update-icon-cache' phase.
[native-inputs]: Add appstream-glib, glib:bin and vala.
[inputs]: Add libgnome-games-support.

gnu: libwnck: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libwnck): Update to 3.32.0.
[build-system]: Use meson-build-system.
[native-inputs]: Add glib:bin and gobject-introspection.

gnu: gnome-disk-utility: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-disk-utility): Update to 3.32.1.

gnu: gnome-system-monitor: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-system-monitor): Update to 3.32.1.

gnu: gnome-shell-extensions: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell-extensions): Update to 3.32.1.

gnu: gnome-calendar: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-calendar): Update to 3.32.2.

gnu: gnome-clocks: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-clocks): Update to 3.32.0.

gnu: gnome-screenshot: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-screenshot): Update to 3.32.0.

gnu: nautilus: Update to 3.32.1.

* gnu/packages/gnome.scm (nautilus): Update to 3.32.1.
[inputs]: Add gst-plugins-base.

gnu: Add tracker-miners.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker-miners): New variable.

gnu: gnome-tweaks: Update to 3.32.0.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-tweaks): Update to 3.32.0.

gnu: mutter: Update to 3.32.2.

* gnu/packages/gnome.scm (mutter): Update to 3.32.2.
[build-system]: Use meson-build-system.
[arguments]: Disable tests.  Set #:glib-or-gtk? flag.  Add $out/lib and
$out/lib/mutter-4 to RUNPATH.  Adjust configure flags.  Add 'disable-werror'
phase and update 'use-elogind' phase.
[native-inputs]: Add xorg-server-for-tests.
[inputs]: Add gnome-settings-daemon, libwacom and pipewire.

gnu: Add pipewire.

* gnu/packages/linux.scm (pipewire): New variable.