gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-8.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-8.

gnu: acme-client: Provide path to certificates.

* gnu/packages/tls.scm (acme-client)[arguments]: Add 'patch-paths' phase.

build: assert-no-store-file-names: Ignore ChangeLog.

* Makefile.am (assert-no-store-file-names): Ignore /gnu/store file names
in the ChangeLog, because they might be examples in commit messages.

gnu: libupnp: Fix CVE-2016-8863.

* gnu/packages/patches/libupnp-CVE-2016-8863.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Use it.
* gnu/packages/libupnp.scm (libupnp)[source]: Use it.

gnu: Add Greek Aspell dictionary

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-el): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Build profiles in a UTF-8 locale.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25213>.
Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* guix/profiles.scm (profile-derivation)[glibc-utf8-locales]: New
variable.
[builder]: Use it to set 'LOCPATH'.

download: Protect against dangling symlinks in $SSL_CERT_DIR.

Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>
in <https://bugs.gnu.org/25213>.

* guix/build/download.scm (make-credendials-with-ca-trust-files): Check
whether FILE exists before calling
'set-certificate-credentials-x509-trust-file!'.

refresh: Make dependency on (guix import crates) weak.

Reported by Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>.

* guix/scripts/refresh.scm: Do not explicitly import (guix import crates).

install: Add dosfstools.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add DOSFSTOOLS.

gnu: tor: Recommend torsocks.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[description]: Recommend torsocks.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: grub: Add dependency on efibootmgr.

Suggested by Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>.

* gnu/packages/grub.scm (grub)[arguments]: In 'patch-stuff', set
efibootmgr absolute file name in 'platform.c'.
[inputs]: Add EFIBOOTMGR.

doc: "Nar" now means "normalized archive".

* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Mention "normalized archive"
and add index entries.

Revert "gnu: kmod: Update to 23."

This should have been pushed to the ‘staging’ branch first.

This reverts commit 1e1cd416293e9d119ca3c1fe136d52af10b41d85.

gnu: libraw1394: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/linux.scm (libraw1394): Update to 2.1.2.

gnu: kmod: Update to 23.

* gnu/packages/linux.scm (kmod): Update to 23.

gnu: ethtool: Update to 4.8.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): Update to 4.8.

gnu: mcelog: Update to 146.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 146.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.39.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.39.

gnu: guile-irregex: Update to 0.9.6 [fixes CVE-2016-9954].

* gnu/packages/guile.scm (guile-irregex): Update to 0.9.6.

services: cuirass: Put specifications in the store.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>): Change type of
'specifications' field to an alist to match the documentation example.
(cuirass-shepherd-service): Store the provided specifications in a file.  Use
that file as the "--specification" argument.

gnu: cuirass: Update to revision 2.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to revision 2.
[native-inputs]: Add texinfo.

gnu: libpsl: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.16.0.

gnu: openconnect: Update to 7.08.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): Update to 7.09.

gnu: Add system test for the rpcbind-daemon service.

* gnu/tests/nfs.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add kdevelop.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add kdevplatform.

* gnu/packages/kde.scm (kdevplatform): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libksysguard: Correct inputs.

* gnu/packages/kde.scm (libksysguard)[inputs]: Remove kdbusaddons,
  kdoctools, kinit, knewstruff, knotifications, kio; add kauth,
  kcompletion, kconfig, kcoreaddons, kwidgetsaddons.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: postgresql: Add locale to configuration

* gnu/services/databases.scm (<postgresql-configuration>): Add locale
  field.
  (postgresql-shepherd-service): Pass locale to initdb.
  (postgresql-service): Add locale default.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: postgresql: Add port to configuration

* gnu/services/databases.scm (<postgresql-configuration>): Add port
  field.
  (postgresql-shepherd-service): Pass port to postgres.
  (postgresql-service): Add port default.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-settings-daemon: Add dependency on NetworkManager.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon)[arguments]: Remove
"--disable-network-manager".
[inputs]: Add NETWORK-MANAGER.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: network-manager: Enable session tracking with elogind.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Add configuration options
  "--with-systemd-logind=yes" (so we can use elogind to track login sessions)
  and "--with-consolekit=no" (so we don't use consolekit to track sessions,
  since it isn't packaged yet).  Add elogind as an input, and add a snippet to
  replace some references to systemd with elogind.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

upstream: Determine archive type correctly.

* guix/upstream.scm (package-update): Take the basename of the uri
  before trying to determine the extension.

doc: mention cpan updater.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Mention cpan updater.

gnu: icecat: Label patches that have since been assigned CVEs.

Document that the following CVEs are fixed: CVE-2016-9893, CVE-2016-9895,
CVE-2016-9897, CVE-2016-9898, CVE-2016-9899, CVE-2016-9900, CVE-2016-9901,
CVE-2016-9902, CVE-2016-9904, and CVE-2016-9905.  Note that these are all of
the CVEs fixed in Firefox ESR 45.6.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add comments to patches that
have since been assigned CVEs.

gnu: Update more dead Google Code home pages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt, mosaik, pepr)[home-page]:
Update to their respective replacements.

gnu: mdds: Replace dead Google Code home-page.

* gnu/packages/boost.scm (mdds)[home-page]: Update it.

gnu: chibi-scheme: Replace dead Google Code home-page.

* gnu/packages/scheme.scm (chibi-scheme)[home-page]: Update it.

gnu: python-mock: Update source and home-page URIs.

* gnu/packages/python.scm (python-mock)[source]: Use ‘pypi-uri’.
[home-page]: Replace dead Google Code home page.

doc: Replace dead Google Code home page for cryptsetup.

* doc/guix.texi (Mapped Devices): Update cryptsetup home page.

gnu: libosinfo: Use stable URL for pci.ids.

* gnu/packages/qemu.scm (libosinfo)[native-inputs]: Use a stable URL for
the pci.ids file.

graph: Add d3js backend.

* d3.v3.js, graph.js: New files.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): List them.
* guix/graph.scm (%d3js-backend): New variable.
(emit-d3js-prologue, emit-d3js-epilogue, emit-d3js-node,
emit-d3js-edge): New procedures.
(%graph-backends): Add %d3js-backend.

graph: Add "list-backend" and "backend" options.

* guix/graph.scm (%graph-backends): New variable.
* guix/scripts/graph.scm (lookup-backend, list-backends): New
procedures.
(%options): Add options for "backend" and "list-backends".
(show-help): Add help texts for "backend" and "list-backend" options.
(%default-options): Add "backend" default.
(guix-graph): Pass backend argument to "export-graph".
* doc/guix.texi (Invoking guix graph): Document the new options.

graph: Backend must have name and description.

* guix/graph.scm (<graph-backend>): Add fields "name" and "description".
(%graphviz-backend): Provide values for name and description.
(export-graph): Ignore name and description when matching backends.
(graph-backend-name, graph-backend-description): New procedures.
* tests/graph.scm (make-recording-backend): Initialize name and
description fields of test graph-backend.

doc: Fix typo in Submitting Patches section.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Fix "could could" typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-cryptography: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography, python2-cryptography): Update
  to 1.7.1.
  [arguments]: Remove field.
(python-cryptography-vectors, python2-cryptography-vectors): Update to 1.7.1.

gnu: man-pages: Update to 4.09.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.09.

gnu: Add rustc.

* gnu/packages/rust.scm (rustc): New variable.

Co-authored-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>

gnu: Add rust bootstrap binaries.

* gnu/packages/rust.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add rust.scm.

gnu: llvm: Enable install utils.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm)[arguments]: Add -DLLVM_INSTALL_UTILS=ON
  to configure-flags.

import: Add updater for rust crates.

* guix/import/crate.scm (crate-package?, latest-release,
  %crate-updater): New variables.
* guix/scripts/refresh.scm (%updaters): Add crate updater.
* doc/guix.texi: Add crate updater to table.

import: Add importer for rust crates.

* guix/import/crate.scm: New file.
* guix/scripts/import/crate.scm: New file.
* guix/scripts/import.scm (importers): Add crate importer.
* tests/crate.scm: New file.
* doc/guix.texi: Add crate importer to table.
* Makefile.am (MODULES, SCM_TESTS): Add files.

import: utils: Add some utilities.

* guix/import/utils.scm (maybe-inputs, maybe-native-inputs,
  package->definition): New variables.

build-system: Add cargo build system.

* guix/build-system/cargo.scm: New file.
* guix/build/cargo-build-system.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add files.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.27.2.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.27.2.
* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.27.2.

gnu: icedtea-8: Update to 3.2.0 [fixes CVE-2016-{5542,5554,5568,5573,5582,5597}].

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8): Update to 3.2.0.
[arguments]: Pass '--disable-system-pcsc' and '--disable-system-sctp'
to #:configure-flags.

gnu: icedtea-7: Update to 2.6.8 [fixes CVE-2016-{5542,5554,5568,5573,5582,5597}]

* gnu/packages/java.scm (icedtea-7): Update to 2.6.8.

upstream: Use first url when it lacks an extension.

* guix/upstream.scm (package-update): Use a url from the list when it
  lacks an extension.

gnu: Add r-bit64.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bit64): New variable.

gnu: Add r-bit.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bit): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.9.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.9.
* gnu/packages/linux-libre-4.8-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.8-i686.conf: Delete files.
* gnu/packages/linux-libre-4.9-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.9-i686.conf: New files.
* Makefile.am (KCONFIGS): Update accordingly.

gnu: guile-next: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.1.5.
[properties]: Add 'upstream-name', 'ftp-server', and 'ftp-directory'.

gnu: usbutils: Update to 008.

* gnu/packages/linux.scm (usbutils): Update to 008.
[inputs]: Add EUDEV.

gnu: wireless-regdb: Update to 2016.06.10.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-regdb): Update to 2016.06.10.

services: mysql: Add port to configuration

* gnu/services/databases.scm (<mysql-configuration>): Add port field.
(mysql-configuration-file): Use the port field when creating the
configuration file.
* doc/guix.texi (Database Services): Document it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: xf86-input-keyboard: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-keyboard): Update to 1.9.0.

gnu: xf86-video-ati: Update to 7.8.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-ati): Update to 7.8.0.

gnu: xf86-input-libinput: Update to 0.23.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 0.23.0.

gnu: iproute2: Update to 4.9.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute2): Update to 4.9.0.
[home-page]: Point to the latest attempt, and use HTTPS.

gnu: libjpeg-turbo: Fix typo.

This is a followup to commit e90a706e1686aaf3a1004683be8a3f3a4cbaf22e.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo): Remove extra "\".

gnu: epic5: Fix 'license' field to contain only licenses.

* gnu/packages/irc.scm (epic5)[license]: Call 'license:non-copyleft'.

gnu: python-pyqt: Update to 5.7.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt): Update to 5.7.

gnu: onionshare: Update to 0.9.2 (fixes CVE-2016-5026).

* gnu/packages/tor.scm (onionshare): Update to 0.9.2.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Update substitutions for new version.
* gnu/packages/patches/onionshare-fix-install-paths.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: diamond: Update to 0.8.29.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.29.

gnu: orfm: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (orfm): Update to 0.6.1.

gnu: libsrtp: Fix building on mips.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp)[arguments]: Add substitution
changing variable name from 'mips' to 'mips_value'. Also substitute
dictionary location in test suite.

gnu: libsrtp: Have source use file-name.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp)[source]: Add file-name field.

gnu: libjpeg-turbo: Fix build on mips.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo)[arguments]: Add substitution to
set variable type before use.

gnu: lftp: Update to 4.7.4.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.7.4.
[home-page]: Change to new domain.
[source]: Adjust to new domain. Add mirror.

gnu: python-setuptools: Update to 31.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-setuptools, python2-setuptools): Update to
31.0.0.
[source]: Use 'pypi-uri'.
[license]: Update for bundled libraries.

gnu: duplicity: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity)[arguments]: Use 'modify-phases'.

import: cpan: Add updater.

* guix/import/cpan.scm (module->dist-name): Fetch the field of interest.
(cpan-fetch): Accept release name rather than module name.
(fix-source-url): Rename to ...
(cpan-source-url): ... this.  Take metadata as parameter.
(package->upstream-name, cpan-version, cpan-package?, latest-release):
New procedures.
(cpan-module->sexp): Use cpan-version and cpan-source-url.
(%cpan-updater): New variable.
* guix/scripts/refresh.scm (%updaters): Add %CPAN-UPDATER.

import: cpan: Move core-module? to top-level.

* guix/import/cpan.scm (cpan-module->sexp): Move local core-module?
procedure to ...
(core-module?): ... here.

import: json: Silence json-fetch output.

* guix/import/json.scm (json-fetch): Use http-fetch instead of url-fetch
to avoid writing to stdout and a temporary file for each invocation.
* guix/import/gem.scm (rubygems-fetch): Do not redirect json-fetch
output to /dev/null.
* guix/import/pypi.scm (pypi-fetch): Likewise.

gnu: xf86-video-nouveau: Update to 1.0.13.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-nouveau): Update to 1.0.13.

gnu: xf86-input-synaptics: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-synaptics): Update to 1.9.0.

gnu: xf86-input-mouse: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-mouse): Update to 1.9.2.

gnu: xf86-input-joystick: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-joystick): Update to 1.6.3.

gnu: xf86-input-evdev: Update to 2.10.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-evdev): Update to 2.10.4.

gnu: nano: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.7.2.

gnu: perl-dbix-class-introspectablem2m: Update source tarball URL.

* gnu/packages/perl.scm (perl-dbix-class-introspectablem2m)[source]: Update
tarball URL.

gnu: cssc: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/version-control.scm (cssc): Update to 1.4.0.
[source]: Remove unneeded patches (i.e. all of them).
* gnu/packages/patches/cssc-gets-undeclared.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/cssc-missing-include.patch: Likewise.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove deleted patches.

gnu: gsl: Update to 2.3.

* gnu/packages/maths.scm (gsl): Update to 2.3.

gnu: vim: Update to 8.0.0133.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0133.

gnu: denemo: Change default preferences to use the already-present lilypond.

* gnu/packages/music.scm (denemo)[progpagated-inputs]: Move lilypond to ...
[inputs]: ... here.
[phases]: New phase set-lilypond.

gnu: calibre: Update to 2.74.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.74.0.

gnu: python-sip: Update to 4.18.1.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 4.18.1.

gnu: python-pyqt-4: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-4)[arguments]: Use 'modify-phases'
syntax.

gnu: python-pyqt@5.5: Remove variable.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt@5.5, python2-pyqt@5.5): Remove them.

gnu: calibre: Update qt dependancies.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[native-inputs]: Remove qt, add
qtbase.
[inputs]: Remove qt, replace python2-pyqt@5.5 with python2-pyqt.

gnu: python-pyqt: Build with more qt modules.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[inputs]: Add qtbase, qtconnectivity,
qtdeclarative, qtlocation, qtmultimedia, qtsensors, qtserialport, qtsvg,
qttools, qtwebchannel, qtwebkit, qtwebsockets, qtx11extras,
qtxmlpatterns.
(python2-pyqt)[inputs]: Same.
(python-pyqt@4)[inputs]: Only use python.