build: Delete all the .service and .conf files upon 'make clean'.

* nix/local.mk (CLEANFILES): Define to add $(nodist_systemdservice_DATA)
and $(nodist_upstartjob_DATA).

import: pypi: Match new 'pypi-uri' domain in updater.

* guix/import/pypi.scm (pypi-package?): Match pypi.io domain.

doc: Replace fingerprint of OpenPGP signing key.

* doc/guix.texi (OPENPGP-SIGNING-KEY-ID): Update to Ricardo's key for
the 0.12.0 release.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.12.0.

Update NEWS.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: cuirass: Add Cuirass to the system profile.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-service-type): Extend
PROFILE-SERVICE-TYPE.

services: cuirass: Add 'cuirass' field.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cuirass]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

gnu: cuirass: Make sure 'cuirass' has 'evaluate' in $PATH.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Add OUT/bin to 'PATH'.

services: cuirass: Create the database directory.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-activation): Create the database
directory for CONFIG.

gnu: Fix load-extension path in packaging of guile-ncurses.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses) [arguments]: Install shared object before
attempting to build the package.  Patch load-extension path before building instead
of after.

gnu: argon2: Update to 20161029.

* gnu/packages/password-utils.scm (argon2): Update to 20161029.

gnu: cppcheck: Update to 1.76.1.

* gnu/packages/check.scm (cppcheck): Update to 1.76.1.

gnu: hunspell: Add missing perl dependency.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell)[inputs]: Add perl dependency
for ispellaff2myspell.

gnu: hunspell: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell): Update to 1.5.4.
[source]: Add a file-name.

gnu: Add Ancient Greek Aspell dictionary.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-grc): New variable.

gnu: aspell-dictionary: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dictionary)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: weechat: Use new xz-compressed tarball.

* gnu/packages/irc.scm (weechat)[source]: Use ‘.tar.xz’ source.

gnu: cutadapt: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: enlightenment: Update to 0.21.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.5.

gnu: tor: Update to 0.2.9.8.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.9.8.

services: guix: Add 'log-file' configuration option.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[log-file]: New field.
(guix-shepherd-service): Pass #:log-file to 'make-forkexec-constructor'.
* gnu/services/admin.scm (simple-rotation-config): Take a list of
files and join them with commas.
(%default-rotations): Add /var/log/guix-daemon.log.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

services: guix: Remove dependency on lsh.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[lsh]: Remove.
(guix-shepherd-service): Remove lsh from 'PATH'.
* doc/guix.texi (Base Services): Adjust accordingly.

services: cuirass: Cache defaults to /var/cache/cuirass.

The previous default value depended on the 'HOME' environment variable,
which happened to be unset.  Thus, /.cache was being used.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cache-directory]:
Change default value to "/var/cache/cuirass".
(cuirass-shepherd-service): Always pass "--cache-directory".
(cuirass-activation): New procedure.
(cuirass-service-type): Use it as an extension to
ACTIVATION-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Adjust accordingly.

services: cuirass: Honor 'user' and 'group'.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-shepherd-service): Pass the user and
group of CONFIG to 'make-forkexec-constructor'.

services: cuirass: Add 'log-file' option.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[log-file]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Pass it to 'make-forkexec-constructor'.

gnu: cuirass: Add Git to 'PATH'.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: In 'wrap-program' phase, add
Git to 'PATH'.
[inputs]: Add GIT.

gnu: utox: Fix description.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Fix description.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: utox: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update to 0.11.0.
[source]: Update source uri to new group namespace on github.
[build-system]: Change to cmake-build-system.
[arguments]: Remove previous content and disable tests,
add two new phases.
[inputs]: Remove libtoxcore, add c-toxcore.
[native-inputs]: Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add c-toxcore.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

install: The list of services is now a plain list.

* gnu/system/install.scm (installation-services): Rename to...
(%installation-services): ... this.  Turn into a list instead of a thunk.

gnu: Add grub-efi.

* gnu/packages/grub.scm (grub-efi): New variable.

Revert "gnu: grub: Add dependency on efibootmgr."

This reverts commit 3eee16130d858ae96510ec1c7d38d31290de2699.

Reverted in favor of separate grub-efi package. See discussion at
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-12/msg00765.html .

gnu: grub: Use qemu-minimal for tests.

* gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests): Remove variable.
(grub)[native-inputs]: Replace QEMU-FOR-TESTS with QEMU-MINIMAL.

gnu: linux-libre: Fix typo.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-hash): Remove excess quote.

gnu: cutadapt: Update to 1.12.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.12.
[inputs]: Add python-xopen.

gnu: Add python-xopen.

* gnu/packages/python.scm (python-xopen, python2-xopen): New variables.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.15.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.15.

Revert "gnu: linux-libre: Update to 4.9."

This reverts commit 5a3849443ac8bdcffea0376b3c7efa30688c10bb.

Module loading is broken on i686 with some configurations, including our
default configuration.  See <https://bugs.gnu.org/25231>.

gnu: kdbusaddons: Embed kinit store dir, avoid dependency cycles.

kdbusaddons needs to know the location of the kdeinit5 executable,
provided by kinit. kinit depends on kdbusaddons, so we add bootstrap
versions of all packages in the dependency chain from kinit to
kdbusaddons to avoid cyclic dependencies.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kinit-bootstrap,
  kdbusaddons-bootstrap): New variables.
  (kdbusaddons)[inputs]: Add kinit-bootstrap.
  [source,arguments]: Add patch and substitution to embed
  kinit-bootstrap's store directory in the code.
* gnu/packages/patches/kdbusaddons-kinit-file-name.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gexp: Slightly simplify 'gexp-inputs'.

* guix/gexp.scm (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: Remove unneeded
'if' in the non-native nested gexp case.

gexp: Native inputs of nested gexps are properly accounted for.

Previously, 'gexp-native-inputs' would not return the native inputs of
nested gexps.  For example, this:

  (gexp-native-inputs #~(foo #$#~(bar #+coreutils)))

would return '().

* guix/gexp.scm (gexp-inputs)[add-reference-inputs]: In the
non-recursive cases, check whether N? and NATIVE? are the same, and act
accordingly.
[native-input?]: Remove.
Fold over all of (gexp-references exp).
* tests/gexp.scm ("ungexp + ungexp-native, nested, special mixture"):
New test.
* tests/gexp.scm ("input list splicing + ungexp-native-splicing"): Pass
 #:native? #t to 'gexp-input'.

services: Use 'file-append' in more places.

* gnu/services/avahi.scm (avahi-shepherd-service): Use #$(file-append x y)
instead of (string-append #$x y).
* gnu/services/base.scm (unicode-start)
(console-keymap-service-type, console-font-shepherd-services)
(mingetty-shepherd-service, nscd-shepherd-service)
(hydra-key-authorization, guix-shepherd-service)
(guix-publish-shepherd-service, udev-shepherd-service)
(gpm-shepherd-service, <kmscon-configuration>)
(kmscon-service-type): Likewise.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): Likewise.

doc: Mention 'grub' field of 'grub-configuration'.

* doc/guix.texi (GRUB Configuration): Add 'grub' field.

doc: Make 'guix pull' more visible.

Suggested by Dave Love <fx@gnu.org>.
Fixes <http://bugs.gnu.org/25139>.

* doc/guix.texi (Installation): Mention 'guix pull'.
(Proceeding with the Installation): Mention updates with 'guix pull' and
'guix system reconfigure'.
(Invoking guix pull): Add "updating" to the concept index.

doc: Mention 'swapon'.

Suggested by David Braun <Guix-box@snkmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-12/msg00744.html>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Add 'swapon'.

gnu: openssh: Update to 7.4p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.4p1.
[source]: Remove 'openssh-memory-exhaustion.patch'.
* gnu/packages/patches/openssh-memory-exhaustion.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: samba: Update to 4.5.3 [fixes CVE-2016-{2123,2125,2126}].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.5.3.

nls: Update 'fr' translation.

nls: Update 'da' package translation.

nls: Update 'pt_BR' translation.

nls: Update 'da' translation.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.8.19.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.8.19.

gnu: hurd-headers: Update to 0.9.

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-headers): Update to version 0.9.

gnu: mig: Update to 1.8.

* gnu/packages/hurd.scm (mig): Update to version 1.8.

gnu: gnumach-headers: Update to 1.8.

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach-headers): Update to version 1.8.

gnu: gnuplot: Update to 5.0.5.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Update to 5.0.5.

gnu: wxmaxima: Update to 16.12.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 16.12.0.

gnu: tor: split description into two parts for easier reading.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[description]: Split it.

gnu: maxima: Update to 5.39.0.

* gnu/packages/maths.scm (maxima): Update to 5.39.0.

build: Fix .service and .conf targets for VPATH builds.

* nix/local.mk (etc/guix-%.service, etc/guix-%.conf): Use "$<", not
"$(srcdir)/$<".

build: Add 'guix-publish.*.in' to the distribution.

This is a followup to 332d7903f52c2bf3741b04ac2d01cd9018b70800.

* nix/local.mk (EXTRA_DIST): Add 'guix-service.publish.in' and
'guix-publish.conf.in'.

doc: Mention the d3.js backend of 'guix graph'.

* doc/guix.texi (Invoking guix graph): Mention the d3.js backend.

doc: Document 'cargo-build-system'.

* doc/guix.texi (Build Systems): Add 'cargo-build-system'.

gnu: mumble: Update to 1.2.18.

* gnu/packages/telephony.scm (mumble): Update to 1.2.18.

gnu: python-docutils: Update to 0.13.1

* gnu/packages/python.scm(python-docutils): Update to 0.13.1.
[source]: Use pypi-uri.

tests: Mock up http-fetch.

This is a follow-up to commit 63773200d7ac68fcaee6efd9ffe8ea7aa3fafa38.

* tests/cpan.scm ("cpan->guix-package"): Add mock definition of
http-fetch.

tests: Adjust cpan tests.

This is a follow-up to commit ff55fe559951b88bfd691b9dada3a0f26002c4cb.

* tests/cpan.scm (source-url-http, source-url-https): Use
cpan-source-url.

linux-initrd: Support FAT filesystems.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): When a FAT filesystem is
present: Add fatfsck/static in 'helper-packages'; and add nls_iso8859-1
in 'linux-modules'.

build: check-final-inputs-self-contained has an exception for 'bash:include'.

Currently 'bash:include' of the final Bash depends on bootstrap stuff.

* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm (final-inputs): Add
clause for 'bash:include'.
* gnu/packages/commencement.scm (bash-final): Add FIXME comment.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.0.

tests: Mock up http-fetch in import test.

This is a follow-up to commit 63773200d7ac68fcaee6efd9ffe8ea7aa3fafa38.

* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package, wheels"): Add mock definition of
"http-fetch".

gnu: emacs-org: Update to 20161214.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20161214.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

tests: Mock up http-fetch in import tests.

This is a follow-up to commit 63773200d7ac68fcaee6efd9ffe8ea7aa3fafa38.

* tests/gem.scm ("gem->guix-package"): Replace mock definition of
"url-fetch" with "http-fetch".
* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package"): Add mock definition of
"http-fetch".

gnu: youtube-dl: Update to 2016.12.15.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.12.15.

gnu: r: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.3.2.

gnu: Add attribution line for Raoul Bonnal.

This is a follow-up commit to c9e9154e993f055a438e2e43518bbd0740aaaf24.

* gnu/packages/bioinformatics.scm: Add attribution.

gnu: sane-backends: Remove timestamps from the output.

* gnu/packages/scanner.scm (sane-backends-minimal)[source](modules, snippet):
New fields.

gnu: Add and use sane-backends.

* gnu/packages/scanner.scm (sane-backends): New variable.
* gnu/packages/gnome.scm (colord, simple-scan): Use it instead of
'sane-backends-minimal'.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Likewise.
* gnu/packages/wine.scm (wine): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add and use sane-backends-minimal.

* gnu/packages/scanner.scm (sane-backends): Rename to...
(sane-backends-minimal): this. Adjust name, source, synopsis and
description accordingly.
* gnu/packages/cups.scm (hplip): Use 'sane-backends-minimal' instead of
'sane-backends'.
* gnu/packages/gnome.scm (colord, simple-scan): Likewise.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Likewise.
* gnu/packages/wine.scm (wine): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sane-backends: Disable backend generation.

* gnu/packages/scanner.scm (sane-backends)[arguments]: Add a phase to
disable the compilation of backends.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: pinentry: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (pinentry-tty, pinentry-gtk2, pinentry-gnome3,
pinentry-qt): Update to 1.0.0.

gnu: npth: Update to 1.3.

* gnu/packages/gnupg.scm (npth): Update to 1.3.

import cran: Handle HTTP errors.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23479>.

* guix/import/cran.scm (fetch-description): Return #f in case of HTTP
errors.

guix import: Print list of expressions.

* guix/scripts/import.scm (guix-import): Print list of expressions.

import cran: Add "recursive" option.

* guix/scripts/import/cran.scm: (%options): Add "recursive" option.
(guix-import-cran): Handle "recursive" option.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.

import cran: Add recursive importer.

* guix/import/cran.scm (recursive-import): New variable.
(cran->guix-package): Memoize the procedure.

import cran: Ignore default R packages.

* guix/import/cran.scm (default-r-packages): New variable.
(description->package): Drop default R packages from list of inputs.

import cran: description->package: Also return package dependencies.

* guix/import/cran.scm (description->package): Return package
  dependencies in addition to generated package expression.

import cran: Move guix-name to top-level.

* guix/import/cran.scm (guix-name): Move to top-level.

import cran: Remove more invalid characters from package names.

* guix/import/cran.scm (guix-name): Replace period and underscore with
  dash; always prepend package names with "r-".

import cran: Handle BSD licenses with LICENSE file.

* guix/import/cran.scm (string->license): Add cases for BSD licenses
with LICENSE file.

import cran: Translate MIT to the Expat license.

* guix/import/cran.scm (string->license): Translate "MIT" license to
Expat license.

import cran: Do not use "or later" licenses by default.

* guix/import/cran.scm (string->license): Use exact license versions.

doc: Update dot graphs.

* doc/images/bootstrap-packages.dot,
doc/images/coreutils-bag-graph.dot, doc/images/coreutils-graph.dot,
doc/images/shepherd-graph.dot: Regenerate.

profiles: Remove dependency on 'glibc-utf8-locales' for tests.

Commit 1af0860e8be81c01ad405c1226d6bc4516e62863 added a mandatory
dependency on 'glibc-utf8-locales', which entails long rebuilds for
tests.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Add #:locales? parameter.
Add 'set-utf8-locale' variable.  Use it when LOCALES? is true.
(link-to-empty-profile): Pass #:locales? #f.
* guix/scripts/environment.scm (inputs->profile-derivation): Pass
  #:locales?.
* guix/scripts/package.scm (build-and-use-profile): Likewise.
* tests/packages.scm ("--search-paths with pattern"): Pass #:locales? #f.
* tests/profiles.scm ("profile-derivation")
("profile-derivation, inputs", "profile-manifest, search-paths")
("etc/profile", "etc/profile when etc/ already exists"):
("etc/profile when etc/ is a symlink"): Likewise.

gnu: bootstrap: Add FTP URL for bootstrap binaries.

* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-base-urls): Add
ftp://alpha.gnu.org (http://alpha.gnu.org is currently unresponsive.)

gnu: star: Update to 2.5.2b.

* gnu/packages/bioinformatics (star): Update to 2.5.2b.
[source]: Delete precompiled binary.

Co-authored-by: Ben Woodcroft <donttrustben@gmail.com>

gnu: Add fatfsck-static.

* gnu/packages/disk.scm (dosfstools/static): New private variable.
(fatfsck/static): New variable.

gnu: Add emacs-guix.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): New variable.

gnu: Add emacs-bui.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-bui): New variable.