gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.40.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.40.

gnu: python-scanpy: Add python-louvain to inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scanpy)[propagated-inputs]: Sort
inputs and add python-louvain.
[arguments]: Do not delete test that depends on louvain.

gnu: Add python-louvain.

* gnu/packages/graph.scm (python-louvain): New variable.

gnu: faudio: Update to 19.04.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 19.04.

gnu: Add emacs-evil-numbers.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-numbers): New variable.

gnu: gnome-shell: Add dependency on libgnomekbd.

This fixes the "Show keyboard layout" button in the keyboard layout
switcher.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[arguments]: In
'record-absolute-file-names' phase, record file name of
'gkbd-keyboard-display'.
[inputs]: Add LIBGNOMEKBD.

gnu: gnome-shell: Store absolute file name of 'ibus-daemon'.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[arguments]: Add
'record-absolute-file-names' phase.

gnu: go-github-com-burntsushi-toml: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-burntsushi-toml): Update to 0.3.1.

gnu: Add mlucas.

* gnu/packages/maths.scm (mlucas): New variable.

gnu: flatpak: Update to 1.2.4 [fixes CVE-2019-10063].

* gnu/packages/package-management.scm (flatpak): Update to 1.2.4 [fixes
CVE-2019-10063].

gnu: openmw: Update to 0.45.0.

* gnu/packages/game-development.scm (openmw): Update to 0.45.0.

gnu: emacs-zones: silence byte-compiler.

* gnu/packages/patches/emacs-zones-called-interactively.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpodder: Build reproducibly.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder)[arguments]: Add 'do-not-run-msgmerge'
phase before 'install'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: slim-configuration: Adapt exported getter methods.

Commit 554b8607396785dcde6eb391f75f98a07ec582fd introduces changes to the
slim-configuration record without updating the exported methods.

* gnu/services/xorg.scm: Export slim-configuration-xorg and
  slim-configuration-sessreg.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Document 'gdm-service-type'.

* doc/guix.texi (X Window): Document 'gdm-service-type' and
'gdm-configuration'.  Take description of '.desktop' files from the
'slim-service-type' description.
* gnu/services/xorg.scm (gdm-service): Remove outdated comment.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 73.0.3683.86-0.4c7fb6d [security fixes].

The update to Chromium 73 includes more than 60 security fixes.  See the
release announcement for more information:
<https://chromereleases.googleblog.com/2019/03/stable-channel-update-for-desktop_12.html>.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Drop
"net/third_party/http2" and "net/third_party/spdy".  Add "v8/src/third_party/siphash".
(%chromium-version): Update to 73.0.3683.86.
(%ungoogled-revision): Update to 4c7fb6d1a86602999f30b58ef8b331b2115c5ad8.
(%debian-revision): New variable.
(ungoogled-chromium-source): Add an origin for Debians packaging scripts.
Adjust for Ungoogled refactoring and add a procedure for applying Debian
patches.  Replace unneeded LET* for LET and reindent.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Remove one obsolete substitution, add two others.

gnu: ungoogled-chromium: Enable VA-API on x86_64-linux only.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Conditionally add
"use_vaapi" to #:configure-flags.

gnu: SDDM: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): Update to 0.18.1.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.16.1.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.8.25.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.8.25.

gnu: python-markdown: Update to 3.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markdown): Update to 3.1.

gnu: ffmpeg@3.4: Update to 3.4.6.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-3.4): Update to 3.4.6.

gnu: elogind: Update to 241.2.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 241.2.

gnu: whois: Update to 5.4.2.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.4.2.

gnu: libssh2: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh2): Update to 1.8.2.

gnu: GnuPG: Update to 2.2.15.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.15.

gnu: leveldb: Update to 1.21.

* gnu/packages/databases.scm (leveldb): Update to 1.21.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: leveldb: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/databases.scm (leveldb)[source]: Use GIT-FETCH.

services: Open vSwitch: Provide a default configuration.

* gnu/services/networking.scm (openvswitch-service-type): Provide
OPENVSWITCH-CONFIGURATION as a default value.
* gnu/tests/networking.scm (%openvswitch-os): Don't configure the service.

gnu: rust: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/rust.scm (rust): Rename to...
(rust-1.31): ...this.
(rust): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: python-language-server: Update to 0.26.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.26.1.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Fix descriptions to not use quotes.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant-minimal, mingetty, di),
* gnu/packages/audio.scm (fil-plugins),
* gnu/packages/base.scm (make-ld-wrapper, make-glibc-locales),
* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-samtools),
* gnu/packages/chez.scm (chez-mit),
* gnu/packages/commencement.scm (make-gcc-toolchain),
* gnu/packages/compression.scm (fastjar),
* gnu/packages/cran.scm (r-maps, r-rcpp),
* gnu/packages/databases.scm (sparql-query),
* gnu/packages/dunst.scm (dunst),
* gnu/packages/ftp.scm (ncftp),
* gnu/packages/gl.scm (freeglut),
* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-tasty-golden),
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-case-insensitive, ghc-text,
ghc-haskell-src, ghc-syb, ghc-deepseq-generics, ghc-network-uri,
ghc-rerebase, ghc-zlib),
* gnu/packages/image.scm (jbig2dec),
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kinit, karchive),
* gnu/packages/linux.scm (wireless-tools, perf, module-init-tools, kbd),
* gnu/packages/lirc.scm (lirc),
* gnu/packages/lisp.scm (uglify-js),
* gnu/packages/mate.scm (mate-netbook),
* gnu/packages/microcom.scm (microcom),
* gnu/packages/music.scm (bristol),
* gnu/packages/networking.scm (perl-geo-ip),
* gnu/packages/patchutils.scm (patches),
* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-more-utf8),
* gnu/packages/perl.scm (perl-log-report-optional, perl-file-which,
perl-io-tty, perl-log-any, perl-digest-sha1, perl-class-load,
perl-regexp-common, perl-module-pluggable, perl-class-modifier),
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-backports-abc, python-natsort),
* gnu/packages/samba.scm (iniparser),
* gnu/packages/search.scm (mlocate),
* gnu/packages/spice.scm (spice),
* gnu/packages/statistics.scm (r-dt, r-lubridate, r-estimability,
r-commonmark, r-digest, r-viridislite, r-stringr),
* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-changebar),
* gnu/packages/version-control.scm (subversion),
* gnu/packages/w3m.scm (w3m),
* gnu/packages/web.scm (perl-http-parser,
perl-plack-middleware-reverseproxy),
* gnu/packages/xorg.scm (xkeyboard-config, mkfontdir, xcursor-theme,
mkfontscale, xinit, font-alias)[description]: Use @code instead of quotes.

gnu: znc: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.7.3.

gnu: Add flare.

* gnu/packages/games.scm (flare-engine, flare-game): New variables.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: dovecot: Update to 2.3.5.1 [fixes CVE-2019-7524].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.5.1.

gnu: khal: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.10.0.
[native-inputs]: Replace tzdata with tzdata-for-tests.
[arguments]: Simplify the check phase.

gnu: Rename "gnubackgammon" back to "gnubg".

This reverts c97e4d8bbe8bf12c09471573d3544d08a42d83f5, which was not
consensual and broke 'tests/guix-package.sh'.

* gnu/packages/games.scm (gnubackgammon): Rename to...
(gnubg): ... this, and rename the 'gnubg' deprecated alias to
'gnubackgammon'.

packages: Remove 'maintainers' field.

This field was never used and doesn't match the way we collectively
maintain packages.

* guix/packages.scm (<package>)[maintainers]: Remove.

packages: Remove 'self-native-input?' field.

This field has become unnecessary with the addition of 'this-package'.

* guix/packages.scm (<package>)[self-native-input?]: Remove.
(package->bag): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (package Reference): Remove 'self-native-input?'.

gnu: guile: Remove version 2.0.13.

This package was unused since 0991fd53367907908fbd901a9fbe79540e4e4527.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0.13): Remove.

gnu: Use 'this-package' as a native input instead of 'self-native-input?'.

* gnu/packages/file.scm (file)[self-native-input?]: Remove.
[native-inputs]: New field.
* gnu/packages/guile.scm (guile-1.8)[self-native-input?]: Remove.
[native-inputs]: New field.
(guile-2.0)[self-native-input?]: Remove.
[native-inputs]: Add THIS-PACKAGE when (%current-target-system) is true.
* gnu/packages/ncurses.scm (ncurses)[self-native-input?]: Remove.
[native-inputs]: Add THIS-PACKAGE when (%current-target-system) is true.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-file)[self-native-input?]: Remove.
[native-inputs]: New field.

gnu: gnome-shell: Remove gnome-control-center from inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[inputs]: Remove
gnome-control-center.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: evolution-data-server: Add 'libedataserverui' output.

gnu/packages/gnome.scm (evolution-data-server)[outputs]: Add
'libedataserverui'.
[arguments]: Add phases so that only libedataserverui is linked with
WebKitGTK, and that it is moved to its own output.
(evolution, gnome-calendar, gnome-todo)[inputs]: Add libedataserverui.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-online-accounts: Split off 'lib' output.

gnu/packages/gnome.scm (gnome-online-accounts)[outputs]: Add 'lib'.
[arguments]: Set the 'libdir' path to the 'out' output, and add a phase
to ensure that libgoa gets installed in the 'lib' output.
(evolution-data-server, gfbgraph, gnome-calendar, gnome-control-center,
gnome-todo, libgdata, libzapojit): Use the 'lib' output of
gnome-online-accounts.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-counsel-projectile.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-projectile): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: wine-staging: Update to 4.5.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.5.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.5.

system: Define 'this-operating-system'.

* gnu/system.scm (<operating-system>): Choose 'this-operating-system' as
the 'this' identifier.
[essential-services]: Adjust accordingly.

packages: Define 'this-package' and 'this-origin'.

* guix/packages.scm (<origin>): Choose 'this-origin' as the 'this'
identifier.
(<package>): Choose 'this-package'.
* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash)[arguments]: Use 'this-package'
instead of 'this-record'.
* gnu/packages/version-control.scm (git)[arguments]: Likewise.

records: Support custom 'this' identifiers.

This lets record users choose an identifier other than 'this-record'.

* guix/records.scm (make-syntactic-constructor): Add #:this-identifier.
[wrap-field-value]: Honor it.
(define-record-type*): Add form with extra THIS-IDENTIFIER and honor
it.
* tests/records.scm ("define-record-type* & thunked & inherit & custom this"):
New test.

gnu: Add r-xcms.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xcms): New variable.

gnu: Add r-massspecwavelet.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-massspecwavelet): New variable.

gnu: Add r-xbseq.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xbseq): New variable.

gnu: Add r-roar.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-roar): New variable.

gnu: Add r-yarn.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yarn): New variable.

gnu: Add r-quantro.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-quantro): New variable.

gnu: Add r-downloader.

* gnu/packages/cran.scm (r-downloader): New variable.

gnu: Add r-yaqcaffy.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yaqcaffy): New variable.

gnu: Add r-simpleaffy.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-simpleaffy): New variable.

gnu: Add r-gcrma.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gcrma): New variable.

gnu: Add r-yapsa.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yapsa): New variable.

gnu: Add r-somaticsignatures.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-somaticsignatures): New variable.

gnu: Add r-gtrellis.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gtrellis): New variable.

gnu: Add r-pmcmr.

* gnu/packages/cran.scm (r-pmcmr): New variable.

gnu: gtk+: Graft upstream fix for crashes in Emacs and IceCat.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34454>.

* gnu/packages/patches/gtk3-fix-deprecation-macro-use.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gtk.scm (gtk+/fixed): New variable.
(gtk+)[replacement]: New field.

gnu: Add font-iosevka-slab.

The ’slab’ variants of Iosevka were moved to a separate archive with
version 2.0.0.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka-slab): New public variable.

gnu: font-iosevka: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka): Update to 2.2.0.

gnu: Add r-yamss.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yamss): New variable.

gnu: Add r-ebimage.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebimage): New variable.

gnu: Add r-aucell.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-aucell): New variable.

gnu: Add r-allelicimbalance.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-allelicimbalance): New variable.

gnu: Add r-annotationtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationtools): New variable.

gnu: Add r-annotationfuncs.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationfuncs): New variable.

gnu: Add r-abaenrichment.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abaenrichment): New variable.

gnu: Add r-gofuncr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gofuncr): New variable.

gnu: Add r-abadata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abadata): New variable.

gnu: Add r-mapplots.

* gnu/packages/cran.scm (r-mapplots): New variable.

gnu: Add r-atacseqqc.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atacseqqc): New variable.

gnu: Add r-genomicscores.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicscores): New variable.

gnu: Add r-motifstack.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifstack): New variable.

gnu: Add r-motiv.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motiv): New variable.

gnu: Add r-rgadem.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgadem): New variable.

gnu: Add r-preseqr.

* gnu/packages/cran.scm (r-preseqr): New variable.

gnu: Add r-bacon.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bacon): New variable.

gnu: php: Fix typo.

Regression introduced in e8cfce439afed945e352ad28f73f0a5f7840f503.

* gnu/packages/php.scm (php)[arguments]: Add missing 'else' branch of
the 'if'.  Change first argument to 'string-prefix?' to match GNU
triplets as well.

doc: Fix invalid uses of @ref.

* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Use @xref instead of @ref at the
beginning of sentences.

gnu: python-faiss: Fix building on non-Intel architectures.

* gnu/packages/graph.scm (python-faiss)[arguments]: Adjust custom
'build-swig phase to change build flags for different archictures.

gnu: faiss: Fix building on non-Intel architectures.

* gnu/packages/graph.scm (faiss)[source]: Add snippet to wrap Intel
specific headers.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-build phase to adjust compile flags
for different architectures.

gnu: stepmania: Fix all instances of accessing application data.

This is a follow-up to commit 45aba232abe50b6642abfaa06030985c7febbe07.

* gnu/packages/games.scm (stepmania)[arguments]: Rename phase
ensure-gtk-module-can-be-found to ensure-application-files-can-be-found and
fix remaining instances of application data access.

gnu: Stellarium: Update to 0.19.0.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.19.0.
[arguments]: Remove obsolete 'patch-tests' phase.

gnu: stepmania: Fix loading of gtk module.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34854>.

Suggested by Nicolas Goaziou.

* gnu/packages/games.scm (stepmania)[arguments]: Add phase
"ensure-gtk-module-can-be-found".

gnu: zynaddsubfx: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/music.scm (zynaddsubfx): Update to 3.0.4.

gnu: Add r-abseqr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abseqr): New variable.

gnu: Add r-flexdashboard.

* gnu/packages/cran.scm (r-flexdashboard): New variable.

gnu: r-png: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/image.scm (r-png): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-png): ...to here.

gnu: Add r-ggcorrplot.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggcorrplot): New variable.

gnu: Add openclonk.

* gnu/packages/games.scm (openclonk): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-cairo: Update to 1.5-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cairo): Update to 1.5-10.
[inputs]: Add zlib.

gnu: hyperrogue: Don't use NAME in hyperrogue-data.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue)[native-inputs]: Hard code NAME in
hyperrogue-data source URI.

gnu: quadrapassel: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/games.scm (quadrapassel)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libmanette: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/games.scm (libmanette)[source]: Hard-code NAME.