etc/committer: Record minimal context for hunks to avoid problems.

With zero context new definitions would be applied to the wrong location in
the file.  More context lines lead to larger hunks, though, so we use just one
line of context.

* etc/committer.scm.in (diff-info): Invoke "git diff" with one line of
context.
[info]: Merge line break and first line.
(lines-to-first-change): New procedure.
(old-sexp, new-sexp): Use it.

etc/committer: Define delay duration as a variable.

* etc/committer.scm.in (%delay): New variable.
(main): Use it.

etc/committer: Handle package additions.

* etc/committer.scm.in (<hunk>)[diff]: Rename this field...
[diff-lines]: ...to this.
[definition?]: New field.
(hunk->patch): Join diff lines.
(diff-info): Do not join diff lines; record whether a hunk is a new
definition.
(commit-message): Rename this procedure...
(change-commit-message): ...to this.
(add-commit-message): New procedure.
(main): Handle new package definitions before changes.

gnu: r-sn: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 2.0.0.

gnu: r-sfsmisc: Update to 1.1-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sfsmisc): Update to 1.1-10.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-6.
[propagated-inputs]: Add r-proxy.

gnu: r-xml: Update to 3.99-0.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.99-0.6.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.2.5.

gnu: r-catools: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): Update to 1.18.2.

gnu: r-dbplyr: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 2.1.1.

gnu: r-survival: Update to 3.2-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.2-10.

gnu: r-stars: Update to 0.5-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-stars): Update to 0.5-2.

gnu: r-lwgeom: Update to 0.2-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-lwgeom): Update to 0.2-6.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-ragg: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ragg): Update to 1.1.2.

gnu: r-textshaping: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshaping): Update to 0.3.3.

gnu: r-bbotk: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbotk): Update to 0.3.2.

gnu: r-mlr3learners: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3learners): Update to 0.4.5.

gnu: r-mlr3misc: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3misc): Update to 0.8.0.

gnu: r-phangorn: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-phangorn): Update to 2.6.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-qtl: Update to 1.48-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-qtl): Update to 1.48-1.

gnu: r-altmeta: Update to 3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-altmeta): Update to 3.3.

gnu: r-tidyposterior: Update to 0.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidyposterior): Update to 0.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lifecycle; add r-tune and r-workflowsets.

gnu: r-slider: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-slider): Update to 0.2.1.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis.

gnu: r-yardstick: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-yardstick): Update to 0.0.8.
[propagated-inputs]: Add r-vctrs.

gnu: r-muhaz: Update to 1.2.6.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-muhaz): Update to 1.2.6.3.

gnu: r-cpp11: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-cpp11): Update to 0.2.7.

gnu: r-spatstat: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat): Update to 2.1-0.

gnu: r-spatstat-linnet: Update to 2.1-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-linnet): Update to 2.1-1.

gnu: r-spatstat-core: Update to 2.0-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-core): Update to 2.0-0.

gnu: r-spatstat-geom: Update to 2.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-geom): Update to 2.0-1.
[propagated-inputs]: Remove r-spatstat-sparse.

gnu: r-spatstat-data: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-data): Update to 2.1-0.

gnu: r-spatstat-sparse: Update to 2.0-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-sparse): Update to 2.0-0.

gnu: r-spatstat-utils: Update to 2.1-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatstat-utils): Update to 2.1-0.

gnu: r-shapforxgboost: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-shapforxgboost): Update to 0.1.1.
[propagated-inputs]: Remove r-lightgbm.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-lightgbm: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-lightgbm): Update to 3.2.0.

gnu: r-latex2exp: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-latex2exp): Update to 0.5.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-packrat: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-packrat): Update to 0.6.0.

gnu: r-quanteda: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-quanteda): Update to 3.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-data-table, r-digest, r-extrafont, r-ggplot2,
r-ggrepel, r-jsonlite, r-network, r-proxyc, and r-sna.

gnu: r-shapes: Update to 1.2.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-shapes): Update to 1.2.6.

gnu: r-univoutl: Update to 0.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-univoutl): Update to 0.3.

gnu: r-imager: Update to 0.42.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-imager): Update to 0.42.8.

gnu: r-actuar: Update to 3.1-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-actuar): Update to 3.1-2.

gnu: r-gamlss: Update to 5.3-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.3-4.

gnu: r-gamlss-data: Update to 6.0-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss-data): Update to 6.0-1.

gnu: r-dalex: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.2.0.

gnu: r-dae: Update to 3.1-37.

* gnu/packages/cran.scm (r-dae): Update to 3.1-37.

gnu: r-styler: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-styler): Update to 1.4.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tweenr: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tweenr): Update to 1.0.2.

gnu: r-rms: Update to 6.2-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rms): Update to 6.2-0.

gnu: r-spdep: Update to 1.1-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-spdep): Update to 1.1-7.

gnu: r-sf: Update to 0.9-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-8.

gnu: r-units: Update to 0.7-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-units): Update to 0.7-1.

gnu: r-rmpfr: Update to 0.8-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmpfr): Update to 0.8-3.

gnu: r-gargle: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gargle): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-cli, r-rappdirs, and r-rstudioapi.

gnu: r-tiff: Update to 0.1-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-tiff): Update to 0.1-8.
[native-inputs]: Add pkg-config.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.12.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-summarytools: Update to 0.9.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-summarytools): Update to 0.9.9.

gnu: r-remotes: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-remotes): Update to 2.3.0.

gnu: r-gert: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gert): Update to 1.3.0.

gnu: r-gh: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-gh): Update to 1.2.1.

gnu: r-effectsize: Update to 0.4.4-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-effectsize): Update to 0.4.4-1.

gnu: r-ggeffects: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 1.0.2.

gnu: r-emmeans: Update to 1.5.5-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.5.5-1.

gnu: r-magick: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-magick): Update to 2.7.1.

gnu: r-insight: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.13.2.

gnu: r-officer: Update to 0.3.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.18.

gnu: r-rbibutils: Update to 2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rbibutils): Update to 2.1.

gnu: r-renv: Update to 0.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.13.2.

gnu: r-rastervis: Update to 0.50.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rastervis): Update to 0.50.1.

gnu: r-arules: Update to 1.6-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-arules): Update to 1.6-7.

gnu: r-sapa: Update to 2.0-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sapa): Update to 2.0-3.

gnu: r-tinytex: Update to 0.31.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.31.

gnu: r-vctrs: Update to 0.3.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.3.7.
[propagated-inputs]: Remove r-digest.

gnu: r-processx: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-processx): Update to 3.5.1.

gnu: r-cli: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cli): Update to 2.4.0.
[propagated-inputs]: Remove r-assertthat.

gnu: r-vioplot: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-vioplot): Update to 0.3.6.

gnu: r-broom: Update to 0.7.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.7.6.

gnu: r-psych: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.1.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-callr: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.6.0.

gnu: r-reprex: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-reprex): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-rstudioapi.

gnu: r-oenb: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-oenb): Update to 0.0.2.

gnu: r-ggpmisc: Update to 0.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): Update to 0.3.9.

gnu: r-diffobj: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-diffobj): Update to 0.3.4.

gnu: Add r-workflowsets.

* gnu/packages/cran.scm (r-workflowsets): New variable.

gnu: r-seurat: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 4.0.1.
[arguments]: Remove.
[propagated-inputs]: Replace r-spatstat with r-spatstat-core and
r-spatstat-geom.

gnu: libxlsxwriter: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/xml.scm (libxlsxwriter): Update to 1.0.1.

gnu: nsd: Update to 4.3.6.

* gnu/packages/dns.scm (nsd): Update to 4.3.6.

gnu: solarus: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/games.scm (solarus): Update to 1.6.5.
(solarus-quest-editor)[source]: Update hash.
[arguments]: Remove obsolete 'fix-qt-build phase.

gnu: tiled: Update to 1.5.0.

.guix-authorizations: Remove biscuolo due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove biscuolo.

.guix-authorizations: Remove wingo due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove wingo.

gnu: youtube-dl: Update to 2021.04.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2021.04.07.

gnu: libupnp: Update to 1.14.5 [fixes CVE-2021-28302].

* gnu/packages/upnp.scm (libupnp): Update to 1.14.5.

gnu: nmrpflash: Update to 0.9.15.

* gnu/packages/admin.scm (nmrpflash): Update to 0.9.15.

gnu: tmux-xpanes: Update to 4.1.3.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux-xpanes): Update to 4.1.3.

.guix-authorizations: Remove sleep_walker due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove sleep_walker.

.guix-authorizations: Remove rhelling due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove rhelling.

.guix-authorizations: Remove lsl88 due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove lsl88.

.guix-authorizations: Remove benwoodcroft due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove benwoodcroft.

.guix-authorizations: Remove alexvong1995 due to inactivity.

* .guix-authorizations: Remove alexvong1995.