gnu: popt: Fix typo in description.

* gnu/packages/popt.scm (popt)[description]: Fix typo.

gnu: rust-filesize: Fix typo in description.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-filesize-0.2)[description]: Fix typo.

gnu: camlboot: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlboot)[synopsis]: Fix typo.

gnu: sortmerna: Mark up description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sortmerna)[description]: Use @acronym{}.

gnu: tmsu: Fix typo in synopsis & description.

* gnu/packages/file-systems.scm (tmsu)[synopsis, description]: Fix typo.

tests: nfs: Fix typo in description.

* gnu/tests/nfs.scm (%test-nfs-root-fs)[description]: Fix typo.

services: git-daemon: Fix typo in docstring.

* gnu/services/version-control.scm (git-daemon-service): Fix docstring
typo.

gnu: davfs2: Fix typo in description.

* gnu/packages/file-systems.scm (davfs2)[description]: Fix typo.

gnu: erfa: Mark up description.

* gnu/packages/astronomy.scm (erfa)[description]: Add all the @acronym{}s.

gnu: erfa: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/astronomy.scm (erfa): Update to 1.7.3.

gnu: airspyhf: Fix udev rules.

* gnu/packages/radio.scm (airspyhf)[arguments]: Add 'fix-udev-rules' phase.

gnu: gnuradio-osmosdr: Add Airspy HF+ support.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr)[inputs]: Add airspyhf.

gnu: Add airspyhf.

* gnu/packages/radio.scm (airspyhf): New variable.

gnu: jami-qt: Remove the custom wrap phase.

Commit 06eb21856f made it necessary, since it is now handled by the Qt build
system itself.

* gnu/packages/jami.scm (jami-qt)[phases]{wrap}: Remove phase.

build-system/qt: Fix wrapping with QTWEBENGINEPROCESS_PATH.

This is a follow up commit to 06eb21856f, which added QTWEBENGINEPROCESS_PATH
to the list of wrapped variables.  Unfortunately it wouldn't be set, as its
value is a plain file rather than a directory, and the code only checked for
directories.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping): Define a file type
entry for each variable definition, and use it to determine if we should look
for directories versus plain files.

gnu: Fix build of python2-feedparser.

This is a followup to commit 506eb97de7041f6bcb6e841201c01e88bedfc9d9.

Feedparser dropped support for Python 2 in version 6.0.0. The latest
release that works with Python 2 is 5.2.1.

* gnu/packages/web.scm (python2-feedparser): Revert back to version 5.2.1.

import: go: Append version to symbol name in the pinned version mode.

This allows importing packages with complicated version specific dependency
chains without the package symbol names colliding.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document the --pin-versions option.
Mention that a specific version can be imported.  Remove the experimental
warning.
* guix/import/go.scm (go-module->guix-package-name)[version]: Add optional
argument.  Rewrite the character translation in terms of string-map.
(go-module->guix-package): Conditionally use dependencies whose symbol include
their version, based no the value of the PIN-VERSIONS? argument.
* guix/import/utils.scm (package->definition): Add a new case where the full
version string is appended to the package symbol.
* guix/scripts/import.scm (guix-import): Correctly print forms starting
with '(define-public [...]'.
* guix/scripts/import/go.scm (guix-import-go): Conditionally include the
version in the package symbols defined.

import: go: Add an option to use pinned versions.

The ability to pin versions is handy when having to deal to packages that
bootstrap themselves through a chain of former versions.  Not using pinned
versions in these case could introduce dependency cycles.

* guix/build-system/go.scm (guix)
(%go-version-rx): Rename to...
(%go-pseudo-version-rx): ... this.  Simplify the regular expression, which in
turns makes it more robust.
* guix/build-system/go.scm (go-version->git-ref): Adjust following the above
rename.
(go-pseudo-version?): New predicate.
(go-module-latest-version): Rename to ...
(go-module-version-string): ... this.  Rename goproxy-url argument to just
goproxy.  Add a VERSION keyword argument, update docstring and adjust to have
it used.
(go-module-available-versions): New procedure.
(%go.mod-require-directive-rx): Document regexp.
(parse-go.mod): Harmonize the way dependencies are recorded to a list of lists
rather than a list of pairs, as done for other importers.  Rewrite to directly pass
multiple values rather than a record object.  Filter the replaced modules in a
functional style.
(go-module->guix-package): Add docstring.
[version, pin-versions?]: New arguments.  Rename the GOPROXY-URL argument to
GOPROXY.  Adjust to the new returned value of fetch-go.mod, which is a string.
Fail when the provided version doesn't exist.  Return a list dependencies and
their versions when in pinned versions mode, else just the dependencies.
(go-module-recursive-import)[version, pin-versions?]: New arguments.
Honor the new arguments and guard against network errors.
* guix/scripts/import/go.scm (%default-options): Register a default value for
the goproxy argument.
(show-help): Document that a version can be specified.  Remove the --version
argument and add a --pin-versions argument.
(%options)[version]: Remove option.
[pin-versions]: Add option.
(guix-import-go): Adjust so the version provided from the module name is
honored, along the new pin-versions? argument.
* tests/go.scm: Adjust and add new tests.

import: go: Improve synopsis and description parsing.

* guix/import/go.scm (%strict-tokenizer?): Set parameter to #t.
(go-path-escape): Redefine to prevent inlining.
(http-get*): Replace by ...
(http-fetch*): this ...
(json-fetch*): New procedure.
(go.pkg.dev-info): Use http-fetch*.
(go-package-licenses): Rewrite in terms of go.pkg.dev-info.
(go-package-description): Likewise.
(go-package-synopsis): Likewise.
(fetch-go.mod): Use the memoized http-fetch*.
(parse-go.mod): Adjust to receive content as a string.
(fetch-module-meta-data): Adjust to use http-fetch*.
(go-module->guix-package): Adjust to the modified fetch-go.mod return value.
[inputs]: Use propagated inputs, which is the most common situations for Go
libraries.
[description]: Beautify description.
[licenses]: Do no check for #f.  The result of the license parsing is always a
list.
* tests/go.scm: Adjust following above changes.

import: utils: Refactor maybe-inputs and add maybe-propagated-inputs.

* guix/import/utils.scm (maybe-inputs)[type]: New argument.  Update docstring.
The argument is used to derive the input field name to use.
(maybe-native-inputs): Adjust to use the above.
(maybe-propagated-inputs): New procedure.

doc: Quote a URL to avoid misinterpretation by the shell.

Otherwise, the shell tries to perform pattern-matching based on the "?"
character.

Reported by nij in #guix.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add quotes around OPENPGP-SIGNING-KEY-URL.

gnu: python2-sip: Remove package.

* gnu/packages/qt.scm (python2-sip): Delete variable.

gnu: Remove python2-pyqt.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt): Remove variable.

gnu: Remove python2-pyqtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqtwebengine): Remove variable.

gnu: calibre: Update to 5.14.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 5.14.0.
[source]: Adjust the snippet to preserve some files used by the HTML reader.
[native-inputs]: Add python-pyqt-builder. Replace python2-flake8 with
python-flake8.
[inputs]: Remove chmlib, js-mathjax, python-chardet, and python-sip.  Add
python-cchardet, python-speechd, python-zeroconf, python-py7zr, python-pychm,
python-pycryptodome, libjpeg, and libjxr.  Replace all Python 2 dependencies
with their Python 3 equivalents.
[arguments]: Build with the default Python and adjust custom phases accordingly.
Adjust the 'configure' phase to changes in how Calibre uses SIP, and patch
lookup paths for libjpeg and libjxr.
Rename the 'build-extra' phase to 'install-rapydscript', and run it after the
'install' phase. Adjust it for Calibre 5.14.0.
* gnu/packages/patches/calibre-no-updates-dialog.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-sqlite.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-unrar.patch: Adjust patches for Calibre
5.14.0.

gnu: python-html5lib: Depend on python-chardet.

* gnu/packages/python-web.scm (python-html5lib)[propagated-inputs]: Add
python-chardet.

gnu: Add python-cchardet.

* gnu/packages/freedesktop.scm (python-cchardet): New variable.

gnu: Add python-pychm.

* gnu/packages/ebook.scm (python-pychm): New variable.

gnu: python-feedparser: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/web.scm (python-feedparser): Update to 6.0.2.

gnu: python-markdown: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markdown): Update to 3.3.4.

gnu: Add python-py7zr.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-py7zr): New variable.

gnu: Add python-bcj-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-bcj-cffi): New variable.

gnu: Add python-pyzstd

* gnu/packages/python-compression.scm (python-pyzstd): New variable.

gnu: python-zstandard: Update to 0.15.2.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zstandard): Update to 0.15.2.

gnu: Add python-ppmd-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-ppmd-cffi): New variable.

gnu: Add python-multivolumefile.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-multivolumefile): New
variable.

gnu: Add python-pyannotate.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pyannotate): New variable.

gnu: Add python-zeroconf.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-zeroconf): New variable.

gnu: Add python-ifaddr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ifaddr): New variable.

gnu: python-pyqt: Fix build for new python-sip.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)
[source]: Remove pyqt-public-sip.patch.
[propagated-inputs]: Add python-pyqt5-sip.
* gnu/packages/patches/pyqt-public-sip.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add python-pyqt5-sip.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt5-sip): New variable.

gnu: Add python-pyqt-builder.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-builder): New variable.

gnu: python-sip: Update to 5.5.0. Add python-sip-4

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 5.5.0.
(python-sip-4): New variable. Rename the old python-sip to python-sip-4.
(python2-sip): Inherit from python-sip-4.
* gnu/packages/maths.scm (veusz)[native-inputs]: Use python-sip-4.
* gnu/packages/pdf.scm (python-poppler-qt5): Use python-sip-4.
* gnu/packages/geo.scm (qgis)[arguments]: Fix build for python-sip@5.

Revert ".guix-authorizations: Remove biscuolo due to inactivity."

The original commit was made mistakenly; I forgot to look at all of our
Git repos, including maintenance.git, when checking for recent activity.

This reverts commit 94521669ed23096f930be68efc691ccb793cc76f.

gnu: freeciv: Update to 2.6.4.

* gnu/packages/games.scm (freeciv): Update to 2.6.4.

gnu: pidgin: Update to 2.14.3.

* gnu/packages/messaging.scm (pidgin): Update to 2.14.3.
[arguments]: Add an 'eat-leftovers phase.

gnu: stellarium: Update to 0.21.0.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.21.0.

gnu: ruby-rexml: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rexml): Update to 3.2.5.

gnu: libmwaw: Update to 0.3.18.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw): Update to 0.3.18.

gnu: python-yamllint: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-yamllint): Update to 1.26.1.

gnu: guix: Update to 2d73086.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 2d73086.

daemon: 'guix substitute' replies on FD 4.

This avoids the situation where error messages would unintentionally go
to stderr and be wrongfully interpreted as a reply by the daemon.

Fixes <https://bugs.gnu.org/46362>.
This is a followup to ee3226e9d54891c7e696912245e4904435be191c.

* guix/scripts/substitute.scm (display-narinfo-data): Add 'port'
parameter and honor it.
(process-query): Likewise.
(process-substitution): Likewise.
(%error-to-file-descriptor-4?, with-redirected-error-port): Remove.
(%reply-file-descriptor): New variable.
(guix-substitute): Remove use of 'with-redirected-error-port'.  Define
'reply-port' and pass it to 'process-query' and 'process-substitution'.
* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::handleChildOutput): Swap
'builderOut' and 'fromAgent'.
* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::getLineFromSubstituter):
Likewise.
* tests/substitute.scm <top level>: Set '%reply-file-descriptor'
rather than '%error-to-file-descriptor-4?'.

gnu: Add boost-mpi.

* gnu/packages/boost.scm (boost-mpi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-cv: Use guile2.2 version of guile-lib.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-cv)[propagated-inputs]: Change from
guile-lib to guile2.2-lib.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: speedtest-cli: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/networking.scm (speedtest-cli): Update to 2.1.3.

gnu: clamav: Update to 0.103.2.

* gnu/packages/antivirus.scm (clamav): Update to 0.103.2.

gnu: xsimd: Update to 7.4.10.

* gnu/packages/cpp.scm (xsimd): Update to 7.4.10.

gnu: dnsmasq: Update to 2.85 [fixes CVE-2021-3448].

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.85.

gnu: Add texlive-cabin.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: cuirass: Disable tests on aarch64.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Disable tests on aarch64.

gnu: gcc-10: Update to 10.3.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-10): Update to 10.3.0.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-9.d601fe0.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-9.d601fe0.

services: Add Laminar.

* gnu/services/ci.scm: New file.
* gnu/tests/ci.scm: New file.
* doc/guix.texi (Laminar): Document the Laminar service.

gnu: Add laminar.

* gnu/packages/ci.scm (laminar): New variable.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-24.6fb5eaf.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-24.6fb5eaf.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-27.df2a0a7.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-27.df2a0a7.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-23.44d0006.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-23.44d0006.
[arguments]: Fix missing guile-fibers when not building for the hurd.

gnu: ardour: Update to 6.6.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 6.6.
[origin]: Use git protocol, https isn't available anymore.  Adapt snippet.
[arguments]: Add "--optimize" flags.  Switch to python3.
[inputs]: Add dbus, libwebsockets, openssl, pulseaudio and soundtouch.

gnu: libwebsockets: Update to 4.1.6.

* gnu/packages/web.scm (libwebsockets): Update to 4.1.6.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-8.7542d62.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-8.7542d62.

gnu: rust-rav1e-0.4.0: Fix build.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47667>.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-rav1e-0.4)[arguments]: Add
rust-assert-cmd-1, rust-criterion-0.3, and rust-pretty-assertions-0.6
to #:cargo-inputs.

gnu: Add galera.

* gnu/packages/databases.scm (galera): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-system/qt: Wrappers set 'QTWEBENGINEPROCESS_PATH' if needed.

Suggested by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping): Add
"QTWEBENGINEPROCESS_PATH".

build-system/qt: Wrappers only include relevant directories to XDG_DATA_DIRS.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47569>.

Previously the wrapper's XDG_DATA_DIRS would contain any input that had
a /share sub-directory, which is usually all build-time inputs.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping)[collect-sub-dirs]:
Add 'selectors' parameter and honor it.  Change caller to handle
selectors.  Add selectors for /share.

gnu-maintenance: 'sourceforge' updater reuses the same connection.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-sourceforge-release): Call
'open-socket-for-uri' upfront.  Pass #:port and #:keep-alive? to
'http-head'.  Wrap body in 'dynamic-wind' and call 'close-port' upon
exit.

gnu: emacs-emms: Update to 7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emms): Update to 7.0.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-22.44d0006.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-22.44d0006.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.265.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.265.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.265.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.265.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.229.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.229.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.185.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.110.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.110.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.28.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.12.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.12.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

system: vm: Set a larger value for the msize option of the 9p file system.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/47225>.

* gnu/system/vm.scm (%default-msize-value): New variable.
(%linux-vm-file-systems): Use it as the value of the msize option.
(mapping->file-system): Likewise.

Reported-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

etc/committer: Disable diff colors.

Reported by: morgansmith on IRC.

* etc/committer.scm.in (diff-info): Invoke "git diff" with "--no-color".

ci: Introduce new subsets.

Introduce 'images, 'system-tests and 'tarball subsets.

* gnu/ci.scm (cuirass-jobs): Break the 'all subset into smaller subsets.

ci: Remove the job period argument.

Cuirass now deals with periodicity directly on specifications.

* gnu/ci.scm (derivation->job): Remove the period argument.
(image-jobs, system-test-jobs, tarball-jobs): Adapt them.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.42.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.42.3.

gnu: r-gviz: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gviz): Update to 1.34.1.

gnu: r-universalmotif: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-universalmotif): Update to 1.8.4.

gnu: r-rsubread: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.4.3.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.24.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.24.2.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr.

gnu: r-diffbind: Update to 3.0.15.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 3.0.15.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.26.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.26.6.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.16.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedarray): Update to 0.16.3.

gnu: Add texlive-mweights.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: axoloti-runtime: Simplify build.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-runtime)[arguments]: Remove
unnecessary environment variable assignments in custom 'build phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-arm-none-eabi: Fix C++ header location.

Previously the C++ headers where installed in the include folder, overwriting
some C headers.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-4.9)
[native-search-paths]: Add C++ header locations.
(gcc-arm-none-eabi-7-2018-q2-update)[native-search-paths]: Add C++
header locations.
(make-libstdc++-arm-none-eabi)[arguments]: Change C++ header install
location to include/c++.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

etc/committer: Recompute hunks before processing changes.

* etc/committer.scm.in (main): Re-evaluate diff-info after processing
insertions.