doc: Explain how to set up Git for signing.

* HACKING (Commit Access): Give instructions on how to set up Git for
signing.

gnu: icecat: Disable parallel build.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[arguments]: Disable parallel build.

download: Add SourceForge load balancer.

* guix/download.scm (%mirrors)[sourceforge]: Add canonical load balancer for
sourceforge.net.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: icecat: Update to 38.8.0-gnu2.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.8.0-gnu2.

gnu: openssh: Fix CVE-2016-6210.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[source]: Add patches
openssh-CVE-2016-6210-1.patch, openssh-CVE-2016-6210-2.patch,
openssh-CVE-2016-6210-3.patch.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-1.patch: New file.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-2.patch: New file.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-3.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: pspp: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/statistics.scm (pspp): Update to 0.10.2.

gnu: python-iso8601: Update to 0.1.11.

* gnu/packages/python.scm (python-iso8601): Update to 0.1.11.

gnu: iniparser: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser)[arguments]: Use 'modify-phases'
syntax.

gnu: iniparser: Update to 4.0.

* gnu/packages/samba.scm (iniparser): Update to 4.0.
[source]: Download from Github.
[arguments]: Define 'gcc' in Makefiles.

gnu: python-waf: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/python.scm (python-waf): Update to 1.9.1.

gnu: mpv: Use packaged waf.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Remove externally downloaded waf
package and use packaged python-waf.

gnu: wxwidgets: Update source URL.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets, wxwidgets-2): Update source URL.

gnu: git: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.9.2.
(git-manpages)[source]: Update hash.

gnu: icedtea-6: Narrow file to certificate block.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-6)[arguments]: Extract certificate
  blocks from pem files before importing.

gnu: perl-io-socket-ssl: Add IDN support.

* gnu/packages/web.scm (perl-io-socket-ssl)[propagated-inputs]: Add perl-uri
for IDN support.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: perl-io-socket-ssl: Update to 2.033.

* gnu/packages/web.scm (perl-io-socket-ssl): Update to 2.033.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: parallel: Update to 20160722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20160722.

gnu: hplip: Update to 3.16.7.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.16.7.

gnu: ghc-memory: Update to 0.13.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-memory): Update to 0.13.

gnu: Add trash-cli.

* gnu/packages/shellutils.scm (trash-cli): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: youtube-dl: Update to 2016.07.22.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.07.22.

gnu: offlineimap: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.0.0.
[inputs]: Add python2-six.
[native-inputs]: Remove python2.

gnu: cook: Update source URL.

* gnu/packages/cook.scm (cook)[source]: Update URL.

gnu: fish: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/fish.scm (fish): Update to 2.3.1.
[home-page, source]: Use 'https' in the URL.

gnu: Add lrzip.

* gnu/packages/compression.scm (lrzip): New variable.

gnu: fasttree: Update to 2.1.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fasttree): Update to 2.1.9.

gnu: wesnoth: Update to 1.12.6.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.12.6.

gnu: opus: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/xiph.scm (opus): Update to 1.1.3.

gnu: Update URLs for sourceforge.net.

* gnu/packages/audio.scm: Update URLs pointing to sourceforge.net.
* gnu/packages/fonts.scm: Likewise.
* gnu/packages/gl.scm: Likewise.
* gnu/packages/gnome.scm: Likewise.
* gnu/packages/image.scm: Likewise.
* gnu/packages/lxde.scm: Likewise.
* gnu/packages/slim.scm: Likewise.
* gnu/packages/textutils.scm: Likewise.

gnu: aegis: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (aegis)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: git: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: cssc: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (cssc)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: subversion: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion)[arguments]: Use
'modify-phases'.

gnu: subversion: Use https.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion)[source]: Use https.
[home-page]: Use https.

gnu: git-flow: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (git-flow)[arguments]: Use
'modify-phases'.

gnu: gnuplot: Update to upstream's re-release of 5.0.4.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Add a guix revision number to the
version scheme of gnuplot to force an update.

gnu: enlightenment: Update to 0.21.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.1.

gnu: bazaar: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/version-control.scm (bazaar)[arguments]: Use
'modify-phases'.

gnu: icedtea-6: Generate keystore.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-6)[arguments]: Add phase
"install-keystore".
[native-inputs]: Add nss-certs.

gnu: icedtea-6: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-6)[arguments]: Use modify-phases
  syntax.

gnu: nss-certs: Stop inheriting from nss package.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Stop inheriting from nss package.

doc: Add note on gender-neutral wording.

Suggested by ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add @item regarding
gender-neutral wording.

gnu: Add ptpython and ptpython2.

* gnu/packages/python.scm (ptpython, ptpython-2): New variables.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention quoting and keywords.

Suggested by Vincent Legoll <vincent.legoll@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Defining Packages): Remove quasiquote in 'arguments'
example.  Mention quoting and keywords, with references to Guile's
manual.

gnu: racket: Add more inputs.

* gnu/packages/scheme.scm (racket)[inputs]: Add glu, gmp, libpng, libx11,
mesa, mpfr, openssl and unixodbc.  Replace libjpeg-8 with libjpeg and
gtk+-2 with gtk+.

gnu: racket: Patch dynamically loaded libraries with absolute paths.

* gnu/packages/scheme.scm (racket)[arguments]: Patch 'ffi-lib' calls to
absolute paths in 'pre-configure' phase.  Remove 'wrap-programs' phase.

gnu: Add python-protobuf.

* gnu/packages/protobuf.scm (python-protobuf, python2-protobuf): New variables.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: muparser: Update source URL.

* gnu/packages/maths.scm (muparser)[source]: Update source URL to new location.
Use URL-FETCH instead of SVN-FETCH. Update hash and package revision.

gnu: Update URLs for sourceforge.net.

* gnu/packages/admin.scm: Update URLs pointing to sourceforge.net.
* gnu/packages/audacity.scm: Likewise.
* gnu/packages/audio.scm: Likewise.
* gnu/packages/bioinformatics.scm: Likewise.
* gnu/packages/boost.scm: Likewise.
* gnu/packages/cdrom.scm: Likewise.
* gnu/packages/code.scm: Likewise.
* gnu/packages/compression.scm: Likewise.
* gnu/packages/cups.scm: Likewise.
* gnu/packages/djvu.scm: Likewise.
* gnu/packages/docbook.scm: Likewise.
* gnu/packages/documentation.scm: Likewise.
* gnu/packages/flashing-tools.scm: Likewise.
* gnu/packages/fonts.scm: Likewise.
* gnu/packages/fontutils.scm: Likewise.
* gnu/packages/games.scm: Likewise.
* gnu/packages/ghostscript.scm: Likewise.
* gnu/packages/gl.scm: Likewise.
* gnu/packages/gnucash.scm: Likewise.
* gnu/packages/graphviz.scm: Likewise.
* gnu/packages/image.scm: Likewise.
* gnu/packages/libreoffice.scm: Likewise.
* gnu/packages/libusb.scm: Likewise.
* gnu/packages/linux.scm: Likewise.
* gnu/packages/lirc.scm: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm: Likewise.
* gnu/packages/mcrypt.scm: Likewise.
* gnu/packages/mp3.scm: Likewise.
* gnu/packages/music.scm: Likewise.
* gnu/packages/networking.scm: Likewise.
* gnu/packages/onc-rpc.scm: Likewise.
* gnu/packages/password-utils.scm: Likewise.
* gnu/packages/pdf.scm: Likewise.
* gnu/packages/perl.scm: Likewise.
* gnu/packages/photo.scm: Likewise.
* gnu/packages/popt.scm: Likewise.
* gnu/packages/python.scm: Likewise.
* gnu/packages/rdesktop.scm: Likewise.
* gnu/packages/screen.scm: Likewise.
* gnu/packages/swig.scm: Likewise.
* gnu/packages/tcl.scm: Likewise.
* gnu/packages/version-control.scm: Likewise.
* gnu/packages/video.scm: Likewise.
* gnu/packages/w3m.scm: Likewise.
* gnu/packages/web.scm: Likewise.
* gnu/packages/wm.scm: Likewise.
* gnu/packages/xdisorg.scm: Likewise.
* gnu/packages/xml.scm: Likewise.

gnu: Add hexedit.

* gnu/packages/hexedit: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

services: Export *-service-type and *-configuration.

This allows users to use 'modify-services' and similar constructs for
all these service types.

* gnu/services/avahi.scm: export avahi-configuration.
* gnu/services/base.scm: export gpm-configuration and
rngd-configuration.
* gnu/services/databases.scm: export *-service-type and *-configuration.
* gnu/services/dbus.scm: export dbus-configuration.
* gnu/services/dict.scm: export dicod-service-type.
* gnu/services/lirc.scm: export lirc-configuration and
lirc-service-type.
* gnu/services/mail.scm: export dovecot-service-type.
* gnu/services/web.scm: export nginx-configuration and
nginx-service-type.
* gnu/services/xorg.scm: export screen-locker and screen-locker?.
* gnu/services/ssh.scm: export lsh-configuration and lsh-service-type.
* gnu/services/desktop.scm: export *-service, *-service-type
and *-configuration.
* gnu/services/networking.scm: export *-configuration
and *-service-type.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: tesseract-ocr: Update to 3.04.01.

* gnu/packages/ocr.scm (tesseract-ocr): Update to 3.04.01.
[source]: Download from Github, add 'file-name' field, remove snippet.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, libtool.
[propagated-inputs]: Move leptonica ...
[inputs]: ... to here.
[arguments]: Remove 'autogen phase.
[home-page]: Move program's home-page to Github.

gnu: gnuplot: Update to 5.0.4.

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): Update to 5.0.4.

gnu: dovecot: Update to 2.2.25.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.25.

gnu: texlive: Use https.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-bin, texlive-texmf, texlive)[license]:
Use 'https' in the url.
[home-page]: Use 'https' in the url.

gnu: texlive: Update in-place source updates.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-texmf-source, texlive-bin)[source]:
Update to 20160523b.

gnu: msmtp: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.6.5.
[source]: Update source URL.

gnu: superlu-dist: Remove non-free source.

* gnu/packages/maths.scm (superlu-dist)[source]: Replace non-free
mc64ad.c source with stub.

gnu: slepc: Update to 3.7.1.

* gnu/packages/maths.scm (slepc): Update to 3.7.1.

gnu: petsc: Update to 3.7.2.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Update to 3.7.2.
[arguments]: Adjust scrubbed files.

gnu: petsc: Make header generation reproducible.

* gnu/packages/maths.scm (petsc)[arguments]: Scrub timestamp from
  petscmachineinfo.h header.

gnu: petsc: Use modify-phases.

* gnu/packages/maths.scm (petsc)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: openmpi: Make binaries reproducible.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[arguments]: Remove timestamps from
source files.  Delete installed configure logs.

gnu: openmpi: Update to 1.10.3.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi): Update to 1.10.3.
[source]: Use https.

gnu: superlu: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/maths.scm (superlu): Update to 5.2.1.
[source]: Remove non-free MC64 code.
[inputs]: Use openblas instead of lapack's BLAS.
[build-system]: Use cmake-build-system.
[arguments]: Remove custom phases and replace with CMake flags.
[license]: List additional licenses for some source and example files.

gnu: Add libhilbert.

* gnu/packages/maths.scm (libhilbert): New variable.

pull: Update the version string.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19278>.
Reported by Tomáš Čech <tcech@suse.cz>.

This allows 'guix --version' to return something that better represents
what version is being used.

* build-aux/build-self.scm (date-version-string): New procedure.
(build): Add #:version.
[builder]: Pass it to 'build-guix' as #:package-version.

pull: Install (guix config) module to override the user's one.

* build-aux/build-self.scm (zlib, gzip, bzip2, xz): New variables.
(build)[storedir, localstatedir, sysconfdir, sbindir]: New variables.
[builder]: Pass them to 'build-guix'.
* guix/build/pull.scm (build-guix): Add #:system, #:storedir,
  #:localstatedir, #:sysconfdir, #:sbindir, #:package-name,
  #:package-version, #:bug-report-address, #:home-page-url, #:libgcrypt,
  #:zlib, #:gzip, #:bzip2, and #:xz.  Remove #:gcrypt.
  Instantiate all the substitution variables in (guix config).  Remove
  code to delete OUT/guix/config.{scm,go}.
* guix/config.scm.in: Add note about (guix script pull).

config: Export the raw installation directories.

* guix/config.scm.in (%storedir, %localstatedir)
(%sysconfdir, %sbindir): New variables.
(%store-directory): Use %STOREDIR.
(%state-directory): Use %LOCALSTATEDIR.
(%config-directory): Use %SYSCONFDIR.
(%guix-register-program): Use %SBINDIR.

gnu: Add allegro-5.0.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro-5.0): New variable.

gnu: Add allegro.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro): New variable.

download: Prepare to support the 'guix publish' /file URLs.

* guix/download.scm (%content-addressed-mirrors): Add 'file' parameter
to the lambda.
* guix/build/download.scm (url-fetch)[content-addressed-uris]: Adjust
accordingly.

publish: Handle '/file' URLs, for content-addressed files.

* guix/scripts/publish.scm (render-content-addressed-file): New procedure.
(http-write): Add 'application/octet-stream' case.
(make-request-handler): Add /file/NAME/sha256/HASH URLs.
* tests/publish.scm ("/file/NAME/sha256/HASH")
("/file/NAME/sha256/INVALID-NIX-BASE32-STRING")
("/file/NAME/sha256/INVALID-HASH"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Mention the /file URLs.

derivations: Export 'fixed-output-path'.

* guix/derivations.scm (fixed-output-path): Change 'output',
'hash-algo', and 'recursive?' to keyword parameters.  Export.
(derivation): Adjust accordingly.

tests: Adjust to Shepherd error message change.

This is a followup to commit 2c2ec261a8d3c37e5147038f47ad24c57cde4134.

* tests/guix-system.sh: Adjust expected error message for Shepherd
services that are not provided.

gnu: julia: Build with zlib.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Add zlib.

Revert "gnu: julia: Build with zlib."

This reverts commit 95bf72eeb0b99d6b26c3515fa78a587207c6f779.

gnu: julia: Build with zlib.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Add zlib.

gnu: aria2: Update to 1.25.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (aria2): Update to 1.25.0.

services: Add pam-limits-service.

* gnu/system/pam.scm (<pam-limits-entry>): New record type.
(pam-limits-entry, pam-limits-entry->string): New procedures.
* gnu/services/base.scm (pam-limits-service-type): New variable.
(pam-limits-service): New procedure.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

gnu: atlas: Use @example in description.

* gnu/packages/maths.scm (atlas)[description]: Use "@example".

gnu: atlas: Use cpupower in description.

* gnu/packages/maths.scm (atlas)[description]: Replace 'cpufreq-selector'
with its replacement 'cpupower --governor'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add cpupower.

* gnu/packages/linux.scm (cpupower): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ssdeep.

* gnu/packages/datastructures.scm (ssdeep): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mesa-utils: Update to 8.3.0.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-utils): Update to 8.3.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Order module imports in (gnu packages gl) alphabetically.

* gnu/packages/gl.scm: Order module imports alphabetically.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gl: Change 'l:' prefix to 'license:'.

* gnu/packages/gl.scm: Change #:prefix l: to #:prefix license:.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention zlib as an optional dependency.

* doc/guix.texi (Requirements): Mention zlib.
(Invoking guix publish): Fix typo.

gnu: python-pyquery: Update to 1.2.13.

* gnu/packages/python.scm (python-pyquery): Update to 1.2.13.

gnu: python-cssselect: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/python.scm (python-cssselect): Update to 0.9.2.
[source]: Use 'pypi-uri' format.

gnu: python2-cssutils: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/python.scm (python2-cssutils): Update to 1.0.1.
[source]: Use 'pypi-uri' format.

gnu: calibre: Update to 2.62.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.62.0.

gnu: python-lxml: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/python.scm (python-lxml): Update to 3.6.0.

publish: Keep compression disabled when zlib is missing.

Reported by David Thompson.

* guix/scripts/publish.scm (%options)[--compression]: Warn if LEVEL > 0
and zlib is missing, and return RESULT.

gnu: Use HTTPS home-page URLs for PGP-related packages.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg, gpgme, libassuan, libgcrypt, libgpg-error,
libksba, npth, pius, python-gnupg, signing-party)[home-page]: Use HTTPS URLs.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libassuan: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/gnupg.scm (libassuan): Update to 2.4.3.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: llvm: Build without debugging symbols.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm)[arguments]: Add #:build-type.

gnu: llvm: Update to 3.8.1.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm, clang-runtime, clang): Update to 3.8.1.
(llvm-3.7, clang-runtime-3.7, clang-3.7): New variables.
(clang-runtime-from-llvm)[arguments]: Disable tests, which were not
being run for previous versions anyhow but now fail hard.
(clang-from-llvm): Add #:patches keyword argument.
* gnu/packages/patches/clang-3.8-libc-search-path.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Co-authored-by: Dennis Mungai <dmngaie@gmail.scm>

gnu: llvm: Update to 3.7.1.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm, clang-runtime, clang): Update to 3.7.1
(llvm-3.6, clang-runtime-3.6, clang-3.6): New variables.

gnu: llvm: Add libffi and zlib inputs.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm)[inputs]: Add libffi and zlib.
[arguments]: Add cmake flag for libffi to #:configure-flags.

Co-authored-by: Dennis Mungai <dmngaie@gmail.com>