gnu: Add stellarium.

* gnu/local.mk: Include gnu/packages/education.scm .
* gnu/packages/education.scm: Add new file.
* gnu/packages/education.scm (stellarium): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: spice-gtk: Propagate SPICE-PROTOCOL.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk)[inputs]: Move SPICE-PROTOCOL to...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: usbredir: Propagate LIBUSB.

* gnu/packages/spice.scm (usbredir)[inputs]: Replace field with ...
[propagated-inputs]: ... new field.

gnu: guix: Add dependency on zlib.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.10.0)[inputs]: Add ZLIB.

tests: Improve synchronization in 'tests/guix-register.sh'.

* tests/guix-register.sh: When launching guix-daemon, add retry loop
around 'open-connection'.  This fixes test failures that could occur
under heavy load where the daemon's socket file wouldn't be ready yet
when the client connects.

gnu: password-store: Wrap PATH.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)
[arguments]: Wrap PATH more thoroughly.
[native-inputs]: Move getopt to inputs.
[inputs]: Add sed.

Signed-off-by: Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org>

gnu: perl-dbd-pg: Add description.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-pg)[description]: Add non-empty
description.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.11.0.

gnu: Sync GNU descriptions with upstream.

From 'guix lint -c gnu-description'.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnunet): Adjust description.
* gnu/packages/marst.scm (marst): Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (c-graph): Likewise.
* gnu/packages/networking.scm (macchanger): Likewise.

gnu: Add sshpass.

* gnu/packages/ssh.scm (sshpass): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-beautifulsoup4: Update to 4.5.0.

* gnu/packages/python.scm (python-beautifulsoup4, python2-beautifulsoup4):
Update to 4.5.0.

gnu: perl-devel-symdump: Update to 2.17.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-symdump): Update to 2.17.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add virt-viewer.

* gnu/packages/spice.scm (virt-viewer): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add spice-vdagent.

* gnu/packages/spice.scm (spice-vdagent): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add spice.

* gnu/packages/spice.scm (spice): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add spice-gtk.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add spice-protocol.

* gnu/packages/spice.scm (spice-protocol): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add virglrenderer.

* gnu/packages/spice.scm (virglrenderer): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add usbredir.

* gnu/packages/spice.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

Revert "gnu: gd: Update to 2.2.3 [fixes CVE-2016-6207]."

This reverts commit ae46cd0e4cfb1f06d099b2cda1f9e702e86c90e9.

guix package: Suggest prefix search path settings.

* guix/scripts/package.scm (build-and-use-profile): Pass #:kind 'prefix
to 'display-search-paths'.

gnu: gd: Update to 2.2.3 [fixes CVE-2016-6207].

* gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-5766.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6128.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6132.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6214.patch,
gnu/packages/patches/gd-fix-test-on-i686.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/gd-fix-tests-on-i686.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.2.3.
[source]: Update patches field accordingly.

gnu: commencement: 'guile-final' is now "hidden".

This way, we no longer have this annoying warning:

  $ guix build guile -n
  guix build: warning: ambiguous package specification `guile'
  guix build: warning: choosing guile-2.0.11 from gnu/packages/guile.scm:128:2

* gnu/packages/commencement.scm (guile-final): Use 'hidden-package'.
* tests/packages.scm ("fold-packages, hidden package"): New test.

packages: Add 'hidden-package'.

* guix/packages.scm (hidden-package, hidden-package?): New procedures.
* gnu/packages.scm (fold-packages): Filter out 'hidden-package?'.
* tests/packages.scm ("hidden-package"): New test.

gnu: Add asciinema.

* gnu/packages/terminals.scm (asciinema): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome: Propagate file-roller.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]: Add file-roller.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Discourage software bundling.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24008>.
Suggested by ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add item about bundling.

doc: Send changes in your patch which are related.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): New @item:
This gives information about sending related changes and examples on
what we view as related changes.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention separate branch for packages with many dependents.

Suggested by ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add note on packages with
more than 100 dependents.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.24.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.24.5.

gnu: r-bsgenome: Update to 1.40.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bsgenome): Update to 1.40.1.

gnu: r-iranges: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.6.1.

gnu: r-limma: Update to 3.28.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.28.17.

gnu: r-xvector: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xvector): Update to 0.12.1.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.24.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.24.2.

gnu: r-annotationdbi: Update to 1.34.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Update to 1.34.4.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.6.3.

gnu: r-biostrings: Update to 2.40.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Update to 2.40.2.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.2.3.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.8.4.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.32.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.32.2.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.8.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.8.3.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.10.2.

gnu: mysql: Update to 5.7.13 [fixes CVE-2016-{3477,3521,3615,5440}].

* gnu/packages/patches/mysql-fix-failing-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.7.13.

gnu: the-silver-searcher: Update to 0.32.0.

* gnu/packages/code.scm(the-silver-searcher): Update to 0.32.0.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.5-3.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.5-3.

gnu: mariadb: Update to 10.1.16.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.16.

gnu: calibre: Update to 2.63.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.63.0.
[inputs]: Remove unnecessary imagemagick dependency.
[phases]: Use modify-phases.

* gnu/packages/patches/calibre-drop-unrar.patch: Update
for new version.

Signed-off-by: Roel Janssen <roel@gnu.org>

system: Source /etc/environment before $HOME/.guix-profile/etc/profile.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service) <profile>: Move sourcing
of /etc/environment before that of $HOME/.guix-profile/etc/profile.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: krona-tools: Update to 2.7.

* gnu/packages/web.scm (krona-tools): Update to 2.7.
[arguments]: Delete 'build' phase.  Install new scripts.

gnu: diamond: Update to 0.8.16.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.16.

gnu: guix: Update revision number in version.

This is a follow-up to commit 95af24a2f1fb58eb9e6ee902c9330534f0aca9f3.
Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

tests: Use unbuffered input ports when decompressing from 'guix publish'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24060>.
Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.

* tests/publish.scm (http-get-port): Explicitly call
'open-socket-for-uri' and add calls to 'setvbuf'.

zlib: Protect against non-empty port internal buffers.

* guix/zlib.scm (make-gzip-input-port)[gzfile]: Error out
if (drain-input port) returns a non-empty string.
* guix/zlib.scm (make-gzip-output-port)[gzfile]: Call 'force-output'.

zlib: Clarify when 'gzread!' can return zero.

* guix/zlib.scm (gzread!): Augment docstring to clarify when zero is
returned (based on reading zlib code).
(make-gzip-input-port)[read!]: Remove scary comment.

gnu: magit: Fix rebase commands that require perl.

* gnu/packages/emacs.scm (magit)[inputs]: Add 'perl'.
[arguments]: Adjust 'patch-exec-paths' phase to make some rebase
commands find 'perl'.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add httping.

* gnu/packages/networking.scm (httping): New variable.

gnu: Add missing copyright symbol.

* gnu/packages/networking.scm: Add missing "©" to header comments.

gnu: gmime: Remove 'gpg' to 'gpg2' substitution.

* gnu/packages/mail.scm (gmime)[arguments]: Remove the substitution which
previously changed 'gpg' to 'gpg2' in 'patch-paths-in-tests' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dmd: Remove package, superseded by shepherd.

* gnu/packages/admin.scm (dmd): Remove variable.

gnu: Add perl-db-file.

* gnu/packages/databases.scm (perl-db_file): New variable.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

profiles: Output in 'package->manifest-entry' defaults to "out".

Fixes <http://bugs.gnu.org/24029>.
Reported by Dylan Jeffers <sapientech@openmailbox.org>.

* guix/profiles.scm (package->manifest-entry): Change #:output to
default to "out".
(packages->manifest): Add 'package?' in second 'match' clause.
* tests/profiles.scm ("package->manifest-entry defaults to \"out\""):
New test.

environment: Set 'GUIX_ENVIRONMENT' to the profile.

* guix/scripts/environment.scm (create-environment): Set
'GUIX_ENVIRONMENT' to PROFILE.
* tests/guix-environment.sh: Test it.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.

import: pypi: Correctly handle new-style URLs.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23997>.

* guix/import/pypi.scm (guix-package->pypi-name): Rewrite using
'basename' and 'hyphen-package-name->name+version'.
* tests/pypi.scm ("guix-package->pypi-name, old URL style")
("guix-package->pypi-name, new URL style"): New tests.

doc: Explain authentication in "System Installation".

Suggested by Vincent Legoll <vincent.legoll@gmail.com>.

* doc/guix.texi (OPENPGP-SIGNING-KEY-ID): New constant.
(Binary Installation): Use it.
(USB Stick Installation): Copy and adjust the authentication bit from
"Binary Installation".

doc: Better illustration use of package revision numbers.

* doc/guix.texi (Version Numbers): Add the
revision to the example of the git package used in 7.6.3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: icecat: Install icons.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[arguments]: Add
'install-icons' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add haveged.

* gnu/packages/linux.scm (haveged): New variable.

gnu: Add perceptualdiff.

* gnu/packages/image.scm (perceptualdiff): New variable.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.28.

gnu: linux-libre: Update to 4.7.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.7.
* gnu/packages/linux-libre-4.7-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.7-i686.conf: New files.
* gnu/packages/linux-libre-4.6-x86_64.conf,
gnu/packages/linux-libre-4.6-i686.conf: Delete files.
* Makefile.am (KCONFIGS): Update accordingly.

gnu: calibre: Build with non-modular Qt.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[native-inputs]: Replace QTBASE by QT.
[inputs]: Replace QTBASE by QT and PYTHON2-PYQT by PYTHON2-PYQT-5.5.

This essentially reverts commit 76806c54ed72f8f04079bbb187b186b833c103e1.

Reported by Roel Janssen <roel@gnu.org>.

gnu: pyqt: Add versions based on non-modular Qt 5.5.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-5.5, python2-pyqt-5.5): New variables.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 97c8aef.

system: Add mapped devices for RAID.

* gnu/system/mapped-devices.scm (raid-device-mapping, open-raid-device,
close-raid-device): New variables.
* doc/guix.texi (Mapped Devices): Add documentation for RAID devices,
reorganize documentation for LUKS devices.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Explain when guix edit is read-only.

* doc/guix.texi (Invoking guix edit): Explain when you can and can't
  edit the recipe.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-solarized-theme: Remove unneeded dependencies.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-solarized-theme)[propagated-inputs]:
Remove 'emacs-f' and 'emacs-s'.

gnu: emacs: Install site-start.el in non-versioned directory.

Reported by Ricardo Wurmus on #guix.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[arguments]: Put "site-start.el" in
"/share/emacs/site-lisp" instead of "/share/emacs/<version>/site-lisp"
to let inherited package with another version find it.

gnu: Add guile-daemon.

* gnu/packages/guile.scm (guile-daemon): New variable.

gnu: Add guile-xosd.

* gnu/packages/guile.scm (guile-xosd): New variable.

gnu: Add xdpyprobe.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xdpyprobe): New variable.

doc: Describe how to make X server find TrueType fonts.

* doc/guix.texi (Application Setup): Document how to add TrueType fonts
installed in a Guix profile to the X server font path.

profiles: Add fonts-dir-file hook.

* guix/profiles.scm (fonts-dir-file): New procedure.
(%default-profile-hooks): Add it.

gnu: mkfontdir: Do not propagate 'mkfontscale'.

* gnu/packages/xorg.scm (mkfontdir)[propagated-inputs]: Move
'mkfontscale' to ...
[inputs]: ... here.
[arguments]: Add 'wrap-mkfontdir' phase.

gnu: Add xfd.

* gnu/packages/xorg.scm (xfd): New variable.

gnu: Add xfontsel.

* gnu/packages/xorg.scm (xfontsel): New variable.

gnu: sbcl: Update to 1.3.7.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 1.3.7.
[arguments]: During the patch-unix-tool-paths phase, avoid running
substitute* on a utf-16-be encoded file.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: ecl: Wrap with PATH, CPATH, LIBRARY_PATH, and LD_LIBRARY_PATH.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl)[arguments]: Add 'wrap' phase.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ecl: Enable tests.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl): Enable tests.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ecl: Update to 16.1.2.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl): Update to 16.1.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnupg@2.1: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg@2.1)[arguments]: Use 'modify-phases'
syntax.

gnu: hdup: Update source url.

* gnu/packages/backup.scm (hdup)[source]: Update url.

gnu: gnupg-2.1: Install executable as 'gpg'.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-2.1)[arguments]: Add '--enable-gpg2-is-gpg'
to #:configure-flags.

gnu: gnupg@2.0: Add the 'gpg' and 'gpgv' commands.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-2.0)[arguments]: Add
'rename-v2-commands' phase.

gnu: gnupg@2.0: Fix typo.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg@2.0)[arguments]: Fix typo that prevented
gnupg from building.

This is a follow up to 6b547d22952fb30c4419d4f81545353907ab398d.

gnu: exiv2: Update source url.

* gnu/packages/geeqie.scm (exiv2)[source]: Update url.

lint: 'inputs-should-be-native' checks for intltool, itstool and glib:bin.

* guix/scripts/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Warn when intltool,
itstool or glib:bin isn't a native-input.
* tests/lint.scm (inputs: glib:bin is probably a native input): Add test.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Point out preference of message format.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Includes a note on
preference of plain text messages with either inline or MIME attachments
and advise contributers to pay attention if their email client breaks the
patches.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Explain that contributors can use a pseudonym.

Suggested by ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>.

* doc/contributing.texi (Contributing): Explain that using a legal name
is not required.

doc: gnupg@2.0: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg-2.0)[arguments]: Use 'modify-phases'.