gnu: r-rhdf5lib: Fix libsz substitution.
authorJakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>
Sun, 19 Jul 2020 13:46:13 +0000 (15:46 +0200)
committerJakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>
Sun, 19 Jul 2020 13:54:48 +0000 (15:54 +0200)
This is a follow-up to commit b7f051db14fb485fcfa4917924eef186fb1b8c07 -
in the new version, some of the format strings being replaced gained
quotes. This commit fixes build of dependents of r-rhdf5lib, such as
r-hdf5array.

* gnu/packages/bioinformatics (r-rhdf5lib): Remove all instances of libsz.a.

gnu/packages/bioinformatics.scm

index 8a6be59..681919d 100644 (file)
@@ -10867,14 +10867,7 @@ block processing.")
              (for-each delete-file '("configure" "configure.ac"))
              ;; Do not make other packages link with the proprietary libsz.
              (substitute* "R/zzz.R"
-               (("'\"%s/libhdf5.a\" \"%s/libsz.a\" -lz'")
-                "'\"%s/libhdf5.a\" \"%s/libhdf5.a\" -lz'")
-               (("'\"%s/libhdf5_cpp.a\" \"%s/libhdf5.a\" \"%s/libsz.a\" -lz'")
-                "'\"%s/libhdf5_cpp.a\" \"%s/libhdf5.a\" \"%s/libhdf5.a\" -lz'")
-               (("'%s/libhdf5_hl.a %s/libhdf5.a %s/libsz.a -lz'")
-                "'%s/libhdf5_hl.a %s/libhdf5.a %s/libhdf5.a -lz'")
-               (("'%s/libhdf5_hl_cpp.a %s/libhdf5_hl.a %s/libhdf5_cpp.a %s/libhdf5.a %s/libsz.a -lz'")
-                "'%s/libhdf5_hl_cpp.a %s/libhdf5_hl.a %s/libhdf5_cpp.a %s/libhdf5.a %s/libhdf5.a -lz'"))
+               ((" \"%s/libsz.a\"") ""))
              (with-directory-excursion "src"
                (invoke "tar" "xvf" (assoc-ref inputs "hdf5-source"))
                (rename-file (string-append "hdf5-" ,(package-version hdf5-1.10))