gnu: Add ajam.

* gnu/packages/build-tools.scm (ajam): New variable.

licenses: Add Perfoce licence for Jam.

* guix/licenses.scm (perforce-jam): New variable.

gnu: Add eovim.

* gnu/packages/vim (eovim): New variable.

WIP: bees service

gnu: Add bees.

* gnu/packages/file-system.scm (bees): New variable.

WIP:afs-service-commit

gnu: Add kafs-client

* gnu/packages/afs.scm: New file.
* gnu/packages/patches/kafs-client-soname-symlink.patch: New file.

gnu: esbuild: Update to 0.11.14.

* gnu/package/web.scm (esbuild): Update to 0.11.14.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add orange.

* gnu/packages/orange.scm (orange): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-opentsne: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-opentsne): Update to 0.5.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-pynndescent: Update to 0.5.2.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-pynndescent): Update to 0.5.2.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-louvain 0.15.

* gnu/packages/graph.scm (python-louvain): Rename variable to
python-louvain-0.6.
(python-louvain): New variable.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scanpy)[propagated-inputs]: Use
python-louvain-0.6.

Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-serverfiles.

* gnu/packages/orange.scm (python-serverfiles): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-orange-widget-base.

* gnu/packages/orange.scm (python-orange-widget-base): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-orange-canvas-core.

* gnu/packages/orange.scm: New file.
* gnu/packages/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-qasync.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-qasync): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-pyqtgraph.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyqtgraph): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-anyqt.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-anyqt): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: direnv: Install the documentation.

* gnu/packages/shellutils.scm (direnv)[arguments]: Add a new 'install-manpages'
phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Document translation process.

doc/contributing.texi (Translating Guix): New section.
doc/guix.texi (Top): Add a reference to the new section.

gnu: openrct2: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/games.scm (openrct2): Update to 0.3.3.

gnu: guile-next: Use a source file-name.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next)[source]: Add file-name field.

gnu: crypto++: Use a source file-name.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++)[source]: Add file-name field.

gnu: python-traitlets: Add missing input.

Reported by phodina <phodina@protonmail.com>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-traitlets)[propagated-inputs]: Add
python-six.

gnu: swayidle: Fix home page.

* gnu/packages/wm.scm (swayidle)[home-page]: Use the correct home-page.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-cider: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-cider): Update to 1.1.0.

.gitignore: Adjust the glob pattern for the "doc/stamp" files.

* .gitignore: Ignore 'doc/stamp-N' files with numbers greater than 9.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: fet: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 6.0.2.

http-client: Remove exception mishandling in 'http-multiple-get'.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/47867>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

The non-tail recursive call to 'connect' could cause requests to be
processed twice, with 'p' possibly closed the second time.

Regression introduced in 205833b72c5517915a47a50dbe28e7024dc74e57 and
carried over in 45fce38fb0b6c6796906149ade145b8d3594c1c6.

* guix/http-client.scm (http-multiple-get): Remove call to 'close-port'
and recursive call to 'connect' when the 'write-request' block returns #f.

http-client, substitute: Gracefully handle GnuTLS EAGAIN/EINTR.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/47867>.
Reported by Florian Pelz <pelzflorian@pelzflorian.de>.

In GnuTLS up to 3.7.1 included, GNUTLS_E_AGAIN and GNUTLS_E_INTERRUPTED
are not handled by 'write_to_session_record_port' and could be thrown at
the caller.  This patch works around that by dropping connections
altogether and restarting when this happens.

* guix/http-client.scm (false-if-networking-error): Swallow ERROR/AGAIN
and ERROR/INTERRUPTED.
* guix/scripts/substitute.scm (call-with-cached-connection): Likewise.

gnu: emacs-posframe: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-posframe): Update to 1.0.2.

services: Add a service for rasdaemon.

* gnu/services/linux.scm (rasdaemon-configuration, rasdaemon-configuration?,
rasdaemon-configuration-record?, rasdaemon-service-type): New variables.
* doc/guix.texi (Linux Services): Document it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add rasdaemon.

* gnu/packages/linux.scm (rasdaemon): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: fennel: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/lua.scm (fennel): Update to 0.9.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Fix cross-reference URL to translated manual.

* doc/htmlxref.cnf: Fix translated manual URL.

gnu: xfce4-settings: Update to 4.16.1.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-settings): Update to 4.16.1.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: qt5ct: Update to 1.2.

* gnu/packages/qt.scm (qt5ct): Update to 1.2.

gnu: Add emacs-wisp-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-wisp-mode): New variable.

gnu: guile-wisp: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-wisp): Update to 1.0.4.

gnu: nvme-cli: Update to 1.14.

* gnu/packages/linux.scm (nvme-cli): Update to 1.14.

gnu: strawberry: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/music.scm (strawberry): Update to 0.9.3.

gnu: libtimidity: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/audio.scm (libtimidity): Update to 0.2.7.

gnu: nnn: Use PKG-CONFIG-FOR-TARGET.

* gnu/packages/admin.scm (nnn)[arguments]: Substitute
PKG-CONFIG-FOR-TARGET for the equivalent STRING-APPEND.

gnu: nnn: Update to 4.0.

* gnu/packages/admin.scm (nnn): Update to 4.0.

gnu: parallel: Update to 20210422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20210422.

gnu: xmenu: Update to 4.5.5.

* gnu/packages/wm.scm (xmenu): Update to 4.5.5.

gnu: sdparm: Update to 1.12.

* gnu/packages/disk.scm (sdparm): Update to 1.12.

gnu: thermald: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/admin.scm (thermald): Update to 2.4.4.

gnu: xmlsec: Update to 1.2.32.

* gnu/packages/xml.scm (xmlsec): Update to 1.2.32.

gnu: cobol: Add missing inputs.

Reported by Simon Sobisch <simonsobisch@gnu.org>.

* gnu/packages/cobol.scm (gnucobol)[inputs]: Add json-c, libxml2. Move
newcob ...
[native-inputs]: ... to here.
[arguments]: Add configure-flag to set json-c cflags.

gnu: gnucobol: Update home-page.

Reported by Simon Sobisch <simonsobisch@gnu.org>.

* gnu/packages/cobol.scm (gnucobol)[home-page]: Use official home-page.

gnu: nanodbc: Build shared libraries.

* gnu/packages/databases.scm (nanodbc)[arguments]: Build shared libraries.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-27.1305724.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-27.1305724.

services: guix-build-coordinator: Fix queue builds default config.

Use the default client port rather than the default agent communication port
for the queue builds script.

* gnu/services/guix.scm (<guix-build-coordinator-queue-builds-configuration>):
Change coordinator default.

gnu: Add shorah.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (shorah): New variable.

gnu: Add r-revgeo.

* gnu/packages/cran.scm (r-revgeo): New variable.

gnu: Add r-rjsonio.

* gnu/packages/cran.scm (r-rjsonio): New variable.

gnu: Add r-shinycell.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-shinycell): New variable.

services: guix-build-coordinator: Remove incorrect pid file.

The queue builds script doesn't create a pid file, so don't have the shepherd
expect to find one.

* gnu/services/guix.scm (guix-build-coordinator-queue-builds-shepherd-services):
Remove #:pid-file.

services: guix-build-coordinator: Fix service activation parts.

Don't hardcode usernames, as these are in the config. Also fix the %user being
missing from the queue-builds service activation.

* gnu/services/guix.scm (guix-build-coordinator-activation,
guix-build-coordinator-agent-activation): Use config for the user name.
(guix-build-coordinator-queue-builds-activation): Define %user.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-26.f836f07.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-26.f836f07.

services: guix-build-coordinator: Add max-1min-load-average option.

To the agent configuration.

* gnu/services/guix.scm (<guix-build-coordinator-agent-configuration>): New
field, max-1min-load-average.
(guix-build-coordinator-agent-configuration-max-1min-load-average): New
procedure.
(guix-build-coordinator-agent-shepherd-services): If set, include the
max-1min-load-average in the agent arguments.

gnu: guix-build-coordinator: Add missing guile-sqlite3 to wrapper.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator)[arguments]:
List guile-sqlite3 as a guile input for wrapping.

gnu: emacs-transient: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-transient): Update to 0.3.2.

gnu: emacs-modus-themes: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-themes): Update to 1.3.0.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.28.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-debbugs): Update to 0.28.

gnu: emacs-auctex: Update to 13.0.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Update to 13.0.8.

gnu: Add emacs-nameless.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nameless): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-vc-hgcmd.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-vc-hgcmd): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-shell-command+.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shell-command+): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-ibuffer-vc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ibuffer-vc): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-corfu.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-corfu): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-notmuch-maildir.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-notmuch-maildir): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add cl-terrable.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-terrable, cl-terrable, ecl-terrable):
  New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

import: pypi: Clarify docstring of parse-requires.txt

* guix/import/pypi.scm (parse-requires.txt): Document the parameter more
explicitly.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

status: Separate downloads upon '--verbosity=2'.

This is a followup to 1fa4aff1fbb46bbb9df8486ca12bfcfe6144458a,
reintroducing the newline previously emitted by 'guix substitute' upon
download completion.

With this change, with '--verbosity=2', each download occupies three
lines again, like so:

--8<---------------cut here---------------start------------->8---
downloading from https://ci.guix.gnu.org/nar/lzip/…-jsoncpp-1.9.2 ...
 jsoncpp-1.9.2  93KiB                4.2MiB/s 00:00 [##################] 100.0%

--8<---------------cut here---------------end--------------->8---

This makes the output more readable.

* guix/status.scm (print-build-event): When PRINT-URLS? is true, print
a blank line after the download.

file-systems: read-partition-{uuid,label} don't swallow ENOENT & co.

Previously, (read-partition-uuid "/does/not/exist") would return #f.
With this change, a 'system-error exception is raised as expected.

* gnu/build/file-systems.scm (ENOENT-safe): Clarify docstring.
(partition-field-reader): Remove use of 'ENOENT-safe'.
(partition-predicate): Wrap READER in 'ENOENT-safe'.

import: go: Autoload (htmlprag).

Fixes <https://bugs.gnu.org/47924>.
Reported by Carl Dong <contact@carldong.me>.

* guix/import/go.scm: Autoload (htmlprag).

import: go: Do not set '%strict-tokenizer?' from the top level.

This avoids interference with other users of (htmlprag) and makes the
intent clearer.

* guix/import/go.scm <top level>: Remove call to '%strict-tokenizer?'.
(go-package-licenses, go-package-description)
(go-package-synopsis, fetch-module-meta-data): Pass #:strict? #t to
'html->sxml'.

gnu: wine64-staging: copy wine32-staging libraries.

A similar phase has been added to wine64 since version 5.21 in order to fix
linkage issues of binaries copied from wine32.
See also <https://bugs.gnu.org/42342>.

* gnu/packages/wine.scm (wine64-staging)[#phases]: Add ‘copy-wine32-libraries’.

gnu: wine-staging: Update to 6.6.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 6.6.

doc: Update TRANSLATED_INFO.

This fixes issues with missing sources when the infos are built.

* doc/local.mk (TRANSLATED_INFO): Add missing documents.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-25.c49b1c8.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-25.c49b1c8.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.114.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.114.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.32.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.32.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.16.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: wireshark: Update to 3.4.5 [security fixes].

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.4.5.

gnu: libupnp: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/upnp.scm (libupnp): Update to 1.14.6.

gnu: waybar: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/wm.scm (waybar): Update to 0.9.7.

gnu: libretro-lowresnx: Update to 1.2.

* gnu/packages/emulators.scm (libretro-lowresnx): Update to 1.2.

gnu: retroarch: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.9.1.
[arguments]: Add '--disable-git_version' to configure flags.

Revert "gnu: Add cl-weir."

This reverts commit 5763eba94cccc4019cb07b0cac6c16132c741e11.

There may be a license issue with this package making it non-free.
Reported by Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu> in
<https://issues.guix.gnu.org/47943>.

gnu: Add cl-weir.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-weir, ecl-weir, sbcl-weir): New variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-pathname-utils.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-pathname-utils, cl-pathname-utils,
  ecl-pathname-utils): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add daemonize.

* gnu/packages/admin.scm (daemonize): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add kraken2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kraken2): New variable.

gnu: libxlsxwriter: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/xml.scm (libxlsxwriter): Update to 1.0.3.

gnu: openvpn: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/vpn.scm (openvpn): Update to 2.5.2.

gnu: openconnect-sso: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect-sso): Update to 0.7.3.

gnu: exfatprogs: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/file-systems.scm (exfatprogs): Update to 1.1.1.