gtk and wayland update

gnu: cl-nfiles: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-nfiles): Update to 1.1.0.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sdrangel: Update to 7.8.6.

* gnu/packages/radio.scm (sdrangel): Update to 7.8.6.
  [inputs]: Add hidapi.

gnu: urh: Update to 2.9.4.

* gnu/packages/radio.scm (urh): Update to 2.9.4.

gnu: qdmr: Update to 0.11.2.

* gnu/packages/radio.scm (qdmr): Update to 0.11.2.

gnu: julia: Use SSL_CERT_FILE for SSL certificates.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/61121>.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Add a phase to have Julia
use the SSL_CERT_FILE search path.
[native-search-paths]: Add SSL_CERT_FILE.

services: greetd: Fix configuration serialization.

* gnu/services/base.scm (make-greetd-terminal-configuration-file): Add missing
'general' section to configuration file.

gnu: basu: Propagate libcap.

* gnu/packages/freedesktop.scm (basu): Propagate libcap so that pkg-config can
find basu's dependency.

Signed-off-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

gnu: rpm: Enable zstd support.

* gnu/packages/package-management.scm (rpm) [inputs]: Add zstd.

gnu: kio: Fix indentation.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kio): Fix indentation.

gnu: kio: Disable flaky kiowidgets-kdirlistertest test.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kio) [phases]: Skip the
kiowidgets-kdirlistertest test in the check phase.

gnu: Add tree-sitter-grammar-html.

* gnu/packages/crates-io.scm (tree-sitter-grammar): New variable.
(tree-sitter-grammar-html): New variable.

gnu: Add tree-sitter-cli.

* gnu/packages/tree-sitter.scm (tree-sitter-cli): New variable.

Signed-off-by: Andrew Tropin <andrew@trop.in>

gnu: Add rust-smallbitvec-2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-smallbitvec-2): New variable.

Signed-off-by: Andrew Tropin <andrew@trop.in>

gnu: Add rust-html-escape.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-html-escape): New variable.

Signed-off-by: Andrew Tropin <andrew@trop.in>

gnu: tree-sitter: Update package style.

* gnu/packages/tree-sitter.scm (tree-sitter): Add gexps, remove trailing #t,
reformat code.

gnu: tree-sitter: Update to 0.20.7.

* gnu/packages/tree-sitter.scm (tree-sitter): Update to 0.20.7.

Signed-off-by: Andrew Tropin <andrew@trop.in>

gnu: tree-sitter: Move to its own module.

* gnu/packages/text-editors.scm (tree-sitter): Move to ...
* gnu/packages/tree-sitter.scm: ... here, a new module.
* gnu/packages/vim.scm: Use (gnu packages tree-sitter).
* gnu/packages/emacs.scm: Use (gnu packages tree-sitter).
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Register tree-sitter.scm new module.

Signed-off-by: Andrew Tropin <andrew@trop.in>

gnu: Add the Go standard library 1.20.

* gnu/packages/golang.scm (go-std-1.20): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add Go 1.20.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.20): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: greetd: Use new-style inputs.

* gnu/packages/admin.scm (greetd)[inputs]: Use new-style inputs.

Signed-off-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

gnu: greetd: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/admin.scm (greetd): Update to 0.9.0.

Signed-off-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

gnu: rust-nix-0.26: New variable.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-nix-0.26): New variable.
(rust-nix-0.24): Inherit from above.

Signed-off-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

gnu: Add python-scrublet.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scrublet): New variable.

gnu: efl: Choose lua implementation based on system architecture.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[propagated-inputs]: Use luajit or
lua based on the system's luajit support.
[arguments]: Adjust configure-flags to use the correct lua.

services: lightdm: Sync documentation with source.

Table entry @item nodes cannot span multiple lines.

* gnu/services/lightdm.scm
(lightdm-gtk-greeter-configuration): Fix cursor-theme-size description.
* doc/guix.texi (lightdm-service-type): Sync with source.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

services: configuration: Format a list of packages by their names.

* gnu/services/configuration.scm
(generate-documentation): Format a list of packages by their names.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: qtdeclarative: Disable tst_qquickfolderdialogimpl test.

* gnu/packages/qt.scm (qtdeclarative) [phases]: Mark the
tst_qquickfolderdialogimpl test as skipped in the check phase.

services: Add block-facebook-hosts-service-type.

Deprecates %facebook-host-aliases in favour of using
hosts-service-type service extensions.

* gnu/services/networking.scm
(block-facebook-hosts-service-type): New variable.
(%facebook-host-aliases): Deprecate variable.
* doc/guix.texi: Document it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: Deprecate hosts-file.

* gnu/system.scm (operating-system-hosts-file): Deprecate procedure.
(warn-hosts-file-field-deprecation): New procedure, helper for
deprecated variable.
(operating-system)[hosts-file]: Use helper to warn deprecated field.
(local-host-aliases): Mark as deprecated.
(local-host-entries): New procedure.
(operating-system-default-essential-services,
hurd-default-essential-services): Use hosts-service-type.  Use
'%operating-system-hosts-file' and 'local-host-entries'.
(default-/etc/hosts): Remove procedure.
(operating-system-etc-service): Remove hosts file.
* doc/guix.texi (operating-system Reference)
(Networking Services) (Virtualization Services): Rewrite documentation
entries to use hosts-service-type.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: Add hosts-service-type.

* gnu/services/base.scm (<host>): New record type.
(host): New procedure.
(hosts-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Service Reference): Document it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Remove valgrind-3.20.

* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind-3.20): Delete variable.
(valgrind/interactive): Update to 3.20.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libchop: Fix build and test.

* gnu/packages/backup.scm (libchop)[source]: Adjust snippet to work
around build error in Gnulib's <stdio.h>.
[arguments]: Remove 'skip-test' phase and add 'adjust-test' phase.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.305.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.305.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.272.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.272.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.231.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.231.
(linux-libre-5.4-pristine-source, deblob-scripts-5.4): Update hashes.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.167.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.167.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.15: Update to 5.15.92.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.15-version): Update to 5.15.92.
(linux-libre-5.15-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 6.1.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-6.1-version): Update to 6.1.10.
(linux-libre-6.1-pristine-source): Update hash.

gnu: gpaint: Update to 0.3.4

* gnu/packages/graphics.scm (gpaint): Update to 0.3.4
[arguments]: Remove.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: yosys: Use external abc.

* gnu/packages/fpga.scm (yosys)[source]: Remove snippet and associated
"modules" field.
[arguments]: Replace "prepare-abc" phase with "use-external-abc", which
configures the package's build system to use the system's "abc" executable
instead of creating a duplicate; add "add-symbolic-link" phase to preserve
availability of "yosys-abc" command.
[inputs]: Move abc from here...
[propagated-inputs]: ...to here, to ensure its availability at runtime.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: yosys: Use new package style.

* gnu/packages/fpga.scm (yosys)[source]: Use gexp in snippet and don't
explicitly return #t.
[arguments]: Use gexps; use search-input-file to locate executables; simplify
parameters to "configure" phase; don't explicitly return #t from phases.
[native-inputs]: Sort alphabetically.
[inputs]: Sort alphabetically.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: yosys: Update source and home-page URLs.

* gnu/packages/fpga.scm (yosys)[source]: Update source-repository URL.
[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: nar-herder: Update to 0-15.39cf228.

* gnu/packages/package-management.scm (nar-herder): Update to 0-15.39cf228.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-37.3ba8418.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-37.3ba8418.
[propagated-inputs]: Switch to guile-fibers-next.

gnu: wxmaxima: Update to 22.12.0.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 22.12.0.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: wxwidgets: Remove configure option.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets)[arguments]: Remove webviewwebkit
  configure option that prevented webview option from being in build and
  wxconfig feature list. Remove 'use-newer-webkit' phase.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: cl-webkit: Update to 3.5.7.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-webkit): Update to 3.5.7.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: jami: Remove unused native inputs.

* gnu/packages/jami.scm (jami) [native-inputs]: Remove doxygen, graphviz and
gsettings-desktop-schemas.

gnu: libjami: Move jamid daemon to a "bin" output.

* gnu/packages/jami.scm (libjami) [outputs]: Add a "bin" output.
[arguments]: Add a move-jamid phase.
* gnu/services/telephony.scm
(jami-configuration->command-line-arguments): Refer to the "bin" output of
libjami.
(jami-shepherd-services): Likewise.

gnu: ffmpeg-jami: Add a debug output.

* gnu/packages/jami.scm (ffmpeg-jami) [outputs]: New field.
[configure-flags]: Add "--disable-stripping".

gnu: ffmpeg-jami: Really honor custom configuration flags.

Because the substitute-keyword-arguments pattern was (#:configure-flags '())
rather than (#:configure-flags _ '()), the replacement was not triggered.

* gnu/packages/jami.scm (%ffmpeg-default-configure-flags): Comment that the
fnnvcodec-related options are left out.
(%ffmpeg-linux-x86-configure-flags): Delete variable.
(ffmpeg-compose-configure-flags): Streamline and use gexps.
(ffmpeg-jami) [arguments]: Fix configure-flags pattern, and adjust to use
gexps.  Add the "--disable-static" and "--enable-shared" flags to produce
shared objects with the correct RUNPATH.

gnu: opendht: Add a "python" output.

This reduces the size of the main output from 286.1 MiB to 216.6 MiB.

* gnu/packages/networking.scm (opendht) [outputs]: Add "python".
[phases]: Adjust Python prefix of the fix-python-installation-prefix phase.
[inputs]: Add python, used to wrap the tools.

gnu: opendht: Do not produce static libraries.

* gnu/packages/networking.scm (opendht) [configure-flags]: Add
"--disable-static".

gnu: qtdeclarative: Skip tst_qqmlprofilerservice test.

* gnu/packages/qt.scm (qtdeclarative) [phases]: Mark the
tst_qqmlprofilerservice test as skipped in the check phase.

gnu: qtbase: Do not capture Python from native-inputs.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase) [phases]: Add do-not-capture-python phase.

gnu: qtbase: Do not capture cmake-minimal.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase) [phases]: Add a substitution to the
patch-more-paths phase.

gnu: rust-vte-0.3: Remove precompiled binary from source.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-vte-0.3)[source]: Add snippet to
remove two bundled binaries.

Reported-by: Andrius Štikonas

system: Source .profile in skeleton bash_profile.

Make it consistent with bash_profile generated by Guix Home.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons)[bash_profile]: Source .profile in
skeleton bash_profile.

gnu: julia-crayons: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-crayons): Update to 4.1.1.

gnu: Add julia-fitsio.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-fitsio): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add julia-cfitsio.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-cfitsio): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add julia-cfitsio-jll.

* gnu/packages/julia-jll.scm (julia-cfitsio-jll): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: julia-optim: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-optim): Update to 1.7.4.
[arguments]: Update 'adjust-tests phase.

gnu: julia-measurements: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-measurements): Update to 2.8.0.
[native-inputs]: Add julia-aqua.

gnu: julia-quadgk: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-quadgk): Update to 2.5.0.

gnu: go-1.16: Remove redundant native-input substitution.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.16)[native-inputs]: More directly
inherit from go-1.14.

gnu: julia-latexstrings: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-latexstrings): Update to 1.3.0.

gnu: sgabios: Don't build for a specific target.

* gnu/packages/firmware.scm (sgabios)[arguments]: Set target to #f since
we're building a firmware file.

gnu: seabios: Don't build for a specific target.

* gnu/packages/firmware.scm (seabios)[arguments]: Set target to #f since
we're producing a firmware file.

gnu: openbios-qemu-ppc: Don't build for a specific target.

* gnu/packages/firmware.scm (openbios-qemu-ppc)[arguments]: Set target
to #f since we're producing a firmware file and not a binary.

gnu: openbios-qemu-ppc: Fix building on aarch64-linux.

* gnu/packages/firmware.scm (openbios-qemu-ppc)[arguments]: When
building from aarch64-linux build for armhf-linux.

gnu: lxqt-admin: Fix path for timezone file.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-admin)[arguments]: Update hardcoded path
for zone.tab to point to tzdata reference.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: emacs-inspector: Update to 0.19.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-inspector): Update to 0.19.
[arguments]<#:phases>: Remove unnecessary phases.
[native-inputs]: Remove EMACS-ERT-RUNNER.

gnu: rtmidi: Use JACK 2.

* gnu/packages/audio.scm (rtmidi)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: milkytracker: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: milkytracker: Reformat description.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[description]: Reformat.

gnu: milkytracker: Drop trailing #T from snippet.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[source]: Drop trailing #T.

gnu: milkytracker: Drop input labels.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[inputs]: Drop labels.

gnu: seq24: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (seq24)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: jack-capture: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (jack-capture)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: jack-keyboard: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (jack-keyboard)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: jack-select: Drop input labels.

* gnu/packages/music.scm (jack-select)[inputs]: Drop labels.

gnu: bristol: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (bristol)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: bristol: Pass -fcommon.

* gnu/packages/music.scm (bristol)[arguments]: Add build phase 'add-fcommon.

gnu: bristol: Remove trailing #T.

* gnu/packages/music.scm (bristol)[arguments]: Drop trailing #T from build
phases.

gnu: Add bitmapperbs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bitmapperbs): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: efl: Remove input labels.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl) [native-inputs]: Remove labels.
[inputs]: Likewise.
[propagated-inputs]: Likewise.
[arguments]: Use search-input-file.  Only substitute libcurl.so.4, as
libcurl.so.5 does not exist in our curl package.

gnu: efl: Replace ibus with ibus-minimal.

This is to avoid having EFL depend on GTK 4, reducing its closure size from
2134.8 MiB to 1446.7 MiB.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl) [inputs]: Replace ibus with
ibus-minimal.

gnu: jami: Update to 20230206.0.

* gnu/packages/jami.scm (jami): Update to 20230206.0.
(%jami-version): Update version.
(%jami-sources): Adjust URI.  Streamline snippet.
(jami-apply-custom-patches): Use a wildcard to match the top-level directory,
which now includes the version.
(%ffmpeg-default-configure-flags): Adjust URL in top comment.
* gnu/packages/patches/jami-libjami-headers-search.patch: Adjust file names
for new tarball layout.

Revert "gnu: Add bitmapperbs."

This reverts commit f55cc9cb0fb6c5dd56196009681e042c1aef415d.
This commit was prematurely pushed.

gnu: emacs-org-transclusion: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-transclusion): Update to 1.3.2.
[native-inputs]: Remove EMACS-ERT-RUNNER.

gnu: emacs-consult: Update to 0.32.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-consult): Update to 0.32.

gnu: emacs-citeproc-el: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-citeproc-el): Update to 0.9.3.

gnu: Add emacs-langtool.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-langtool): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add bitmapperbs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bitmapperbs): New variable.

gnu: yoshimi: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: lmms: Use JACK 2.

* gnu/packages/music.scm (lmms)[inputs]: Replace jack-1 with jack-2.

gnu: yoshimi: Use gexp.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi)[arguments]: Use gexp and drop trailing #t
from build phases.

gnu: yoshimi: Drop input labels.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi)[inputs]: Drop labels.