gnu: julia: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Update to 0.4.5.
(libuv-julia): Update commit.

gnu: Add r-knitrbootstrap.

* gnu/packages/statistics.scm (r-knitrbootstrap): New variable.

daemon: rounds: Keep the differing output if -K is given.

Regardless of -K, we now also print which output differs.

daemon: Canonicalize gids to 0.

Previously files in the Nix store were owned by root or by nixbld,
depending on whether they were created by a substituter or by a
builder. This doesn't matter much, but causes spurious diffoscope
differences. So use root everywhere.

daemon: check: Keep the differing output if -K is given.

This makes it easier to investigate the non-determinism, e.g.

  $ nix-build pkgs/stdenv/linux -A stage1.pkgs.zlib --check -K
  error: derivation ‘/nix/store/l54i8wlw22656i4pk05c52ngv9rpl39q-zlib-1.2.8.drv’ may not be deterministic: output ‘/nix/store/11a27shh6n2ivi4a7s964i65ql80cf27-zlib-1.2.8’ differs from ‘/nix/store/11a27shh6n2ivi4a7s964i65ql80cf27-zlib-1.2.8-check’

  $ diffoscope /nix/store/11a27shh6n2ivi4a7s964i65ql80cf27-zlib-1.2.8 /nix/store/11a27shh6n2ivi4a7s964i65ql80cf27-zlib-1.2.8-check
  ...
  ├── lib/libz.a
  │   ├── metadata
  │   │ @@ -1,15 +1,15 @@
  │   │ -rw-r--r-- 30001/30000   3096 Jan 12 15:20 2016 adler32.o
  ...
  │   │ +rw-r--r-- 30001/30000   3096 Jan 12 15:28 2016 adler32.o
  ...

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: check: Fix "failed to produce output path".

This occured when sandbox building is disabled, at least one output
exists, and at least one other output does not.

daemon: check: Fix assertion failure when some outputs are missing.

E.g.

  $ nix-build pkgs/stdenv/linux/ -A stage1.pkgs.perl --check
  nix-store: src/libstore/build.cc:1323: void nix::DerivationGoal::tryToBuild(): Assertion `buildMode != bmCheck || validPaths.size() == drv->outputs.size()' failed.

when perl.out exists but perl.man doesn't. The fix is to only check
the outputs that exist. Note that "nix-build -A stage1.pkgs.all
--check" will still give a (proper) error in this case.

daemon: When repairing, rebuild if there is no substituter.

daemon: Fix --repair failure on multiple-output derivations.

If repair found a corrupted/missing path that depended on a
multiple-output derivation, and some of the outputs of the latter were
not present, it failed with a message like

  error: path ‘/nix/store/cnfn9d5fjys1y93cz9shld2xwaibd7nn-bash-4.3-p42-doc’ is not valid

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: ~PathLocks(): Handle exceptions.

Otherwise, since the call to write a "d" character to the lock file
can fail with ENOSPC, we can get an unhandled exception resulting in a
call to terminate().

daemon: Handle /tmp being a symlink.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::startBuilder): Call 'canonPath'
on "/tmp".

services: urandom-seed: Set umask to 077 while shutting down.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-shepherd-service): Call 'umask'.

gnu: libxml2: Update replacement to 2.9.4 [security fixes].

This fixes CVE-2016-{1762, 1833, 1834, 1835, 1836, 1837, 1838, 1839,
1840, 3627, 3705, 4483}.

* gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2016-3627.patch,
gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2016-3705.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/xml.scm (libxml2/fixed): Update to 2.9.4.
[source]: Remove patches.

container: Gracefully report mount errors in the child process.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23306>.

* gnu/build/linux-container.scm (run-container): Use 'socketpair'
instead of 'pipe'.  Rename 'in' to 'child' and 'out' to 'parent'.  Send
a 'ready message or an exception argument list from the child to the
parent; adjust the parent accordingly.
* tests/containers.scm ("call-with-container, mnt namespace, wrong bind
mount"): New test.
* tests/guix-environment-container.sh: Add test with
--expose=/does-not-exist.

container: Gracefully handle failure to set up user namespaces.

* gnu/build/linux-container.scm (run-container): Exit when the parent
process doesn't say 'ready.

download: Update CPAN mirrors.

* guix/download.scm (mirrors)[cpan]: Add to mirror list.

gnu: vapoursynth: Update to 32.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 32.

gnu: Add zimg.

* gnu/packages/image.scm (zimg): New variable.

gnu: mcrypt: Fix CVE-2012-4409, CVE-2012-4426, CVE-2012-4527.

* gnu/packages/mcrypt.scm (mcrypt)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/mcrypt-CVE-2012-4409.patch,
gnu/packages/patches/mcrypt-CVE-2012-4426.patch,
gnu/packages/patches/mcrypt-CVE-2012-4527.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.4-5.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.4-5.

gnu: Remove xgcc-avr.

We now have a dedicated package module for the AVR toolchain with
important modifications on top of what cross-gcc produces.

* gnu/packages/cross-base.scm (xgcc-avr): Delete.

gnu: Add avr-toolchain.

* gnu/packages/avr.scm (avr-toolchain): New procedure.
(avr-toolchain-4.9, avr-toolchain-5): New variables.

gnu: avr-libc: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/avr.scm (avr-libc): Update to 2.0.0.

gnu: avr-libc: Fix build.

* gnu/packages/avr.scm (avr-libc): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Use new avr-gcc and avr-binutils.
[arguments]: Add phase to unset C_INCLUDE_PATH.

gnu: Add avr-gcc-5.

* gnu/packages/avr.scm (avr-gcc-5): New variable.

gnu: Add avr-gcc.

* gnu/packages/avr.scm (avr-gcc): New variable.

gnu: Add avr-binutils.

* gnu/packages/avr.scm (avr-binutils): New variable.

gnu: wordnet: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/wordnet.scm (wordnet)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: wordnet: Fix CVE-2008-2149, CVE-2008-3908.

* gnu/packages/wordnet.scm (wordnet)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/wordnet-CVE-2008-2149.patch,
gnu/packages/patches/wordnet-CVE-2008-3908-pt1.patch,
gnu/packages/patches/wordnet-CVE-2008-3908-pt2.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: id3lib: Fix CVE-2007-4460.

* gnu/packages/mp3.scm (id3lib)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/id3lib-CVE-2007-4460.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: cyrus-sasl: Update URLs.

* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[source]: Use HTTPS URL.
[home-page]: Update home-page URL.

gnu: devil: Fix CVE-2009-3994.

* gnu/packages/patches/devil-CVE-2009-3994.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (devil): Use it.

gnu: iptables: Update to 1.4.21.

* gnu/packages/linux.scm (iptables): Update to 1.4.21.

gnu: Add emacs-better-defaults.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-better-defaults): New variable.

gnu: emacs: Remove uncompressed-file-fetch.

* gnu/packages/emacs.scm (uncompressed-file-fetch): Delete.
(emacs-rfcview, emacs-ffap-rfc-space, emacs-queue, emacs-spinner):
Replace uncompressed-file-fetch with url-fetch.

build: emacs: Handle sources that are a single elisp file.

* guix/build/emacs-build-system.scm (gnu:unpack)
(store-file->elisp-source-file, unpack): New procedures.
(%standard-phases): Use the new unpack procedure.

gnu: Add emacs-seq.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-seq): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-spinner.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-spinner): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-pkg-info.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pkg-info): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-queue.

*  gnu/packages/emacs.scm (emacs-queue): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs: Fix indentation of scheme keyword lists.

* gnu/packages/patches/emacs-fix-scheme-indent-function.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[source]: Use it.

gnu: gegl: Fix CVE-2012-4433.

* gnu/packages/gimp.scm (gegl)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/gegl-CVE-2012-4433.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: vte-0.28: Fix CVE-2012-2738.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-0.28)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/vte-CVE-2012-2738-pt1.patch,
gnu/packages/patches/vte-CVE-2012-2738-pt2.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: t1lib: Fix CVE-2010-2642, CVE-2011-{0764, 1552, 1553, 1554}.

* gnu/packages/fontutils.scm (t1lib)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2010-2642.patch,
gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2011-0764.patch,
gnu/packages/patches/t1lib-CVE-2011-1552+CVE-2011-1553+CVE-2011-1554.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

download: Update Sourceforge mirrors.

* guix/download.scm (mirrors)[sourceforge]: Update mirror list.

gnu: dtach: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/screen.scm (dtach)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: dtach: Update to 0.9 [Fixes CVE-2012-3368].

* gnu/packages/screen.scm (dtach): Update to 0.9.

gnu: tinyproxy: Update to 1.8.4 [Fixes CVE-2012-3505].

* gnu/packages/web.scm (tinyproxy): Update to 1.8.4.
[source]: Download from new location.
[home-page]: Project has moved to Github.

gnu: jansson: Fix CVE-2016-4425.

* gnu/packages/web.scm (jansson)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/jansson-CVE-2016-4425.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: antiword: Fix CVE-2014-8123.

* gnu/packages/textutils.scm (antiword)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/antiword-CVE-2014-8123: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: a2ps: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: a2ps: Fix CVE-2001-1593, CVE-2014-0466.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2001-1593.patch,
gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2014-0466.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: pcre2: Fix CVE-2016-3191.

* gnu/packages/patches/pcre2-CVE-2016-3191.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/pcre.scm (pcre2): Use it.

gnu: libyaml: Fix CVE-2014-9130.

* gnu/packages/patches/libyaml-CVE-2014-9130.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/web.scm (libyaml): Use it.

gnu: graphicsmagick: Fix CVE-2016-5118.

* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2016-5118.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Use it.

gnu: vorbis-tools: Fix CVE-2014-9638, CVE-2014-9639, CVE-2014-9640.

* gnu/packages/xiph.scm (vorbis-tools)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/vorbis-tools-CVE-2014-9638+CVE-2014-9639.patch,
gnu/packages/patches/vorbis-tools-CVE-2014-9640.patch: New variables.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: libtar: Fix CVE-2013-4420.

* gnu/packages/compression.scm (libtar)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/libtar-CVE-2013-4420.patch: New variable.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

This is a follow-up to 89d80159b1da81c4017b46a575c3ec5dd9a96c90.

gnu: glibc: Refer to the target kernel headers when cross-compiling.

This fixes a regression introduced in
efc4eb147512fa7a2c6d74d9b296cfc22b1ef198 whereby the build process
corresponding to 'guix build glibc --target=mips64el-linux-gnu' would
refer to the native headers instead of the target headers, leading to a
build failure:

  ../sysdeps/unix/sysv/linux/statfs64.c: In function ‘__statfs64’:
  ../sysdeps/unix/sysv/linux/statfs64.c:73:1: error: control reaches end of non-void function [-Werror=return-type]
   }
   ^

When we were using CROSS_CPATH instead of CROSS_C_INCLUDE_PATH, the
problem was hidden by the fact that CPATH corresponds to '-I' whereas
C_INCLUDE_PATH corresponds to '-isystem', and '-isystem' directories are
searched after '-I' directories.

* gnu/packages/base.scm (glibc)[arguments]: Refer to the kernel headers
from '%build-target-inputs' when cross-building.

gnu: libtar: Update to 1.2.20 [fixes CVE-2013-4397, CVE-2013-4420].

* gnu/packages/compression.scm (libtar): Update to 1.2.20.
[source]: Add Debian mirror.
[arguments]: Add 'autoconf phase.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, libtool.
[inputs]: Add zlib.
[home-page]: Point to temporary home.

gnu: pciutils: Add kmod support.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[inputs]: Add kmod.

gnu: pciutils: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: pciutils: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/pciutils.scm (pciutils): Update to 3.5.1.

gnu: rpm: Fix CVE-2014-8118.

* gnu/packages/patches/rpm-CVE-2014-8118.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/package-management.scm (rpm): Use it.

gnu: rpm: Update to 4.12.0.1.

* gnu/packages/package-management.scm (rpm): Update to 4.12.0.1.

gnu: zeromq: Update to 4.0.7 [fixes CVE-2014-9721].

* gnu/packages/networking.scm (zeromq): Update to 4.0.7.

gnu: libsodium: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.10.

gnu: procmail: Fix CVE-2014-3618.

* gnu/packages/patches/procmail-CVE-2014-3618.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (procmail): Use it.

gnu: elfutils: Update to 0.166 [fixes CVE-2014-9447].

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.166.

gnu: luajit: Update to 2.0.4.

* gnu/packages/lua.scm (luajit): Update to 2.0.4.

gnu: lua: Update to 5.2.4.

* gnu/packages/lua.scm (lua): Update to 5.2.4.

gnu: lua: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/lua.scm (lua)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: lua-5.1: Fix CVE-2014-5461.

* gnu/packages/lua.scm (lua-5.1)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/lua-CVE-2014-5461: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: retroarch: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.3.4.

gnu: libyaml: Update to 0.1.6 [fixes CVE-2014-2525].

* gnu/packages/web.scm (libyaml): Update to 0.1.6.

services: Add urandom-seed-service.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23605>.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-service): New procedure.
(%random-seed-file, urandom-seed-service-type): New variables.
(%urandom-seed-shepherd-service): New procedure.
(%base-services): Call 'urandom-seed-service'.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

gnu: potrace: Update to 1.13 [fixes CVE-2013-7437].

* gnu/packages/fontutils.scm (potrace): Update to 1.13.

gnu: Add Guile-GNOME.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-gnome): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Update diamond to 0.8.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.3.

gnu: Add gcide.

* gnu/packages/dictionaries.scm (gcide): New variable.

gnu: wxmaxima: Wrap with GSETTINGS_SCHEMA_DIR and XDG_DATA_DIRS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22709> and <http://bugs.gnu.org/23260>.

* gnu/packages/math.scm (wxmaxima)[arguments]: Wrap with
GSETTINGS_SCHEMA_DIR and XDG_DATA_DIRS.

gnu: gprolog: Don't install files into "$out/gprolog-1.4.4".

* gnu/packages/gprolog.scm (gprolog)[arguments]: Pass '--with-install-dir'
to #:configure-flags.

gnu: Add wiredtiger.

* gnu/packages/database.scm (wiredtiger): New variable.

cve: Use a more compact format for the list of package/versions.

On a warm cache, "guix lint -c cve vorbis-tools" goes down
from 6.5s to 2.4s.

* guix/cve.scm (cpe->package-name): Change to return two values instead
of a pair.
(cpe->product-alist): New procedure.
(%parse-vulnerability-feed): Use it instead of 'filter-map'.
(fetch-vulnerabilities): Bump sexp format version to 1.
(vulnerabilities->lookup-proc): Adjust accordingly.  When #:version is
omitted, return a list of vulnerabilities instead of a list of
version/vulnerability pairs.
* tests/cve.scm (%expected-vulnerabilities)
("vulnerabilities->lookup-proc): Adjust accordingly.

guix package: Inherit the transformed version number.

Previously, 'guix package -i emacs --with-source=./emacs-42.tar.gz'
would fail to use "42" as the version number in the manifest entry.

Reported by piyo on #guix.

* guix/scripts/package.scm (process-actions)[transform-entry]: Inherit
the version number from the result of TRANSFORM when it's a package.
* tests/guix-package.sh: Test it.

gnu: gd: Update to 2.2.1 [fixes CVE-2015-{8874, 8877}].

* gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-3074.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.2.1.
[source]: Remove patch. Update source URL.

gnu: scrot: Add source mirror.

* gnu/packages/xdisorg.scm (scrot)[source]: Add fossies mirror.

gnu: serf: Update project source.

* gnu/packages/web.scm (serf)[source]: Releases are now hosted by Apache.
[home-page]: Project is now hosted by Apache.

gnu: xlockmore: Update to 5.47.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.47.

gnu: t1lib: Add source mirror.

* gnu/packages/fontutils.scm (t1lib)[souce]: Add fossies mirror.

gnu: synergy: Update to 1.7.6.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy): Update to 1.7.6.

gnu: synergy: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[arguments]; Use 'modify-phases'.

gnu: synergy: Update project source.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[source]: Use new location.
[home-page]: Use project's new website.

gnu: eyed3: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.7.9.

gnu: mpc123: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mp3.scm (mpc123)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mpc123: Add new source location.

* gnu/packages/mp3.scm (mpc123)[source]: Add Debian mirror.
[home-page]: Project has moved to Github.

download: Default to a 10s connection establishment timeout.

* guix/build/download.scm (ftp-fetch): Add #:timeout and pass it to
'ftp-open'.
(http-fetch): Add #:timeout and pass it to 'open-connection-for-uri' and
in recursive calls.
(url-fetch): Add #:timeout and pass it to 'http-fetch' and 'ftp-fetch'.

download: Use URI objects for content-addressed mirrors.

This fixes a bug whereby 'http-fetch' would be passed a string instead
of a URI object.

* guix/build/download.scm (url-fetch): Rename 'content-addressed-urls'
to 'content-addressed-uris', and call 'string->uri'.

gnu: Add emacs-epl.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-epl): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: emacs-async: Update to 1.9.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-async): Update to 1.9.

gnu: magit: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 2.7.0.