gnu: Add ghc-aeson-pretty.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-aeson-pretty): New variable.

file-systems: Remove unneeded import.

* gnu/system/file-systems.scm: Remove import of (guix gexp), unneeded
since commit 060d62a740fc1932a3be505534feff099b59ac9f.

gnu: qtkeychain: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/qt.scm (qtkeychain): Update to 0.7.0.

gnu: calibre: Update to 2.58.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 2.58.0.

gnu: python-pyqt: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: python-pyqt: Update to 5.6.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt, python2-pyqt): Update to 5.6.
(python-pyqt)[native-inputs]: Remove qt, add qtbase.
(python2-pyqt)[native-inputs]: Remove qt, add qtbase.

gnu: python-sip: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: python-sip: Update to 4.18.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip, python2-sip): Update to 4.18.

gnu: Add emacs-cider.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-cider): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: znc: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/messaging.scm (znc): Update to 1.6.3.

gnu: services: Add dicod-service.

* gnu/services/dict.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Various Services): Document it.

gnu: ntp: Update to 4.2.8p8 [fixes CVE-2016-{4953, 4954, 4955, 4956, 4957}].

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8p8.

gnu: ntp: Add HTTPS URL.

This works around an HTTP -> HTTPS redirection.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp)[source]: Add HTTPS URL.

services: urandom-seed: Refresh seed at boot.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-shepherd-service): Refresh the random
seed unconditionally at boot. Ensure directory structure for %random-seed-file
exists when shutting down.
(%urandom-seed-activation): Remove variable.
(urandom-seed-service-type): Remove deleted variable from list of extensions.

gnu: krona-tools: Correct paths used internally.

* gnu/packages/web.scm (krona-tools)[arguments]: Add 'check' phase.
Correct paths used internally.

profiles: 'profile-derivation' now honors #:system.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23682>.
Reported by Ander GM <anthk@openmailbox.org>.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Pass #:system to
'gexp->derivation'.
* tests/guix-environment.sh: Add 'guix environment -s' test.

gnu: Add Wireshark.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Use full SHA1 commit ids.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pbtranscript-tofu, mosaik,
  smithlab-cpp, piranha): Use full SHA1 commit ids.
* gnu/packages/ci.scm (hydra): Likewise.
* gnu/packages/compression.scm (sfarkxtc): Likewise.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ob-ipython): Likewise.
* gnu/packages/games.scm (mars, emulation-station): Likewise.
* gnu/packages/gnunet.scm (guile-gnunet): Likewise.
* gnu/packages/music.scm (non-sequencer): Likewise.
* gnu/packages/version-control.scm (git-flow, git-test-sequence): Likewise.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-intel): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention the 'ip' command.

Suggested by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Mention 'ip'.

gnu: Add qtbase.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase): New variable.

Co-authored by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add emacs-helm.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: lirc: Update to 0.9.4.

* gnu/packages/lirc.scm (lirc): Update to 0.9.4.
[arguments]: Add 'patch-lirc-make-devinput' and 'patch-doc/Makefile.in'
phases.
[inputs]: Add 'libusb-compat' and 'linux-libre-headers'.

gnu: Add python-twisted and python2-twisted.

* gnu/packages/python.scm (python-twisted, python2-twisted): New variables.

gnu: Add python-gevent and python2-gevent.

* gnu/packages/python.scm (python-gevent, python2-gevent): New variables.

gnu: Add python-greenlet and python2-greenlet.

* gnu/packages/python.scm (python-greenlet, python2-greenlet):
New variables.

gnu: smartmontools: Update to 6.5.

* gnu/packages/admin.scm (smartmontools): Update to 6.5.

gnu: diamond: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.5.

gnu: Add ruby-spring.

* gnu/packages/rails.scm (ruby-spring): New variable.

gnu: Add ruby-debug-inspector.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* gnu/packages/rails.scm: New file.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.4-7.

* gnu/packages/patches/imagemagick-CVE-2016-5118.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.4-7.
[source]: Remove patch.

gnu: wxwidgets: Enable support for "advanced" regular expressions.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets)[arguments]: Enable support for
"advanced" regular expressions.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.8.0.

These packages should be updated together.

* gnu/packages/tls.scm (certbot): Update to 0.8.0.
[arguments]: Remove substitution in 'docs' phase.
(python-acme, python-acme): Update to 0.8.0.

gnu: emacs-yaml-mode: Fix source hash.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-yaml-mode)[source]: Fix hash.

gnu: Add emacs-web-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-web-mode): New variable.

gnu: Add emacs-yaml-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-yaml-mode): New variable.

gnu: Add emacs-ido-ubiquitous.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ido-ubiquitous): New variable.

gnu: Add emacs-ido-completing-read+.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ido-completing-read+): New variable.

gnu: Add emacs-rainbow-delimiters.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-rainbow-delimiters): New variable.

gnu: Add emacs-elfeed.

* gnu/pacakges/emacs.scm (emacs-elfeed): New variable.

gnu: Add emacs-projectile.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-projectile): New variable.

gnu: Add emacs-markdown-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-markdown-mode): New variable.

gnu: Add emacs-js2-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-js2-mode): New variable.

gnu: Add emacs-smex.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-smex): New variable.

gnu: ipopt: Use libblas from LAPACK, and fix 'Libs' in 'ipopt.pc'.

* gnu/packages/maths.scm (ipopt)[inputs]: Remove OPENBLAS.
[arguments]: New field.

gnu: Add ceres-solver.

* gnu/packages/maths.scm (ceres): New variable.

gnu: Add gflags.

* gnu/packages/popt.scm (gflags): New variable.

gnu: gdb: Update to 7.11.1.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Update to 7.11.1.

gnu: Add Termite.

* gnu/packages/terminals.scm (termite): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Explain that packages can be installed in the installation system.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Add paragraph about
package installation in the installation system.

gnu: linux-libre: Update to 4.6.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.6.1.

gnu: linux-libre-4.4: Update to 4.4.12.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.12.

gnu: icecat: Install '.desktop' entry.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23094>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[arguments]: Add
'install-desktop-entry' phase.

gnu: Add IpOpt.

* gnu/packages/maths.scm (ipopt): New variable.

gnu: bundler: Update to 1.12.5.

* guix/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.12.5.

gnu: Add libiax2.

* gnu/packages/telephony.scm (libiax2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.7.0.

These packages should be updated together.

* gnu/packages/tls.scm (certbot): Update to 0.7.0.
(arguments): Adjust 'docs' phase to new build system and work around upstream
typo.
(python-acme, python2-acme): Update to 0.7.0.

doc: Update specification for Python packages

* doc/guix.texi (Python Packages): Add rule for packages with upstream
  name starting with "py".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Clarify non-interference when installed on a foreign distro.

Suggested by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* doc/guix.texi (Installation): Add paragraph explaining that files live
in two directories.

gnu: Add python2-ipaddr.

* gnu/packages/python.scm: (python2-ipaddr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-sqlparse and python2-sqlparse.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlparse, python2-sqlparse):
New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-tblib and python2-tblib.

* gnu/packages/python.scm (python-tblib, python2-tblib): New
variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add dfu-util.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (dfu-util): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Suggest pgp.mit.edu.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Use pgp.mit.edu instead of
keys.gnupg.net, which seems to be dead.

gnu: Add vte-ng.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): New variable.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: icedtea: Update to 1.13.11.

Fixes CVE-2016-{0686, 0687, 0695, 3425, 3427}.

* gnu/packages/patches/icedtea-remove-overrides.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/java.scm (icedtea): Update to 1.13.11.
[source]: Use the patch.
[inputs]: Add libxcomposite.

gnu: autogen: Fix source URL.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen)[source]: Fix source URL.

install: 'cow-store' now bind-mounts the target's /tmp.

Reported by Matthew Jordan <matthewjordandevops@yandex.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-05/msg00967.html>.

* gnu/system/install.scm (make-cow-store): Bind-mount TARGET's /tmp
on /tmp.

import: github: Tiny cosmetic change.

* guix/import/github.scm (find-extension): Use a one-argument lambda.

gnu: rofi: New variable.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: emacs-constants: Fix source file-name.

Fixes a regression introduced in f99f3f24ef604f44023379da4b375c80e6844be1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-constants)[source]: Fix file-name.

emacs: Add "Build Log" button to Package Info.

* emacs/guix-main.scm (package-build-log-file): New procedure.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-build-log-file)
(guix-package-find-build-log)
(guix-package-info-insert-build-log-button): New procedures.
(guix-package-info-button-functions): Add
'guix-package-info-insert-build-log-button'.

emacs: Add "Build" button to Package Info.

* emacs/guix-main.scm: Use (guix scripts) module for 'build-package'
procedure.
* emacs/guix-base.el (guix-build-package): New procedure.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-insert-build-button): New
procedure.
(guix-package-info-button-functions): New variable.
(guix-package-info-insert-misc): Insert buttons using it.

emacs: Extend 'guix-mapinsert'.

* emacs/guix-utils.el (guix-mapinsert): Add 'indent' and 'column'
keyword arguments.

emacs: Show built output directories in Package Info.

* emacs/guix-main.scm (package-store-path): New procedure.
* emacs/guix-base.el (guix-package-store-path): New procedure.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-auto-find-package): New
variable.
(guix-package-info-show-store-path, guix-package-info-insert-misc): New
procedures.
(guix-package-info-format, guix-output-info-format): Add
'guix-package-info-insert-misc'.

gnu: taskwarrior: Update to 2.5.1

* gnu/packages/task-management.scm (taskwarrior): Update to 2.5.1.

gnu: Add py3status.

* gnu/packages/python.scm (python-py3status): New variable.

gnu: nginx: Update to 1.10.1 [Fixes CVE-2016-4450].

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.10.1.

gnu: autogen: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: autogen: Update to 5.18.10.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen): Update to 5.18.10.

gnu: scrot: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/xdisorg.scm (scrot)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: scrot: Fix typo in source uri.

* gnu/packages/xdisorg.scm (scrot)[source]: Fix typo in uri.

This is a follow-up to 9da459f350709af0cd92c3eb7ddd459eda5959dd.

gnu: emms: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/emacs.scm (emms)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: emms: Update to 4.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emms): Update to 4.1.

gnu: librecad: Update to 2.0.11.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad): Update to 2.0.11.

gnu: dosfstools: Update to 4.0.

* gnu/packages/disk.scm (dosfstools): Update to 4.0.
[arguments]: Re-enable the 'configure phase.

gnu: microscheme: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/avr.scm (microscheme): Update to 0.9.3.

gnu: munge: Update to 0.5.12.

* gnu/packages/admin.scm (munge): Update to 0.5.12.

import github: Add to extension list.

* guix/import/github.scm (find-extension): Add '.tgz' extension.

gnu: obs: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 0.14.2.

gnu: emacs-better-defaults: Specify source file name.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-better-defaults)[source]: Specify a
  useful file name, as usual with tarballs from GitHub.

gnu: imagemagick: Fix CVE-2016-5118.

* gnu/packages/patches/imagemagick-CVE-2016-5118.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Use it.

gnu: graphicsmagick: Update to 1.3.24 [security update].

Fixes CVE-2016-{2317, 2318, 5118} and many other security issues
described in 'NEWS.txt'.

* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2016-5118.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Update to 1.3.24.
[source]: Remove patch.

daemon: Substitute queries return immediately when substitutes are disabled.

Reported by Federico Beffa <beffa@ieee.org>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-05/msg00928.html>.

* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::querySubstitutablePaths)
(LocalStore::querySubstitutablePathInfos): Return when
'settings.useSubstitutes' is false.
* tests/store.scm ("references/substitutes missing reference info"):
Make sure to return #f on failure.
* tests/store.scm ("substitutable-path-info when substitutes are turned off"):
("substitutable-paths when substitutes are turned off"): New tests.

daemon: Fix typo.

Fixes a regression/typo introduced in
e08380fb6cefd3fd67c3c220a3ddaf385e6413cf.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::startBuilder): Canonicalize
"/tmp", not "/tmp/guix-build".

offload: Use (guix build syscalls).

This is a followup to 4e0ea3eb288c2143b44bf324c64047762c72d3b3.

* guix/scripts/offload.scm: Use (guix build syscalls).

daemon: Remove unused XML output code.

* nix/local.mk (libutil_a_SOURCES): Remove libutil/xml-writer.cc.
(libutil_headers): Remove libutil/xml-writer.hh.
* nix/libutil/xml-writer.hh, nix/libutil/xml-writer.cc: Remove.

gnu: Add ghmm.

* gnu/packages/machine-learning.scm (ghmm): New variable.

gnu: gimp: Update to 2.8.16.

* gnu/packages/gimp.scm (gimp): Update to 2.8.16.

gnu: Add r-genomationdata.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomationdata): New variable.

gnu: Add r-runit.

* gnu/packages/statistics.scm (r-runit): New variable.