gnu: r-hdf5array: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hdf5array): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rhdf5lib: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rhdf5lib): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-beachmat: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-beachmat): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-beachmat): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-singlecellexperiment: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-singlecellexperiment): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-singlecellexperiment): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-scater: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scater): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-scran: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scran): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-delayedmatrixstats: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedmatrixstats): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rgraphviz: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/graph.scm (r-rgraphviz): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgraphviz): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-preprocesscore: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/statistics.scm (r-preprocesscore): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-preprocesscore): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-fourcseq: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/cran.scm (r-fourcseq): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fourcseq): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rgraphviz: Build reproducibly.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43398>.

* gnu/packages/graph.scm (r-rgraphviz)[arguments]: Add phase
"make-reproducible".

gnu: r-quantreg: Update to 5.67.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.67.

gnu: r-cowplot: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cowplot): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.900.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.900.3.0.

gnu: r-ggdendro: Update to 0.1.22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggdendro): Update to 0.1.22.

gnu: r-stringi: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.5.3.

gnu: r-mass: Update to 7.3-53.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-53.

gnu: r-diversitree: Update to 0.9-14.

* gnu/packages/cran.scm (r-diversitree): Update to 0.9-14.

gnu: r-seurat: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 3.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-ape; add r-matrixstats.

gnu: r-rfast: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rfast): Update to 2.0.1.

gnu: r-scatterpie: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-scatterpie): Update to 0.1.5.

gnu: r-forecast: Update to 8.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): Update to 8.13.

gnu: r-gamlss: Update to 5.2-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.2-0.

gnu: r-parameters: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.8.5.

gnu: r-systemfonts: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 0.3.1.

gnu: r-dalex: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.0.

gnu: r-sf: Update to 0.9-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-6.

gnu: r-deldir: Update to 0.1-29.

* gnu/packages/cran.scm (r-deldir): Update to 0.1-29.

gnu: r-shinyjs: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyjs): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-etm: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): Update to 1.1.1.

gnu: r-fields: Update to 11.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 11.4.

gnu: r-rnifti: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.2.2.

gnu: r-misc3d: Update to 0.9-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-misc3d): Update to 0.9-0.

gnu: r-rcpphnsw: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpphnsw): Update to 0.3.0.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.16.0.

gnu: r-performance: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.5.0.

gnu: r-mosaicdata: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaicdata): Update to 0.20.1.

gnu: r-mosaiccore: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaiccore): Update to 0.8.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lazyeval.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.11.

gnu: r-insight: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.9.5.

gnu: r-officer: Update to 0.3.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.14.

gnu: r-extradistr: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-extradistr): Update to 1.9.1.

gnu: r-tsa: Update to 1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsa): Update to 1.3.
[propagated-inputs]: Add r-tseries.

gnu: r-xfun: Update to 0.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.17.

gnu: r-processx: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-processx): Update to 3.4.4.

gnu: r-xts: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): Update to 0.12.1.

gnu: r-psych: Update to 2.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.0.8.

gnu: r-inline: Update to 0.3.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-inline): Update to 0.3.16.

gnu: r-lmtest: Update to 0.9-38.

* gnu/packages/cran.scm (r-lmtest): Update to 0.9-38.

gnu: r-shape: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-shape): Update to 1.4.5.

gnu: r-jsonlite: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-jsonlite): Update to 1.7.1.

gnu: r-callr: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.4.

gnu: r-ggpmisc: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): Update to 0.3.6.
[propagated-inputs]: Add r-glue.

gnu: r-activedriverwgs: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-activedriverwgs): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-plyr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: emacs-esup: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-esup): Update to 0.7.1-1.0de8af8.
[native-inputs]: Add "emacs-buttercup" and "emacs-undercover", remove
"emacs-el-mock".
[propagated-inputs]: Add "emacs-dash".
[arguments]: Fix testing.

gnu: Add lsp-dsp-lib.

* gnu/packages/audio.scm (lsp-dsp-lib): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

services: docker: Make docker command available.

* gnu/services/docker.scm (docker-service-type): Extend the
profile-service-type and add the docker-cli package.

doc: Fix docker configuration options.

* doc/guix.texi (Docker Service): Fix typo in enable-proxy? default.

gnu: Add quickjs.

* gnu/packages/javascript.scm (quickjs): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

ui: 'show-what-to-build' displays download estimate more prominently.

* guix/ui.scm (show-what-to-build): When VERBOSITY is 1, add a newline
before the "would/will be downloaded" line, and wrap that message in
'highlight'.

tests: Remove one 'delete-paths' call in 'tests/store.scm'.

This makes the test slightly less expensive.

* tests/store.scm ("add-text-to-store vs. delete-paths")
("add-to-store vs. delete-paths"): Delete and merge into...
("add-text-to-store/add-to-store vs. delete-paths"): ... this test.

authenticate: Cache the ACL and key pairs.

In practice we're always using the same key pair,
/etc/guix/signing-key.{pub,sec}.  Keeping them in cache allows us to
avoid redundant I/O and parsing when signing multiple store items in a
row.

* guix/scripts/authenticate.scm (load-key-pair): New procedure.
(sign-with-key): Remove 'key-file' parameter and add 'public-key' and
'secret-key'.  Adjust accordingly.
(validate-signature): Add 'acl' parameter and pass it to
'authorized-key?'.
(guix-authenticate)[call-with-reply]: New procedure.
[with-reply]: New macro.
Call 'current-acl' upfront and cache its result.  Add 'key-pairs' as an
argument to 'loop' and use it as a cache of key pairs.

daemon: Spawn 'guix authenticate' once for all.

Previously, we'd spawn 'guix authenticate' once for each item that has
to be signed (when exporting) or authenticated (when importing).  Now,
we spawn it once for all and then follow a request/reply protocol.  This
reduces the wall-clock time of:

  guix archive --export -r $(guix build coreutils -d)

from 30s to 2s.

* guix/scripts/authenticate.scm (sign-with-key): Return the signature
instead of displaying it.  Raise a &formatted-message instead of calling
'leave'.
(validate-signature): Likewise.
(read-command): New procedure.
(define-enumerate-type, reply-code): New macros.
(guix-authenticate)[send-reply]: New procedure.
Change to read commands from current-input-port.
* nix/libstore/local-store.cc (runAuthenticationProgram): Remove.
(authenticationAgent, readInteger, readAuthenticateReply): New
functions.
(signHash, verifySignature): Rewrite in terms of the agent.
* tests/store.scm ("import not signed"): Remove 'pk' call.
("import signed by unauthorized key"): Check the error message of C.
* tests/guix-authenticate.sh: Rewrite using the new protocol.

fixlet

daemon: Move 'Agent' to libutil.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::tryBuildHook): Add "offload" to
'args' and pass settings.guixProgram as the first argument to
Agent::Agent.
(pathNullDevice, commonChildInit, Agent, Agent::Agent)
(Agent::~Agent): Move to...
* nix/libutil/util.cc: ... here.
* nix/libutil/util.hh (struct Agent, commonChildInit): New
declarations.

daemon: Isolate signing and signature verification functions.

* nix/libstore/local-store.cc (signHash, verifySignature): New
functions.
(LocalStore::exportPath): Use 'signHash' instead of inline code.
(LocalStore::importPath): Use 'verifySignature' instead of inline code.

daemon: Generalize 'HookInstance' to 'Agent'.

* nix/libstore/build.cc (HookInstance): Rename to...
(Agent): ... this.  Rename 'toHook' and 'fromHook' similarly and update
users.  Change constructor to require a command and an argument list.
(DerivationGoal::tryBuildHook): Pass arguments to the 'Agent'
constructor.

guix: Fix download-svn-to-store.

* guix/svn-download.scm (download-svn-to-store): Add a subdirectory to
the download path.  The subdirectory is used as the target for the 'svn
export' command, avoiding a 'directory exists' error when attempting to
use the parent directory directly.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-45.cf11b73.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-45.cf11b73.

gnu: grub: Support loading files from TFTP if the root filesystem is NFS.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-root-search): Set the root to "(tftp)" if
the searched-for file is stored on NFS.

gnu: Add altermime.

* gnu/packages/mail.scm (altermime): New variable.

gnu: rapicorn: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/graphics.scm (rapicorn)[native-inputs]: Replace ghc-pandoc with
pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ganeti: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/text-editors.scm (ganeti)[native-inputs]: Replace ghc-pandoc
with pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: manuskript: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/text-editors.scm (manuskript)[inputs]: Replace ghc-pandoc with
pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-org-web-tools: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-webtools)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-ox-pandoc: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ox-pandoc)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ruby-pandoc-ruby: Use pandoc instead of ghc-pandoc.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pandoc-ruby)[native-inputs]: Replace ghc-pandoc
with pandoc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

database: register-items: reduce transaction scope.

It was made transactional in a4678c6ba18d8dbd79d931f80426eebf61be7ebe, with
the reasoning to prevent broken intermediate states from being visible. I
think this means something like an entry being in ValidPaths, but the Refs not
being inserted.

Using a transaction for this makes sense, but I think using one single
transaction for the whole register-items call is unnecessary to avoid broken
states from being visible, and could block other writes to the store database
while register-items is running. Because the deduplication and resetting
timestamps happens within the transaction as well, even though these things
don't involve the database, writes to the database will still be blocked while
this is happening.

To reduce the potential for register-items to block other writers to the
database for extended periods, this commit moves the transaction to just wrap
the call to sqlite-register. This is the one place where writes occur, so that
should prevent the broken intermediate states issue above. The one difference
this will make is some of the registered items will be visible to other
connections while others may be still being added. I think this is OK, as it's
equivalent to just registering different items.

* guix/store/database.scm (register-items): Reduce transaction scope.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

database: document extra registration requirements.

It's necessary that store items be locked and protected from garbage
collection while they are being registered.  This documents that.

* guix/store/database.scm (register-path, register-items): document GC
  protection and locking requirements.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

deduplication: pass store directory to replace-with-link.

This causes with-writable-file to take into consideration the actual store
being used, as passed to 'deduplicate', rather than
whatever (%store-directory) may return.

* guix/store/deduplication.scm (replace-with-link): new keyword argument
  'store'.  Pass to with-writable-file.
  (with-writable-file, call-with-writable-file): new store argument.
  (deduplicate): pass store to replace-with-link.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

.dir-locals.el: fix call-with-{retrying-}transaction indenting.

* .dir-locals.el (call-with-transaction, call-with-retrying-transaction):
  change scheme-indent-function property from 2 to 1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-wrapper: Mention pip in description.

* gnu/packages/python.scm (python-wrapper)[description]: Mention that `pip'
won't work properly if both python and python-wrapper are installed.

build-system: linux-module: Delete some huge items that we probably don't need.

* guix/build-system/linux-module.scm (make-linux-module-builder): Delete
some huge items that we probably don't need.

gnu: sxiv: Use 'cc-for-target'.

* gnu/packages/image-viewers.scm (sxiv)[arguments]: Replace hard-coded
gcc substitution with cc-for-target in make-flags.

gnu: sxiv: Install icons.

* gnu/packages/image-viewers.scm (sxiv)[arguments]: Add custom phase to
install icons.

gnu: sxiv: Install desktop file.

* gnu/packages/image-viewers.scm (sxiv)[arguments]: Add custom
'install-desktop-file phase to install desktop file.

gnu: rofi: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.6.0.
[inputs]: Add libjpeg-turbo.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Update coq and its dependents

* gnu/packages/coq.scm (coq): Update to 8.11.2
(coq-flocq): Update to 3.3.1
(coq-gappa): Update to 1.4.4
(coq-mathcomp): Update to 1.11.0
(coq-coquelicot): Update to 3.1.0
(coq-bignums): Update to 8.11.0
(coq-interval): Update to 4.0.0
(coq-equations): Update to 1.2.3

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: youtube-dl: Update to 2020.09.14.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.09.14.

gnu: python-ansi2html: Fix typo in description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ansi2html)[description]: Fix typo.

gnu: wesnoth: Update to 1.14.14.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.14.14.

gnu: jasper: Update to 2.0.20 [fixes CVE-2016-9398's revenge].

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.20.
[arguments]: Skip tests of the now-disabled MIF image format.

gnu: shellcheck: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (shellcheck): Update to 0.7.1.

gnu: bear: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/build-tools.scm (bear): Update to 2.4.4.

gnu: libhandy: Enable glade_catalog.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy)[configure-flags]: Add glade_catalog.
[inputs]: Add glade and libxml2.
(libhandy-0.0)[configure-flags]: Keep glade_catalog disabled.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: glade: Add catalog and module search paths.

* gnu/packages/gnome.scm (glade3)[native-search-paths]: Add
GLADE_CATALOG_SEARCH_PATH and GLADE_MODULE_SEARCH_PATH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-djvu: Add needed inputs

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-djvu)[inputs, arguments]: New fields.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: certbot: Support registration without email.

* gnu/services/certbot.scm (certbot-configuration): Add default for the
email option.
(certbot-command): Pass email for registration only when specified.
* doc/guix.texi (Certificate Services): "mandatory"→"optional" email.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: fmt: Update to 7.0.3.

From 820d39a55a5673fffac70c919b8cc3b28d94f6e7 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Greg Hogan <code@greghogan.com>
Date: Fri, 11 Sep 2020 10:53:20 +0000
Subject: [PATCH] gnu: fmt: Update to 7.0.3.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): Update to 7.0.3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gcc-toolchain: Reword description.

* gnu/packages/commencement.scm (make-gcc-toolchain)[description]: Reword.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gccgo: Reword synopsis and description.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43303>.
Reported by Jeffrey Walton <noloader@gmail.com>.

* gnu/packages/gcc.scm: (gccgo-4.9): Add synopsis and description

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>