gnu: alot: Update to 0.4.

* gnu/packages/mail.scm (alot): Update to 0.4.
[arguments]: Update python3 comment.

gnu: php: Update to 7.0.14.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.0.14.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: parallel: Update 20161122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20161122.

gnu: Add gnome-system-monitor.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-system-monitor): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: 'open-connection' no longer raises '&nar-error' for protocol errors.

* guix/store.scm (open-connection): Guard body against 'nar-error?' and
re-raise as '&nix-connection-error'.
* tests/store.scm ("connection handshake error"): New test.

gnu: Add epic5.

* gnu/packages/irc.scm (epic5): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: enlightenment: Update to 0.21.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.4.

gnu: efl: Update to 1.18.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.18.4.

gnu: tor: Update to 0.2.8.11.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.8.11.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-7.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-7.

gnu: tcsh: Fix out of bounds read.

* gnu/packages/patches/tcsh-fix-out-of-bounds-read.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/shells.scm (tcsh)[replacement]: New field.
(tcsh/fixed): New variable.

gnu: Add vis.

* gnu/packages/text-editors.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-html5lib: Update to 1.0b10 [fixes CVE-2016-{9909,9910}].

* gnu/packages/python.scm (python-html5lib, python2-html5lib): Update to 1.0b10.

gnu: vsearch: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.3.3.

gnu: libreoffice: Add 'libreoffice' symlink.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[arguments]: Adjust
'bin-install' phase to make 'libreoffice' symlink along with 'soffice'.

Co-authored-by: ng0 <ng0@libertad.pw>

gnu: Update 'geiser' hash and deprecate 'geiser-next'.

* gnu/packages/emacs.scm (geiser)[source]: Update the hash (the release
tarball was updated in place).
(geiser-next): Deprecate.

gnu: Fix path to /etc/netconfig in libtirpc.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc) [arguments]: Replace "/etc/netconfig"
with (string-append %output "/etc/netconfig")

hydra: Fix wrong-num-args error when computing the cross jobs.

Fixes a regression introduced in
dea91108cf6b9bb46071c8f65c9abf834c5b064d.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs)[cross-jobs](either): Add
third parameter and honor it.

hydra: Adjust to make-bootstrap.scm change.

This is a followup to commit f13f60cb2620433280ccb2132376b7c6d3dbc06f.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%core-packages): Call
'%glibc-bootstrap-tarball' since it's now a thunk, not a package.

hydra: Use '%final-inputs' from base.scm, not commencement.scm.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (package->job): Use the '%final-inputs'
procedure from (gnu packages base).

gnu: samba: Don't expect configuration files inside the store.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24834>.

* gnu/packages/samba.scm (samba)[arguments]: Add --sysconfdir configure flag.
Add 'disable-etc-samba-directory-creation' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lua-lpeg.

* gnu/packages/lua.scm (lua-lpeg): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add libtermkey.

* gnu/packages/terminals.scm (libtermkey): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: cross-base: Move phases to (gnu build cross-toolchain).

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments) <#:phases>: Use
'cross-gcc-build-phases', and move body cross-toolchain.scm.
(cross-gcc): Add #:imported-modules.  Add (gnu build cross-toolchain) to
 #:modules.
* gnu/build/cross-toolchain.scm: New file, with code from
'cross-gcc-arguments'.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: cross-base: Factorize list of cross environment variables.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc): Replace literal list of
environment variable names with %GCC-CROSS-INCLUDE-PATHS.
(cross-kernel-headers): Likewise.

gnu: ams-lv2: Remove CPU optimization flags on non-Intel hardware.

* gnu/packages/music.scm (ams-lv2)[arguments]: Add phase to remove
Intel specific CPU optimization flags when compiling on non-Intel
hardware.

gnu: python-sqlalchemy-utils: Update to 0.32.11.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlalchemy-utils): Update to 0.32.11.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-sadisplay.

* gnu/packages/python.scm (python-sadisplay, python2-sadisplay): New variables.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: subversion: Update to 1.8.17.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion): Update to 1.8.17.

gnu: make-bootstrap: Produce the correct %glibc-bootstrap-tarball for Hurd systems.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%glibc-bootstrap-tarball): Make it a procedure.
  (%glibc-stripped): Make it a procedure and move the kernel specific part from
  here to ...
* guix/build/make-bootstrap.scm (make-stripped-libc): ... here. New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: cross-kernel-headers: Remove propagated-inputs from xhurd-headers.

* gnu/packages/cross-base.scm (xhurd-headers)[propagated-inputs]: Remove them.

hydra: Add "i686-w64-mingw32" as a cross-compilation target.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%cross-targets): Add "i686-w64-mingw32".
(hydra-jobs)[cross-jobs?](pointless?): New procedure.
Use it.

gnu: guile-2.0: support mingw.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0): Support MinGW.

gnu: readline: support mingw.

* gnu/packages/patches/readline-7.0-mingw.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/readline.scm (readline): Support MinGW.

gnu: ncurses: support mingw.

* gnu/packages/ncurses.scm (ncurses): Support MinGW.

Co-Authored-By: Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>

gnu: gmp: build shared library for mingw.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp)[MINGW]: Use --enable-shared.

gnu: libunistring: support mingw: propagate libiconv if needed.

* gnu/packages/libunistring (libunistring): propagated-inputs: add
libiconv-if-needed.  Fixes unicode translation in MinGW.

gnu: Add function libiconv-if-needed.

* gnu/packages/base.scm (libiconv-if-needed): New function.

gnu: cross-base: Add i686-w64-mingw32 target.

* guix/utils.scm (mingw-target?): New function.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-snippet): New procedure
(cross-gcc): Use it.
(cross-gcc-arguments, cross-gcc-patches, cross-gcc): Support MinGW.
(native-libc, cross-newlib?): New functions.
(cross-libc): Use cross-newlib? to support MinGW.
(%gcc-include-paths, %gcc-cross-include-paths): New variables.

gnu: Add mingw-w64.

* gnu/packages/patches/gcc-4.9.3-mingw-gthr-default.patch,
gnu/packages/patches/mingw-w64-5.0rc2-gcc-4.9.3.patch,
gnu/packages/mingw.scm: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add the patches.
(GNU_SYSTEM_MODULES): Add mingw.scm.

doc: Correct example for 'wpa-supplicant-service-type'.

* doc/guix.texi (Networking Services): Change example to use
'wpa-supplicant-service-type'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: zynaddsubfx: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/music.scm (zynaddsubfx): Update to 3.0.1.

gnu: libx264: Update to 20161205-2245.

* gnu/packages/video.scm (libx264): Update to 20161205-2245.
[source]: Use https.
[home-page]: Same.

gnu: radicale: Skip the test suite.

* gnu/packages/dav.scm (radicale)[arguments]: Skip the tests.

gnu: ffmpeg: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.2.2.

gnu: emacs-expand-region: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-expand-region): Update to 0.11.0.

gnu: httpd: Add fix for CVE-2016-8740.

* gnu/packages/web.scm (httpd)[source]: Add patch for CVE-2016-8740.
* gnu/packages/patches/httpd-CVE-2016-8740.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: python2-notebook: Fix build.

* gnu/packages/python.scm (python2-notebook)[properties]: Add
python2-variant.
(python2-notebook)[native-packages] add python2-mock. [arguments] Add
phase "disable-test-case" for disabling a failing test. immediately

gnu: python-ipython-genutils: Update description.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython-genutils)[description]: Add
deprecation note and TODO comment.

gnu: python-ipython: Update to 4.0.3

* gnu/packages/python.scm (python-ipython, python2-ipython): Update to
version 4.0.3.

gnu: Add seq24.

* gnu/packages/music.scm (seq24): New variable.
* gnu/packages/patches/seq24-rename-mutex.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patch.

gnu: links: Update to 2.14.

* gnu/packages/links.scm (links): Update to 2.14.

gnu: Add openh264.

* gnu/packages/video.scm (openh264): New variable.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 8d125c.

offload: Increase the connection timeout.

* guix/scripts/offload.scm (open-ssh-session): Set #:timeout to 10.

offload: Send the build log to the right file descriptor.

This fixes a regression introduced in
21531add3205e400707c8fbfd841845f9a71863a whereby the build log would no
longer be sent to FD 4, thereby leading the daemon to not see the build
log.

* guix/scripts/offload.scm (transfer-and-offload): Parameterize
CURRENT-BUILD-OUTPUT-PORT.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to e11c42f.

offload: Fix plural of some messages.

* guix/scripts/offload.scm (send-files): Use 'N_' for possibly plural
message.  Write "store item" instead of "store file".
(retrieve-files): Likewise.

offload: Make the compression methods configurable.

* guix/scripts/offload.scm (<build-machine>)[compression]
[compression-level]: New fields.
(open-ssh-session): Honor them.
* doc/guix.texi (Daemon Offload Setup): Document them.

guix system: If the new system generation already exists, overwrite it.

Fixes <http://bugs.gnu.org/25100>.

Before that, 'guix system reconfigure' would fail if the next generation
already existed.

* guix/scripts/system.scm (switch-to-system): Use 'switch-symlink'
instead of 'symlink'.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System, Invoking guix system):
Document the behavior.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: i3-wm: Update to 4.13.

* gnu/packages/wm.scm (i3-wm): Update to 4.13.
[arguments]: Pass '-std=c11' to #:make-flags. Provide path to XML_CATALOG_FILES.
Pass '--disable-builddir' to #:configure-flags. Re-enable the 'configure' phase
to adjust to new Autotools build system.
[inputs]: Add xcb-util-xrm.
[native-inputs]: Add docbook-xsl.

gnu: xcb-util-cursor: Propagate dependencies from 'xcb-cursor.pc'.

* gnu/packages/xorg.scm (xcb-util-cursor)[inputs]: Move xcb-util-renderutil and
xcb-util-image to ...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: ruby-2.2, ruby-2.1, ruby-1.8: Don't replace with ruby-2.3.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.2, ruby-2.1, ruby-1.8)[replacement]: New field.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 9328eaf.

services: file-system: Make sure fsck.* commands are in $PATH.

Fixes a regression introduced in
bf7ef1bb848db0977b54ea012789adc68751c68a, whereby the fsck.* commands
would not be found.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Call calls to
'setenv'.

nls: Adjust to geeqie.scm removal.

This is a followup to d1a5b20081c30da7503201df260cf20b8d0ba633.

* po/packages/POTFILES.in: Remove gnu/packages/geeqie.scm.

refresh: Indicate that PACKAGE... is optional.

* guix/scripts/refresh.scm (show-help): Add brackets around PACKAGE.

gnu: fuse-exfat: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/linux.scm (fuse-exfat): Update to 1.2.5.
[native-inputs]: Remove scons build system which is no longer used.
[arguments]: Remove.
[home-page]: Replace dead Google Code home page.

gnu: exfat-utils: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/mtools.scm (exfat-utils): Update to 1.2.5.

gnu: Add mktorrent.

* gnu/packages/bittorrent.scm (mktorrent): New variable.

offload: Add "test" sub-command.

* guix/scripts/offload.scm (assert-node-repl, assert-node-has-guix)
(nonce, assert-node-can-import, assert-node-can-export)
(check-machine-availability): New procedures.
(%random-state): New variable.
(guix-offload): Add case for "test".
* doc/guix.texi (Daemon Offload Setup): Document it.  Remove obsolete
bit about remote invocation of 'guix build'.

daemon: Fix invalid Boost format string.

* nix/libstore/optimise-store.cc (LocalStore::optimisePath_): Use %3%
instead of %m, the latter being an invalid Boost format specifier.

gnu: python-flask: Propagate python-click.

* gnu/packages/python.scm (python-flask, python2-flask)[native-inputs]: Move
python-click to ...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: shepherd: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.3.2.
[properties]: New field.

nls: Adjust to feh.scm renaming.

This is a followup to d1a5b20081c30da7503201df260cf20b8d0ba633.

* po/packages/POTFILES.in: Remove feh.scm and add image-viewers.scm.

publish: Factorize 'content-length' addition.

* guix/scripts/publish.scm (with-content-length): New procedure.
(http-write) <application/octet-stream>: Use it.

services: tor: Make sure /var/lib is world-readable.

* gnu/services/networking.scm (tor-hidden-service-activation): Add
'chmod' call for /var/lib.

gnu: vim: Update to 8.0.0124.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0124.

gnu: dovecot: Update to 2.2.27.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.27.
[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: vim: Update to 8.0.0118.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0118.

nls: Update 'da' package translation.

nls: Update 'da' translation.

gnu: Add qmidiarp.

* gnu/packages/music.scm (qmidiarp): New variable.

gnu: Add Swedish Aspell dictionary.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-sv): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Move image viewers to (gnu packages image-viewers).

* gnu/packages/feh.scm (feh): Remove file.  Move package to...
* gnu/packages/geeqie.scm (geeqie): Likewise...
* gnu/packages/sxiv.scm (sxiv): Likewise...
* gnu/packages/image-viewers.scm: ... here.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove files.

gnu: exiv2: Move to (gnu packages image).

* gnu/packages/geeqie.scm (exiv2): Move to...
* gnu/packages/image.scm: ... here.
* gnu/packages/gnome.scm: Adjust the used modules.
* gnu/packages/gnunet.scm: Likewise.
* gnu/packages/gps.scm: Likewise.

gnu: emms: Update to 4.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emms): Update to 4.2.
[arguments]: EMMS installs "emms-print-metadata" now but assumes that
BINDIR exists, so do not install it manually in 'post-install' phase,
and make "/bin" directory in 'pre-install' phase.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.5.6.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-with-editor): Update to 2.5.6.

gnu: emacs-hl-todo: Update to 1.7.4.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-hl-todo): Update to 1.7.4.

gnu: Add ingen.

* gnu/packages/music.scm (ingen): New variable.

gnu: Add raul-devel.

* gnu/packages/audio.scm (raul-devel): New variable.

gnu: Add ganv-devel.

* gnu/packages/gtk.scm (ganv-devel): New variable.

gnu: Add ams-lv2.

* gnu/packages/music.scm (ams-lv2): New variable.

gnu: lvtk: Build UI library.

* gnu/packages/audio.scm (lvtk)[inputs]: Add gtkmm-2.
[arguments]: Pass "-std=c++11" flag.

gnu: Fix header in (gnu packages golang).

* gnu/packages/golang.scm: Replace header line declaring this file as
part of GNU Guix.

gnu: Add econnman.

* gnu/packages/connman.scm (econnman): New variable.

gnu: Add lekha.

* gnu/packages/enlightenment.scm (lekha): New variable.

gnu: Add qsyncthingtray.

* gnu/packages/sync.scm (qsyncthingtray): New variable.

gnu: Rename owncloud.scm to sync.scm.

* gnu/packages/owncloud.scm: Rename to ...
* gnu/packages/sync.scm: ... this.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.

gnu: Add rkflashtool.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (rkflashtool): New variable.