Merge branch 'version-0.13.0'

Update NEWS.

gnu: vte-ng: Update to 0.48.3.a.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): Update to 0.48.3.a.

gnu: gexiv2: Update to 0.10.6.

* gnu/packages/gnome.scm (gexiv2): Update to 0.10.6.

gnu: dconf-editor: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf-editor): Update to 3.22.3.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.2.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.2.

gnu: vte: Update to 0.48.3.

* gnu/packages/gnome.scm (vte): Update to 0.48.3.

gnu: fraggenescan: Update to 1.30.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fraggenescan): Update to 1.30.
[arguments]: Update patching of paths, install procedure.  Add new test
case.

gnu: roary: Update to 3.8.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (roary): Update to 3.8.2.

gnu: taxtastic: Update to 0.6.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (taxtastic): Update to 0.6.4.
[source]: Use PyPI URI.

gnu: r-mutationalpatterns: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mutationalpatterns): Update to 1.2.1.

bootloader: extlinux: Add a warning message on top of generated conf file.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (extlinux-configuration-file): Warn users about
  the fact that the configuration file is automatically generated.

gnu: v4l-utils: Update to 1.12.5.

* gnu/packages/video.scm (v4l-utils): Update to 1.12.5.

gnu: x265: Update to 2.4.

* gnu/packages/video.scm (x265): Update to 2.4.

gnu: vlc: Update to 2.2.5.1.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 2.2.5.1.
[source]: Remove obsolete snippet.

gnu: libaacs: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (libaacs): Update to 0.9.0.

gnu: diamond: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.9.0.
[license]: Change to AGPL3+.

gnu: guix: Update to a6d728b.

gnu: guix: Update to 0.13.0.

gnu: fasttree: Update to 2.1.10.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fasttree): Update to 2.1.10.

gnu: python-biom-format: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-biom-format): Update to 2.1.6.
[propagated-inputs]: Add python-pandas.

gnu: python-future: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/python.scm (python-future): Update to 0.16.0.

gnu: ccid: Update to 1.4.27.

* gnu/packages/security-token.scm (ccid): Update to 1.4.27.

gnu: fio: Update to 2.20.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 2.20.
[arguments]<#:phases>: Drop removed script from 'move-outputs' phase.

gnu: nano: Update to 2.8.4.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.4.

gnu: vim: Update to 8.0.0600.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0600.

gnu: vim-full: Disable failing test.

* gnu/packages/vim.scm (vim-full)[arguments]<#:phases>: Add substitution.

doc: Replace fingerprint of OpenPGP signing key.

* doc/guix.texi (OPENPGP-SIGNING-KEY-ID): Change to Ludo's key.

Update NEWS.

tests: ssh: Use 'guile2.0-ssh'.

Fixes a regression introduced in 4d8806c3d662c74e6d48d0f0d6ce423fce9a3a08.

* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Use GUILE2.0-SSH instead of GUILE-SSH.

guix system: Don't warn about old distros for "guix system init".

* guix/scripts/system.scm (process-action): Don't call
'warn-about-old-distro' when ACTION is 'init' or 'build'.

gnu: linux-libre: Update to 4.11.2.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.11.2.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre: Remove CONFIG_SMC from x86 kernel configurations.

This removes support for the "shared memory communications over RDMA" (SMC-R)
networking protocol, which was added in 4.11 without the knowledge of the RDMA
maintainers, and which is thought to contain significant security flaws.  For
details, see <https://lwn.net/Articles/723081> and
<https://lwn.net/Articles/723070>.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-x86_64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.11-i686.conf: Disable CONFIG_SMC.

723# 0001-gnu-libevent-2.0-Add-fix-from-upstream.patch

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.29.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.29.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.69.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.69.

guix system: Increase image size for 'guix system vm'.

This is a followup to 9a1bfe764859365b6726f168da95b88a2d22403b.

* guix/scripts/system.scm (system-derivation-for-action): Add 40MiB to
the default size for 'vm'.

gnu: unionfs-fuse-static: Remove 'unionfsctl' executable.

This avoids pulling in glibc & co.  Fixes a regression introduced in
2f861edf5cf5118ad560737343312c9a5efe5b2f (the 'unionfsctl' executable
did not exist in unionfs-fuse 0.26).

* gnu/packages/linux.scm (unionfs-fuse/static)[arguments]
<post-install>: Remove 'unionfsctl' binary.

vm: Increase default disk size to account for ESP partition.

Fixes a test regression introduced by ecf5d5376979fadd971559367bf553df89fcc62b.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): 30MiB -> 70MiB.

gnu: unionfs-fuse-static: Remove 'unionfsctl' executable.

This avoids pulling in glibc & co.  Fixes a regression introduced in
2f861edf5cf5118ad560737343312c9a5efe5b2f (the 'unionfsctl' executable
did not exist in unionfs-fuse 0.26).

* gnu/packages/linux.scm (unionfs-fuse/static)[arguments]
<post-install>: Remove 'unionfsctl' binary.

vm: Increase default disk size to account for ESP partition.

Fixes a test regression introduced by ecf5d5376979fadd971559367bf553df89fcc62b.

* gnu/system/vm.scm (system-qemu-image/shared-store-script): 30MiB -> 70MiB.

Update NEWS.

gnu: ghostscript: Add TODO comment about bundled jbig2dec.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Add comment.

gnu: jbig2dec: Fix CVE-2017-{7885,7975,7976}.

* gnu/packages/patches/jbig2dec-CVE-2017-7885.patch,
gnu/packages/patches/jbig2dec-CVE-2017-7975.patch,
gnu/packages/patches/jbig2dec-CVE-2017-7976.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (jbig2dec)[source]: Use them.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.8.21.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.8.21.

gnu: icedtea@3: Add aarch32-drop.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8)[native-inputs]: Add aarch32-drop.

gnu: icedtea@3: Update to 3.4.0 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{3509,3511,3512,3514,3526,3533,3539,3544}.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8): Update to 3.4.0.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.8-6.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.8-6.

download: Prune the ImageMagick mirror list.

These sites' TLS certificates are invalid.

* guix/download.scm (%mirrors) <imagemagick>: Remove
mirrors-{au,ru,uk}.go-parts.com.

gnu: guix: Add 'guile2.0-guix'.

* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix): New variable.

gnu: libssh, guile-ssh: Add a "debug" output.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh)[outputs]: New field.
(guile-ssh)[outputs]: New field.

pack: Use 'guile2.0-json' when building with Guile 2.0.

Fixes <http://bugs.gnu.org/27005>.
Reported by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>.

Fixes a regression introduced in commit
2252f087d4bd450ab41a71379320467887edfc0f.

* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[json]: New variable.
[build]: Use it.

gnu: icedtea@2: Update to 2.6.10 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{3509,3511,3512,3514,3526,3533,3539,3544}.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-7): Update to 2.6.10.

gnu: dropbear: Update to 2017.75 [fixes CVE-2017-{9078,9079}].

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Update to 2017.75.

system: Use Guile 2.2 rather than 2.0 in %BASE-PACKAGES.

* gnu/system.scm (%base-packages): Change GUILE-2.0 to GUILE-2.2.

pack: Use 'guile2.0-json' when building with Guile 2.0.

Fixes <http://bugs.gnu.org/27005>.
Reported by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>.

Fixes a regression introduced in commit
2252f087d4bd450ab41a71379320467887edfc0f.

* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[json]: New variable.
[build]: Use it.

vm: Add UEFI loader to disk images.

* gnu/build/vm.scm (install-efi): New procedure.
(initialize-hard-disk): Generate EFI blob when ESP is present.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Append 40MiB EFI System Partition.

(cherry picked from commit ecf5d5376979fadd971559367bf553df89fcc62b)

vm: Support creating FAT partitions.

* gnu/build/vm.scm (create-ext-file-system, create-fat-file-system): New procedures.
(format-partition): Use them. Error for unknown file systems.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Include DOSFSTOOLS.
* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Always add nls_is8859-1.ko.

vm: Support arbitrary partition flags.

* gnu/build/vm.scm (<partition>): Change BOOTABLE? to FLAGS.
(initialize-partition-table): Pass each flag to parted.
(initialize-hard-disk): Locate boot partition.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Adjust partition flags.

gnu: guile-ssh: Fix potential double-free/use-after-free issue.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26976>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/guile-ssh-double-free.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[source](patches): Add it.

modules: Add more source-less modules.

* guix/modules.scm (%source-less-modules): New variable.
(source-module-dependencies): Use it.

publish: Fix narinfo rendering for already-compressed items.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26975>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/publish.scm (bake-narinfo+nar): Pass #f as the 2nd
argument to 'stat' and properly handle #f.
* tests/publish.scm (wait-for-file): New procedure.
("with cache"): Remove 'wait-for-file' procedure.
("with cache, uncompressed"): New test.

union: Gracefully handle dangling symlinks in the input.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26949>.
Reported by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>.

* guix/build/union.scm (file-is-directory?): Return #f when FILE does
not exist or is a dangling symlink.
(file=?): Pass #f as a second argument to 'stat'; return #f when both
ST1 or ST2 is #f.
* tests/profiles.scm (test-equalm): New macro.
("union vs. dangling symlink"): New test.

services: user-homes: Do not create home directories marked as no-create.

Fixes a bug whereby GuixSD would create the /nonexistent directory, from
user 'nobody', even though it has 'create-home-directory?' set to #f.

* gnu/build/activation.scm (activate-users+groups): Add comment for
\#:create-home?.
(activate-user-home)[ensure-user-home]: Skip when CREATE-HOME? is #f or
SYSTEM? is #t.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["no extra home directories"]: New
tests.

install: Enable SSH in installation image.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Add OPENSSH-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Preparing for Installation)[Networking]: Document it.

services: openssh: Don't depend on networking.

* gnu/services/ssh.scm (openssh-shepherd-service): Drop requirement.

maint: The 'release' target builds a VM image.

* gnu/system/examples/vm-image.tmpl: New file.
* Makefile.am (GUIXSD_VM_SYSTEMS, GUIXSD_VM_IMAGE_BASE,
GUIXSD_VM_IMAGE_SIZE): New variables.
(release): Add logic to build a VM image.
(EXAMPLES): Add 'gnu/system/examples/vm-image.tmpl'.
* doc/guix.texi (Running GuixSD in a VM, Installing GuixSD in a VM): Mention the
pre-built VM image.

gnu: aspell: 'dict-dir' set to ~/.guix-profile/lib/aspell or $ASPELL_DICT_DIR.

See <https://bugs.gnu.org/25836> for background.

* gnu/packages/patches/aspell-default-dict-dir.patch: New file.
* gnu/packages/aspell.scm (aspell)[source](patches): New field.
[native-search-paths]: New field.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

build: Compile stackage only if 'guile-json' is available.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26860>.
This is a followup to commit 3089b5d3f5a31b191b68ce3aa9255b646940b642.

* Makefile.am (MODULES): Move "guix/scripts/import/stackage.scm" within
'if HAVE_GUILE_JSON'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qemu: Fix CVE-2017-7493.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-7493.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Use it.

profiles: Add elapsed time to manual-database hook to output message.

* guix/profiles.scm (manual-database): Add elapsed time to manual-database
hook to output message.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: glibc/hurd: Do not apply i686 patch.

This is a follow-up to commit c2e4f14ac8cd3e1ce7f46a192ad0c9acc084b210.

* gnu/packages/base.scm (glibc/hurd)[arguments]: Override pre-configure phase
with a copy that does not include the patch application.

gnu: glibc/hurd: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/base.scm (glibc/hurd)[arguments]: Use modify-phases syntax.

gnu: tor: Update to 0.3.0.7.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.0.7.

gnu: icedtea@2: Update to 2.6.10 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{3509,3511,3512,3514,3526,3533,3539,3544}.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-7): Update to 2.6.10.

gnu: Add loksh.

* gnu/packages/shells.scm (loksh): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: dropbear: Update to 2017.75 [fixes CVE-2017-{9078,9079}].

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Update to 2017.75.

gnu: calibre: Don't create uninstaller.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[arguments]<#:phases>. Add 'patch-source' phase.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Add exhaustive license list.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Add exhaustive license list.
(chmlib)[license]: Use license: prefix.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Add missing dependencies.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[inputs]: Add poppler, python2-dnspython,
and python2-pygments.
[arguments]: Remove old TODO comments. libwmf and psutil are no longer used.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Unbundle chardet.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[source]: Delete bundled chardet.
[inputs]: Add python2-chardet.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Unbundle liberation fonts.

*gnu/packages/ebook.scm (calibre)[source]: Delete liberation .ttf files.
[native-inputs]: Add font-liberation.
[arguments]: Calibre still references the bundled fonts, so we install the
packaged fonts to the directory the bundled fonts would have been.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Unbundle python2-markdown.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[snippet]: Replace python references to
bundled markdown with packaged. Remove markdown from source.
[inputs]: Add python2-markdown as a dependency.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Import unbundle feedparser patch from debian.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[source]: Reference new patch file.
[inputs]: Add python2-feedparser as an input.
* gnu/packages/patches/calibre-use-packaged-feedparser.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Import dont-load-icons patch from debian.

* gnu/packages/patches/calibre-dont-load-remote-icons.patch: New file.
* gnu/packages/ebooks.scm (calibre)[source]: Add reference to patch file.
* gnu/local.mk (dist_path_DATA): Add it.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: calibre: Update to 2.85.1.

* gnu/packages/ebooks.scm (calibre): Update to 2.85.1.
* gnu/packages/patches/calibre-drop-unrar.patch: Delete incompatible patch
file. Recreate debian patch file from the latest calibre git revision.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

system: Use Guile 2.2 rather than 2.0 in %BASE-PACKAGES.

* gnu/system.scm (%base-packages): Change GUILE-2.0 to GUILE-2.2.

gnu: python-pyqt@4: Update to 4.12.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-4): Update to 4.12.
[source]: Adjust URI to file rename.

gnu: python-pyqt: Update to 5.8.2.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt): Update to 5.8.2.

gnu: python-sip: Update to 4.19.2.

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 4.19.2.

doc: Update for UEFI systems.

* doc/guix.texi (USB Stick Installation): Mention UEFI.
(Preparing for Installation): Add notes about EFI System Partition, and
mounting partitions before init.
(Proceeding with the Installation): Mention the GRUB-EFI package.
(Using the Configuration System): Lightweight desktop is now a UEFI system.
(GRUB Configuration): Expand on package field. Add indexes.
* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: Adjust to native EFI configuration.

vm: Add UEFI loader to disk images.

* gnu/build/vm.scm (install-efi): New procedure.
(initialize-hard-disk): Generate EFI blob when ESP is present.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Append 40MiB EFI System Partition.

vm: Support creating FAT partitions.

* gnu/build/vm.scm (create-ext-file-system, create-fat-file-system): New procedures.
(format-partition): Use them. Error for unknown file systems.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Include DOSFSTOOLS.
* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Always add nls_is8859-1.ko.

vm: Support arbitrary partition flags.

* gnu/build/vm.scm (<partition>): Change BOOTABLE? to FLAGS.
(initialize-partition-table): Pass each flag to parted.
(initialize-hard-disk): Locate boot partition.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Adjust partition flags.

gnu: guile-ssh: Fix potential double-free/use-after-free issue.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26976>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/guile-ssh-double-free.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh)[source](patches): Add it.

modules: Add more source-less modules.

* guix/modules.scm (%source-less-modules): New variable.
(source-module-dependencies): Use it.

publish: Fix narinfo rendering for already-compressed items.

Fixes <http://bugs.gnu.org/26975>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/publish.scm (bake-narinfo+nar): Pass #f as the 2nd
argument to 'stat' and properly handle #f.
* tests/publish.scm (wait-for-file): New procedure.
("with cache"): Remove 'wait-for-file' procedure.
("with cache, uncompressed"): New test.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.11.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.11.

gnu: mcelog: Update to 150.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 150.

gnu: nano: Update to 2.8.3.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.3.

maint: Add 'update-NEWS' target.

* build-aux/update-NEWS.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.
(GUIX_MAINTENANCE_DIRECTORY): New variable.
(update-NEWS): New target.
(.PHONY): Add it.