gnu: emacs-exwm: Fix fullscreen issue.

* gnu/packages/patches/emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm)[sources]: Add
emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch to patches.

gnu: Add imapfilter.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter): New variable.

gnu: Update ruby-net-ssh to 4.2.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-net-ssh)[version]: Update to 4.2.0.
[source]: Update hash.

gnu: Add ruby-childprocess@0.6.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-childprocess): Modify.
(ruby-childprocess-0.6): New variable.

services: file-system-shepherd-service: Require "udev" service.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32313>.
Reported by Brendan Tildesley <brendan.tildesley@openmailbox.org>

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Require "udev" service.

gnu: minetest: Add console support.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[inputs]: Add ncurses.

gnu: games.scm: Arrange modules alphabetically.

* gnu/packages/games.scm: Arrange imported modules alphabetically.

gnu: minetest: Use more system libraries.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[source]: Remove bundled libraries in
a snippet.
[arguments]: Add flag to use system jsoncpp.
[inputs]: Add gmp, jsoncpp. Arrange alphabetically.

gnu: irrlicht: Don't use bundled libraries.

* gnu/packages/patches/irrlicht-use-system-libs.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/games.scm (irrlicht)[source]: Add patch. Remove bundled
code and binaries in a snippet.
[native-inputs]: Remove unzip.
[inputs]: Remove glu, add bzip2, libjpeg, libpng, libx11, libxx86vm.
[arguments]: Remove custom 'unpack phase, add custom 'chdir-to-source
phase and adjust 'fix-build-env phase to changes.

gnu: minetest: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[source]: Download from git
repository.

gnu: minetest-data: Don't use autogenerated tarball.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data)[source]: Download from git
repository.
[native-inputs]: Remove gzip, tar.
[arguments]: Adjust custom build accordingly.

gnu: Add net-snmp.

* gnu/packages/networking.scm (net-snmp): New variable.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>
Co-authored-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add cdrkit-libre.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdrkit-libre): New variable.

gnu: Add glibc@2.28.

* gnu/packages/base.scm (glibc-2.28): New public variable.

gnu: dmraid: Disable parallel build.

Fixes a race condition as reported by Brendan Tildesley
<brendan.tildesley@openmailbox.org> in <https://bugs.gnu.org/31999#187>.

* gnu/packages/disk.scm (dmraid)[arguments]: Set #:parallel-build #f.

gnu: xdotool: Update to 3.20160805.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xdotool): Update to 3.20160805.1.
[source](patches): Remove.
[arguments]: Create output directory.
* gnu/packages/patches/xdotool-fix-makefile.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: re2: Update to 2018-08-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2018-08-01.

gnu: elfutils: Update to 0.173.

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.173.

gnu: freedesktop.scm: Remove unneeded imports.

* gnu/packages/freedesktop.scm: Remove unused imports.

gnu: upower: Add explicit dependency on Glib.

* gnu/packages/gnome.scm (upower)[propagated-inputs]: New field.

gnu: upower: Update to 0.99.8.

* gnu/packages/gnome.scm (upower): Update to 0.99.8.
[source](uri): Change to new download location*.
[arguments]: Remove #:phases.

* https://lists.freedesktop.org/archives/devkit-devel/2018-June/001829.html

gnu: xapian: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.7.

gnu: Add emacs-magit-todos.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-todos): New variable.

gnu: Add emacs-pcre2el.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pcre2el): New variable.

gnu: libreoffice: Update to 6.0.6.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 6.0.6.2.

gnu: lvm2: Fix static linking of dmeventd.

Fixes a regression introduced in a3ed69b694eab393129348bbabbed8c59bad3772
where dmeventd.static fails to link against libm and breaks "lvm2-static".

* gnu/packages/patches/lvm2-static-link.patch: Patch make.tmpl.in.

gnu: optipng: Use system libraries.

* gnu/packages/image.scm (optipng)[source]: Add snippet to delete
bundled libraries.
[inputs]: Add libpng.
[arguments]: Add configure-flag to use system libraries.

gnu: python-pyqt: Add qtwebkit.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[inputs]: Add qtwebkit.

gnu: qtwebkit: Update to 5.212.0-alpha2.

* gnu/packages/patches/qtwebkit-pbutils-include.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the patch.
* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit): Update to 5.212.0-alpha2.
[source]: Use new upstream location. Add patch.
[build-system]: Switch to cmake-build-system.
[inputs]: Add glib, gst-plugins-base, qtlocation, qtsensors,
qtwebchannel.
[arguments]: Disable the tests. Add new configure flags. Remove all
custom phases.

gnu: Update udisks to 2.7.7.

* gnu/package/freedesktop.scm (udisks): Update to 2.7.7.
[inputs]: Replace parted with libblockdev.

gnu: Add libblockdev.

* gnu/package/disk.scm (libblockdev): New variable.

gnu: Add dmraid.

* gnu/package/disk.scm (dmraid): New variable.

gnu: lvm2: Add device-mapper-event support.

* GNU/packages/linux.scm (lvm2)[configure-flags]: Build device-mapper-event.

gnu: Add libbytesize.

* gnu/package/c.scm (libbytesize): New variable.

gnu: Add ndctl.

* gnu/package/disk.scm (ndctl): New variable.

gnu: Add volume-key.

* gnu/package/disk.scm (volume-key): New variable.

doc: Fix Cuirass URL.

* doc/guix.texi (Continuous Integration): Fix Cuirass URL.

gnu: minetest: Update to 0.4.17.1.

* gnu/packages/games.scm (minetest): Update to 0.4.17.1.

gnu: retux: Return #t from all phases.

* gnu/packages/games.scm (retux)[arguments]: Return #t from the 'install' phase.

gnu: gnubg: Update to 1.06.001.

* gnu/packages/games.scm (gnubg): Update to 1.06.001.

gnu: golly: Update to 3.2.

* gnu/packages/games.scm (golly): Update to 3.2.

gnu: warzone2100: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/games.scm (warzone2100): Update to 3.2.3.
[arguments]: Add "--with-distributor=Guix" to #:configure-flags.  Remove
'remove-reference-to-missing-file' and 'patch-for-qt5.8' phases.  Add
'fix-ivis-linktest' phase.
[native-inputs]: Add gettext-minimal.
[inputs]: Add harfbuzz and remove quesoglc.

gnu: parallel: Update to 20180722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180722.

gnu: openssh: Update home-page.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[home-page]: Update to new home-page.

gnu: tig: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.4.1.
[description]: Fix texinfo markup.

gnu: monero-gui: Build with modular qt.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui)[inputs]: Remove qt, add qtbase,
qtdeclarative, qtgraphicaleffects, qtquickcontrols.
[native-inputs]: Add qttools.
[arguments]: Add a custom phase to patch the absolute file-name of
lrelease and lupdate. Add a custom phase to wrap the executable with QT
environmental variables.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.07.29.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.07.29.

gnu: cuirass: Update to 99241ef.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 99241ef.

gnu: Add emacs-agda2-mode

* gnu/packages/agda.scm (emacs-agda2-mode): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: agda: Compile .agda files.

* gnu/packages/agda.scm: (agda)[arguments]: Compile .agda files.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: libreoffice: Fix build with newer GLM.

* gnu/packages/patches/libreoffice-glm.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[source](patches): Add it.

gnu: libwps: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwps): Update to 0.4.9.

gnu: make-u-boot-package: Add missing module.

* gnu/packages/bootloaders.scm (make-u-boot-package)[arguments]: Add
missing 'srfi srfi-1' module.

gnu: Add fdroidserver.

* gnu/packages/android.scm (fdroidserver): New variable.

gnu: python-docker-py: Update to 1.10.6.

* gnu/packages/docker.scm (python-docker-py): Update to 1.10.6.

gnu: Add python-vagrant.

* gnu/packages/virtualization.scm (python-vagrant): New variable.

gnu: virtualization.scm: Use license prefix.

* gnu/packages/virtualization.scm: Replace all 'license' values with a
'license:' prefix.

gnu: Add python-androguard.

* gnu/packages/android.scm (python-androguard): New variable.

gnu: Add python-codecov.

* gnu/packages/check.scm (python-codecov): New variable.

gnu: Add python-pyperclip.

* gnu/packages/xdisorg.scm (python-pyperclip): New variable.

gnu: Add python-docker-pycreds.

* gnu/packages/docker.scm (python-docker-pycreds): New variable.

gnu: quaternion: Build with modular qt.

* gnu/packages/messaging.scm (quaternion)[inputs]: Remove qt, add
qtbase, qtdeclarative.

gnu: libqmatrixclient: Build with modular qt.

* gnu/packages/messaging.scm (libqmatrixclient)[inputs]: Remove qt, add
qtbase.

gnu: quaternion: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/messaging.scm (quaternion)[source]: Download using git
reference and not autogenerated tarball.

gnu: libqmatrixclient: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/messaging.scm (libqmatrixclient)[source]: Download using
git reference and not autogenerated tarball.

gnu: monero-gui: Use git-file-name.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui)[source]: Rename the downloaded
source using 'git-file-name'.

gnu: monero: Use git-file-name.

* gnu/packages/finance.scm (monero)[source]: Rename the downloaded
source using 'git-file-name'.

gnu: mcrl2: Build with modular qt.

* gnu/packages/maths.scm (mcrl2)[inputs]: Replace qt with qtbase.

gnu: Remove duplicated python-pafy.

It was first added in 02f8f804f0242df885311715412a1e3ee5436f3b, then again in
2dd12924cf4a30a96262b6d392fcde58c9f10d4b.

* gnu/packages/python.scm (python-pafy): Remove duplicated package definition.

gnu: Remove duplicated perl-extutils-depends.

This was first added in 84e8b19fe150ae843d63ca7343aa7172f35153f3, and then
again in 017b014ce4a5defed12836886c4dfe2c5ae89d2d.

* gnu/packages/perl.scm (perl-extutils-depends): Remove duplicated package
definition.

gnu: Remove duplicated ghc-time-locale-compat.

It was first added in 5e51bcf7b38511d943f4d24621be5817144061cd, then again in
c56a30b3ba3e1e93ced3c6ba2cfb4c738b805074.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-time-locale-compat): Remove duplicated package
definition.

gnu: Remove duplicated ghc-th-lift-instances.

It was first added in a6d1c4e75a76399c8d82a9570db5cd14351f661b, then again in
ff7dd11f0a4fd6ca947cfa40cec42628fde44667.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-th-lift-instances): Remove duplicated package
definition.

gnu: Remove duplicated r-psych package.

It was first added in cdc129dc53b1c04e9a6577f7d2b9641a0a03c32f, then again in
db80dd4a1d7e2371bc3c300f48b84a817adb3550.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Remove duplicated package definition.

gnu: Remove duplicated emacs-load-relative.

It was first added in fa1a17b78631681a23ae1fb7b1f902148bbebdbb, and then again
in f8a88f223ea2ac36576cd92f457790df5a6f2408.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-load-relative): Remove duplicated package
definition.

gnu: Remove duplicated emacs-csv-mode.

It was first added in 9faa46ee48d12bf55355805a84a7c533f904a39d, and then again
in 8bc8efc753605e404c1efcdc5b53a780feb0760c.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-csv-mode): Remove duplicated package
definition.

linux-initrd: Report only missing modules, not all needed modules.

Previously the warning would list all the required modules rather than
just those that are missing.

* gnu/system/mapped-devices.scm (check-device-initrd-modules): Compute
'missing' and report it.

linux-initrd: Try several file names when looking up modules.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31714>.
Reported by Tonton <tonton@riseup.net>.

* gnu/build/linux-modules.scm (find-module-file): New procedure.
* gnu/system/linux-initrd.scm (flat-linux-module-directory)[build-exp]:
Remove 'lookup' procedure and use 'find-module-file' instead.
* gnu/system/mapped-devices.scm (check-device-initrd-modules): Add
comment.

linux-initrd: Improve check of initrd modules.

Previously we would not strip the ".ko" suffix if present.

* gnu/build/linux-modules.scm (file-name->module-name): Export.
* gnu/system/mapped-devices.scm (check-device-initrd-modules): Use
'file-name->module-name' instead of 'normalize-module-name'.

services: openssh: Add forwarding options.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>)[allow-agent-forwarding?]
[allow-tcp-forwarding?, gateway-ports?]: New fields.
(openssh-config-file): Handle them.
* doc/guix.texi (Networking Services): Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ssh: Display the size of the store items being sent.

* guix/ssh.scm (send-files): Compute the size of MISSING and display
it.

gnu: taxtastic: Add missing propagated-inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (taxtastic)[propagated-inputs]: Add
python-psycopg2, python-fastalite, python-pyyaml, python-six, python-jinja2,
python-dendropy.

gnu: python-dendropy: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-dendropy, python2-dendropy):
Update to 4.4.0.
[source]: Use GitHub URI. Remove patch.
[properties]: Remove field.
(python2-dendropy)[arguments]: Run tests with setup.py.
[native-inputs]: Remove 'python2-nose.
* gnu/packages/patches/python-dendropy-fix-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Delete it.

gnu: python2-psycopg2: Update to 2.7.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-psycopg2): Update to 2.7.5.

gnu: Add python-fastalite.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-fastalite, python2-fastalite):
New variables.

gnu: Add chroma.

* gnu/packages/games.scm (chroma): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.59.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.59.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.116.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.116.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.145.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.145.

gnu: clojure: Fix index generation.

* gnu/packages/java.scm (clojure)[arguments]: Add phase 'fix-manifest-classpath to remove
offending directory entry making indexing fail.

gnu: openlibm: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/maths.scm (openlibm): Update to 0.6.0.

gnu: glm: Update home page.

* gnu/packages/maths.scm (glm)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: glm: Update to 0.9.9.0.

* gnu/packages/maths.scm (glm): Update to 0.9.9.0.
[source](uri): Change to new download location.

gnu: libjpeg-turbo: Update license.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo)[license]: Add ZLIB.

gnu: libjpeg-turbo: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/image.scm (libjpeg-turbo): Update to 2.0.0.
[build-system]: Change to CMAKE-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: accountsservice: Update to 0.6.50.

* gnu/packages/freedesktop.scm (accountsservice): Update to 0.6.50.
[arguments]: Add "--enable-elogind" and "--disable-systemd" to #:configure-flags.
[inputs]: Add ELOGIND.

gnu: dconf: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf): Update to 0.28.0.
[build-system]: Switch to MESON-BUILD-SYSTEM.
[arguments]: Adjust accordingly.
[native-inputs]: Add VALA and GLIB:BIN.

gnu: dconf: Update license.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf)[license]: Change from LGPL2.1 to LGPL2.1+.

gnu: dconf: Install GTK documentation.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf)[native-inputs]: Add GTK-DOC.
[arguments]: Adjust #:configure-flags accordingly.

gnu: dconf: Adjust inputs and remove obsolete workaround.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf)[inputs]: Remove GLIB and LIBXML2.
[propagated-inputs]: Add GLIB.
[native-inputs]: Add LIBXML2.  Remove INTLTOOL.
[arguments]: Remove #:phases.