gnu: Add docker.

* gnu/packages/docker.scm (docker): New variable.
* gnu/packages/patches/docker-engine-test-noinstall.patch: New file.
* gnu/packages/patches/docker-fix-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Blender: Update to a beta release of 2.80.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33608> and <https://bugs.gnu.org/33882>.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.80-beta-0.3c3d80e.
[source]: Fetch from the Git repository.
[inputs]: Use OpenJPEG 2. Add Numpy.
[arguments]: Specify the location of Numpy. Remove some configure flags that are
no longer used. Comment out the 'fix-broken-import' phase because the
file it patches doesn't exist in the Git sources.
[description]: Add a warning about the beta status.

gnu: emacs-ghub: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ghub): Update to 3.2.0.
[source]: Use 'git-fetch'.
[propagated-inputs]: Add emacs-dash, emacs-graphql,
emacs-let-alist, emacs-treepy.

gnu: emacs-magit-popup: Update to 2.12.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-popup): Update to 2.12.5.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-with-editor): Update to 2.8.0.
[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: Add emacs-graphql.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-graphql): New variable.

gnu: Add emacs-treepy.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-treepy): New variable.

gnu: emacs-emacsql: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-emacsql): Update to 3.0.0.
[source]: Use 'git-fetch'.
[arguments]: Remove unnecessary fix.

gnu: emacs-closql: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-closql): Update to 1.0.0.
[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: Django: Update to 1.11.18 [fixes CVE-2019-3498].

* gnu/packages/django.scm (python-django, python2-django): Update to 1.11.18.

gnu: aria2: Fix CVE-2019-3500.

* gnu/packages/patches/aria2-CVE-2019-3500.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/bittorrent.scm (aria2)[source]: Use it.

gnu: hashcat: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/password-utils.scm (hashcat): Update to 5.1.0.

gnu: fasm: Update comments.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm): Update comments.

gnu: fasm: Fix grammatical errors in description.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm)[description]: Modify.

gnu: Add dev86.

* gnu/packages/assembly.scm (dev86): New variable.

gnu: python-pygit2: Update to 0.27.3.

* gnu/packages/python.scm (python-pygit2): Update to 0.27.3.
[arguments]: Add custom phase to compile with cffi support. Add custom
phase to not require specific versions of python-cffi.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: libgit2: Update to 0.27.7.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.27.7.

gnu: emacs-irony-mode: Remove propagated input

emacs-irony-mode finds its server binary because its a propagated input and is
in the path. We can substitute the variable `irony-server-install-prefix` to
not propagate the input and keep the binary isolated from the user.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-irony-mode):
[propagated-inputs] Remove propagated inputs
[inputs] Add emacs-irony-mode-server
[arguments] Add phase substituting the variable of the server path

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-ggtags: Don't require GNU Global in path

emacs-ggtags relies on the GNU Global tools (global and gtags) to be available
in the path. This way it will grab some random executable if it will find
executables at all.
This is fixed by setting the prefix to GNU Global in the store. This way
emacs-ggtags will use specific deterministic executables.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ggtags):
[inputs]: Add GNU Global to the inputs
[arguments]: Add a phase for substituting the right path to the executables

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: e2fsprogs: Update to 1.44.5.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.44.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: bind: Update to 9.12.3-P1.

* gnu/packages/dns.scm (bind): Update to 9.12.3-P1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-md4rd: Update to c55512c.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-md4rd): Update to c55512c.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-mcmc.

* gnu/packages/cran.scm (r-mcmc): New variable.

gnu: Add r-parcor.

* gnu/packages/cran.scm (r-parcor): New variable.

gnu: Add r-huge.

* gnu/packages/cran.scm (r-huge): New variable.

gnu: Add r-ppls.

* gnu/packages/cran.scm (r-ppls): New variable.

gnu: Add r-epi.

* gnu/packages/cran.scm (r-epi): New variable.

gnu: Add r-etm.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): New variable.

gnu: Add r-cmprsk.

* gnu/packages/cran.scm (r-cmprsk): New variable.

gnu: Add r-protviz.

* gnu/packages/cran.scm (r-protviz): New variable.

gnu: Add r-rbamtools.

* gnu/packages/cran.scm (r-rbamtools): New variable.

gnu: Add r-genenet.

* gnu/packages/cran.scm (r-genenet): New variable.

gnu: Add r-longitudinal.

* gnu/packages/cran.scm (r-longitudinal): New variable.

gnu: Add r-survivalroc.

* gnu/packages/cran.scm (r-survivalroc): New variable.

gnu: Add r-bootstrap.

* gnu/packages/cran.scm (r-bootstrap): New variable.

gnu: Add r-rmeta.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmeta): New variable.

gnu: Add r-drc.

* gnu/packages/cran.scm (r-drc): New variable.

gnu: Add r-spatialextremes.

* gnu/packages/cran.scm (r-spatialextremes): New variable.

gnu: Add r-fields.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): New variable.

gnu: Add r-spam.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): New variable.

gnu: Add r-dotcall64.

* gnu/packages/cran.scm (r-dotcall64): New variable.

gnu: Add r-assertive.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive): New variable.

gnu: Add r-assertive-data.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data): New variable.

gnu: Add r-assertive-data-uk.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data-uk): New variable.

gnu: Add r-assertive-data-us.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-data-us): New variable.

gnu: Add r-assertive-strings.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-strings): New variable.

gnu: Add r-assertive-datetimes.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-datetimes): New variable.

gnu: Add r-assertive-code.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-code): New variable.

gnu: Add r-assertive-files.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-files): New variable.

gnu: Add r-assertive-types.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-types): New variable.

gnu: Add r-assertive-reflection.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-reflection): New variable.

gnu: Add r-assertive-models.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-models): New variable.

gnu: Add r-assertive-matrices.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-matrices): New variable.

gnu: Add r-assertive-sets.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-sets): New variable.

gnu: Add r-assertive-numbers.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-numbers): New variable.

gnu: Add r-assertive-properties.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-properties): New variable.

gnu: Add r-assertive-base.

* gnu/packages/cran.scm (r-assertive-base): New variable.

gnu: Add r-rmpfr.

* gnu/packages/cran.scm (r-rmpfr): New variable.

gnu: Add r-gmp.

* gnu/packages/cran.scm (r-gmp): New variable.

gnu: Add r-bigrquery.

* gnu/packages/cran.scm (r-bigrquery): New variable.

gnu: Add r-ontologyindex.

* gnu/packages/cran.scm (r-ontologyindex): New variable.

gnu: Add r-rapidjsonr.

* gnu/packages/cran.scm (r-rapidjsonr): New variable.

gnu: Add r-pixmap.

* gnu/packages/cran.scm (r-pixmap): New variable.

gnu: Add r-strucchange.

* gnu/packages/cran.scm (r-strucchange): New variable.

gnu: Add r-als.

* gnu/packages/cran.scm (r-als): New variable.

gnu: Add r-chemometricswithr.

* gnu/packages/cran.scm (r-chemometricswithr): New variable.

gnu: Add r-iso.

* gnu/packages/cran.scm (r-iso): New variable.

gnu: Add r-nnls.

* gnu/packages/cran.scm (r-nnls): New variable.

gnu: Add r-kohonen.

* gnu/packages/cran.scm (r-kohonen): New variable.

gnu: Add r-grimport.

* gnu/packages/cran.scm (r-grimport): New variable.

gnu: Add r-tractor-base.

* gnu/packages/cran.scm (r-tractor-base): New variable.

gnu: Add r-reportr.

* gnu/packages/cran.scm (r-reportr): New variable.

gnu: Add r-ore.

* gnu/packages/cran.scm (r-ore): New variable.

gnu: Add r-shades.

* gnu/packages/cran.scm (r-shades): New variable.

gnu: Add r-rnifti.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): New variable.

gnu: Add r-tfmpvalue.

* gnu/packages/cran.scm (r-tfmpvalue): New variable.

gnu: Add r-splitstackshape.

* gnu/packages/cran.scm (r-splitstackshape): New variable.

gnu: Add r-lassopv.

* gnu/packages/cran.scm (r-lassopv): New variable.

gnu: Add r-flare.

* gnu/packages/cran.scm (r-flare): New variable.

gnu: Add r-vbsr.

* gnu/packages/cran.scm (r-vbsr): New variable.

gnu: Add r-rpostgresql.

* gnu/packages/cran.scm (r-rpostgresql): New variable.

gnu: Add r-rspectra.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): New variable.

build-system/asdf: 'package-with-build-system' accesses inputs lazily.

Fixes a bug whereby we would, at the top-level (while evaluation
lisp.scm package definitions), attempt to access package inputs.
Because of circular dependencies, this could lead to unbound variables
as reported by Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=33801#56>.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system)[transform]
(new-propagated-inputs): Turn into a procedure.
Adjust user accordingly.

self: Drop support for Guix < 0.15 on Guile 2.0.

* guix/self.scm (false-if-wrong-guile, package-for-guile): Remove.
(specification->package): Remove "guile2.0-" variants.
(compiled-guix): #:guile-for-build defaults to (default-guile).
Use 'specification->package' instead of 'package-for-guile'.
(guile-for-build): Remove.
(guix-derivation): Use 'default-guile' instead of 'guile-for-build'.
Check whether we're running on Guile 2.0 with PULL-VERSION < 1.

Remove most uses of the _IO*F constants.

These constants, for use with 'setvbuf', were deprecated in Guile 2.2
and disappeared in Guile 3.0.  Here we keep these constants in
build-side code where removing them is not feasible.

* guix/build/download-nar.scm (download-nar): Adjust 'setvbuf' calls to
the Guile 2.2+ API.
* guix/build/download.scm (open-socket-for-uri): Likewise.
(open-connection-for-uri, url-fetch): Likewise.
* guix/build/make-bootstrap.scm (make-stripped-libc): Likewise.
* guix/build/union.scm (setvbuf) [guile-2.0]: New conditional wrapper.
(union-build): Adjust to new API.
* guix/ftp-client.scm (ftp-open, ftp-list, ftp-retr): Likewise.
* guix/http-client.scm (http-fetch): Likewise.
* guix/inferior.scm (proxy): Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm (fetch, http-multiple-get): Likewise.
* guix/self.scm (compiled-modules): Likewise.
* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel, store-import-channel)
(store-export-channel): Likewise.
* guix/ui.scm (initialize-guix): Likewise.
* tests/publish.scm (http-get-port): Likewise.
* guix/store.scm (%newlines): Adjust comment.

download: Remove Guile 2.0 workaround.

* guix/build/download.scm: Remove Guile 2.0 workaround.

maint: Remove 'cond-expand' forms for Guile 2.0.

Note: Leave 'cond-expand' forms used in the build-side modules that can
run on %BOOTSTRAP-GUILE, which is currently Guile 2.0.

* guix/build/compile.scm: Move 'use-modules' clause from 'cond-expand'
to 'define-module' form.
(%default-optimizations): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/download.scm (tls-wrap): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/syscalls.scm: Remove 'cond-expand' form around
'%set-automatic-finalization-enabled?!' and
'without-automatic-finalization'.
* guix/inferior.scm (port->inferior): Remove 'cond-expand'.
* guix/scripts/pack.scm (wrapped-package)[build]: Remove 'cond-expand'.
* guix/status.scm (build-event-output-port): Remove 'cond-expand'.
* guix/store.scm (open-inet-socket): Remove 'cond-expand'.
* guix/ui.scm (install-locale): Remove 'cond-expand'.
* tests/status.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.
* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.

build: Require Guile 2.2.

* configure.ac: Require Guile 2.2.
* README: Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Requirements): Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix): Deprecate.
(guix-minimal): Inherit from GUIX, not from GUILE2.0-GUIX.

doc: Recommend using the installer script.

* doc/guix.texi (Installation): Make it clear that the installer script is the
recommended, easy way to install Guix.

pull: Document '--system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34010>.
Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

This is a followup to 5923102f7b58f0a0120926ec5b81ed48b26a188e.

* guix/scripts/pull.scm (show-help): Add '--system'.

self: Compress Info files.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33993>.
Reported by Adonay Felipe Nogueira <adfeno@hyperbola.info>.

* guix/self.scm (info-manual): Compress Info files.

build-self: Spin only on TTYs.

* build-aux/build-self.scm (build-program): Spin only when 'isatty?'
returns true.

gnu: dvdisaster: Run regression tests.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Remove #:tests? argument.
Add 'check' phase.

gnu: dvdisaster: Install desktop file.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Add 'install-desktop phase.

gnu: prosody: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): Update to 0.11.1.
[arguments]: Replace "Makefile" with "GNUmakefile".  Change "5.1" to "5.2".
Explain why there are no tests.
[inputs]: Replace lua-5.1, lua5.1-bitop, lua5.1-expat, lua5.1-socket,
lua5.1-filesystem, lua5.1-sec with lua-5.2, lua5.2-bitop, lua5.2-expat,
lua5.2-socket, lua5.2-filesystem, lua5.2-sec.

gnu: Add lua5.2-sec.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-sec): New variable.
(make-lua-sec): New procedure.
(lua5.1-sec, lua5.2-sec): Call it.

gnu: Add lua-filesystem and lua5.2-filesystem.

* gnu/packages/lua.scm (lua-filesystem, lua5.2-filesystem): New variables.
(make-lua-filesystem): New procedure.
(lua-filesystem, lua5.1-filesystem, lua5.2-filesystem): Call it.

gnu: Add lua5.2-socket.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-socket): New variable.
(make-lua-socket): New procedure.
(lua5.1-socket, lua5.2-socket): Call it.

gnu: Add lua5.2-expat.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-expat): New variable.
(make-lua-expat): New procedure.
(lua5.1-expat, lua5.2-expat): Call it.

gnu: criu: Update to 3.11.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu): Update to 3.11.
[arguments]: Add custom phase to patch python calls.