gnu: octave: Update to 4.2.0.

* gnu/packages/maths.scm (octave): Update to 4.2.0.
[native-inputs]: Add lzip.
[home-page]: Use https.

gnu: parallel: Update to 20161022.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20161022.
[home-page]: Use https.

gnu: libcdio: Update to 0.94.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcdio): Update to 0.94.
[home-page]: Use https.

gnu: gvpe: Update to 3.0.

* gnu/packages/vpn.scm (gvpe): Update to 3.0.

gnu: cryptsetup: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (cryptsetup): Update to 1.7.3.

gnu: python-vcversioner: Update to 2.16.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-vcversioner): Update to 2.16.0.0.
[inputs]: Remove python-setuptools.
[properties]: New field.
(python2-vcversioner): Use 'strip-python2-variant'.
[native-inputs]: Add python2-setuptools.

gnu: fish: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/shells.scm (fish): Update to 2.4.0.

services: Require wpa-supplicant-service for connman-service.

* gnu/services/networking.scm (connman-shepherd-service): Add
  wpa-supplicant among list of requirements.

services: Add wpa-supplicant-service.

* gnu/services/networking.scm (wpa-supplicant-service): New procedure.
(wpa-supplicant-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: connman: Use localstatedir outside of store.

* gnu/packages/connman.scm (connman): Use localstatedir outside of store.

gnu: python-jsonschema: Use 'nosetests'.

* gnu/packages/python.scm (python-jsonschema)[arguments]: Replace 'check
phase with python nosetests.
[native-inputs]: Add python-nose.
[home-page]: Use https.
(python2-jsonschema)[native-inputs]: Add python2-mock.

gnu: accountsservice: Update to 0.6.43.

* gnu/packages/freedesktop.scm (accountsservice): Update to 0.6.43.

gnu: guix-devel: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to commit
7ca37da855fd921fa3925bb62f8015f770b7e784.

gnu: guix: Really skip all the container tests.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.11.0)[arguments]: Update
pattern in 'disable-container-tests' to match 'test-equal'.

gnu: libpsl: Update to 0.15.0.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.15.0.

gnu: libinput: Enable GUI event tool.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput)[inputs]: Add glib.
[native-inputs]: Add cairo, gtk+-3.
(libinput-minimal)[native-inputs]: Only pkg-config.

gnu: freedesktop.scm: Reorder modules alphabetically.

* gnu/packages/freedesktop.scm: Reorder modules alphabetically.

gnu: libinput: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.5.1.

gnu: wayland-protocols: Update to 1.7.

* gnu/packages/freedesktop.scm (wayland-protocols): Update to 1.7.

gnu: mpv: Use lua@5.2.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Change 'lua' to 'lua-5.2'.

import/cpan: Maybe coerce version to string.

* guix/import/cpan.scm (cpan-module->sexp) <version>: Test if version in
  meta is string or number.  If it is number, coerce to string.

gnu: readline-6.2: Fix CVE-2014-2524.

* gnu/packages/patches/readline-6.2-CVE-2014-2524.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/readline.scm (readline-6.2): Use it.

gnu: signify: Update to 20.

* gnu/packages/crypto.scm (signify): Update to 20.

gnu: mailutils: Update to 3.0.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.0.
[arguments]: Adjust 'pre-build' phase.
* gnu/packages/patches/m4-gets-undeclared.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: guile-ncurses: Update to 2.1.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses): Update to 2.1.
[home-page]: Use https.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.8.3.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.8.3.

gnu: tidy: Use ‘modify-phases’.

* gnu/packages/web.scm (tidy)[arguments]: Use the ‘modify-phases’ syntax.

gnu: protobuf: Replace dead Google Code home-page.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf)[home-page]: Update it.

gnu: exfat-utils: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/mtools.scm (exfat-utils): Update to 1.2.4.
[source, home-page]: Move away from dead Google Code project.
[arguments, native-inputs]: Remove.

tests: Don't check file-systems in container tests.

Hello,

The containers test was hanging for me, and this patch fixed the
problem.

--
Andy

From 945ad44acf489b7f3a398d4ab739ec2b48477502 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Andy Patterson <ajpatter@uwaterloo.ca>
Date: Sat, 12 Nov 2016 22:10:01 -0500
Subject: [PATCH] tests: Don't check file-systems in container tests.

* tests/containers.scm ("call-with-container, mnt namespace"): Don't
check file-system in 'call-with-container' call.
* tests/containers.scm
("call-with-container, mnt namespace, wrong bindmount"): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: clisp: Use readline@6.2.

* gnu/packages/lisp.scm (clisp)[inputs]: Use readline-6.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Merge branch 'core-updates'

gnu: Add newsbeuter.

* gnu/packages/syndication.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add stfl.

* gnu/packages/ncurses.scm (stfl): New variable.

gnu: Add perl-modern-perl.

* gnu/packages/perl.scm (perl-modern-perl): New variable.

gnu: libtiff: Fix CVE-2016-9273.

* gnu/packages/patches/libtiff-CVE-2016-9273.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (libtiff/fixed): Use it.

gnu: Add python-flask-restplus.

* gnu/packages/python.scm (python-flask-restplus): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-rednose.

* gnu/packages/python.scm (python-rednose): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-termstyle.

* gnu/packages/python.scm (python-termstyle): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update development snapshot.

This is a followup to 166ba5b10207f44360e218d9e3f00772d09bc7cd.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to commit
166ba5b10207f44360e218d9e3f00772d09bc7cd.

substitute: Disable HTTPS certificate verification.

Fixes a regression introduced in
9e4e431e049fae3f1121c3be22cf13b174404ba8 as a consequence of
bc3c41ce36349ed4ec758c70b48a7059e363043a.
Reported by Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch): Pass #:verify-certificate? #f to
'open-connection-for-uri' and 'http-fetch'.
(download-cache-info): Likewise.
(http-multiple-get): Add #:verify-certificate? and honor it.
(fetch-narinfos): Pass #:verify-certificate? #f.

http-client: Add #:verify-certificate? to 'http-fetch'.

* guix/http-client.scm (http-fetch): Add #:verify-certificate? parameter
and pass it to 'open-connection-for-uri'.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: prosody: fix SSL/TLS.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-sec-0.5): New variable.
* gnu/packages/messaging.scm (prosody):
[inputs]: Change lua5.1-sec to lua5.1-sec-0.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Added some index entries.

* doc/guix.texi: Added various @cindex tags to assist readers.

gnu: ruby-lumberjack: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-lumberjack): Update to 1.0.10.
[native-inputs]: Add 'ruby-timecop'.

gnu: ruby-arel: Update to 7.1.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-arel): Update to 7.1.4.

gnu: ruby-rake-compiler: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rake-compiler): Update to 1.0.1.

gnu: ruby-hoe: Update to 3.15.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-hoe): Update to 3.15.2.

gnu: ruby-rspec-core: Update to 3.5.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rspec-core): Update to 3.5.4.

gnu: bundler: Update to 1.13.6.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.13.6.

gnu: ruby-yard: Update to 0.9.5-1.d816482a.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-yard): Update to 0.9.5-1.d816482a.
[source]: Update source URL.
[arguments]: Remove unneeded substitutions.  Change test target.
* gnu/packages/patches/ruby-yard-fix-skip-of-markdown-tests.patch (New
file)
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: r-org-mm-eg-db: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-mm-eg-db): Update to 3.4.0.

gnu: r-org-dm-eg-db: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-dm-eg-db): Update to 3.4.0.

gnu: r-org-ce-eg-db: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-ce-eg-db): Update to 3.4.0.

gnu: r-org-hs-eg-db: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-org-hs-eg-db): Update to 3.4.0.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.31.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.31.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.7.

gnu: Add guile-aspell.

* gnu/packages/guile.scm (guile-aspell): New variable.

gnu: wordnet: Build with gcc@6 to prevent chunked literal strings.

* gnu/packages/wordnet.scm (wordnet)[arguments]: Remove
-fno-builtin-strcpy.
[native-inputs]: New field.

gnu: python-pillow: Update to 3.3.3 [fixes CVE-2016-{9189,9190}].

* gnu/packages/python.scm (python-pillow, python2-pillow): Update to 3.3.3.

gnu: r-rmarkdown: Remove phase "copy-files-without-mode".

This phase is no longer needed as upstream has merged the fix in the
current release.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown)[arguments]: Remove build
phase "copy-files-without-mode".

gnu: inkscape: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/inkscape.scm (inkscape)[arguments]: Use modify-phases
syntax.

gnu: vim: Update to 8.0.0073.

* gnu/packages/vim.scm (vim, vim-full): Update to 8.0.0073.

container: Pass a list of <file-system> objects as things to mount.

* gnu/build/linux-container.scm (mount-file-systems): 'mounts' is now a
list of <file-system> objects instead of a list of lists ("specs").
Add call to 'file-system->spec' as the argument to 'mount-file-system'.
(run-container, call-with-container): Adjust docstring accordingly.
* gnu/system/file-systems.scm (spec->file-system): New procedure.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[script]: Call
'spec->file-system' inside gexp.
* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Remove
call to 'file-system->spec'.
* tests/containers.scm ("call-with-container, mnt namespace")
("call-with-container, mnt namespace, wrong bind mount"): Pass a list of
<file-system> objects.

linux-container: Use 'source-module-closure' when generating the script.

* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[script]: Use
'source-module-closure' in 'with-imported-modules' form.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to commit
324a2ba56c2f4c0d91567ed08024ae2c492f3b23.

gnu: gmsh: Update to 2.14.1

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Update to 2.14.1.
[source]: Use new uri.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: milkytracker: Update upstream location.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker)[source]: Update source uri.
[home-page]: Change to new domain.

Reported-by: ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.6-4.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.6-4.

gnu: claws-mail: Update to 3.14.1.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.14.1.

gnu: Add pdfposter.

* gnu/packages/pdf.scm(pdfposter): New variable.

gnu: Add python2-pypdf.

* gnu/packages/pdf.scm (python2-pypdf): New variable.

gnu: Add python-pypdf2.

* gnu/packages/pdf.scm (python-pypdf2, python2-pypdf2): New variables.

tests: Adjust 'url-fetch' mocks to TLS changes.

This is a followup to bc3c41ce36349ed4ec758c70b48a7059e363043a.

* tests/cpan.scm ("cpan->guix-package"): Add #:verify-certificate?
parameter in 'url-fetch' mock.
* tests/cran.scm ("description->package"): Likewise.

gnu: gcc@5, gcc@6: Work around use of 'movabs' for /gnu/store strings.

Partly addresses <http://bugs.gnu.org/24703>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/gcc-strmov-store-file-names.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5)[sources](patches): Add it.
(gcc-6)[sources](patches): Add it.

lint: 'cve' checker catches 'tls-certificate-error'.

Reported by Frederick Muriithi <fredmanglis@gmail.com>.

* guix/scripts/lint.scm (tls-certificate-error-string): New procedure.
(validate-uri): Use it.
(current-vulnerabilities*): Catch 'tls-certificate-error' and print a
warning.

gnu: Add kdevelop-pg-qt.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop-pg-qt): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libkomparediff2.

* gnu/packages/kde.scm (libkomparediff2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: hidapi: Fix 'license'.

* gnu/packages/libusb.scm (hidapi)[license]: Actually call
'non-copyleft'.

doc: Mention elpa.gnu.org package signatures.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document elpa.gnu.org
signatures.

gnu: Add vifm.

* gnu/packages/vim.scm (vifm): New variable.

gnu: libxslt: Fix CVE-2016-4738.

* gnu/packages/patches/libxslt-CVE-2016-4738.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xml.scm (libxslt)[replacement]: New field.
(libxslt/fixed): New variable.

gnu: postgresql: Update to 9.5.5.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.5.5.
[home-page]: Use https.

gnu: mariadb: Update to 10.1.19.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.19.

gnu: gnome-calculator: Update to 3.22.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-calculator): Update to 3.22.2.

gnu: gcc-arm-none-eabi-4.9: Remove non-applicable patch.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-4.9)[patches]: Remove
"gcc-arm-bug-71399.patch" from XGCC's patches.

tests: Fix 'fold-packages' for hidden packages.

* tests/packages.scm ("fold-packages, hidden package"): Expect
GUILE-2.0, not GUILE-2.0/FIXED.  This is a followup to
c62a31ca802c2b225279c4b0360a4cfc2723ad28.

system: Reintroduce 'GUIX_LOCPATH', for compatibility with glibc@2.23.

* gnu/system.scm (operating-system-environment-variables): Re-add
'GUIX_LOCPATH'.  This reverts part of
9f58fe3d1c32e3f0ced065e286532a10cad1b5e3.

gnu: mate-themes: Update to 3.20.9.

* gnu/packages/mate.scm (mate-themes): Update to 3.20.9.
[source]: Update package location.
[inputs]: Remove gtk+-2, add gtk+-3.
[description]: Add note about dual gtk+-2/gtk+-3 support.

gnu: mate-menus: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-menus): Update to 1.16.0.
[propagated-inputs]: Move glib ...
[inputs]: ... to here.

gnu: Add pam-krb5 service.

* doc/guix.texi (Kerberos Services): New node.
* gnu/services/kerberos.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: mate-desktop: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/mate.scm (mate-desktop): Update to 1.16.1.
[arguments]: Build with gtk+-3, enable mpaste.
[propagated-inputs]: Remove gtk+-2, move libxrandr,
startup-notification ...
[inputs]: ... to here.  Add gtk+-3, python-2.

gnu: mate-icon-theme: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/mate.scm (mate-icon-theme): Update to 1.16.0.

gnu: libmateweather: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/mate.scm (libmateweather): Update to 1.16.1.

[arguments]: Build with gtk+-3.
[propagated-inputs]: Remove gtk+-2, move gdk-pixbuf ...
[inputs]: ... to here. Add gtk+-3.

gnu: Add faust-2.

* gnu/packages/audio.scm (faust-2): New variable.

gnu: Add LLVM variant with RTTI support.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-with-rtti): New variable.

gnu: python-tempest-lib: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-tempest-lib): Update to 1.0.0.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-os-testr: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-os-testr, python2-os-testr): Update
to 0.8.0.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-jsonschema: Correct inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-jsonschema)[inputs]: Remove
python-setuptools. Move python-vcversioner to ...
[native-inputs]: ... here.
* gnu/packages/python.scm (python2-jsonschema)[inputs]: Move
python2-functools32 to ...
[propagated-inputs]: ... here.
[native-inputs]: Add python2-setuptools.