gnu: libsoup: Update to 2.60.2.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.60.2.

list-runtime-roots: Ignore PIDs we cannot access.

This allows running as non-root.
Fixes a regression introduced in b8f59cdc20e9d83ce63523ef917e95fcee07f134.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (referenced-files): Handle EACCES in
addition to ENOENT.

download: Use HTTPS for the first ImageMagick mirror.

* guix/download.scm (%mirrors)[imagemagick]: Use HTTPS for <sunsite.icm.edu.pl>.

download: Try FTP servers last.

* guix/download.scm (%mirrors)[savannah, kernel.org, apache, xorg, imagemagick]:
Re-arrange so that FTP is last.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-23.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-23.

list-runtime-roots: Canonicalize store items.

Looking at 'addAdditionalRoots' in libstore/gc.cc, it looks like it
should always have been this way.  In practice it probably doesn't make
much of a difference.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (canonicalize-store-item): New
procedure.
<top level>: Use it.

list-runtime-roots: Do not use 'lsof'.

This makes things a bit faster (0.8s instead of 1.4s on my laptop).

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (lsof-roots): Remove.
(proc-fd-roots): Return the empty list when 'scandir' returns #f.
(referenced-files): New procedure.
Use it at the top level.

doc: Better explain GC roots.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24194>.
Reported by J. Eppler <j.eppler@openmailbox.org>.

* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon): Add index entries for GC roots.
Add xref to "Invoking guix gc".
(Invoking guix gc): Add the string "GC roots"; mention /var/guix/gcroots.
(Additional Build Options): Add index entries.  Better explain --root.
(Invoking guix environment): Add xref to "Invoking guix gc".

gnu: Remove unrar.

This package is abandoned upstream and contains serious bugs:

http://seclists.org/oss-sec/2017/q3/329
https://cve.mitre.org/cgi-bin/cvename.cgi?name=CVE-2017-14120
https://cve.mitre.org/cgi-bin/cvename.cgi?name=CVE-2017-14121
https://cve.mitre.org/cgi-bin/cvename.cgi?name=CVE-2017-14122

* gnu/packages/compression.scm (unrar): Remove variable.

gnu: linux-libre: Change URL to HTTPS.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Change URL to HTTPS.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mupdf: Unbundle mujs.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf)[source]: Remove bundled mujs.
[inputs]: Add mujs.

gnu: Add mujs.

* gnu/packages/javascript.scm (mujs): New variable.

gnu: mupdf: Use https.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf)[source]: Use https.
[home-page]: Same.

gnu: pdf.scm: Arrange modules alphabetically.

* gnu/packages/pdf.scm: Arrange modules alphabetically.

gnu: lash: Don't build static libraries.

* gnu/packages/audio.scm (lash)[arguments]: Add configure-flag to
disable static libraries.

gnu: lash: Don't build lashd.

This fixes bug#28174.

* gnu/packages/audio.scm (lash)[arguments]: Add phase to skip building lashd.

gnu: glib-networking: Update to 2.54.1.

* gnu/packages/gnome.scm (glib-networking): Update to 2.54.1.

gnu: ffmpeg: Reduce the size of the closure.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]: Add new configure flags to
disable the html man pages and the static libraries.

gnu: mupdf: Use Texinfo for the description.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf)[description]: Use Texinfo to mark up the
description.

gnu: w3m: Find an editor in the environment.

* gnu/packages/w3m.scm (w3m)[arguments]: Pass an empty value for --with-editor
in #:configure-flags.
[source]: Use git-file-name.

gnu: mupdf: Actually fix CVE-2017-15587.

The original fix could be removed by an optimizing compiler.

* gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2017-15587.patch: Revise patch.

gnu: libusb-compat: Use the same home page as libusb.

* gnu/packages/libusb.scm (libusb-compat)[home-page]: Update.

gnu: fcgi: Fix typo in description.

* gnu/packages/web.scm (fcgi)[description]: Fix typo.

gnu: fcgi: Use archived home page fork.

* gnu/packages/web.scm (fcgi)[home-page]: Use archived version.

gnu: lynx: Use new home page.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lynx)[home-page]: Update.

gnu: perl-mime-types: Update to 2.14.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mime-types): Update to 2.14.

gnu: mailutils: Update to 3.4.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.4.

gnu: emacs-emms: Update to 4.4.

* gnu/packages/emacs.scm (emms): Update to 4.4.

gnu: nyacc: Update to 0.82.4.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 0.82.4.

git: Check whether 'clone-init-options' is defined.

This is a followup to 195f0d05c3f64e17e84b2683a7045a14ec578d61.

* guix/git.scm (clone*): Check whether 'clone-init-options' is defined
before using it.

gnu: nvi: Build with support for Unicode text.

* gnu/packages/nvi.scm (nvi)[arguments]: Pass '--enable-widechar'
to #:configure-flags.

tests: Adjust to new unbound-variable error message.

This is a followup to dc856223f5eab57d8a4881782ec0f50abd12afa3.

* tests/guix-package.sh: Adjust unbound-variable message regexp.

tests: Refer to "time@1.8".

This is a followup to dd00e0919fcecd895ff4e5a646cf068f46ff8d12.

* tests/guix-build.sh: Refer to "time@1.8".

download: Work around more bogus HTTP handling in Guile 2.2 <= 2.2.2.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-11/msg00190.html>.

* guix/build/download.scm (guile-2.2) [write-request-line]: Backport
Guile commit 6ad28ae3bc6a6d9e95ab7d70510d12c97673a143.

gnu: lvm2: Update to 2.02.176.

* gnu/packages/linux.scm (lvm2): Update to 2.02.176.

gnu: libstaroffice: Update to 0.0.5.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libstaroffice): Update to 0.0.5.

gnu: libvisio: Update to 0.1.6.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libvisio): Update to 0.1.6.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/libvisio-fix-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libetonyek: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libetonyek): Update to 0.1.7.
[source](patches): Remove.
[arguments]<#:phases>: Remove.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF and AUTOMAKE.
* gnu/packages/patches/libetonyek-build-with-mdds-1.2.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libreoffice: Update to 5.3.7.2 and enable GTK3.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 5.3.7.2
[source]: Change URL to HTTPS.
[inputs]: Add gtk+.
[configure-flags]: Remove "--disable-gtk3".

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python2-rpython: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/python.scm (python2-rpython): Update to 0.2.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-sympy: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/python.scm (python-sympy, python2-sympy): Update to 1.1.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-sqlparse: Fix syntax error.

This is a follow-up to commit 8d688cd27f267f4d143d0f20ed3c352188151302.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlparse)[arguments]: Add missing lambda.

gnu: python-sqlparse: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-sqlparse, python2-sqlparse): Update to
0.2.4.
[arguments]: Don't invoke ‘2to3’.

install: Fix typo.

* gnu/system/install.scm (installation-os): Fix typo in comment.

gnu: cyrus-sasl: Use new home page.

* gnu/packages/cyrus-sasl.scm (cyrus-sasl)[home-page]: Update.

gnu: methylkit: Use new home page.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (methylkit)[home-page]: Update.

gnu: vsearch: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.6.0.

download: Work around bogus HTTP handling in Guile 2.2 <= 2.2.2.

Reported by Konrad Hinsen <konrad.hinsen@fastmail.net>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-11/msg00070.html>.

* guix/build/download.scm (write-request-line) [guile-2.2]: New
procedure.

gnu: webkitgtk: Update to 2.18.3 [fixes CVE-2017-{13788,13798,13803}].

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.18.3.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-{15038,15268,15289}.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-15038.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-15268.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-15289.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[source]: Use them.

gnu: Fix hunspell-dict-en-* dictionary installation.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-word-list)[arguments]: Install the .dic file
for all hunspell dictionaries.

gnu: cutadapt: Update to 1.14.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.14.

gnu: synergy: Fix minor problems with the package definitions.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[source]: Return #t in the snippet.
[arguments]: Let build phases return #t; fix typo in comment.
[home-page]: Change to redirection target.
[description]: Fix typo.

gnu: password-store: Install passmenu script.

* gnu/packages/password-utils (password-store)
  [inputs]: Add dmenu and xdotool.
  [arguments]<#:phases>['patch-passmenu-path']: New phase.
  [arguments]<#:phases>['install-passmenu']: New phase.

gnu: Add Epson escpr printer driver.

* gnu/packages/cups.scm (escpr): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git: Work around wrong default argument of 'clone'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29238>.
Reported by Benjamin Andresen <benny@in-ulm.de>.

* guix/git.scm (clone*): Pass second argument to 'clone'.

gnu: postgresql@9.6: Update to 9.6.6 [security fixes].

This fixes CVE-2017-12172, CVE-2017-15098, CVE-2017-15099.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql@9.6): Update to 9.6.6.

gnu: linux-libre: Update to 4.13.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.61.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.61.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.97.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.97.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.46.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.46.

gnu: libpsl: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.19.1.

gnu: postgresql: Update to 10.1 [security fixes].

Fixes CVE-2017-12172, CVE-2017-15098 and CVE-2017-15099.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 10.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

tests: Adjust to unbound-variable exception printer.

* tests/guix-system.sh: Adjust unbound-variable test for commit
dc856223f5eab57d8a4881782ec0f50abd12afa3.

gnu: Add r-directlabels.

* gnu/packages/statistics.scm (r-directlabels): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-ahungry-theme: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ahungry-theme): Update to 1.8.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add nxbelld.

* gnu/packages/xdisorg.scm (nxbelld): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Add an 'unbound-variable' exception printer.

* guix/ui.scm (print-unbound-variable-error): New variable.
Use it as the 'unbound-variable' printer.

ui: Provide hints for unbound-variable errors.

* guix/ui.scm (known-variable-definition): New procedure.
(report-load-error): Handle 'unbound-variable'.

ui: Add 'display-hint'.

* guix/ui.scm (known-variable-definition): New procedure.
(report-load-error): Use it.

gnu: %intel-compatible-systems: Re-add variable.

This is a follow-up to cfbe7b7f4ccdb61534b47d91fe8e43db2ee1737d.

* gnu/packages/linux.scm (%intel-compatible-systems): New variable.

gnu: linux: Add linux-libre arm kernel.

* Makefile.am (AUX_FILES): Add arm config file.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.13-arm.conf: New file.
* gnu/packages/linux.scm (%intel-compatible-systems): Rename to
  %linux-compatible-systems and add "armhf-linux".
  (linux-libre): Adapt consequently.

The config file for arm is taken from debian armmp kernel. It's a generic
firmware for ARMv7 multiplatform compatible SoCs.

gnu: chromaprint: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/mp3.scm (chromaprint): Update to 1.4.2.

gnu: libwnck: Update to 3.24.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libwnck): Update to 3.24.1.

system: Do not set 'TZ'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29212>.
Reported by Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>.

* gnu/system.scm (operating-system-environment-variables): Remove "TZ".

gnu: roary: Update to 3.11.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (roary): Update to 3.11.0.
[inputs]: Add perl-digest-md5-file.

gnu: totem: Enable parallel build.

* gnu/packages/gnome.scm (totem)[arguments]: Set #:parallel-build? to #t
implicitly.

gnu: tremc: Update to 0.9.0-1.9755b50.

* gnu/packages/bittorrent.scm (tremc): Update to 0.9.0-1.9755b50.
[version]: Use git-version.
[source]: Use git-file-name.

gnu: slurm: Update to 16.05.11 [fixes CVE-2017-15566].

* gnu/packages/parallel.scm (slurm): Update to 16.05.11.
[source]: Use the recommended download URL.

gnu: rpm: Update to 4.13.0.2 [fixes CVE-2017-{7500,7501}].

* gnu/packages/package-management.scm (rpm): Update to 4.13.0.2.

gnu: python-icalendar: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar): Update to 4.0.0.

gnu: syncthing: Update to 0.14.40.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 0.14.40.
[inputs]: Add go-github-com-zillode-notify.

gnu: Add go-github-com-zillode-notify.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-zillode-notify): New variable.

gnu: go-github-com-audriusbutkevicius-kcp-go: Update to 0.0.0-1.8ae5f52.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-audriusbutkevicius-kcp-go):
Update to 0.0.0-1.8ae5f52.
[propagated-inputs]: Add go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4.

gnu: Add go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4): New variable.

gnu: Improve error reporting of the use-.*modules macros.

Suggested by Julien Lepiller and myglc2
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2017-11/msg00106.html>.

* gnu.scm (%try-use-modules): New procedure.
(package-module-hint, service-module-hint): New procedures.
(try-use-modules): New macro.
(use-package-modules, use-service-modules, use-system-modules): Use it.
* tests/guix-system.sh: Test it.

services: Add 'lookup-service-types'.

* gnu/services.scm (lookup-service-types): New procedure.
* tests/services.scm ("lookup-service-types"): New test.

services: 'fold-service-types' includes (gnu services).

* gnu/services.scm (all-service-modules): New procedure.
(fold-service-types): Use it for the default MODULES value.

services: 'fold-service-types' honors its seed.

* gnu/services.scm (fold-service-types): Use SEED instead of '().

ui: Define and honor '&error-location' and '&fix-hint' conditions.

* guix/utils.scm (&error-location, &fix-hint): New condition types.
* guix/ui.scm (report-load-error): Handle them.
(call-with-error-handling): Honor '&error-location'.

ui: Introduce (guix i18n).

* guix/ui.scm (G_, N_, _P, %gettext-domain, %package-text-domain): Move
to...
* guix/i18n.scm: ... here.  New file.

gnu: service: Update comment.

* gnu/services/base.scm (guix-activation): Update comment.

install: Use overlayfs instead of unionfs.

I dediced to keep adding /tmp as tmpfs since I was not able to trigger bug
while still using unionfs, so I could not verify whether this mount is still
needed with overlayfs.  Mapping /tmp to tmpfs does not harm, so we are on the
save side.

* gnu/system/install.scm (make-cow-store): Mount /gnu/store without additional
  read-only bind-mount, since in overlayfs the "lower" level is always
  read-only. Add work-dir required by overlayfs. No need to sleep anymore
  since now using the mount syscall. [unionfs]: Remove now unused function.
  (%installation-services): Update comment.
  (installation-os)[file-systems]: Update comment.

build: Use overlayfs instead of unionfs.

Overlayfs is part of the kernel, while unionfs needs FUSE.  This also reduces
the size of the initrd by ca. 4.3% (487K).

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Remove optional parameter
  "unionfs"; mount using overlayfs instead of unionfs; new directory layout
  requied by overlayfs; update documentation.
  [mark-as-not-killable]: Remove now unused function

* gnu/system/linux-initrd.scm (file-system-packages): Remove now unused
  packages "unionfs-fuse/static" and thus unused related 'if'.
  (linux-modules): Replace "fuse" by "overlay".

gnu: miso: Use pypi-uri.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (miso)[source]: Use pypi-uri.

gnu: Add r-vcd.

* gnu/packages/cran.scm (r-vcd): New variable.

gnu: Add r-laeken.

* gnu/packages/cran.scm (r-laeken): New variable.

doc: Move paragraph about signature verification to the top.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Remind contributors to verify
cryptographic signatures at the very beginning.

gnu: fastcap: Use texlive-tiny.

* gnu/packages/engineering.scm (fastcap)[native-inputs]: Replace texlive with
texlive-tiny.
[arguments]: Fix indentation; set HOME in "make-pdf" phase to avoid font
errors with texlive-tiny.

gnu: librecad: Fix build.

* gnu/packages/engineering.scm (librecad)[arguments]: Add phase
"patch-boost-error".