gnu: r-txdb-hsapiens-ucsc-hg19-knowngene: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-txdb-hsapiens-ucsc-hg19-knowngene)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-genelendatabase: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genelendatabase)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-org-mm-eg-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-mm-eg-db)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-org-hs-eg-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-hs-eg-db)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-org-dr-eg-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-dr-eg-db)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-org-dm-eg-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-dm-eg-db)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-org-ce-eg-db: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-org-ce-eg-db)[source]: Use
bioconductor-uri.

gnu: r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm10: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm10)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm9-masked: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm9-masked)[source]:
Use bioconductor-uri.

gnu: r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm9: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm9)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19-masked: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19-masked)[source]:
Use bioconductor-uri.

gnu: r-bsgenome-hsapiens-1000genomes-hs37d5: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-hsapiens-1000genomes-hs37d5)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm3-masked: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm3-masked)[source]:
Use bioconductor-uri.

gnu: r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm3: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm3)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Enable substitution.

gnu: r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm6: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm6)[source]:
Use bioconductor-uri.
[arguments]: Permit substitution.

gnu: r-bsgenome-celegans-ucsc-ce10: Use bioconductor-uri.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bsgenome-celegans-ucsc-ce10)[source]: Use
bioconductor-uri.
[arguments]: Permit substitution.

gnu: emacs-olivetti: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-olivetti): Update to 1.8.1.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-irony-mode: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-irony-mode): Update to 1.4.0.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-elisp-demos: Update to 2019.12.01.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elisp-demos): Update to 2019.12.01.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-doom-modeline: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-modeline): Update to 2.8.0.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: python-pandas: Move to (gnu packages python-science).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pandas, python2-pandas): Move from
here...
* gnu/packages/python-science.scm (python-pandas, python2-pandas): ...to here.
* gnu/packages/benchmark.scm, gnu/packages/databases.scm,
gnu/packages/graph.scm, gnu/packages/parallel.scm,
gnu/packages/serialization.scm: Import (gnu packages python-science).

gnu: handbrake: Upgrade to 1.3.0.

* gnu/packages/patches/handbrake-opt-in-nvenc.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/video.scm (handbrake)[source]: Upgrade to 1.3.0.  Remove
patch.
[native-inputs]: Remove cmake and curl.
[inputs]: Add dav1d and numactl.
[arguments]: Add "--disable-nvenc" to configure flags in place of patch.
Adjust "bootstrap" phase in response to upstream changes.
Add "patch-SHELL" and "relax-reqs" phases.

guix-install.sh: Use a deterministic umask.

Users with strict umasks (e.g. 0077) would end up with an unreadable
/gnu (mode 0700) and no way to run guix.

Reported by A. <@aaap:matrix.org> on #guix.

* etc/guix-install.sh (main): Set umask before installing anything.

gnu: tcc: Add search paths and drop the wrapper.

* gnu/packages/c.scm (tcc): Add native search paths.
(tcc-wrapper): Remove variable.

gnu: cmocka: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/check.scm (cmocka): Update to 1.1.5.

gnu: girara: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/gtk.scm (girara): Update to 0.3.3.

gnu: libcdio: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcdio): Update to 2.1.0.

gnu: libcdio-paranoia: Update to 10.2+2.0.0.

* gnu/packages/cdrom.scm (libcdio-paranoia): Update to 10.2+2.0.0.

gnu: libburn: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/cdrom.scm (libburn): Update to 1.5.2.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.1.3.

gnu: r-roxygen2: Update to 7.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-roxygen2): Update to 7.0.2.

gnu: r-testthat: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-testthat): Update to 2.3.1.

gnu: r-rspectra: Update to 0.16-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): Update to 0.16-0.

gnu: r-sjplot: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjplot): Update to 2.8.1.

gnu: r-bayesplot: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayesplot): Update to 1.7.1.

gnu: r-maptools: Update to 0.9-9.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 0.9-9.

gnu: r-network: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-network): Update to 1.16.0.

gnu: r-dendextend: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-dendextend): Update to 1.13.2.

gnu: r-curl: Update to 4.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-curl): Update to 4.3.

Revert "doc: Fix typo in example."

This reverts commit 7b40d59114e1462d6d8140f325a66b12e91db667.

gnu: jp2a: Downgrade to 1.0.6.

* gnu/packages/image.scm (jp2a): Downgrade to 1.0.6.
[source]: Download from Debian's sources.
[inputs]: Add ncurses.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, pkg-config.

gnu: toot: Make propagated-inputs regular inputs.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot)[propagated-inputs]: Move all ...
[inputs]: ... here.

gnu: toot: Add missing input.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot)[propagated-inputs]: Add python-urwid.

gnu: emacs-diff-hl: Update to 1.8.7.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-diff-hl): Update to 1.8.7.

gnu: xlockmore: Update to 5.59.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.59.

gnu: exo: Update to 0.12.10.

* gnu/packages/xfce.scm (exo): Update to 0.12.10.

gnu: sysstat: Update to 12.2.0.

* gnu/packages/linux.scm (sysstat): Update to 12.2.0.

gnu: mtr: Use @acronym{}.

* gnu/packages/networking.scm (mtr)[description]: Substitute @acronym
for @dfn.

gnu: mtr: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/networking.scm (mtr)[source]: Hard-code NAME.

gnu: mtr: Update to 0.93.

* gnu/packages/networking.scm (mtr): Update to 0.93.
[native-inputs]: Remove now-unnecessary autoconf.

gnu: microcom: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/microcom.scm (microcom)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: microcom: Update to 2017.03.0.

* gnu/packages/microcom.scm (microcom): Update to 2017.03.0.

gnu: microcom: Use GIT-FILE-NAME.

* gnu/packages/microcom.scm (microcom)[source]: Use GIT-FILE-NAME.

gnu: less: Update to 551.

* gnu/packages/less.scm (less): Update to 551.

gnu: less: Add upstream source URI.

* gnu/packages/less.scm (less)[source]: Add the author's site.

gnu: nsd: Update to 4.2.3.

* gnu/packages/dns.scm (nsd): Update to 4.2.3.

gnu: pugixml: Update to 1.10.

* gnu/packages/xml.scm (pugixml): Update to 1.10.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/pugixml-versioned-libdir.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: eid-mw: Update to 4.4.23.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.4.23.

gnu: console-setup: Update to 1.194.

* gnu/packages/xorg.scm (console-setup): Update to 1.194.

gnu: xclock: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/xorg.scm (xclock)[source]: Hard-code NAME.

gnu: xclock: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/xorg.scm (xclock): Update to 1.0.9.

gnu: soundtouch: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/audio.scm (soundtouch)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: snd: Update to 19.9.

* gnu/packages/audio.scm (snd): Update to 19.9.

gnu: Remove python2-socksipychain.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-socksipychain): Remove variable.

gnu: pagekite: Update to 1.5.0.191126.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): Update to 1.5.0.191126.
[source]: Fetch from GitHub.
[arguments]: Build with Python 3.
[inputs]: Add python-six.

gnu: python-socksipychain: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-socksipychain): Update to 2.1.0.

gnu: python-scipy: Move to (gnu packages python-science).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scipy, python2-scipy): Move these from
here...
* gnu/packages/python-science.scm (python-scipy, python2-scipy): ...to here.
* gnu/packages/bioinformatics.scm, gnu/packages/machine-learning.scm,
gnu/packages/statistics.scm: Adjust module imports.

gnu: python-scikit-image: Move to (gnu packages python-science).

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scikit-image, python2-scikit-image):
Move these two from here...
* gnu/packages/python-science.scm: ...to this new file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: python-pillow: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow): Update to 6.2.1.

gnu: python-pillow: Sort inputs alphabetically.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow)[inputs]: Sort
alphabetically.

gnu: python-pillow: Make check phase conditional.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow)[arguments]: Wrap custom
'check phase in check for 'tests?'.

gnu: python-pillow: Replace check phase.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pillow)[arguments]: Since 'check
always come after 'install, replace 'check phase rather than recreate it.

lint: archival: Gracefully handle network failures.

* guix/lint.scm (check-archival): Wrap re-throw in 'with-networking-fail-safe'.

gnu: Add emacs-telega.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-telega): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: android-libselinux: Avoid top-level references to 'libsellinux'.

* gnu/packages/android.scm (android-libselinux)[synopsis]
[description, license]: Remove references to 'libsellinux'.

gnu: 0ad-data: Avoid top-level references to 'font-bitstream-vera'.

* gnu/packages/games.scm (0ad-data)[license]: Avoid references to
'font-bitstream-vera'.

gnu: stress-make: Avoid top-level reference to 'gnu-make'.

* gnu/packages/debug.scm (stress-make)[license]: Hard-code GPL3+ instead
of referring to 'gnu-make'.

gnu: gajim: Avoid top-level reference to 'python'.

This fixes a circular dependency due to this top-level reference to
'python' as discussed in <https://bugs.gnu.org/38326>.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim)[native-search-paths]: Remove
reference to 'python'.  Hard-code the Python version instead.

gnu: Add q5go.

* gnu/packages/games.scm (q5go): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-org-present.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-present): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-doom-modeline.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-doom-modeline): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-shrink-path.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shrink-path): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ccls: Update to 0.20190823.5.

* gnu/packages/cpp.scm (ccls): Update to 0.20190823.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ipcalc.

* gnu/packages/networking.scm (ipcalc): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.87.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.87.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.157.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.157.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

install: Pass 'local-file' literal strings for proper resolution.

This is a followup to 99c45877a984dd0148151b2e304afef6fb04f1a5, which
introduced a regression: "guix system build gnu/system/install.scm"
would fail to find the .tmpl files.

* gnu/system/install.scm (/etc/configuration-files)[file]: Remove.
[directory]: Use 'local-file' with a literal string.

gnu: scummvm: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emulators.scm (scummvm): Update to 2.1.0.

gnu: snap: Update to 5.3.8.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 5.3.8.

gnu: mame: Update to 0.216.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.216.

gnu: WireGuard: Update to 0.0.20191127.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20191127.

gnu: giac: Update to 1.5.0-75.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.5.0-75.

gnu: grammalecte: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.6.0.

gnu: fet: Update to 5.41.0.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.41.0.

gnu: asymptote: Update to 2.61.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.61.

gnu: quaternion: Use qt-build-system.

* gnu/packages/display-managers.scm (quaternion): Use qt-build-sytem.
  [arguments]<modules, imported-modules, phases>: Remove.

gnu: kdeconnect: Use qt-build-system.

* gnu/packages/display-managers.scm (kdeconnect): Use qt-build-sytem.
  [arguments]<modules, imported-modules>: Remove. <phases>: Base
  on phases from qt-build-system. {wrap-executable}: Remove.

gnu: ktouch: Use qt-build-system.

* gnu/packages/display-managers.scm (ktouch): Use qt-build-sytem.
  [arguments]<modules, imported-modules>: Remove. <phases>: Base
  on phases from qt-build-system. {wrap-executables}: Remove.

gnu: sddm: Use qt-build-system.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): Use qt-build-sytem.
  [arguments]<modules, imported-modules>: Remove. <phases>: Base
  on phases from qt-build-system. {wrap-programs}: Remove.