gnu: Add gmic-qt.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic-qt): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: gmic: Disable static libraries and enable LTO.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic)[arguments]: Pass
"-DBUILD_LIB_STATIC=OFF", "-DENABLE_DYNAMIC_LINKING=ON" and "-DENABLE_LTO=ON"
to #:configure-flags. Add phase to set LDFLAGS.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: gmic: Update to 2.9.6.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic): Update to 2.9.6.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add mamba.

* gnu/packages/music.scm (mamba): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

licenses: Add Zero-Clause BSD License.

* guix/licenses.scm (bsd-0): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fluida-lv2.

* gnu/packages/music.scm (fluida-lv2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: do not hard code HTTP ports

Previously, test cases could fail if some process was listening
at a hard-coded port.  This patch eliminates most of these potential
failures, by automatically assigning an unbound port.  This should
allow for building multiple guix trees in parallel outside a build
container, though this is currently untested.

The test "home-page: Connection refused" in tests/lint.scm still
hardcodes port 9999, however.

* guix/tests/http.scm
  (http-server-can-listen?): remove now unused procedure.
  (%http-server-port): default to port 0, meaning the OS
  will automatically choose a port.
  (open-http-server-socket): remove the false statement claiming
  this procedure is exported and also return the allocated port
  number.
  (%local-url): raise an error if the port is obviously unbound.
  (call-with-http-server): set %http-server-port to the allocated
  port while the thunk is called.
* tests/derivations.scm: adjust test cases to use automatically
  assign a port.  As there is no risk of a port conflict now,
  do not make any tests conditional upon 'http-server-can-listen?'
  anymore.
* tests/elpa.scm: likewise.
* tests/lint.scm: likewise, and add a TODO comment about a port
  that is still hard-coded.
* tests/texlive.scm: likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Revert "tests: Refer to '%derivation-cache' in the right module."

This reverts commit b1248016e0492e1897f4d1127ccb07736c9bb6a5, which was
a mistake: the two '%derivation-cache' are two different things.  It
broke tests that use 'call-with-external-store'.

gnu: texmacs: Update to 1.99.19.

* gnu/packages/text-editors.scm (texmacs): Update to 1.99.19.

gnu: emacs-modus-themes: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-themes): Update to 1.2.3.

gnu: ytnef: Fix CVE-2021-3403 and CVE-2021-3404.

* gnu/packages/patches/ytnef-CVE-2021-3403.patch,
gnu/packages/patches/ytnef-CVE-2021-3404.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/mail.scm (ytnef): Apply them.

gnu: zstd: Update to 1.4.9 [security fixes].

Fixes CVE-2021-24031 and CVE-2021-24032.

* gnu/packages/compression.scm (zstd-1.4.9): New variable.
* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.4.9.
[replacement]: Graft with 'zstd-1.4.9'.

gnu: verilator: Update to 4.110.

* gnu/packages/fpga.scm (verilator): Update to 4.110.

gnu: fsarchiver: Update to 0.8.6.

* gnu/packages/file-systems.scm (fsarchiver): Update to 0.8.6.

gnu: qtmips: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/emulators.scm (qtmips): Update to 0.7.5.

gnu: vim-full: Remove duplicate 'make-flags'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/46580>.

Co-authored-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>
* gnu/packages/vim.scm (vim-full)[arguments]: Remove duplicate
'make-flags'.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: libmd: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/crypto.scm (libmd): Update to 1.0.3.

gnu: epson-inkjet-printer-escpr: Update to 1.7.9.

* gnu/packages/cups.scm (epson-inkjet-printer-escpr): Update to 1.7.9.

gnu: Add gfeeds.

* gnu/packages/syndication.scm (gfeeds): New variable.

gnu: Add python-listparser.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-listparser): New variable.

gnu: Add python-readability.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-readability): New variable.

gnu: hplip: Update to 3.21.2.

* gnu/packages/cups.scm (hplip): Update to 3.21.2.
* gnu/packages/patches/hplip-remove-imageprocessor.patch: Adapt.

gnu: openscad: Disable failing tests with cgal@5.2 input.

* gnu/packages/engineering.scm (openscad)[arguments]: Add more disable tests in
'check phase.

gnu: cgal: Update to 5.2 [security fixes].

* gnu/packages/patches/cgal-security-pr-5371.patch: New patch. Downloaded from
<https://patch-diff.githubusercontent.com/raw/CGAL/cgal/pull/5371.patch>, with
hunks on files matching pattern "*Convex_decomposition_3*" removed because
they don't exist in cgal's released sources.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/graphics.scm (cgal): Update to 5.2.
[source]: Apply patch.

gnu: guix: Update to 112692c.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 112692c.

gnu: camlboot: Fix typo in properties.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlboot)[properties]: Add missing pair of
parenthesis.

guix: Split (guix substitutes) from (guix scripts substitute).

This means there's a module for working with substitutes, rather than all the
code sitting in the script. The need for this can be seen with the weather and
challenge scripts, that now don't have to use code from the substitute script,
but can instead use the substitute module.

The separation here between the actual functionality of the substitute script
and the underlying functionality used both there and elsewhere should make
maintenance easier moving forward.

This commit just moves code, none of the code should have been changed
significantly.

* guix/scripts/substitute.scm (%narinfo-cache-directory, %narinfo-ttl,
%narinfo-negative-ttl, %narinfo-transient-error-ttl, %unreachable-hosts): Move
variables to guix/substitutes.scm.
(narinfo-cache-file, cached-narinfo, cache-narinfo!, narinfo-request,
read-to-eof, call-with-connection-error-handling, fetch-narinfos,
lookup-narinfos, lookup-narinfos/diverse): Move procedures to
guix/substitutes.scm.
* guix/substitutes.scm: New file.
* Makefile.am: Add it.
* guix/narinfo.scm: Remove redundant module.
* guix/scripts/challenge.scm: Change (guix scripts substitute) to (guix
substitutes).
* guix/scripts/weather.scm: Change (guix scripts substitute) to (guix
substitutes).

gnu: network-manager-applet: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet): Update to 1.20.0.

gnu: network-manager-applet: Activate support for libappindicator.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet): Activate support for
libappindicator.
[arguments]: Add #:configure-flags.
[inputs]: Add "libappindicator".

Signed-off-by: Brice Waegeneire <brice@waegenei.re>

gnu: Audacity: Fix a crash on foreign distros.

Without the wrap phase, Audacity crashes like this when trying to use the "Open
file" dialog:

(audacity:28276): GLib-GIO-ERROR **: 14:14:55.211: Settings schema 'org.gtk.Settings.FileChooser' is not installed

* gnu/packages/audio.scm (audacity)[arguments]: Add (guix build
glib-or-gtk-build-system) to #:imported-modules. Adjust #:modules accordingly.
Add phases 'glib-or-gtk-wrap'.

gnu: pencil2d: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/animation.scm (pencil2d): Update to 0.6.6.

gnu: libburn: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (libburn): Update to 1.5.4.

pull: Expand help text for --{url,commit,branch}.

* guix/scripts/pull.scm (show-help): Document that ‘--url’, ‘--commit’,
and ‘--branch’ affect only the ‘guix’ channel (for now?).

gnu: denemo: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/music.scm (denemo): Update to 2.5.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2021-03-03.

gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2021-03-03.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-envrc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-envrc): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add lr.

* gnu/packages/admin.scm (lr): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-springboard.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-springboard): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-multifiles.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-multifiles): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-eglot: Add missing dependency.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eglot):[arguments] Add dependency.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-eldoc.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eldoc): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: php: Update to 7.4.16 [security fixes].

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.16.
[arguments]: Patch failing new test.

gnu: Add r-circrnaprofiler.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-circrnaprofiler): New variable.

gnu: Add r-universalmotif.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-universalmotif): New variable.

gnu: Add r-rcppthread.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppthread): New variable.

gnu: camlboot: Raise max-silent-time timeout value to 4 hours.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlboot)[properties]: Add a 'max-silent-time'
property, with a value of 4 hours.

gnu: Add r-cellchat.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-cellchat): New variable.

gnu: Add r-gg-gap.

* gnu/packages/cran.scm (r-gg-gap): New variable.

gnu: virtualpg: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/geo.scm (virtualpg): Update to 2.0.1.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: racket: Update to 8.0.

* gnu/packages/scheme.scm (racket): Update to 8.0.
[arguments]: Add #:configure-flags.  Add 'patch-chez-configure' phase.
[inputs]: Add "zlib", "zlib:static", "lz4", and "lz4:static".
[synopsis, description]: Tweak.
(racket-minimal): Update to 8.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Refer to '%derivation-cache' in the right module.

* guix/tests.scm (call-with-external-store): Fix module name for
'%derivation-cache'.

download: 'url-fetch/tarbomb' and 'url-fetch/zipbomb' refer to native tools.

* guix/download.scm (url-fetch/tarbomb, url-fetch/zipbomb): Use
'ungexp-native' instead of 'ungexp' when referring to the decompression
tools.

gexp: Honor #:target in 'compiled-modules'.

* guix/gexp.scm (compiled-modules): Pass #:target to 'gexp->derivation'.

doc: Refer to the right node for '--keep-failed'.

* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon, Debugging Build Failures): Refer
to "Common Build Options" for '--keep-failed'.

profiles: 'package->manifest-entry' preserves transformations by default.

Previously, transformations applied from a manifest (rather than via
"guix install") would be lost.  This change fixes that and simplifies
things.

Reported by zimoun at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2021-02/msg00153.html>.

* guix/profiles.scm (default-properties): New procedure.
(package->manifest-entry): Use it for #:properties.
* guix/scripts/pack.scm (guix-pack)[with-transformations]: Remove.
Remove caller.
* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): Remove calls to
'manifest-entry-with-transformations'.
* tests/guix-package.sh: Add test.
* tests/transformations.scm ("options->transformation + package->manifest-entry"):
New test.

gnu: hamlib: Update to 4.1.

* gnu/packages/radio.scm (hamlib): Update to 4.1.

services: guix-build-coordinator: Add dynamic auth with file record.

* gnu/services/guix.scm (guix-build-coordinator-agent-dynamic-auth-with-file,
guix-build-coordinator-agent-dynamic-auth-with-filen?,
guix-build-coordinator-agent-dynamic-auth-with-file-agent-name,
guix-build-coordinator-agent-dynamic-auth-with-file-token-file): New procedures.
(guix-build-coordinator-agent-shepherd-services): Handle new dynamic auth with
file record.
* doc/guix.texi (Guix Build Coordinator): Document the new dynamic auth with
file record.

gnu: mupdf: Fix CVE-2021-3407.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/mupdf-CVE-2021-3407.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.178.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.178.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.102.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.102.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.20.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.20.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.3.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.3.
(linux-libre-5.11-pristine-source, deblob-scripts-5.11): Update hashes.

gnu: ruby-minitest: Update to 5.12.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest): Update to 5.12.2.

gnu: ruby-builder: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-builder): Update to 3.2.4.

gnu: ripgrep: Fix build.

* gnu/packages/rust-apps.scm (ripgrep)[arguments]: Disable tests for now. Some
are failing due to recent rust-bstr upgrade.

gnu: mariadb-connector-c: Fix source tarball file name.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb-connector-c)[source]: Add a FILE-NAME.

gnu: mariadb-connector-c: Update to 3.1.12.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb-connector-c): Update to 3.1.12.

gnu: pigz: Update to 2.6.

* gnu/packages/compression.scm (pigz): Update to 2.6.

gnu: clzip: Update to 1.12.

* gnu/packages/compression.scm (clzip): Update to 1.12.

gnu: simde: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/assembly.scm (simde): Update to 0.7.2.

gnu: fasm: Update to 1.73.27.

* gnu/packages/assembly.scm (fasm): Update to 1.73.27.

gnu: libolm: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/crypto.scm (libolm): Update to 3.2.2.

gnu: indi: Update to 1.8.9.

* gnu/packages/astronomy.scm (indi): Update to 1.8.9.

gnu: oath-toolkit: Update to 2.6.6.

* gnu/packages/authentication.scm (oath-toolkit): Update to 2.6.6.

gnu: libisofs: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/cdrom.scm (libisofs): Update to 1.5.4.

gnu: python-jedi: Allow test phase to be skipped.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi)[arguments]: Wrap custom
'check phase tests with check for tests? keyword.

gnu: dovecot-pigeonhole: Update to 0.5.14.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot-pigeonhole): Update to 0.5.14.

gnu: dovecot: Update to 2.3.14.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.14.

gnu: python-plotly: Allow test phase to be skipped.

* gnu/packages/graph.scm (python-plotly)[arguments]: Wrap custom 'check
phase tests with test with tests? keyword.

gnu: python-plotly: Update to 4.14.3.

* gnu/packages/graph.scm (python-plotly): Update to 4.14.3.
[propagated-inputs]: Remove python-decorator. Add python-ipython,
python-pillow. Move python-ipywidgets, python-xarray ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: Add tinmop.

* gnu/packages/web-browsers.scm (tinmop): New variable.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: sbcl-esrap: Update to 0.18-1.da6b24f.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-esrap): Update to 0.18-1.da6b24f.
  [source, home-page]: Update to new maintainer's URL.
  [native-inputs]: Remove eos, add fiveam.
  [description]: Add new features.

gnu: Add cl-percent-encoding.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-percent-encoding, ecl-percent-encoding,
  sbcl-percent-encoding): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-html5-parser.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-html5-parser, ecl-cl-html5-parser,
  sbcl-cl-html5-parser): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-crypto-shortcuts.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-crypto-shortcuts, ecl-crypto-shortcuts,
  sbcl-crypto-shortcuts): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-i18n.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-i18n, ecl-cl-i18n, sbcl-cl-i18n): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-sxql-composer.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-sxql-composer, ecl-sxql-composer,
  sbcl-sxql-composer): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-access.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-access, ecl-access, sbcl-access): New
  variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-spark.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-spark, ecl-cl-spark, sbcl-cl-spark): New
  variables.

Co-authored-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-croatoan.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-croatoan, ecl-croatoan, sbcl-croatoan): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: 389-ds-base: Update to 1.4.0.31 [security fixes].

* gnu/packages/openldap.scm (389-ds-base): Update to 1.4.0.31.

gnu: screen-message: Update to 0.26.

* gnu/packages/xdisorg.scm (screen-message): Update to 0.26.

gnu: xonsh: Update to 0.9.26.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.9.26.

gnu: squid: Update to 4.14.

* gnu/packages/networking.scm (squid): Update to 4.14.

gnu: highlight: Update to 3.62.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight): Update to 3.62.

gnu: wofi: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/xdisorg.scm (wofi): Update to 1.2.4.

gnu: socat: Update to 1.7.4.1.

* gnu/packages/networking.scm (socat): Update to 1.7.4.1.

gnu: zyre: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/networking.scm (zyre): Update to 2.0.1.

gnu: czmq: Update to 4.2.1.

* gnu/packages/networking.scm (czmq): Update to 4.2.1.

gnu: meld: Update to 3.20.3.

* gnu/packages/patchutils.scm (meld): Update to 3.20.3.