gnu: Move the deprecated 'ghc-stylish-haskell' closer to its replacement.

Inheritance across modules can cause unbound variable errors because
of cyclic dependencies between the modules.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-stylish-haskell): Move from here ...
* gnu/packages/haskell-apps.scm (ghc-stylish-haskell): ... to here.

gnu: Add pocketsphinx.

* gnu/packages/speech.scm (pocketsphinx): New variable.

gnu: Add sphinxbase.

* gnu/packages/speech.scm (sphinxbase): New variable.

gnu: GnuPG: Really use ~/.guix-profile/bin/pinentry by default.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24076>.

* gnu/packages/patches/gnupg-default-pinentry.patch: New file. Use $HOME to find
the user's Guix profile and installed pinentry.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add the patch.
* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[source]: Use it.

gnu: Add flyer-composer-cli.

* gnu/packages/pdf.scm (flyer-composer-cli): New variable.

gnu: Add flyer-composer.

* gnu/packages/pdf.scm (flyer-composer): New variable.

gnu: z3: Fix build determinism.

* gnu/packages/maths.scm (z3)[arguments]: Add a phase to set
  PYTHONHASHSEED=0.

gnu: tesseract-ocr: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/ocr.scm (tesseract-ocr)[source]: Download using git-fetch.
[home-page]: Use full URL.

gnu: vowpal-wabbit: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/machine-learning.scm (vowpal-wabbit)[source]: Download
using git-fetch.
[arguments]: Add custom 'make-files-writable phase.

gnu: unionfs-fuse: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/linux.scm (unionfs-fuse)[source]: Download using git-fetch.

gnu: txt2man: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/man.scm (txt2man)[source]: Download using git-fetch.

gnu: nextpnr-ice40: Clean-up description.

* gnu/packages/fpga.scm (nextpnr-ice40)[description]: Appease guix lint.

gnu: nextpnr-ice40: Use a source file-name.

* gnu/packages/fpga.scm (nextpnr-ice40)[source]: Add file-name field.

gnu: synthv1: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.9.13.

gnu: padthv1: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): Update to 0.9.13.

gnu: samplv1: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.13.

gnu: drumkv1: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.9.13.

gnu: cgit: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit): Update to 1.2.3.
[inputs]: Update git to 2.25.1.

gnu: xtl: Update to 0.6.13.

* gnu/packages/cpp.scm (xtl): Update to 0.6.13.

gnu: numix-gtk-theme: Fix installation directory.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (numix-gtk-theme)[arguments]: Replace
erroneous use of DESTDIR with INSTALL_DIR in #:make-flags.

gnu: numix-gtk-theme: Fix name.

* gnu/package/gnome-xyz.scm (numix-gtk-theme): New public variable,
renamed from……
(numix-theme): …this now-deprecated one.

gnu: numix-theme: The ‘check’ phase already respects ‘#:tests?’.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (numix-theme)[arguments]: Don't delete
the ‘check’ phase.

gnu: herbstluftwm: Put completions where fish expects them.

* gnu/packages/wm.scm (herbstluftwm)[arguments]: Set FISHCOMPLETIONDIR
in #:make-flags.

gnu: herbstluftwm: The ‘check’ phase already respects ‘#:tests?’.

* gnu/packages/wm.scm (herbstluftwm)[arguments]: Don't delete the
‘check’ phase.

gnu: xscreensaver: Put ‘app-defaults’ in the right place.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver)[arguments]: Drop /usr from
AD_DIR make flag.

gnu: Remove more packages deprecated for over almost a year.

* gnu/packages/games.scm (armagetron-advanced)
(cataclysm-dark-days-ahead, gnubackgammon, l-abbaye-des-morts)
(the-battle-for-wesnoth, the-battle-for-wesnoth-server)
(project-starfighter, kiki-the-nano-bot, fish-fillets-ng)
(dungeon-crawl-stone-soup): Let's forget this ever happened.
* gnu/packages/emacs-xyz.scm (geiser, paredit, git-modes/old-name)
(magit, magit-svn, haskell-mode, emacs-emms-player-mpv, bbdb)
(ert-runner, groovy-emacs-modes): Remove variable.
* gnu/packages/engineering.scm (emacs-emms-player-simple-mpv)
(emacs-evil-ediff, emacs-evil-mu4e, emacs-wgrep-helm, ao): Likewise.
* gnu/packages/finance.scm (monero-core): Likewise.
* gnu/packages/gnome.scm (dungeon-crawl-stone-soup-tiles)
(tales-of-maj-eyal, battle-tanks, the-legend-of-edgar)
(gnome-tweak-tool): Likewise.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (conkeror): Likewise.
* gnu/packages/guile-xyz.scm (mcron2): Likewise.
* gnu/packages/image.scm (pngcrunch): Likewise.
* gnu/packages/linux.scm (eudev-with-hwdb): Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (qtoctave): Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix): Likewise.
* gnu/packages/php.scm (php-with-bcmath): Likewise.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-kivy-next, python2-kivy-next):
Likewise.
* gnu/packages/video.scm (livestreamer): Likewise.
* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Likewise.
* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-icd-loader): Likewise.
* gnu/packages/syndication.scm (newsbeuter): Likewise.
(newsboat)[description]: Remove historical footnote.

gnu: Update hash-extender.

* gnu/packages/crypto.scm (hash-extender): Update to newer commit.
* gnu/packages/patches/hash-extender-test-suite.patch: The patch
  was merged upstream, no need to apply it anymore.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister the patch file.

gnu: sameboy: Add missing #t in phase.

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy)[arguments]: Add a trailing #t
  to the install phase.

gnu: rgbds: Update to 0.3.10.

* gnu/packages/assembly.scm (rgbds): Update to 0.3.10.

algebra.scm: Add a copyright line

This is a follow-up to commit d96ad7fa1dcb12082db1acc07876f1ff219489df.

gnu: ntl: Update to 11.4.3.

* gnu/packages/algebra.scm (ntl): Update to 11.4.3.
  [source], [home-page]: Use https URL.
  [source](snippet): Remove bundled libtool.
  [inputs]: Add gf2x.
  [arguments](configure): Use invoke insteam of system*. Remove the no longer
  supported WIZARD argument. Add a LIBTOOL parameter, since it's now
  required. Enable building with gf2x. Pass the paths to dependencies
  explicitly.
  (eclib)[inputs]: Remove the transitive dependency on gmp, which is now
  handled automatically by libtool.

packages: Change 'guile-for-grafts' back to 2.0.

This reverts 2b6fe60599d52b449bbf531cfdc4dbf18a14eb2c, due to reports of
segfaults of Guile 3.0.2 during grafting.

* guix/packages.scm (guile-for-grafts): Change back to GUILE-2.0.

gnu: guile3.0-websocket: Install .go files in the right place.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-websocket)[arguments]: In
'update-guile-version' phase, change "/ccache" to "/site-ccache".

gnu: Add guile3.0-websocket.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile3.0-websocket): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: shepherd: Mark '.go' derivations as non-substitutable.

* gnu/services/shepherd.scm (scm->go): Pass #:options to 'computed-file'.

'--dry-run' no longer implies '--no-grafts'.

* guix/scripts/archive.scm (%options): "dry-run" option no longer adds
'graft? #f to RESULT.
* guix/scripts/environment.scm (%options): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (%options): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (%options): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (%options): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (%options): Likewise.

grafts: Don't rely on substitute info for missing store items.

Fixes <https://bugs.gnu.org/22990>.

* guix/grafts.scm (references-oracle)[references*]: Remove call to
'substitution-oracle' and to 'references/substitutes'.  Use
'references/cached' and 'build-derivations' right away instead.

store: Add 'references/cached'.

* guix/store.scm (references/cached): New procedure.

profiles: Use 'mapm/accumulate-builds'.

* guix/profiles.scm (check-for-collisions): Use 'mapm/accumulate-builds'
to lower manifest entries.  Call 'foldm' over the already-lowered entries.
(profile-derivation): Use 'mapm/accumulate-builds' instead of 'mapm'
when calling HOOKS.

gexp: 'lower-inputs' uses 'mapm/accumulate-builds'.

This doesn't have an noticeable impact on the run time of
'guix system build desktop.tmp --no-grafts -d'.

* guix/gexp.scm (lower-inputs): Use 'mapm/accumulate-builds' instead of 'mapm'.

guix build: Use 'map/accumulate-builds'.

* guix/scripts/build.scm (options->derivations): Use
'map/accumulate-builds' instead of 'append-map'.

store: Add 'map/accumulate-builds'.

* guix/store.scm (<unresolved>): New record type.
(build-accumulator, map/accumulate-builds, mapm/accumulate-builds): New
procedures.
* tests/store.scm ("map/accumulate-builds", "mapm/accumulate-builds"):
New tests.

gnu: emacs-flycheck-grammalecte: Fix location for external executables.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-grammalecte)[inputs]: Add curl.
[arguments]: Fix path to all "python", "python3" and "curl" occurrences.

gnu: libreoffice: Update to 6.4.2.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 6.4.2.2.

gnu: qtwebkit: Update to 5.212.0-alpha4.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit): Update to 5.212.0-alpha4.
[native-inputs]: Change from PYTHON-2.7 to PYTHON.

gnu: msmtp: Don't rely on netcat to send queued messages.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp)[arguments]: Adjust custom 'install phase
to also patch msmtpq to not need netcat.

services: gdm: Add gdm user to 'video' supplementary group.

This makes it possible to use gdm with the 'uvesafb' kernel module.
See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00389.html>.

* gnu/services/xorg.scm (%gdm-accounts): Set supplementary groups.

gnu: libostree: Update to 2020.3.

* gnu/packages/package-management.scm (libostree): Update to 2020.3.

gnu: libwacom: Update to 1.3.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libwacom): Update to 1.3.

gnu: mtools: Update to 4.0.24.

* gnu/packages/mtools.scm (mtools): Update to 4.0.24.

gnu: igt-gpu-tools: Update home page.

* gnu/packages/admin.scm (igt-gpu-tools)[home-page]: Update.

gnu: xfce4-screensaver: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-screensaver): Update to 0.1.9.

gnu: xscreensaver: Update to 5.44.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.44.

gnu: vapoursynth: Update to 49.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 49.

gnu: zimg: Update source hash.

The old and new checkouts differ only in file metadata…

* gnu/packages/image.scm (zimg)[source]: Update hash.

gnu: youtube-dl: Update to 2020.03.24.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.03.24.

gnu: Remove packages deprecated for over a year.

* gnu/packages/admin.scm (intel-gpu-tools): Remove variable.
* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Likewise.

gnu: igraph: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/graph.scm (igraph): Update to 0.8.1.

gnu: Order module imports in (gnu packages admin).

* gnu/packages/admin.scm: Order module imports alphabetically.

gnu: thefuck: Update to 3.30.

* gnu/packages/admin.scm (thefuck): Update to 3.30.
[native-inputs]: Add go.

gnu: light: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/linux.scm (light): Update to 1.2.2.

gnu: acpica: Update to 20200326.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20200326.

gnu: Add wol.

* gnu/packages/networking.scm (wol): New public variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: emacs-csv: Use proper Texinfo markup in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-csv)[description]: Use proper Texinfo
markup.

Update email address and Savannah handle for Amin Bandali.

* .mailmap, gnu/local.mk, gnu/packages/emacs-xyz.scm, gnu/packages/emacs.scm,
gnu/packages/fonts.scm, gnu/packages/fpga.scm, gnu/packages/lean.scm,
gnu/packages/maths.scm, gnu/packages/pulseaudio.scm: Update my email address.
* build-aux/git-authenticate.scm: Update my Savannah handle.

gnu: armadillo: Fix typo in description.

* gnu/packages/maths.scm (armadillo): Fix spaces after "eg.".

gnu: KOrganizer: Fix typo in description.

* gnu/packages/kde-pim.scm (korganizer)[description]: clanedaring -> calendaring.

gnu: youtube-viewer: Add missing comment.

This is a follow-up to 315b98b9eb71e1a56de6a49ffbfed0af3c92be7e.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer)[arguments]: Add comment
explaining why we don't install the gtk3 variant.

Revert "gnu: gnupg: Use ~/.guix-profile/bin/pinentry by default."

This commit didn't work:

https://issues.guix.gnu.org/issue/24076#13

This reverts commit c7af9d0b5ebaa1fdb08ff5d8a56004998bcd8103.

deploy: Remove use of '~*' in format string.

...since 'msgfmt' fails to interpret it.  Reported by Vagrant Cascadian
in <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-03/msg00340.html>.
See also <https://bugs.gnu.org/37505>.

* guix/scripts/deploy.scm (show-what-to-deploy): Use ~d instead of ~* when
displaying machines that will be deployed.

gnu: pagekite: Update to 1.5.0.200327.

* gnu/packages/networking.scm (pagekite): Update to 1.5.0.200327.

gnu: python-socksipychain: Update to 2.1.1-1.eb5ee87.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-socksipychain): Update to 2.1.1-1.eb5ee87.

gnu: sbcl-cl-containers: Update to 20200212.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-containers): Update to 20200212.

gnu: lollypop: Update to 1.2.32.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop): Update to 1.2.32.

gnu: r-curl: Fix patch to respect CURL_CA_BUNDLE.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/40262>.

* gnu/packages/cran.scm (r-curl)[arguments]: Ensure CURLOPT_CAINFO actually
gets set.

gnu: grammalecte: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.8.0.

gnu: fet: Update to 5.44.0.

* gnu/packages/education.scm (fet): Update to 5.44.0.

gnu: emacs-flycheck-grammalecte: Update to 1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-flycheck-grammalecte): Update to 1.0.

gnu: tmate: Update to 2.4.0.

* gnu/packages/terminals.scm (tmate): Update to 2.4.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Neofetch: Update to 7.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 7.0.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mailutils: Update to 3.9.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.9.
[arguments]: In 'prepare-test-suite' phase, adjust name of the mda
'testsuite' files.

packages: Use Guile 3.0 for grafts.

* guix/packages.scm (guile-2.0): Rename to...
(guile-for-grafts): ... this, and adjust callers.  Refer to 'guile-3.0'
instead of 'guile-2.0'.

gnu: guile-next: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0): Update to 3.0.2.
* gnu/packages/patches/guile-3.0-crash.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add trivial-package-local-nicknames.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-trivial-package-local-nicknames,
  sbcl-trivial-package-local-nicknames): New variables.

services/nfs: Replace nfs-version with nfs-versions.

Instead of accepting a string for just one protocol version accept a list of
supported versions.

* gnu/services/nfs.scm (<nfs-configuration>)[nfs-version]: Remove field and
replace...
[nfs-versions]: ...with this new field.
(nfs-shepherd-services): Pass as many "--nfs-version" options as there are
supported versions.
* doc/guix.texi (Network File System): Document nfs-versions.

gnu: rust: Add 1.39

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.39): New variable.
  (%cargo-reference-hash): Add a comment explaining the role of the
  variable.

gnu: rust: Add 1.38

All packages are still built with rustc 1.37, but users will see rustc
1.38 in their profiles, and packages that require newer compiler
versions will be possible to add.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.31): Factor out the
  patch-command-exec-tests phase to a separate procedure.
  (patch-command-exec-tests-phase): New procedure.
  (rust): Rename to rust-1.37, make rust an alias.
  (rust-1.38): New variable.

gnu: asymptote: Update to 2.65.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.65.

gnu: r-multiassayexperiment: Update to 1.12.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multiassayexperiment): Update to 1.12.6.

gnu: r-locfit: Update to 1.5-9.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-locfit): Update to 1.5-9.4.

gnu: r-class: Update to 7.3-16.

* gnu/packages/statistics.scm (r-class): Update to 7.3-16.

gnu: r-xgboost: Update to 1.0.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-xgboost): Update to 1.0.0.2.

gnu: r-rjava: Update to 0.9-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-rjava): Update to 0.9-12.

gnu: r-sf: Update to 0.9-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.5.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-hdf5r: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-hdf5r): Update to 1.3.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggally: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggally): Update to 1.5.0.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-19.d1c243f.

These changes support the guix-data-service-backup-database and
guix-data-service-create-small-backup scripts. These are shell scripts, so
require coreutils from the build environment at runtime as well as binaries
from postgresql, ephemeralpg and optionally util-linux (for ionice and
renice).

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-19.d1c243f.
[arguments]: Add (ice-9 ftw) and (ice-9 match) to #:modules, change the
'install phase to wrap all bin files with some inputs as well.
[inputs]: Add util-linux, include ephemeralpg from native-inputs and switch
postgresql for postgresql-11.
[native-inputs]: Move ephemeralpg to inputs.

gnu: Add python-json5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-json5): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pytest-check-links.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pytest-check-links): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>