gnu: Add r-bindr.

* gnu/packages/cran.scm (r-bindr): New variable.

gnu: r-rcpp: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpp): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-rcpp): ...to here.

gnu: r-rcpp: Update to 0.12.12.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpp): Update to 0.12.12.

gnu: r-plogr: Move to (gnu packages cran).

* gnu/packages/statistics.scm (r-plogr): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-plogr): ...to here.

gnu: Add r-glue.

* gnu/packages/cran.scm (r-glue): New variable.

gnu: Add grub-hybrid.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub-hybrid): New variable.

gnu: htseq: Use PyPI URI.

This is a follow-up to 92971d68ac942cd4a38092b4ccb20a8192a56aaf.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htseq)[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: htseq: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htseq): Update to 0.9.1.
[arguments]: Use python-3 by removing field.
[native-inputs]: Add 'python-cython'.
[propagated-inputs]: Use python3 numpy package.
[inputs]: Use python3 pysam package.  Add 'python-matplotlib'.
(python2-htseq): New variable.
(clipper)[inputs]: Use it.

gnu: vc: Limit to x86_64 and i686.

* gnu/packages/maths.scm (vc)[supported-systems]: New field.

gnu: openscenegraph: Add 'Release' configure flag.

* gnu/packages/graphics.scm (openscenegraph)[arguments]: Add "-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release".

gnu: Add LeoCAD.

* gnu/packages/lego.scm (leocad): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.07.30.1.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.07.30.1.

gnu: tor: Update to 0.3.0.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.0.10.

activation: Make sure /etc exists.

Fixes <http://bugs.gnu.org/27146>.
Reported by ng0 <ng0@pragmatique.xyz>.

* gnu/build/activation.scm (activate-etc): Add call to 'mkdir-p'.

doc: 'patches' field of <origin> can list file-like objects.

Fixes <http://bugs.gnu.org/27165>.
Reported by sirgazil <sirgazil@zoho.com>.

* doc/guix.texi (origin Reference): 'patches' can contain file-like
objects.

gnu: glibc@2.22: Fix security issues.

Fixes CVE-2015-{5180,7547}, CVE-2016-{3075,3706,4429}.

* gnu/packages/base.scm (glibc@2.22)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/glibc-CVE-2015-7547.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: glibc@2.23: Fix CVE-2015-5180, CVE-2016-{3075,3706,4429}.

* gnu/packages/base.scm (glibc@2.23)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/glibc-CVE-2016-3075.patch,
gnu/packages/patches/glibc-CVE-2016-3706.patch,
gnu/packages/patches/glibc-CVE-2016-4429.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: glibc@2.24: Fix CVE-2015-5180.

* gnu/packages/base.scm (glibc@2.24)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/glibc-CVE-2015-5180.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: python2-conda: Fix build by building with enum34.

* gnu/packages/package-management.scm (python2-conda): Use 'python2-variant'.
[native-inputs]: Add python2-enum34.

gnu: calibre: Add python2-msgpack as an input.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[inputs]: Add python2-msgpack.

gnu: gcc@4.7: Don't built on aarch64.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@4.7, gcc@4.8, gcc@4.9)[supported-systems]:
New field.

gnu: libpng-apng: Be sure to apply the APNG patch.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng)[arguments]: Check the return status of
the patching procedures.

gnu: libpng-apng: Update to 1.6.28.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27556>.

* gnu/packages/image.scm (libpng-apng): Update to 1.6.28.
Remove inherit of 'libpng'.
[version]: Use own version, remove 'package-version libpng'.
[source]: Don't inherit the source of libpng.
[arguments]: Update hash of libpng-apng source.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: eyed3: Update to 0.8, build with python3.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): [source] Update to 0.8.
[arguments]: Disable tests; don't use python-2.
[propagated-inputs]: Add python-six and python-grako.
[native-inputs]: Remove.

gnu: Add python-grako

* gnu/packages/python.scm (python-grako): New variable.

gnu: hdf4: Update to 4.12.13.

* gnu/packages/maths.scm (hdf4): Update to 4.12.13.

gnu: libvirt: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 3.6.0.

gnu: libvirt: Use HTTPS.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add r-rlang.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): New variable.

gnu: r-deseq2: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-deseq2): Update to 1.16.1.

gnu: r-annotationforge: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationforge): Update to 1.18.1.

gnu: r-category: Update to 2.42.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-category): Update to 2.42.1.

gnu: r-biocstyle: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocstyle): Update to 2.4.1.

gnu: r-dnacopy: Update to 1.50.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dnacopy): Update to 1.50.1.

gnu: r-iranges: Update to 2.10.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.10.2.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.12.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.12.2.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.22.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.22.3.

gnu: r-limma: Update to 3.32.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Update to 3.32.5.

gnu: r-biobase: Update to 2.36.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biobase): Update to 2.36.2.

gnu: r-annotationdbi: Update to 1.38.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Update to 1.38.2.

gnu: r-biomart: Update to 2.32.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.32.1.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.10.1.

gnu: r-biostrings: Update to 2.44.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Update to 2.44.2.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.2.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.2.7.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.6.3.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.12.1.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.36.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.36.4.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.28.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.28.4.

gnu: r-copywriter: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-copywriter): Update to 2.8.1.

gnu: r-sva: Update to 3.24.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sva): Update to 3.24.4.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.0.

gnu: Add r-blob.

* gnu/packages/statistics.scm (r-blob): New variable.

gnu: Add r-pkgconfig.

* gnu/packages/statistics.scm (r-pkgconfig): New variable.

pull: Honor '--no-grafts'.

* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Parameterize %GRAFT? as a function
of OPTS.

pull: Use the commit ID as the version string.

* guix/scripts/pull.scm (build-from-source): Add #:commit parameter.
Pass it to BUILD.
(build-and-install): Add #:commit and pass it to 'build-from-source'.
(guix-pull): Pass #:commit to 'build-and-install'.

pull: Fetch source code from Git.

* guix/scripts/pull.scm (%snapshot-url, with-environment-variable)
(with-PATH): Remove.
(ensure-guile-git!): New procedure.
(%repository-url): New variable.
(%default-options): Add 'repository-url' and 'ref'.
(show-help, %options): Add '--commit' and '--url'.
(temporary-directory, first-directory, interned-then-deleted)
(unpack): Remove.
(build-from-source): Rename 'tarball' to 'source'.  Remove call to
'unpack'.
(build-and-install): Rename 'tarball' to 'source'.
(honor-lets-encrypt-certificates!, report-git-error): New procedures.
(with-git-error-handling): New macro.
(guix-pull)[fetch-tarball]: Remove.
Wrap body in 'with-git-error-handling'.  Rewrite to use
'latest-repository-commit'.
* build-aux/build-self.scm (build): Print an error message and exit when
GUILE-GIT is #f.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Mention Git.  Document '--commit'
and '--branch'.

build: Make Guile-Git a hard requirement.

* configure.ac: Error out when (git) is missing.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention Guile-Git.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/git.scm unconditionally.

gnu: re2: Update to 2017-08-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2017-08-01.

gnu: maim: Update to 5.4.66.

* gnu/packages/xdisorg.scm (maim): Update to 5.4.66.

gnu: slop: Update to 7.3.48.

* gnu/packages/xdisorg.scm (slop): Update to 7.3.48.

gnu: git: Update to 2.13.4.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.13.4.

gnu: r-foreign: Update hash after upstream tarball change.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign):  Update hash.  The only difference
  in the tarball is the metadata.  The contents are identical.

gnu: r-foreign: Remove duplicate recipe.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreign): Remove duplicate recipe.

graph: Provide access to the package record in the emit functions.

* guix/graph.scm (export-graph): Pass the node to the emit functions, instead
  of the node's label.

guix package: Allow `guix package -u' to fuction as before.

This is a follow up to 6ddf97f81bb99a73f00e30ad5fc19577872b5b49

* guix/scripts/package.scm (%options) <"-u">: Only check for a flag when
there is an ARG after '-u'.

gnu: rapidjson: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson): Update to 1.1.0.
[source]: Remove snippet.

gnu: Add pidentd.

* gnu/packages/networking.scm (pidentd): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: hyperrogue: Update to 10.0e.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 10.0e.
[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: metabat: Limit to x86_64 and i686 only.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat)[supported-systems]: New field.

gnu: Add emacs-yasnippet-snippets.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-yasnippet-snippets): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-yasnippet: Upgrade to 0.12.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-yasnippet): Upgrade to 0.12.0.
[source]: Remove an uninstalled directory from yas-snippet-dirs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-ssh: Update to 0.11.2.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.11.2.
[source]: Remove 'patches', 'modules', and 'snippet'.
* gnu/packages/patches/guile-ssh-channel-finalization.patch,
gnu/packages/patches/guile-ssh-double-free.patch,
gnu/packages/patches/guile-ssh-rexec-bug.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: artanis: Unbundled guile-json and version according to documentation.

* gnu/packages/guile.scm (artanis): Unbundled guile-json and version
according to documentation.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lint: formatting: Detect sexp boundaries.

* guix/scripts/lint.scm (report-formatting-issues)[last-line]: Remove.
[sexp-last-line]: New procedure.
Use it.

gnu: python-pbr-minimal: Update to 3.0.1

* gnu/packages/python.scm (python-pbr-minimal): Update to 3.0.1
[source]: Update hash and remove patch.
* gnu/packages/patches/python-pbr-fix-man-page-support.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libgit2: Enable SHA-1 collision detection.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[arguments]: Enable '-DUSE_SHA1DC'
in #:configure-flags.

gnu: ruby-bio-commandeer: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bio-commandeer): Update to 0.2.0.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.55.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.55.
[arguments]: Add 'add-missing-LDFLAGS' phase.

guix package: Warn when invoked with '-u -something'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27820>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* guix/scripts/package.scm (%options) <"-u">: Emit a warning when ARG
starts with "-".

gnu: xf86-video-intel: Update snapshot.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-intel): Update to 2100efa.
Introduce 'revision' variable.

gnu: guile-bytestructures: Install .go files to lib/guile/X.Y.

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures)[arguments]: Install .go
files to OBJECT-DIR, defined as OUT/lib/guile/X.Y/site-ccache.

gnu: tor: Remove '--enable-expensive-hardening' option.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[arguments]: Remove '--enable-expensive-hardening' option.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: erlang: Update to 20.0.

* gnu/packages/erlang.scm (erlang): Update to 20.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: network-manager: Add dependency on Newt.

Suggested by Mark H Weaver.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager)[inputs]: Add NEWT.

gnu: guile-git: Skip faulty tests on non-x86_64.

Reported by Mark H Weaver.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git)[arguments]: Add 'skip-tests' phase
unless on x86_64-linux.

gnu: libgit2: Add "debug" output.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[outputs]: New field.

gnu: libgit2: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.26.0.  Remove
"libgit2-use-after-free.patch".
* gnu/packages/patches/libgit2-use-after-free.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: efl: Add wayland support.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[inputs]: Add wayland-protocols.
Move mesa ...
[propagated-inputs]: ... to here. Add libinput, libxkbcommon, wayland.
[arguments]: Add flags to enable wayland, elput and drm.

gnu: gst-plugins-good: Update disable-failing-tests phase.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-good)[arguments]: Change the
list of tests to disable during 'disable-failing-tests phase.

services: ntp: Use the NTP pool via the 'guix' zone.

* gnu/services/networking.scm (%ntp-servers): Use *.guix.pool.ntp.org.

gnu: automake: Add 1.15.1.

* gnu/packages/autotools.scm (automake/latest): New variable.

gnu: guix: Search .go files of dependencies in lib/guile/.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Add (srfi
srfi-26) to #:modules.  Introduce 'gopath', distinct from 'path'.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 228a398.

git-download: Remove call to 'canonicalize-path'.

* guix/git-download.scm (git-predicate): Remove call to
'canonicalize-path' since this could lead to discrepancies.  For
instance it broke 'make update-guix-package' since it passes a
non-canonical directory name.

services: openssh: Extensions provide extra authorized keys.

* gnu/services/ssh.scm (extend-openssh-authorized-keys): New procedure.
(openssh-service-type)[compose, extend]: New fields.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document the extension.

services: openssh: Add 'authorized-keys' field.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>)[authorized-keys]: New
field.
(authorized-key-directory): New procedure.
(openssh-config-file): Honor 'authorized-keys'.
(openssh-activation): Use 'with-imported-modules'.  Make /etc/ssh
755.  Create /etc/ssh/authorized_keys.d.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

services: cuirass: Set 'GIT_SSL_CAINFO' and 'GIT_EXEC_PATH'.

Reported by Ricardo Wurmus.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-shepherd-service): Pass
 #:environment-variables.

doc: Give an example of arguments for the 'run-vm.sh' script.

Suggested by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Invoking guix system): Give an example of passing
arguments to the 'run-vm.sh' script.

gnu: ffmpeg: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.3.3.

gnu: qemu: Build with support for Linux AIO

Add libaio as an input, such that QEMU is built with support for Asynchronous
I/O (AIO).

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[inputs]: Uncomment libaio.