gnu: python: Replace input python by python-wrapper.

* gnu/packages/{gdb.scm (gdb), cryptsetup.scm (cryptsetup),
  ghostscript.scm (ghostscript), glib.scm (glib), gnupg.scm (pius),
  gtk.scm (cairo, harfbuzz), libevent.scm (libevent), netpbm.scm (netpbm),
  oggvorbis.scm (libkate), qemu.scm (qemu), samba.scm (samba),
  texlive.scm (rubber, texlive), version-control.scm (subversion),
  xml.scm (libxml2, libxslt), xorg.scm (libxcb, mesa, xcb-proto, xorg-server),
  yasm.scm (yasm), zip.scm (zziplib)}:
  Replace input python by python-wrapper.

gnu: python: Add package python-wrapper.

* gnu/packages/python.scm (python-wrapper): New variable.

gnu: python: Revert 77c7f8f4 and make Python 3 the default.

* gnu/packages/python.scm (python-3): Rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python): ...this, rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python-2): ...this.

gnu: Add dfc.

* gnu/packages/system.scm (dfc): New variable.

gnu: Add htop.

* gnu/packages/system.scm (htop): New variable.

gnu: Add mingetty.

* gnu/packages/system.scm (mingetty): New variable.

store: Add a printer for <nix-server>.

* guix/store.scm (<nix-server>): Set a printer.

gnu: linux-initrd: Factorize device node creation.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): New
  procedure.
* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Use it.

gnu: Add git.

* gnu/packages/version-control.scm (git): New variable.

gnu: cairo: Update to 1.12.16.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo): Update to 1.12.16.

gnu: Update harfbuzz to 0.9.20.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 0.9.20.

gnu: python: Temporarily make python 2 the default.

* gnu/packages/python.scm (python-2): Rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python): ...this, rename this to...
* gnu/packages/python.scm (python-3): ...this. Reverts to version 2 as the
  default input for packages requiring Python.

gnu: vm: `qemu-image' can copy store closures into the target image.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add #:inputs-to-copy and
  #:boot-expression parameters.  Honor them.  Append INPUTS-TO-COPY to
  the #:inputs argument for `expression->derivation-in-linux-vm'.
  (example2): Add #:boot-expression and #:inputs-to-copy arguments.

gnu: `expression->derivation-in-linux-vm' accepts files as inputs.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Accept items
  in INPUTS that refer to a file instead of a package.

gnu: `expression->derivation-in-linux-vm' export references graphs.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add
  #:reference-graphs parameter.  Honor it.  Delete duplicates in
  #:modules argument.

gnu: linux-initrd: Make device nodes for QEMU's hard disk.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Make /dev/vda*.

gnu: linux-initrd: Make Guile modules accessible in the chroot.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add (guix build utils) to
  #:modules, and use it.  Copy .scm and .go files to /root.
* guix/build/linux-initrd.scm (bind-mount): New procedure.

gnu: python: Adapt native-search-paths for Python 3.3.

* gnu/packages/python.scm (python): Modify native-search-paths.

gnu: Add Python 3.

*  gnu/packages/python.scm (python-2): Rename from python for version 2.
*  gnu/packages/python.scm (python): New variable for version 3.

gnu: Add yasm.

* gnu/packages/yasm.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add xmlto.

* gnu/packages/xml.scm (xmlto): New variable.

gnu: Add dbus-glib.

* gnu/packages/glib.scm (dbus-glib): New variable.

gnu: pari-gp: Update to 2.5.4.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.5.4.

gnu: gsl: Disable numerically unstable test on i686.

* gnu/packages/maths.scm (gsl): Disable test.

doc: Stylistic changes to "Packaging Guidelines"

doc: Add note about .dir-locals.el.

* HACKING (Coding Style): Mention special indentation rules and
  .dir-locals.el.

doc: Add a "Coding Style" section in 'HACKING'.

* HACKING (Coding Style): New section.

doc: Remove "Adding new packages" from `HACKING'.

* HACKING (Adding new packages): Remove since it's now in the manual.

doc: Remove an extra space after @ref.

gnu: hop: Allow compilation with Bigloo 4.0b.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15194>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/patches/hop-bigloo-4.0b.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/scheme.scm (hop): Use it.

doc: Add duplicate copyright notice again.

* doc/guix.texi: Add second copyright notice again inside @ifinfo, needed
  since the first one does not appear in the info output.
  Partially undoes commit da7cabd.

doc: Fix the image size in PDF/PS/DVI output.

* doc/guix.texi (Bootstrapping): Specify an image width for the TeX
  output.  Before that, the image would be much wider than the US Letter
  page width.

build: Have `pdf' depend on the PDF image.

* doc.am (DOT_OPTIONS): Remove `-Tpng'.
  (.dot.pdf): New rule.
  (pdf-local): Depend on the .pdf.

build: Use `missing' for `dot'.

* configure.ac: Substitute `DOT'.
* doc.am (.dot.png, .dot.eps): Use $(DOT).

build: Build docs from the top-level Makefile.

This undoes commit 575ed8d ("doc: Create own Makefile.am in subdirectory."),
and fixes a bug whereby "make pdf" or "make ps" wouldn't do anything.

* doc/Makefile.am: Remove.
* doc.am: New file.  Use `-local' rules to build the image.
* Makefile.am: Include it.
* configure.ac: Use `-Woverride' to avoid undesired overridding of
  Automake rules.

gnu: gsl: Move from module algebra to maths.

* gnu/packages/algebra.scm (gsl): Move variable from here...
* gnu/packages/maths.scm (gsl): ...to here.

gnu: linux-initrd: Add (guix build linux-initrd) and use it.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add #:modules argument.
  Factorize and move some of the code to...
* guix/build/linux-initrd.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: make-bootstrap: Remove the `debug' output from the static Coreutils.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%static-inputs)[coreutils]: Add
  `outputs' field.

gnu: linux-initrd: Allow Guile modules to be embedded in the initrd.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (raw-build-system): New macro.
  (module-package, compiled-module-package): New procedures.
  (expression->initrd): Add `modules' keyword parameter.
  Add "modules" and "modules/compiled" inputs; copy them onto the
  initrd.
* guix/derivations.scm (imported-modules, compiled-modules): Publicize.

gnu: imagemagick: Update to 6.8.6-9.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.8.6-9.

doc: Add package guidelines for names and numbers.

* doc/guix.texi: Three new subsections.

doc: Shuffle some text around.

* doc/guix.texi: Drop duplicate copyright notice, start section
    "Packaging Guidelines" with existant text.

doc: Create own Makefile.am in subdirectory.

* doc/Makefile.am: New file.
* Makefile.am: Reference subdirectory doc.

list-packages: Tidy CSS in preparation for split into external file.

* build-aux/list-packages.scm (insert-css): Tidy CSS alignment etc.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

vm: Use more keyword parameters for `expression->derivation-in-linux-vm'.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Turn `system'
  and `inputs' into keyword parameters.
  (qemu-image, example1): Adjust accordingly.

derivations: Rename #:dependency-graphs to #:references-graphs.

* guix/derivations.scm (derivation, build-expression->derivation):
  Rename #:dependency-graphs to #:references-graphs, for consistency in
  the terminology.
* tests/derivations.scm: Adjust accordingly.

gnu: Update python to 2.7.5.

* gnu/packages/python.scm (python): Update to 2.7.5.

doc: Change `HACKING' to refer to guix-devel@gnu.org.

Reported by Alex Sassmannshausen <alex.sassmannshausen@gmail.com>.

* HACKING: Replace "bug-guix" by "guix-devel".

derivations: Add #:dependency-graphs to `build-expression->derivation'.

* guix/derivations.scm (build-expression->derivation): Add
  #:dependency-graphs keyword argument.  Pass it to `derivation'.
* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation with
  #:dependency-graphs"): New test.
* doc/guix.texi (Derivations): Update `build-expression->derivation'
  description.

derivations: Add #:dependency-graphs `derivation' parameter.

* guix/derivations.scm (derivation): Add `dependency-graphs' keyword
  parameter; honor it.
* tests/derivations.scm (bootstrap-binary): New procedure.
  (%bash): Use it.
  (%mkdir): New variable.
  (directory-contents): Add `slurp' optional parameter.
  ("derivation with #:dependency-graphs"): New test.
* doc/guix.texi (Derivations): Update accordingly.

derivations: Move 3 positional parameters into keyword parameters.

* guix/derivations.scm (derivation): Turn `system', `env-vars', and
  `inputs' into keyword parameters.
  (build-expression->derivation): Adjust accordingly.
* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-guile): Likewise.
* tests/derivations.scm, tests/store.scm: Likewise.
* doc/guix.texi (Derivations): Likewise.

gnu: Add Guile-Lib.

* gnu/packages/guile.scm (guile-lib): New variable.

download: Add kernel.org mirrors.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15182>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/download.scm (%mirrors)[kernel.org]: Add ftp.be.debian.org and
  mirror.linux.org.au.

hydra: Comment out all Git invocations in `bootstrap'.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Comment out all `git'
  invocations.

hydra: Add missing import.

* build-aux/hydra/guix.scm: Use (srfi srfi-26).

hydra: Return a symbol/thunk pair.

* build-aux/hydra/guix.scm (hydra-jobs): Return a symbol/thunk pair.

gnu: pius: Use the right `gpg' binary.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius): Add GnuPG as an input.  Patch the
  installed binaries to refer to the right GnuPG executable.  Fix
  synopsis.

hydra: Extract the actual file name from the Guix checkout.

* build-aux/hydra/guix.scm (hydra-jobs): Extract the `file-name' part of
  CHECKOUT.

hydra: Add job to run "make distcheck" on Guix.

* build-aux/hydra/guix.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

gnu: Add Guix.

* gnu/packages/package-management.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

build-system/gnu: Add `dist-package'.

* guix/build/gnu-dist.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/build-system/gnu.scm (%default-modules): New variable.
  (gnu-build): Use it.
  (dist-package): New procedure.

packages: Allow file names as package sources.

* guix/packages.scm (package-source-derivation): Add cases for SOURCE as
  a store path or user file.
* tests/packages.scm ("package-source-derivation, file",
  "package-source-derivation, store path"): New tests.

doc: Mention what's in the chroot, and add a caveat about /dev/shm.

* doc/guix.texi (Setting Up the Daemon): Document the default content of
  the chroot, and the /dev/shm caveat.

gnu: Add pspp.

* gnu/packages/maths.scm (pspp): New variable.
* THANKS: Thank John Darrington for help with debugging.

gnu: Add libmicrohttpd.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): New variable.

gnu: Add units.

* gnu/packages/maths.scm: New module.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add libextractor.

* gnu/packages/gnunet.scm: New module.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.
* THANKS: Thank Christian Grothoff for help with debugging.

gnu: Add gkrellm.

* gnu/packages/gkrellm.scm: New module.
* gnu/packages/gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Add Valgrind.

* gnu/packages/valgrind.scm, gnu/packages/patches/valgrind-glibc.patch:
  New files.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add valgrind.scm.
  (dist_patch_DATA): Add valgrind-glibc.patch.

gnu: Add GNU lightning.

* gnu/packages/lightning.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: tzdata: Fix hash of tzcode tarball.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15153>.

* gnu/packages/base.scm (tzdata): Update tzcode hash, which was modified
  upstream.

utils: Add `guile-version>?', and use it.

This fixes Guile version comparisons when (version) has a
vendor-specific suffix.

Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* guix/utils.scm (guile-version>?): New procedure.
* tests/utils.scm ("guile-version>? 1.8", "guile-version>? 10.5"): New
  tests.
* guix/scripts/substitute-binary.scm (fetch, progress-report-port): Use
  `guile-version>?' instead of `version>?'.
* guix/http-client.scm (when-guile<=2.0.5, http-fetch): Likewise.

gnu: Have `qemu-image' explicitly reboot when done.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Call `reboot' when we're done.  Change
  `menuentry' title.

Add TODO item.

substitute-binary: Try hard to avoid port buffering.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (fetch): In the `file' case, open
  with the `b' flag, so that the coding cookie reading thing doesn't
  lead to buffering some of the data (on 2.0.5).
* tests/utils.scm ("filtered-port, file"): Open with `r0b'.  Fixes a
  test failure with Guile 2.0.5 whereby the first byte of FILE would be
  missing from DECOMPRESSED.

gnu: guile-ncurses: Install modules under .../site/2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses): Append /2.0 to `guilesitedir'.

gnu: indent: Cosmetic change.

* gnu/packages/indent.scm (indent): Use #:renamer on licenses to be better
    suited as an example for packaging.

gnu: make-bootstrap: Add a couple of synopses.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static,
  %guile-static-stripped): Add synopsis.

gnu: guile-static-stripped: Make sure the resulting binary works.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%guile-static-stripped): When
  compiling natively, make sure the final binary works.

gnu: guile-static: Add missing hunk in guile-default-utf8.patch.

Before that, the ‘guile’ binary from ‘guile-static-stripped’ would abort
as it tries and fails to open an iconv descriptor for ISO-8859-1.

* gnu/packages/patches/guile-default-utf8.patch: Add missing hunk for
  Guile 2.0.9.

substitute-binary: Don't pretend to report download progress on Guile 2.0.5.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (progress-report-port): On Guile
  2.0.5, return PORT directly and emit a warning.

gnu: grub: Use older QEMU to run the test suite.

Fixes build failure <http://hydra.gnu.org/build/16064>.

* gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests): New variable.
  (grub): Use it.

gnu: qemu: Install the Info manuals.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Add `install-info' phase.  Add Texinfo
  as an input.

gnu: Move non-X11 fonts from module xorg to fonts.

* gnu/packages/fonts.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module fonts.
* gnu/packages/xorg.scm (font-bitstream-vera-ttf): Move this...
* gnu/packages/fonts.scm (ttf-bitstream-vera): ...to this.
* gnu/packages/xorg.scm (freefont-ttf): Move this...
* gnu/packages/fonts.scm (freefont-ttf): ...to this.

gnu: xorg: Shorten commented out packages.

* gnu/packages/xorg.scm: Shorten package definitions that are already
    commented out, keeping only the reason for not including them.

gnu: xorg: Remove non-free font font-bh-ttf/font-luxi-ttf.

* gnu/packages/xorg.scm (font-luxi-ttf): Comment out variable.

gnu: glib: Add `file' as a propagated input.

* gnu/packages/glib.scm (intltool): Add FILE as an input.

gnu: Add exiv2 and Geeqie.

* gnu/packages/geeqie.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: bigloo: Update to 4.0b.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo): Update to 4.0b.  Patch the
  `configure-gc' scripts.  Remove `patch-absolute-file-names' phase.
* gnu/packages/patches/bigloo-gc-shebangs.patch: Adjust to new version.

list-packages: properly specify the size of images.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml, packages->sxml): specify the size
  of images in pixels (see
  http://www.w3.org/TR/html5/embedded-content-0.html#attr-dim-height)

gnu: Add GNU Ocrad.

* gnu/packages/ocrad.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: freefont: Synchronize synopsis.

* gnu/packages/xorg.scm (freefont-ttf): Synchronize synopsis with the
  Womb.

list-packages: Add missing closing </div> after footer include.

* build-aux/list-packages.scm (list-packages): Add missing closing </div>
  after footer include.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

list-packages: Remove a useless "colspan" attribute.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml): remove a useless "colspan"
  attribute.

list-packages: Add an "alt" attribute for the logos.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml): add an alternative text for the
  logos of the packages.

gnu: Add Shadow.

* gnu/packages/system.scm (shadow): New variable.

gnu: linux-pam: Install headers under $includedir/security.

* gnu/packages/linux.scm (linux-pam): Add `--includedir' configure flag.

gnu: Add GNU Freefont.

* gnu/packages/xorg.scm (freefont-ttf): New variable.

gnu: Remove QEMU-KVM, which is no longer needed.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu-kvm): Remove.
  (qemu): Incorporate parts of QEMU-KVM that used to be inherited.
  (qemu-kvm/smb-shares): Rename to...
  (qemu/smb-shares): ... this.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Adjust
  accordingly.

gnu: Add Bitstream Vera.

* gnu/packages/xorg.scm (font-bitstream-vera-ttf): New variable.