gnu: deutex: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/games.scm (deutex): Update to 5.1.1.

gnu: lookingglass: Update to a10.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass): Update to a10.

gnu: libexif: Fix CVE-2016-6328.

* gnu/packages/patches/libexif-CVE-2016-6328.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/photo.scm (libexif)[source]: Use it.

gnu: perl-lingua-pt-stemmer: Update URL.

* gnu/packages/language.scm (perl-lingua-pt-stemmer)[source]: Use new
upstream URL.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: escpr: Update to 1.6.18.

* gnu/packages/cups.scm (escpr): Update to 1.6.18.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Motion.

* gnu/packages/video.scm (motion): New variable.

packages: 'package-mapping' maps replacement.

* guix/packages.scm (package-mapping): Apply PROC to 'replacement' as well.

build: Declare “doc/guix.texi“ dependencies.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29727>.

* doc/local.mk (%C%_guix_TEXINFOS): New variable containing files included by
“doc/guix.texi”.
(EXTRA_DIST): Remove ‘.texi’ files.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: certbot: Update to 0.21.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot): Update to 0.21.0.
(python-acme): Update to 0.21.0.
[propagated-inputs]: Add python-josepy.

gnu: Add python-josepy.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-josepy, python2-josepy): New variables.

gnu: libvirt: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (libvirt): Update to 4.0.0.
[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: Consistently Write ‘file system(s)’.

It is the GNU way.

* doc/guix.texi (Build Systems, DNS Services): Write ‘file system(s)’.
* gnu/build/vm.scm (create-ext-file-system, create-fat-file-system):
Likewise.
* gnu/packages/backup.scm (dirvish, rsnapshot)[description]: Likewise.
* gnu/packages/check.scm (python-testpath)[description]: Likewise.
* gnu/packages/disk.scm (pydf)[description]: Likewise.
* gnu/packages/file-systems.scm (disorderfs)[synopsis, description]: Likewise.
(glusterfs)[description]: Likewise.
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-directory, ghc-system-fileio-bootstrap)
(ghc-system-fileio)[synopsis]: Likewise.
(ghc-fsnotify)[description]: Likewise.
* gnu/packages/linux.scm (proot)[description]: Likewise.
(jmtpfs)[synopsis, description]: Likewise.
* gnu/packages/mate.scm (caja, caja-extensions)[description]: Likewise.
* gnu/packages/storage.scm (ceph)[description]: Likewise.
* gnu/packages/sync.scm (lsyncd)[description]: Likewise.
* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing)[synopsis]: Likewise.
(go-github-com-zillode-notify)[description]: Likewise.
* gnu/services/nfs.scm (pipefs-service-type): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (perform-action): Likewise.

gnu: unbound: Update to 1.6.8 [fixes CVE-2017-15105].

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.6.8.

gnu: libvpx: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/video.scm (libvpx)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ninja: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/ninja.scm (ninja): Update to 1.8.2.
[source]: Remove upstreamed patch.
[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM*.  Use standard indentation.
* gnu/packages/patches/ninja-zero-mtime.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: tcc: Update to 0.9.27.

* gnu/packages/c.scm (tcc): Update to 0.9.27.
[license]: Add a comment about attempted Expat re-licencing.

gnu: minixml: Update to 2.11.

* gnu/packages/xml.scm (minixml): Update to 2.11.
[source]: Use URL-FETCH/TARBOMB method.
[arguments]: Add ‘fix-permissions’ phase.

gnu: libebml: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/xml.scm (libebml): Update to 1.3.5.
[source, home-page]: Update URI.

gnu: wine: Parameterize version string in uri.

* gnu/packages/wine.scm (wine)[source]: Replace hard-coded version
string with parameterized version.

gnu: xpra: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.2.3.

gnu: lz4: Update to 1.8.1.2.

* gnu/packages/compression.scm (lz4): Update to 1.8.1.2.

gnu: mdds: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/boost.scm (mdds): Update to 1.3.1.

gnu: rdup: Update to 1.1.15.

* gnu/packages/backup.scm (rdup): Update to 1.1.15.
[source]: Use new URI.  Remove snippet.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.
[inputs]: Add mcrypt.
[arguments]: Add ‘bootstrap’ and ‘qualify-inputs’ phases.
Remove ‘remove-Werror’ phase.
[home-page]: Use apparent new (and HTTPS) home page.

gnu: testdisk: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/admin.scm (testdisk)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: stress: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/admin.scm (stress): Update to 1.0.4.

gnu: stress: Use newer and HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (stress)[home-page]: Use HTTPS and ‘sid’ code
name, which is more up to date and will remain so.

gnu: gmp: Edit description.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp)[description]: Edit.
Define GMP.

gnu: gmp: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mpfr: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpfr)[synopsis, description]: Edit.
Define MPFR.

gnu: mpc: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpc)[synopsis, description]: Edit.
Define MPC.

gnu: mpc: Update home page.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpc)[home-page]: Update.

gnu: mpfi: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpfi)[synopsis, description]: Edit.
Define several terms.  Use GMP instead of MP for consistency.

gnu: mpfi: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpfi): Update to 1.5.3.
[source]: Use a more stable URI.

gnu: cgit: Update private Git source code to 2.10.5.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[inputs]: Update git:src to 2.10.5.

gnu: git: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.16.0.

gnu: emacs-org: Update to 20180103.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20180103.
[source]: Use orgmode.org instead of elpa.
[home-page]: Update to use https.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-contrib): Update to 20180103.
[source]: Update to use https.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: valgrind: Update to 3.13.0.

* gnu/packages/valgrind.scm (valgrind): Update to 3.13.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.01.18.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.01.18.

gnu: Remove wine-next.

* gnu/packages/wine.scm: Remove wine-next.

gnu: wine: Update to 3.0.

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 3.0.

gnu: emacs-debbugs: Update to 0.15.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-debbugs): Update to 0.15.

gnu: mongodb: Fix indentation.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb): Replace tabs with spaces.

gnu: mysql: Update to 5.7.21.

* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.7.21.

gnu: webkitgtk: Update to 2.18.5.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.18.5.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/webkitgtk-mitigate-spectre.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.14.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.14.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.77.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.77.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.112.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.112.

gnu: android-udev-rules: Update to 20171113.

* gnu/packages/android.scm (android-udev-rules): Update to 20171113.

gnu: mitlm: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/speech.scm (mitlm): Update to 0.4.2.
[source]: Use new upstream release URI.

gnu: sudo: Update to 1.8.22.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): 1.8.22.

gnu: slurm: Add detailed licence information.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[license]: Add more licences.

gnu: slurm: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: slurm: Update to 17.11.2.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm): Update to 17.11.2.
[source]: Replace patch with less fragile SUBSTITUTE* in a snippet.
[arguments]: Rename ‘autogen’ phase to ‘autoconf’.  Use INVOKE.
* gnu/packages/patches/slurm-configure-remove-nonfree-contribs.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add sl.

* gnu/packages/toys.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: vim: Update to 8.0.1428.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.0.1428.
[arguments]: Add ‘patch-failing-test’ phase.

gnu: lxterminal: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/lxde.scm (lxterminal): Update to 0.3.1.
[source]: Remove patch for fixed CVE.
[arguments]: No longer skip test suite which appear to be fixed.
* gnu/packages/patches/lxterminal-CVE-2016-10369.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: glib: Remove duplicate module import.

* gnu/packages/glib.scm (define-module): Remove duplicate ‘#:use-module
(guix packages xml)’.  Order remaining module imports alphabetically.

gnu: package-management: Prefix licenses.

* gnu/packages/package-management.scm (define-module): Import
(guix licenses) with #:prefix instead of #:select.
Adjust all callers.

gnu: package-management: Alphabetise module imports.

* gnu/packages/package-management.scm (define-module): Order module
imports alphabetically.

gnu: rlwrap: Update to 0.43.

* gnu/packages/readline.scm (rlwrap): Update to 0.43.
[source, home-page]: Use new upstream URI.

nls: Update 'hu' translation.

doc: Suggest running guix-daemon with 'sudo -E'.

Suggested by Martin H. <maze@strahlungsfrei.de>.

* doc/contributing.texi (Running Guix Before It Is Installed): Suggest
'sudo -E'.

gnu: mlmmj: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/mail.scm (mlmmj): Update to 1.3.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: xpra: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.2.2.

gnu: sxiv: Update to 24.

* gnu/packages/image-viewers.scm (sxiv): Update to 24.
[inputs]: Add freetype and libxft.
[arguments]: Pass freetype header location in #:make-flags.  Be verbose.

docs: Fix typo in qemu-binfmt example.

* doc/guix.texi (Virtualization Services): Document 'guix-support?' properly.

gnu: services: web: Add service for httpd.

* gnu/services/web.scm (<httpd-module>,
  <httpd-config-file>, <httpd-virtualhost>
  <httpd-configuration>): New record types.
  (%default-httpd-modules, %httpd-accounts,
  httpd-service-type): New variables.
  (httpd-shepherd-services, httpd-activation,
  httpd-process-extensions): New procedures.
* gnu/tests/web.scm (run-httpd-test): New procedure.
  (%httpd-os, %tests-httpd): New variables.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the Apache HTTP Server.

gnu: tests: web: Generalise the nginx test.

So that it can also be used for other web servers.

* gnu/tests/web.scm (%index.html-contents): Change nginx to guix.
  (%make-http-root): Move the index.html file from /srv to /srv/http.
  (%nginx-servers): Remove the setting of root.
  (run-nginx-test, run-webserver-test): Rename run-nginx-test to
  run-webserver-test and generalise its behaviour
  (%test-nginx): Change to use run-webserver-test, rather than run-nginx-test.

gnu: bullet: Update to 2.87.

* gnu/packages/game-development.scm (bullet): Update to 2.87.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: game-development.scm: Arrange module inputs alphabetically.

* gnu/packages/game-development.scm: Arrange module inputs
alphabetically.

gnu: foo2zjs: Update to 20171202.

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs): Update to 20171202.

gnu: foo2zjs: Use correct metadata

* gnu/packages/cups.scm (foo2zjs)[home-page, synopsis, description]: Describe
foo2zjs, not foo2xqx.
[licence]: Add expat.

gnu: foomatic-filters: Update to 4.0.17.

* gnu/packages/cups.scm (foomatic-filters): Update to 4.0.17.

gnu: sdl2-image: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-image): Update to 2.0.2.

gnu: sdl2-mixer: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer): Update to 2.0.2.

gnu: Add python-shapely and python2-shapely.

* gnu/packages/python.scm (python-shapely, python2-shapely): New variables.

gnu: isc-dhcp: Update to 4.3.6.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 4.3.6.

gnu: isc-dhcp: Update bundled bind to 9.9.11-P1 [fixes CVE-2017-3145].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 9.9.11-P1.

gnu: bind: Update to 9.11.2-P1 [fixes CVE-2017-3145].

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.11.2-P1.

gnu: haskell-check: Use HTTPS for hspec.github.io home pages.

* gnu/packages/haskell-check.scm (hspec-discover, ghc-hspec-core)
(ghc-hspec-meta, ghc-hspec, ghc-hspec-contrib)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python: Use HTTPS for ipython.org home pages.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython-genutils, python-traitlets)
(python-ipykernel, python-ipython, python-widgetsnbextension)
(python-ipywidgets)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lxde: Use HTTPS for lxde.org home pages.

* gnu/packages/lxde.scm (libfm, lxappearance, lxrandr, lxtask, lxterminal)
(menu-cache, pcmanfm, lxmenu-data, lxde-icon-theme, lxde-common, lxinput)
(lxsession, lxpanel)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: american-fuzzy-lop: Update to 2.52b.

* gnu/packages/debug.scm (american-fuzzy-lop): Update to 2.52b.
[inputs]: custom-qemu now inherits from qemu-minimal.
(qemu-2.3.0): Remove variable.

gnu: transmission: Mention CVE-2018-5702.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission): Add comment.

gnu: python-libxml2: Inherit the replacement source of libxml2.

Previously, python-libxml2 would inherit the ungrafted libxml2, missing
several patches on the libxml2 source code.

* gnu/packages/xml.scm (python-libxml2, python2-libxml2): Use
package/inherit.

gnu: libxml2: Fix CVE-2017-15412.

* gnu/packages/patches/libxml2-CVE-2017-15412.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xml.scm (libxml2/fixed)[source]: Use it.

gnu: Add curlftpfs.

* gnu/packages/file-systems.scm (curlftpfs): New variable.

gnu: Add eureka.

* gnu/packages/game-development.scm (eureka): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: freedom: add native search-paths.

* gnu/packages/games.scm (freedoom) [native-search-paths]: Set DOOMWADDIR and
  DOOMWADPATH, so source ports and map editors can find the freedoom IWAD.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-matplotlib: Fix import failure

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib)[propagated-inputs]: Add
  python-pyqt.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: clojure: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/java.scm (clojure): Update to 1.9.0. Add "core-specs-alpha-src"
and "spec-alpha-src". Remove "java-classpath-src" and "tools-reader-src".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Fix typo.

Reported by Nicolas Goaziou.

* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Fix typo.

gnu: fish-guix: Remove it.

fish-guix has been merged into Guix in 'etc/completion/fish'

* gnu/packages/shells.scm (fish-guix): Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

etc: Add completions for fish.

* etc/completion/fish/guix.fish: New file.
* Makefile.am: Register the file.
* configure.ac: Add the fish vendor-completions directory.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mc: Update to 4.8.20.

* gnu/packages/mc.scm (mc): Update to 4.8.20.
[arguments]: Rename ‘fix-absolutism’ to (hopefully) more accurate
‘patch-FHS-file-names’.  Patch more.  Fix new VFS test.

gnu: mc: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/mc.scm (mc)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: opensmtpd: Support PAM authentication.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd)[arguments]: Add ‘--with-auth-pam’
to #:configure-flags.

gnu: opensmtpd: Update to 6.0.3p1.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd): Update to 6.0.3p1.

gnu: Use HTTPS for invisible-island.net home pages.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog)[home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/version-control.scm (diffstat)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/xorg.scm (xterm)[home-page]: Likewise.

gnu: dialog: Update to 1.3-20171209.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20171209.