gnu: Add filteraudio.

* gnu/packages/audio.scm (filteraudio): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: glew: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/gl.scm (glew): Update to 2.0.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

system: Use 'file-append' to denote file names.

* gnu/services/avahi.scm, gnu/services/base.scm,
gnu/services/databases.scm, gnu/services/dbus.scm,
gnu/services/desktop.scm, gnu/services/dict.scm,
gnu/services/mail.scm, gnu/services/networking.scm,
gnu/services/sddm.scm, gnu/services/spice.scm,
gnu/services/ssh.scm, gnu/services/web.scm,
gnu/services/xorg.scm, gnu/system.scm: Replace the
 #~(string-append #$pkg "/bin/foo") idiom with
 (file-append pkg "/bin/foo").

gexp: Store compilers in a hash table for O(1) lookup.

* guix/gexp.scm (<gexp-compiler>)[predicate]: Remove.
[type]: New field.
(%gexp-compilers): Turn into a hash table.
(register-compiler!, lookup-compiler, lookup-expander): Adjust
accordingly.
(define-gexp-compiler): Replace 'predicate' by 'record-type'.
(derivation-compiler, local-file-compiler, plain-file-compiler)
(computed-file-compiler, program-file-compiler, scheme-file-compiler)
(file-append-compiler): Adjust accordingly.
* guix/packages.scm (package-compiler, origin-compiler): Likewise.

gnu: pdf: Remove erroneous module import.

This is a followup to commit c41d97bed6ee1765e0845567444d4d2af1a4d373.

* gnu/packages/pdf.scm: Don't import (gnu packages javascript).

gnu: letsencrypt: Superseded by certbot.

* gnu/packages/tls.scm (letsencrypt)[properties]: New field.

gnu: Remove openjpeg-2.0.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg-2.0): Remove variable.

gnu: mupdf: Update to 1.9a.

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Update to 1.9a.
[source]: Use "mupdf-build-with-openjpeg-2.1.patch". Adjust snippet to
preserve bundled 'thirdparty/mujs'.
[inputs]: Add harfbuzz. Replace openjpeg-2.0 with openjpeg.
* gnu/packages/patches/mupdf-build-with-openjpeg-2.1.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: openjpeg: Fix CVE-2016-5157.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-5157.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Use it.

gnu: openjpeg-2.*: Fix CVE-2016-7163.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2016-7163.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg, openjpeg-2.0): Use it.

gnu: openjpeg: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Update to 2.1.1.
[source]: Use GitHub URL and add file-name field. Remove
"openjpeg-use-after-free-fix.patch" and "openjpeg-CVE-2015-6581.patch" from
patches.

gnu: bamm: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bamm): Update to 1.7.3.

system: Build the initrd file name with 'file-append'.

* gnu/system.scm (operating-system-initrd-file)
(operating-system-grub.cfg): Use 'file-append' to construct the initrd
file name.

system: grub: Allow arbitrary kernel file names in 'menu-entry'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20067>.
Reported by Tomáš Čech <sleep_walker@suse.cz>.

* gnu/system.scm (system-linux-image-file-name)
(operating-system-kernel-file): New procedures.
(operating-system-grub.cfg): Use 'operating-system-kernel-file' for the
'kernel' field of 'menu-entry'.
(operating-system-parameters-file): Likewise for the 'kernel' entry.
(read-boot-parameters): Adjust 'kernel' field so that it contains the
absolute file name of the image.
* gnu/system/grub.scm (grub-configuration-file)[linux-image-name]:
Remove.
[entry->gexp]: Assume LINUX is the absolute file name of the kernel
image.
* doc/guix.texi (GRUB Configuration): Add an example, and adjust
'kernel' field documentation accordingly.

gexp: Add 'file-append'.

* guix/gexp.scm (<file-append>): New record type.
(file-append): New procedure.
(file-append-compiler): New gexp compiler.
* tests/gexp.scm ("file-append", "file-append, output")
("file-append, nested", "gexp->file + file-append"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Use it in 'nscd' and 'list-files'
examples.  Document 'file-append'.

gexp: Compilers can now provide an "expander".

* guix/gexp.scm (<gexp-compiler>)[expand]: New field.
(default-expander, lookup-expander): New procedures.
(define-gexp-compiler): Add second pattern to allow for the definition
of both a compiler and an expander.
(gexp->sexp)[reference->sexp]: Call 'lookup-expander' and use its
result.

gexp: Remove outdated comment.

* guix/gexp.scm (lower-references): Remove outdated "XXX" comment.

gnu: geoclue: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/gnome.scm (geoclue): Update to 2.4.4.

gnu: c-reduce: Upgrade to 2.5.0.

* gnu/packages/debug.scm (c-reduce): Upgrade to 2.5.0.
[inputs]: Remove delta and perl-benchmark-timer.  Add perl-term-readkey.
[arguments]: Adjust wrapper libraries.

gnu: llvm: Build shared libraries.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm)[arguments]: Add -DBUILD_SHARED_LIBS to

gnu: llvm: propagate zlib input.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm)[inputs]: Move zlib from here...
[ppropagated]: ...to here.

gnu: Fix wrong import of '(gnu packages zsh)'.

* gnu/packages/crypot.scm: Change import of '(gnu packages zsh)'
to '(gnu packages shells)'.

gnu: guile: Search for .go files in "/site-ccache", not "/ccache".

* gnu/packages/guile.scm (guile-next)[search-paths]: Change "2.2/ccache"
to "2.2/site-ccache".
(guile-for-guile-emacs)[search-paths]: Likewise.

gnu: ardour: Do not contact ardour.org on start.

* gnu/packages/audio.scm (ardour)[arguments]: Add configure flag
"--no-phone-home".

gnu: Add Tomb.

* gnu/packages/crypto.scm (tomb): New variable.

gnu: Add Swish-e.

* gnu/packages/search.scm (swish-e): New variable.
* gnu/packages/patches/swish-e-search.patch,
gnu/packages/patches/swish-e-format-security.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add steghide.

* gnu/packages/image.scm (steghide): New variable.
* gnu/packages/patches/steghide-fixes.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add mlocate.

* gnu/packages/search.scm (mlocate): New variable.

gnu: file-roller: Update to 3.20.3 [fixes CVE-2016-7162].

* gnu/packages/gnome.scm (file-roller): Update to 3.20.3.

gnu: ardour: Update to 5.3.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 5.3.

gnu: Add libhdate.

* gnu/packages/calendar.scm (libhdate): New variable.

gnu: kmscon: Enable elogind support.

* gnu/packages/terminals.scm (kmscon)[source]: Add 'modules' and
'snippet'.

gnu: kmscon: Build the man page.

* gnu/packages/terminals.scm (kmscon)[native-inputs]: Add LIBXSLT,
LIBXML2, and DOCBOOK-XSL.

gnu: kmscon: Clarify synopsis, description, and supported systems.

* gnu/packages/terminals.scm (kmscon)[synopsis, description]: Clarify.
[supported-systems]: New field.

gnu: Add python-git-review.

* gnu/packages/openstack.scm (python-git-review)
(python2-git-review): New variables.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add surfraw.

* gnu/packages/web.scm (surfraw): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add edit warning to generated grub.cfg files

* gnu/services/grub.scm (grub-configuration-file): Add code to emit warning.

services: ntpd: Use a dedicated directory for drift file.

Fixes <https://bugs.gnu.org/24366>.  Drift file now resides in a
dedicated directory owned by the daemon.

* gnu/services/networking.scm (ntp-service-activation): New procedure,
(ntp-service-type): Add new service-extension.

gnu: curl: Update replacement to 7.50.2 [fixes CVE-2016-7141].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.50.2
(curl-7.50.1): Replace with ...
(curl-7.50.2): ... this.

gnu: openal: Update to 1.17.2.

* gnu/packages/audio.scm (openal): Update to 1.17.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: lightweight-desktop.tmpl: Fix typo.

* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: While it is currently
unknown if Bob has a brother, it is sufficiently documented that Alice
is, in fact, Bob's sister.

gnu: graphicsmagick: Update to 1.3.25 [fixes CVE-2016-2317].

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick): Update to 1.3.25.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.5-9.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.5-9.

doc: Update package count.

* doc/guix.texi (Limitations): Update package count.

gnu: man-db: Patch path to iconv.

* gnu/packages/man.scm (man-db)[arguments]: Add phase
  "patch-iconv-path".

Fixes <http://bugs.gnu.org/24373>.

gnu: man-db: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/man.scm (man-db)[arguments]: Use modify-phases syntax.

gnu: Add rpc-daemon service

* gnu/services/nfs.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add 'package-for-guile-2.2' procedure and use it.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2-package-name)
(package-for-guile-2.2): New procedures.
* gnu/packages/guile.scm (guile2.2-json, guile2.2-minikanren)
(guile2.2-irregex, guile2.2-commonmark): New variables.

gnu: guile-commonmark: Remove hard-coded "/2.0" in installation directories.

* gnu/packages/guile.scm (guile-commonmark)[source]: Add 'snippet' and
'modules'.

gnu: guile-json: Remove hard-coded Guile effective version.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json)[snippet]: Modify 'ac_subst_vars'
in 'configure', and use "@GUILE_EFFECTIVE_VERSION@" instead of "2.0" in
'Makefile.in'.

gnu: guile-minikanren: Remove hard-coded Guile effective version.

* gnu/packages/guile.scm (guile-minikanren)[arguments]: Remove (ice-9
match) from #:modules.  Use 'open-pipe*' to determine the effective
version of Guile, and use that to compute MODULE-DIR.

gnu: guile-irregex: Remove hard-coded Guile effective version.

* gnu/packages/guile.scm (guile-irregex)[arguments]: Add (ice-9 popen)
and (ice-9 rdelim).  Remove nested 'use-modules' form.  Call
'open-pipe*' to determine Guile's effective version, and use it to
compute MODULE-DIR.

gnu: Enable tcp-wrappers for nrircd.

* gnu/packages/messaging.scm (ngircd) [inputs]: Add tcp-wrappers.

gnu: Add tcp-wrappers.

* gnu/packages/networking.scm (tcp-wrappers): New variable.

bash completion: Complete subcommands and their options.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_subcommand): New function.
(_guix_complete_option): Allow completion of subcommand options.
(_guix_complete): Use '_guix_complete_subcommand' for "system" and
"import".

bash completion: Redirect 'guix' stderr to /dev/null.

This avoids spurious messages when pressing TAB.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_available_package)
(_guix_complete_installed_package, _guix_complete_option)
(_guix_complete): Redirect stderr to /dev/null when running 'guix'.

Add Zsh completion file.

* etc/completion/zsh/_guix: New file.
* Makefile.am (dist_zshcompletion_DATA): New variable.
* configure.ac: Add --with-zsh-completion-dir.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mpop.

* gnu/packages/mail.scm (mpop): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix hash: Add --exclude-vcs option.

* guix/scripts/hash.scm (show-help): Add help text for --exclude-vcs option.
(%options): Add --exclude-vcs option.
(guix-hash): Handle exclude-vcs option.
* doc/guix.texi ("Invoking guix hash"): Update doc.
* tests/guix-hash.sh: Add test.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: syslog: Use a PID file.

* gnu/services/base.scm (syslog-service-type)[start]: Remove --no-detach
and use #:pid-file.

gnu: inetutils: Use /var as the localstatedir.

* gnu/packages/admin.scm (inetutils)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: rottlog: Adjust the default 'weekly' config.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog)[arguments]: Add 'tweak-rc-weekly'
phase.

gnu: rottlog: Read configuration files from /etc/rottlog.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog)[arguments]: Set
ROTT_ETCDIR=/etc/rottlog in #:configure-flags and add #:make-flags.

gnu: rottlog: Set default value for 'packdir'.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog)[arguments]: Add 'set-packdir' phase.

gnu: rottlog: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: Add perl-curses.

* gnu/packages/ncurses.scm (perl-curses): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: webkitgtk: Update to 2.12.5.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.12.5.

updated: gnu: add asn1c

* gnu/packages/tls.scm (asn1c): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: paredit: Rename to 'emacs-paredit'.

* gnu/packages/emacs.scm (paredit)[name]: Change to "emacs-paredit".
(paredit/old-name): New variable.

packages: Add 'package-superseded' and associated support.

This provides a way to mark a package as superseded by another one.
Upgrades replace superseded packages with their replacement.

* guix/packages.scm (package-superseded, deprecated-package): New
procedures.
* gnu/packages.scm (%find-package): Check for 'package-superseded'.
* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry)[supersede]: New
procedure.  Call it when 'package-superseded' is true.
* tests/guix-build.sh: Add test for a superseded package.
* tests/packages.scm ("package-superseded")
("transaction-upgrade-entry, superseded package"): New tests.

profiles: Export <manifest-pattern> accessors.

* guix/profiles.scm (manifest-pattern-name, manifest-pattern-version)
(manifest-pattern-output): Export.

guix package: Build up the transaction incrementally.

* guix/scripts/package.scm (upgraded-manifest-entry): Rename to...
(transaction-upgrade-entry): ... this.  Add 'transaction' parameter and
return a transaction.
(options->installable): Likewise.
[to-upgrade]: Rename to...
[upgraded]: ... this, and change to be a transaction.  Return a
transaction.
(options->removable): Likewise.
(process-actions): Adjust accordingly.
* tests/packages.scm ("transaction-upgrade-entry, zero upgrades")
("transaction-upgrade-entry, one upgrade"): New tests.

profiles: Add manifest-transaction helper procedures.

* guix/profiles.scm (manifest-transaction-install-entry)
(manifest-transaction-remove-pattern)
(manifest-transaction-null?): New procedures.
* tests/profiles.scm ("manifest-transaction-null?"): New test.

guix package: Clarify upgrade code.

* guix/scripts/package.scm (upgradeable?): Rename to...
(upgraded-manifest-entry): ... this.  Change to take a <manifest-entry>
and to return a <manifest-entry>.
(options->installable)[to-upgrade]: Adjust accordingly.

gnu: Add eschalot.

* gnu/packages/crypto.scm (eschalot): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add gzstream.

* gnu/packages/compression.scm (gzstream): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: go: Update to 1.7.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.6): Update to 1.7, with corresponding
  minor changes to prebuild phase, and rename variable to...
  (go-1.7): ...this new variable.
  (go): Inherit from new "go-1.7".

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: lua-5.1: install pkg-config file.

* gnu/packages/patches/lua51-pkgconfig.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/lua.scm (lua-5.1)[source]: Add it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add tintin++.

* gnu/packages/games.scm (tintin++): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: slock: Fix CVE-2016-6866.

* gnu/packages/patches/slock-CVE-2016-6866.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/suckless.scm (slock): Use it.

activation: Don't fail if /var/lib exists.

This is a followup to commit 6526d43ea4fb0cd151a0d5e9a072c651c1c963d1.

* gnu/build/activation.scm (activate-user+groups): Use mkdir-p to create
/var/lib.

gnu: scribus: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/scribus.scm (scribus): Update to 1.5.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add openssl-next.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): New variable.
* gnu/packages/patches/openssl-1.1.0-c-rehash-in.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add teximpatient.

* gnu/packages/tex.scm (teximpatient): New variable.

gnu: Add ding.

* gnu/packages/dictionaries.scm (ding): New variable.

gnu: Add weston.

* gnu/packages/freedesktop.scm (weston): New variable.

gnu: Add xorg-server-xwayland.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server-xwayland): New variable.

gnu: Add cairo-xcb.

* gnu/packages/gtk.scm (cairo-xcb): New variable.

services: Add sddm service.

* gnu/services/sddm.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (@deftp, @deffn): Add documentation.

gnu: Add sddm.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): New variable.

gnu: Add greenisland.

* gnu/packages/display-managers.scm (greenisland): New variable.

gnu: Add prefix to license imports in (gnu packages display-managers).

* gnu/packages/display-managers.scm: Import (guix licenses) with prefix
  "license:".

services: syslog: Use syslog-configuration.

* gnu/services/base.scm (<syslog-configuration>): New variable.
  (syslog-service-type): Use <syslog-configuration>.
  (syslog-service): Use <syslog-configuration>.
* gnu/tests/base.scm (%avahi-os): Use <syslog-configuration>.
* doc/guix.texi (syslog-configuration-type): Add @deftp.
  (syslog-service): Update @deffn.

services: Export initrc.

* gnu/services/xorg.scm (define-module): Export initrc.

activation: Allow home directories to be created under /var/lib.

* gnu/build/activation.scm (activate-user+groups): Make sure /var/lib
  exists.

system: vm: Remove -net user flag.

* gnu/system/vm.scm (common-qemu-options): Remove -net user flag.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.7.2.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.7.2.

gnu: Fix pre-2.7.0 qemu builds.

This is a follow-up to 43bec6d0.

* gnu/packages/debug.scm (qemu-2.3.0),
gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests)[arguments]: Remove the
'disable-test-qga phase.

gnu: gst-plugins-bad: Remove unreferenced qt input.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-bad)[inputs]: Remove qtbase.

gnu: gst-plugins-ugly: Add mpg123 support.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-ugly)[inputs]: Add mpg123.