pull: Add missing monadic 'return'.

Fixes a regression introduced in
5f7dd092ca577a534067f577b8849ed06cabf970 where, upon completion, 'guix
pull' would fail (instead of printing the new/upgraded packages) with
ugly errors like:

  successfully built /gnu/store/…-profile.drv
  1 package in profile
  Backtrace:
  […]
  In guix/store.scm:
    1605:24  1 (run-with-store _ _ #:guile-for-build _ #:system _ # _)
  In unknown file:
     0 (_ #<build-daemon 256.97 2476b40>)

  ERROR: Wrong type to apply: #t

Reported by thorwil on #guix.

* guix/scripts/pull.scm (build-and-install): Add missing 'return' when
DRY-RUN? is wrong.

gnu: sra-tools: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sra-tools)[source]: Fetch from git.

gnu: libgff: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (libgff)[source]: Fetch from git.

gnu: kentutils: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kentutils)[source]: Fetch from git.
[arguments]: Add phase "fix-permissions".

gnu: r-seqgl: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqgl)[source]: Fetch from git.

gnu: pplacer: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pplacer)[source]: Fetch from git.
[arguments]: Make files writable; use INVOKE.

gnu: minced: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minced): Update to 0.3.2.

gnu: minced: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minced)[source]: Fetch from git.

gnu: metabat: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat)[source]: Fetch from git.

gnu: mash: Update to 2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mash): Update to 2.1.

gnu: mash: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mash)[source]: Fetch from git.

gnu: fio: Update to 3.11.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.11.
[source]: Use bz2 compressed tarball.

gnu: kaiju: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kaiju): Update to 1.6.3.

gnu: kaiju: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kaiju)[source]: Fetch from git.
[arguments]: Remove redundant installation step.

gnu: idr: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr)[source]: Fetch from git.

gnu: java-htsjdk: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk)[source]: Fetch from git.

gnu: hisat2: Use versioned source URL.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hisat2)[source]: Use versioned URL.

gnu: grit: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (grit): Update to 2.0.5.
[arguments]: Simplify.

gnu: grit: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (grit)[source]: Fetch from git.

gnu: gemma: Update to 0.98.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.
* gnu/packages/patches/gemma-intel-compat.patch: Remove file.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (gemma): Update to 0.98.
[source]: Remove patch.
[inputs]: Add eigen, gfortran:lib, and openblas.
[arguments]: Add phase "find-eigen".

gnu: gemma: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (gemma)[source]: Fetch from git.

gnu: clementine: Build with sqlite-with-column-metadata.

* gnu/packages/music.scm (clementine)[inputs]: Use sqlite-with-column-metadata.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: fxtract: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fxtract)[source]: Fetch from git.

gnu: ribodiff: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ribodiff)[source]: Fetch from git.

gnu: python-biom-format: Update to 2.1.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-biom-format): Update to 2.1.7.
[arguments]: Add phases "use-cython", "disable-broken-test", and
"make-files-writable".
[propagated-inputs]: Add python-flake8.
[native-inputs]: Add python-cython, python-pytest, and python-pytest-cov.

gnu: python-biom-format: Fetch source from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-biom-format)[source]: Fetch from
git.

gnu: bioawk: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bioawk)[source]: Fetch from git.

gnu: bedtools-2.18: Fetch sources from stable URL.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools-2.18)[source]: Use stable release
tarball instead of generated tag tarball.

gnu: bamtools: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bamtools)[source]: Fetch from git.

gnu: ngless: Install links to required tools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ngless)[arguments]: Install links to tools.
[inputs]: Add prodigal, bwa, samtools, and minimap2.

gnu: prodigal: Fetch sources from git.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (prodigal)[source]: Fetch from git.

services: cuirass: Add 'ttl' configuration field.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[ttl]: New field.
(cuirass-shepherd-service): Honor it.

gnu: cuirass: Update to 0b40dca.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0b40dca.

linux-initrd: Make sure 'build-initrd' can delete files.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33297>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

This fixes a regression introduced in
72dc64f8f720268930eed448abfc15d2a0eca3cf, which made files read-only.

* gnu/build/linux-initrd.scm (build-initrd): Call 'make-file-writable'
on all the files under contents/.

gnu: r-mzr: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): Update to 2.16.0.
[inputs]: Remove netcdf.
[propagated-inputs]: Add r-ncdf4.

gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Update to 1.4.0.
[source]: Add snippet to remove bundled binaries.
[arguments]: Replace references to hdf5 with references to hdf5-1.10.
[native-inputs]: Likewise.
[propagated-inputs]: Replace hdf5 with hdf5-1.10.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.10.0.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.26.0.

gnu: r-rcas: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas): Update to 1.8.0.
[native-inputs]: Remove r-testthat and ghc-pandoc-citeproc.
[propagated-inputs]: Add r-annotationdbi, r-genomeinfodb, and r-genomicranges;
remove r-bsgenome-mmusculus-ucsc-mm9, r-bsgenome-celegans-ucsc-ce10,
r-bsgenome-dmelanogaster-ucsc-dm3, r-org-ce-eg-db, r-org-dm-eg-db, and
r-org-mm-eg-db.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-biocparallel and r-hdf5array.

gnu: r-scran: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.10.1.
[propagated-inputs]: Add r-biocneighbors; remove r-dt, r-fnn, r-ggplot2,
r-shiny, and r-viridis.

gnu: r-scater: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Update to 1.10.0.
[propagated-inputs]: Add r-biocparallel; remove r-biobase, r-data-table,
r-edger, r-limma, r-rhdf5, r-rjson, r-shiny, r-shinydashboard, and r-tximport.

gnu: r-singlecellexperiment: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-singlecellexperiment): Update to 1.4.0.

gnu: r-beachmat: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-beachmat): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-biocgenerics.

gnu: r-qvalue: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qvalue): Update to 2.14.0.

gnu: r-hitc: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hitc): Update to 1.26.0.

gnu: r-fithic: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-fithic): Update to 1.8.0.

gnu: r-sushi: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sushi): Update to 1.20.0.

gnu: r-gwascat: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gwascat): Update to 2.14.0.

gnu: r-gviz: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.26.0.

gnu: r-gqtlstats: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gqtlstats): Update to 1.14.0.

gnu: r-ldblock: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ldblock): Update to 1.12.0.

gnu: r-erma: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-erma): Update to 0.14.0.

gnu: r-snpstats: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-snpstats): Update to 1.32.0.

gnu: r-gqtlbase: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gqtlbase): Update to 1.14.0.

gnu: r-ggbio: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ggbio): Update to 1.30.0.

gnu: r-biovizbase: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biovizbase): Update to 1.30.0.

gnu: r-organismdbi: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-organismdbi): Update to 1.24.0.
[propagated-inputs]: Remove r-biocinstaller; add r-biocmanager.

gnu: r-ensembldb: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-ensembldb): Update to 2.6.0.

gnu: r-dirichletmultinomial: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dirichletmultinomial): Update to 1.24.0.

gnu: r-complexheatmap: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-complexheatmap): Update to 1.20.0.

gnu: r-genomicfiles: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfiles): Update to 1.18.0.

gnu: r-gage: Update to 2.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gage): Update to 2.32.0.

gnu: r-keggrest: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-keggrest): Update to 1.22.0.

gnu: r-fastseg: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-fastseg): Update to 1.28.0.

gnu: r-annotationhub: Update to 2.14.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationhub): Update to 2.14.1.
[propagated-inputs]: Remove r-biocinstaller; add r-biocmanager.

gnu: r-interactivedisplaybase: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-interactivedisplaybase): Update to 1.20.0.

gnu: r-edaseq: Update to 2.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edaseq): Update to 2.16.0.

gnu: r-deseq: Update to 1.34.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-deseq): Update to 1.34.0.

gnu: r-aroma-light: Update to 3.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-aroma-light): Update to 3.12.0.

gnu: r-msnid: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnid): Update to 1.16.0.

gnu: r-msnbase: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): Update to 2.8.0.

gnu: r-pcamethods: Update to 1.74.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-pcamethods): Update to 1.74.0.

gnu: r-mzid: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzid): Update to 1.20.0.

gnu: r-vsn: Update to 3.50.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vsn): Update to 3.50.0.

gnu: r-affy: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-affy): Update to 1.60.0.
[propagated-inputs]: Remove r-biocinstaller; add r-biocmanager.

gnu: r-affyio: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-affyio): Update to 1.52.0.

gnu: r-protgenerics: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-protgenerics): Update to 1.14.0.

gnu: r-sva: Update to 3.30.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sva): Update to 3.30.0.

gnu: r-methylkit: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-methylkit): Update to 1.8.0.

gnu: r-copywriter: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-copywriter): Update to 2.14.0.

gnu: r-chipseq: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-chipseq): Update to 1.32.0.

gnu: r-annotationfilter: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationfilter): Update to 1.6.0.

gnu: r-tximport: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.10.0.

gnu: r-mutationalpatterns: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mutationalpatterns): Update to 1.8.0.

gnu: r-bamsignals: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bamsignals): Update to 1.14.0.

gnu: r-rhtslib: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib): Update to 1.14.0.

gnu: r-zlibbioc: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-zlibbioc): Update to 1.28.0.

gnu: r-motifrg: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-motifrg): Update to 1.26.0.

gnu: r-seqlogo: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqlogo): Update to 1.48.0.

gnu: r-genomation: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): Update to 1.14.0.

gnu: r-seqpattern: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqpattern): Update to 1.14.0.

gnu: r-impute: Update to 1.56.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-impute): Update to 1.56.0.

gnu: r-bsgenome: Update to 1.50.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bsgenome): Update to 1.50.0.

gnu: r-topgo: Update to 2.34.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): Update to 2.34.0.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.34.1.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.42.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.42.0.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.18.0.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.12.0.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.8.0.