emacs: Make "guix-emacs.el" independent.

"guix-emacs.el" may be used just for "instructing" Emacs where to find
Emacs packages installed with Guix, so it should have as few
dependencies as possible.

See <http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-01/msg00022.html>.

* emacs/guix-emacs.el: Require 'guix-profiles' optionally.
  (guix-emacs-load-autoloads): Use 'guix-profile-prompt' only if it is
  available.

emacs: Complete --file in 'guix build' popup.

* emacs/guix-command.el (guix-command-improve-build-argument): Use
  'guix-read-file-name' to complete --file option.

emacs: Add missing shell completions.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-complete-option-arg): Complete
  file name for '--install-from-file' option of 'guix package' command,
  and for '--file' and '--with-source' options of 'guix build' command.

gnu: isc-dhcp: Update to 4.3.3-P1 [fixes CVE-2015-8605].

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update to 4.3.3-P1.

gnu: samtools: Update to 1.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools): Update to 1.3.
[arguments]: Enable tests for all architectures; set ncurses in
configure-flags instead of make-flags; simplify "patch-tests" phase;
restore "configure" phase.

build: Use 127 as the Linux hash-bang limit.

Reported by taylanbayirli@gmail.com (Taylan Ulrich Bayırlı/Kammer).

* m4/guix.m4 (LINUX_HASH_BANG_LIMIT): Set to 127.

gnu: skribilo: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/skribilo.scm (skribilo): Update to 0.9.3.
[native-inputs]: New field.

doc: Fix typo in "Build Systems".

* doc/guix.texi (Build Systems): Remove extra 's'.

gnu: boost: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/boost.scm (boost): Update to 1.60.0.
  [source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/boost-mips-avoid-m32.patch: Delete patch
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patch.

Also fix dependent packages:

* gnu/packages/patches/csound-header-ordering.patch: New patch.
* gnu/packages/audio.scm (csound)[source]: Use it.
  [arguments]: Add 'set-flags phase.
* gnu/packages/patches/libcmis-fix-test-onedrive.patch: New patch.
* gnu/packages/libreoffice.scm (libcmis)[source]: Use it.
  (libreoffice)[arguments]: Add LDFLAGS to #:configure-flags.
  (librevenge)[inputs]: Move boost from here...
  [propogated-inputs]: to here.
  [arguments]: Add LDFLAGS to #:configure-flags.
* gnu/packages/patches/openimageio-boost-1.60.patch: New patch.
* gnu/packages/graphics.scm (openimageio): Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: boost: Use modify-phases.

* gnu/packages/boost.scm (boost)[arguments]: Use modify-phases.

build: 'make check' errors out if file name limits would be hit.

* Makefile.am (SCM_TESTS, SH_TESTS, TESTS, AM_TESTS_ENVIRONMENT)
(SCM_LOG_COMPILER, SH_LOG_COMPILER, AM_SCM_LOG_FLAGS)
(AM_SH_LOG_FLAGS): Move within 'if CAN_RUN_TESTS'.
(check-local) [!CAN_RUN_TESTS]: New target.
* daemon.am (AM_TESTS_ENVIRONMENT, TESTS): Ditto.
* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_FILE_NAME_LIMITS): Add parameter and set it.

build: Warn against long hash bang lines for tests.

* m4/guix.m4 (GUIX_TEST_HASH_BANG_LENGTH): New macro.
(GUIX_CHECK_FILE_NAME_LIMITS): Use it.  Warn against long hash bang
lines in tests.

doc: Show bootstrapping at the package level.

* doc/images/bootstrap-packages.dot: New file.
* doc.am (DOT_FILES): Add it.
* doc/guix.texi (Bootstrapping): Show 'guix graph' commands.  Includes
'images/bootstrap-packages' and comment it.

gnu: sudo: Add fix for CVE-2015-5602.

* gnu/packages/patches/sudo-CVE-2015-5602.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (sudo)[source]: Add patch.

gnu: global: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Use modify-phases syntax.

gnu: global: Update to 6.5.2.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.5.2.

gnu: icedtea-6: Fix directory name in "unpack" phase.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-6)[arguments]: Change the directory
  prefix in the "unpack" phase to "icedtea6-".

gnu: linux-libre: Update to 4.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.4.
* gnu/packages/linux-libre-i686.conf,
  gnu/packages/linux-libre-x86_64.conf: Update from
  <https://jxself.org/git/kernel-configs.git>.

gnu: Add fxtract.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fxtract): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2016.01.09.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.01.09.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl5.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl5.

gnu: texlive: Use modify-phases syntax.

* gnu/packages/texlive.scm (texlive-bin, texlive-texmf): Use modify-phases
  syntax.

gnu: man-pages: Update to 4.04.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.04.
[source]: Add alternate location.

build: Fix out-of-tree building of documentation.

* doc.am (.dot.png, .dot.pdf, .dot.eps): Put the generated files into
  $(srcdir).

gnu: bedtools: Update to 2.25.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools): Update to 0.25.0.
[source]: Remove patch merged upstream.
[arguments]: Use 'modify-phases'.  Remove
'patch-makefile-SHELL-definition' phase.
* gnu/packages/patches/bedtools-32bit-compilation.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: bedtools: Use modify-phases.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: r: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.3.

gnu: icecat: Update to 38.5.2-gnu1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.5.2-gnu1.

gnu: ruby-2.1: Update to 2.1.8.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.1): Update to 2.1.8.

gnu: i2c-tools: Update source and home-page URLs.

* gnu/packages/linux.scm (i2c-tools)[source]: Update URL.
[home-page]: Update URL.

gnu: lm-sensors: Update source and home-page URLs.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[source]: Update URL.
[home-page]: Update URL.

gnu: nss: Update to 3.21 [fixes CVE-2015-7575].

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.21.
  [arguments]: In configure phase, setenv CC=gcc.
* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: Adapt to NSS 3.21.

build-system/python: 'pypi-uri' takes an optional file name extension.

Suggested by swedebugia <swedebugia@riseup.net>.

* guix/build-system/python.scm (pypi-uri): Add 'extension' parameter and
use it.

gnu: Add missing (gnu packages gcc) import.

* gnu/packages/bioinformatics.scm: Use (gnu packages gcc). This is
required by 'r-impute' for 'gfortran'.

gnu: xterm: Update to 322.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 322.

gnu: epiphany: Update to 3.18.2.

* gnu/packages/gnome.scm (epiphany): Update to 3.18.2.

gnu: webkitgtk: Update to 2.10.4.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.10.4.

doc: Document network-manager-service.

* doc/guix.texi (Networking Services): Document network-manager-service.

doc: Add elaborate package search example.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Add elaborate --search example
using recsel and sexes.

gnu: Add Pfff.

* gnu/packages/textutils.scm (pfff): New variable.

gnu: mpv: Remove 'samba' input.

This is a heavy-weight and uncommon feature.  See
<http://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-12/msg00701.html>.

* gnu/packages/video.scm (mpv)[inputs]: Remove 'samba'.

emacs: Display supported systems in "Package Info".

* emacs/guix-main.scm (%package-param-alist): Add 'systems'.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-insert-systems): New
  procedure.
  (guix-package-info-format): Add it.
  (guix-output-info-format): Likewise.
  (guix-package-info-titles): Add "Supported systems" title.

gnu: Add genomation.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation): New variable.

gnu: Add seqPattern.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqpattern): New variable.

gnu: Add impute.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-impute): New variable.

gnu: Add BSgenome.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-bsgenome): New variable.

gnu: Add plotly.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotly): New variable.

gnu: Add viridis.

* gnu/packages/statistics.scm (r-viridis): New variable.

gnu: Add topGO.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-topgo): New variable.

gnu: Add matrixStats.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): New variable.

gnu: Add R.rsp.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-rsp): New variable.

gnu: Add R.cache.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-cache): New variable.

gnu: Add R.utils.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): New variable.

gnu: Add R.oo.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-oo): New variable.

gnu: Add R.methodsS3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-methodss3): New variable.

gnu: Add base64enc.

* gnu/packages/statistics.scm (r-base64enc): New variable.

gnu: Add DT.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): New variable.

gnu: Add SparseM.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sparsem): New variable.

gnu: Add GO.db.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-go-db): New variable.

gnu: Add GenomicFeatures.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): New variable.

gnu: Add rtracklayer.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): New variable.

gnu: Add GenomicAlignments.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): New variable.

gnu: Add SummarizedExperiment.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): New variable.

gnu: Add Rsamtools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): New variable.

gnu: Add Biostrings.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): New variable.

gnu: Add BiocParallel.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): New variable.

gnu: Add biomaRt.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): New variable.

gnu: Add AnnotationDbi.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): New variable.

gnu: Add Biobase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biobase): New variable.

gnu: Add snow.

* gnu/packages/statistics.scm (r-snow): New variable.

gnu: Add futile.logger.

* gnu/packages/statistics.scm (r-futile-logger): New variable.

gnu: Add futile.options.

* gnu/packages/statistics.scm (r-futile-options): New variable.

gnu: Add lambda.r.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lambda-r): New variable.

gnu: Add r-xml.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): New variable.

gnu: Add RCurl.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcurl): New variable.

gnu: Add RSQLite.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): New variable.

import: Rename "cran-fetch" to "fetch-description".

* guix/import/cran.scm (cran-fetch): Rename procedure ...
(fetch-description): ... to this.

import: Add package->upstream-name procedure.

* guix/import/cran.scm (package->upstream-name): New procedure.

gnu: Add xmlstarlet.

* gnu/packages/xml.scm (xmlstarlet): New variable.

gnu: zita-convolver: Drop the '-march=native' optimization.

* gnu/packages/audio.scm (zita-convolver)[source]: Add snippet.

gnu: zita-resampler: Drop the '-march=native' optimization.

* gnu/packages/audio.scm (zita-resampler)[source]: Add snippet.

gnu: Add ruby-ansi.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ansi): New variable.

gnu: edirect: Update to 3.50.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (edirect): Update to 3.50.
[native-inputs]: Remove "unzip".

gnu: w3m: Enable SSL, disable broken protocols and ciphers.

Fixes <http://bugs.gnu.org/16791>.

* gnu/packages/patches/w3m-force-ssl_verify_server-on.patch: New file.
* gnu/packages/patches/w3m-disable-sslv2-and-sslv3.patch: New file.
* gnu/packages/patches/w3m-disable-weak-ciphers.patch: New file.
* gnu/packages/w3m.scm (w3m)[source]: Add patches.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the new files.

gnu: w3m: Update patch to use '-p1'.

* gnu/packages/patches/w3m-fix-compile.patch: Rename this file...
* gnu/packages/patches/w3m-libgc.patch: ...to this, and adjust patch
prefix level to '-p1'.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Update patch name.
* gnu/packages/w3m.scm (w3m)[source]: Update patch name.
[source]: Drop patch flag -p0.

build-system/gnu: Make 'package-with-explicit-inputs' idempotent.

* guix/build-system/gnu.scm (package-with-explicit-inputs): Use
  'ensure-keyword-arguments' instead of appending to ARGS.
* gnu/packages/commencement.scm (static-bash-for-glibc): Add missing
  #:guile argument.

utils: Add 'ensure-keyword-arguments'.

* guix/utils.scm (delkw, ensure-keyword-arguments): New procedures.
* tests/utils.scm ("ensure-keyword-arguments"): New test.

http-client: Work around <bugs.gnu.org/22273>.

* guix/http-client.scm (read-header-line): New procedure.  Use it.

gnu: guix: Update development snapshot to f888c0b.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to f888c0b.

http-client: Fix erroneous comment.

* guix/http-client.scm: Fix Guile version number in comment for Guile
commit 5a10e41.

gnu: gmsh: Update to 2.11.0.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Update to 2.11.0.
  [arguments]: Replace 'check phase.

lint: cve: Catch host name lookup errors.

* guix/scripts/lint.scm (package-vulnerabilities): Catch
'getaddrinfo-error'.

gnu: sudo: Use /var/run/sudo instead of /run/sudo.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Pass
--with-rundir=/var/run/sudo since /var/run is cleaned up at boot time on
GuixSD whereas /run is not.

services: cleanup-service: Catch 'system-error' instead of everything.

This makes sure that critical errors such as unbound-variable do not go
undetected.

* gnu/services.scm (cleanup-gexp): Introduce local 'fail-safe' macro and
use it.  Remove uses of 'false-if-exception'.

gnu: ldc: Fix license.

* gnu/packages/ldc.scm (ldc)[license]: Replace invalid use of
'license:x11-style' by LICENSE:BOOST1.0.

build: ruby: Remove cached gem after install.

The .gem file stored in GEM_HOME after install is both redundant and an
archive that stores timestamped files which makes builds
non-deterministic, so delete it after 'gem install'.

* guix/build/ruby-build-system.scm (install): Remove cached gem after
  install.

gnu: icedtea7: Rename to icedtea-7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Rename variable to...
(icedtea-7): ...this.
(icedtea): Refer to "icedtea-7".

gnu: icedtea6: Rename to icedtea-6.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6): Rename variable to...
(icedtea-6): ...this.

gnu: icedtea6, icedtea7: Rename package to "icedtea".

* gnu/packages/java.scm (icedtea6): Change package name to "icedtea".
(icedtea7): Inherit package name.

gnu: Add and use default IcedTea.

* gnu/packages/java.scm (icedtea): New variable.
(swt)[native-inputs]: Replace "icedtea6" with "icedtea".
* gnu/packages/bioinformatics.scm (htsjdk)[native-inputs]: Likewise.
(ngs-java)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[native-inputs]: Replace "icedtea7" with
"icedtea".
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rjb)[native-inputs]: Replace "icedtea7"
with "icedtea".