gnu: Add ScaLAPACK.

* gnu/packages/maths.scm (scalapack): New variable.

gnu: scotch, pt-scotch: Build esmumps libraries.

* gnu/packages/maths.scm (scotch)[arguments]: Add 'build-esmumps
  phase.  Install esmumps libraries and headers in 'install phase.
  (pt-scotch)[arguments]: Build ptesmumps in 'build phase.  Add
  make parallelism.

gnu: scotch, pt-scotch: Use modify-phases.

* gnu/packages/maths.scm (scotch, pt-scotch)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: Update scotch to 6.0.4.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): Update to 6.0.4.
  [arguments]: Add -fPIC to CFLAGS.
* gnu/packages/patches/scotch-test-threading.patch: Adjust patch for a
  new set of test fixes.
* gnu/packages/patches/pt-scotch-build-parallelism.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: openmpi: Upgrade to 1.8.5.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi): Upgrade to 1.8.5.
  [native-inputs]: Add perl.
  [arguments]: Add configure flags for thread support.

gnu: hwloc: Move numactl to inputs.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc)[propagated-inputs]: Move numactl from here...
  [inputs]: ...to here.
  [arguments]: New 'refine-libnuma' phase.

gnu: hwloc: Upgrade to 1.10.1.

* gnu/packages/patches/hwloc-gather-topology-lstopo.patch: New patch.
* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Upgrade to 1.10.1.
  [source]: Use patch.
  [propagated-inputs]: Remove libpci.
  [inputs]: Add libpciaccess.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: python-mccabe: Fix license field.

* gnu/packages/python.scm (python-mccabe)[license]: 'expat' ->
  'license:expat'.

gnu: Add python-flake8.

* gnu/packages/python.scm (python-flake8, python2-flake8): New variables.

gnu: Add python-mccabe.

* gnu/packages/python.scm (python-mccabe, python2-mccabe): New variables.

gnu: Add python-pyflakes.

* gnu/packages/python.scm (python-pyflakes, python2-pyflakes): New variables.

gnu: Add python-pep8.

* gnu/packages/python.scm (python-pep8, python2-pep8): New variables.

doc: Add 'guix environment' examples.

* doc/environment-gdb.scm: New file.
* doc.am (EXTRA_DIST): Add it.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Clarify wording of the first
  example.  Add a --ad-hoc example upfront.  Add an example for '-e', and one
  for '-l'.

gnu: withershins: Use new "libiberty" package.

* gnu/packages/code.scm (withershins)[inputs]: Replace "gcc" with "libiberty".
   [arguments]: Simplify "find-libiberty" phase.

gnu: Add libiberty.

* gnu/packages/gcc.scm (make-libiberty, libiberty): New variables.

gnu: r: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.1.
* gnu/packages/patches/r-fix-15899.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add Blast+.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): New variable.

gnu: global: Update to 6.5.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.5.

gnu: help2man: Update to 1.47.1.

* gnu/packages/man.scm (help2man): Update to 1.47.1.

gnu: parallel: Update to 20150622.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150622.

gnu: screen: Update to 4.3.1.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Update to 4.3.1.

gnu: texinfo: Add version 6.0.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-6): New variable.

gnu: gcc-4.8: Update to 4.8.5.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Update to 4.8.5.

doc: Add quote about running a monadic value.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Add funny quote about "running" a monadic
  value.

gnu: Add plink.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (plink): New variable.
* gnu/packages/patches/plink-1.07-unclobber-i.patch: New file.

gnu: synergy: Upgrade to 1.7.3.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[version]: Upgrade to 1.7.3
  [source]: Use github for source download.  Add snippet to remove
  bundled source and binaries.
  [inputs]: Add openssl.
  [arguments]: Copy example configuration files to out during 'install
  phase.

gnu: Add sfarkxtc.

* gnu/packages/compression.scm (sfarkxtc): New variable.

gnu: Add sfarklib.

* gnu/packages/compression.scm (sfarklib): New variable.

gnu: Add Guitarix.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): New variable.

gnu: ardour: Update to 4.1.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 4.1.

gnu: Add libtar.

* gnu/packages/compression.scm (libtar): New variable.

Add Claes Wallin to 'AUTHORS'.

gnu: Add pv.

 * gnu/package/pv.scm (pv): New file.
 * gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Refer to 'gcc' instead of 'gcc-4.9'.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0, cross-gcc-wrapper,
  libstdc++, gcc-final): Refer to GCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/cross-base.scm (%xgcc): New variable.
  (cross-gcc-arguments, cross-gcc): Refer to %XGCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm): Refer to GCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (package-with-relocatable-glibc,
  %gcc-static, %gcc-stripped): Likewise.

gnu: youtube-dl: Update to 2015.06.25.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2015.06.25.

gnu: Add python2-fastlmm.

* gnu/packages/python.scm (python2-fastlmm): New variable.

gnu: Add python2-pysnptools.

* gnu/packages/python.scm (python2-pysnptools): New variable.

emacs: Add 'guix-root-map'.

* emacs/guix-base.el (guix-define-buffer-type): Move common key bindings
  from here...
  (guix-root-map): ... to here.  New variable.
* emacs/guix-info.el (guix-info-mode-map): Use it.
* emacs/guix-list.el (guix-list-mode-map): Use it.
* doc/emacs.texi (Emacs Keymaps): Document it.

gnu: nettle: Disable ifunc method of library initialization.

* gnu/packages/nettle.scm (nettle)[arguments]: Add 'disable-ifunc-init-method'
  phase.

gnu: Replace versioned gfortran inputs with just "gfortran".

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Replace "gfortran-4.8" with
  "gfortran".
* gnu/packages/machine-learning.scm (randomjungle)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng, lapack, petsc, superlu)
   (superlu-dist, openblas, openspecfun, atlas)[inputs]: Likewise.
   (octave)[native-inputs]: Likewise.
   (gmsh)[propagated-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-numpy-bootstrap)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Replace "gfortran-4.9" with
  "gfortran".

gnu: Add default GCC and default gfortran.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc): New variable.
* gnu/packages/gcc.scm (gfortran): New variable.

gnu: gstreamer: Add search path specification for 'GST_PLUGIN_SYSTEM_PATH'.

This reverts commit e53fc0c8a, which add it wrongly to gst-plugins-base.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer)[native-search-paths]: New field.
  (gst-plugins-base)[native-search-paths]: Remove.

import: pypi: Detect inputs.

* guix/import/pypi.scm (python->package-name, maybe-inputs, compute-inputs,
  guess-requirements): New procedures.
* guix/import/pypi.scm (guix-hash-url): Now takes a filename instead of an
  URL as input.
* guix/import/pypi.scm (make-pypi-sexp): Now tries to generate the inputs
  automagically.
* tests/pypi.scm: Update the test.

linux-initrd: Produce cpio archives with zeroed timestamps, etc.

* guix/cpio.scm (file->cpio-header*): New procedure.
* gnu/build/linux-initrd.scm (write-cpio-archive): Add #:file->header argument
  to 'cpio:write-cpio-archive'.

linux-initrd: Populate cpio archives in a deterministic order.

* gnu/build/linux-initrd.scm (write-cpio-archive)[files]: Use 'sort' instead
  of 'reverse'.

linux-initrd: Use (guix cpio) instead of GNU cpio.

* gnu/build/linux-initrd.scm (write-cpio-archive): Remove 'open-pipe*' and
  related calls.  Compute list of files in 'files' variable.  Use
  'cpio:write-cpio-archive'.  Remove #:cpio parameter.
  (build-initrd): Remove #:cpio parameter.
* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd): Likewise, and adjust
  BUILDER accordingly.  Add (guix cpio) to #:modules.

Add (guix cpio).

* guix/cpio.scm, tests/cpio.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/cpio.scm.
  (SCM_TESTS): Add tests/cpio.scm.

tests: Move 'file=?' to (guix tests).

* tests/nar.scm (file-tree-equal?)[file=?]: Move to...
* guix/tests.scm (file=?): ... here.  New procedure.

gnu: pius: Depend on GnuPG 2.0 rather than 2.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius)[inputs]: Change GNUPG to GNUPG-2.0.

gnu: julia: Use modify-phases syntax and add return values.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[arguments]: Use modify-phases syntax for
  build phases and add missing return values.

gnu: r: Use gfortran-4.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Replace gfortran-4.8 with
  gfortran-4.9.

gnu: Add gfortran 4.9.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran-4.9): New variable.

gnu: Add hmmer.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hmmer): New variable.

gnu: screen: Install the Info manual.

* gnu/packages/screen.scm (screen)[native-inputs]: New field.

gnu: Add setBfree.

* gnu/packages/audio.scm (setbfree): New variable.

gnu: ftgl: Propagate "freetype".

* gnu/packages/gl.scm (ftgl)[inputs,propagated-inputs]: Move "freetype" from
  "inputs" to "propagated-inputs".

gnu: faust: Remove prebuilt library in snippet.

* gnu/packages/audio.scm (faust)[arguments]: Remove the phase
  'remove-prebuilt-library...
* gnu/packages/audio.scm (faust)[origin]: ...and move it here as a snippet.

gnu: star: Update to 2.4.2a.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (star): Update to 2.4.2a.

gnu: miso: Install executables.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (miso)[source]: Patch "setup.py" to use
  "setuptools" so that executables are built.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (miso)[native-inputs]: Add "python2-mock"
  and "python2-pytz".

gnu: Add idr.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.1.
  [inputs]: Remove gcc-4.9, since it is now the default compiler.
* gnu/packages/linux-libre-i686.conf, gnu/packages/linux-libre-x86_64.conf:
  Update to 4.1 configs from <https://jxself.org/git/?p=kernel-configs.git>.

gnu: Add gnome-klotski.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-klotski): New variable.

system: emacs-site-file: Use 'geiser-install to load geiser.

Suggested by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

* gnu/system.scm (emacs-site-file): Use 'geiser-install to load geiser
  instead of setting 'geiser-guile-load-path' manually.

gnu: Add gom.

* gnu/packages/gnome.scm (gom): New variable.

gnu: Add clutter-gst.

* gnu/packages/gnome.scm (clutter-gst): New variable.

gnu: Add clutter-gtk.

* gnu/packages/gnome.scm (clutter-gtk): New variable.

gnu: Add clutter.

* gnu/packages/gnome.scm (clutter): New variable.

gnu: Add cogl.

* gnu/packages/gnome.scm (cogl): New variable.

licenses: Add the SGI Free Software License B, version 2.0.

* guix/licenses.scm (sgifreeb2.0): New variable.

gnu: sipwitch: Update to 1.9.8.

* gnu/packages/telephony.scm (sipwitch): Update to 1.9.8.

gnu: commencement: Make a few variables private.

This removes ambiguity warnings when installing these packages.

* gnu/packages/commencement.scm (glibc-final, gcc-final,
  glibc-utf8-locales-final): Make private.

gnu: imagemagick: Do not retain reference to "doc" output.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick)[arguments]: Use 'modify-phases'.
  Add 'strip-configure-xml' phase.

doc: Add "Application Setup" section.

* doc/guix.texi (Application Setup): New node.

emacs: Add "edit" command to a list of packages.

* emacs/guix-base.el (guix-edit-package): New function.
* emacs/guix-list.el (guix-list-edit-package): New command.  Bind it to
  "e" key.
* emacs/guix-main.scm (package-location-string): New procedure.
* doc/emacs.texi (Emacs List buffer): Document "e" key binding.
* doc/guix.texi (Invoking guix edit): Mention "package list" buffer.

emacs: Simplify defining package ID in a list buffer.

* emacs/guix-list.el: Always retrieve 'package-id' parameter for a list
  of outputs.
  (guix-list-current-package-id): New function.

gnu: ucommon: Update to 6.3.4.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 6.3.4.

emacs: Complete 'guix size --map-file' properly.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-complete-option-arg): Complete
  file name for '-m/--map-file' option of 'guix size' command.

size: Add '--map-file' option.

* guix/scripts/size.scm (profile->page-map): New procedures.
  (show-help, %options):  Add --map-file.
  (guix-size): Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix size): Document it.
* doc/images/coreutils-size-map.png: New file.
* doc.am (dist_infoimage_DATA): Add it.

nls: Update 'eo' translation.

size: Remove unused variables.

* guix/scripts/size.scm (ensure-store-item): Remove #:dry-run? parameter.
  (%options): Remove 'dry-run?' variable.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: jemalloc: Build with gcc-4.8 on i686.

* gnu/packages/jemalloc.scm (jemalloc)[native-inputs]: When compiling natively
  on i686, add gcc-4.8.

gnu: lame: Build with gcc-4.8 on i686.

* gnu/packages/mp3.scm (lame)[native-inputs]: When compiling natively on i686,
  add gcc-4.8.

gnu: Add fasttree.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fasttree): New variable.

gnu: ffmpeg: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.7.1.

gnu: totem-pl-parser: Add gobject-introspection support.

* gnu/packages/gnome.scm (totem-pl-parser)[native-inputs]: Add
  gobject-introspection.

gnu: totem-pl-parser: Move glib, gmime, and libxml2 to propagated-inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (totem-pl-parser)[inputs]: Move glib, gmime, and
  libxml2 to ...
  [propagated-inputs]: ... here.

gnu: gsl: Fix poly test on i686.

* gnu/packages/patches/gsl-poly-test-fix-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/gsl-poly-test-fix-pt2.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/maths.scm (gsl)[source]: Add patches.

gnu: gnome-doc-utils: Add python2-libxml2 to native-inputs.

This is a followup to commit 7ce3224247d3acd559841f23d1b4b49d073b15f5.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-doc-utils)[native-inputs]: Add
  python2-libxml2.

gnu: itstool: Add python2-libxml2 to propagated-inputs.

This is a followup to commit 7ce3224247d3acd559841f23d1b4b49d073b15f5.

* gnu/packages/glib.scm (itstool)[propagated-inputs]: Add python2-libxml2.

gnu: mdadm: Add compilation fix for gcc-4.9.

* gnu/packages/patches/mdadm-gcc-4.9-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (mdadm): Add patch.

gnu: clang: Build without debugging symbols.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[arguments]: Add #:build-type.

gnu: clang: Allow 'clang' to link executables.

* gnu/packages/patches/clang-libc-search-path.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[source]: Use it.
  [inputs]: Add "gcc-lib".
  [arguments]. Add -DGCC_INSTALL_PREFIX and -DC_INCLUDE_DIRS to
  #:configure-flags.  Add #:phases argument.

gnu: clang: Add search path specifications.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[native-search-paths]: New field.

gnu: Add libstdc++ as a standalone package.

* gnu/packages/gcc.scm (make-libstdc++): New procedure.
  (libstdc++-4.9): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (libstdc++): Add TODO comment.

gnu: Add ruby 2.1.6

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.1): New variable.

gnu: Add control group file systems.

* gnu/system/file-systems.scm (%control-groups): New variable.
  (%base-file-system): Include control group file systems.

gnu: Make 'mount' interface in static Guile consistent with Guix API.

Rather than expecting a pointer, the version of 'mount' in
guile-static-stripped now takes a string for the 'options' argument, just like
the 'mount' procedure in (guix build syscalls).

* gnu/packages/patches/guile-linux-syscalls.patch (mount): Expect a string or
  #f for 'options' argument.
* gnu/build/file-systems.scm (mount-file-system): Use new 'mount' interface.

emacs: Add completions for 'edit' and 'size' commands.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-complete-command-arg):
  Complete package names for 'guix edit' and 'guix size' commands.
  (guix-pcomplete-complete-option-arg): Complete '-s/--system' option
  for 'guix size'.

gnu: unrtf: Update to 0.21.9.

* gnu/packages/unrtf.scm (unrtf): Update to 0.21.9.
  [source]: Add 'modules' and 'snippet' fields.
  [arguments]: Remove.