gnu: Rename "qtoctave" to "octave".

* gnu/packages/maths.scm (qtoctave): Define in terms of 'deprectated-package'.
(octave): New variable, formerly known as "qtoctave".

gnu: Rename "octave" to "octave-cli".

* gnu/packages/maths.scm (octave): Rename to...
(octave-cli): ...this.
[name]: Change to "octave-cli".
(qtoctave): Inherit from octave-cli.
(flann)[inputs]: Adjust accordingly.
* gnu/packages/engineering.scm (qucs)[inputs]: Likewise.
(qucs-s)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/machine-learning.scm (shogun)[inputs]: Likewise.

gnu: calibre: Update to 3.35.0.

* gnu/packages/ebooks.scm: (calibre): Update to 3.35.0.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: ingen: Fix build.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33667>.

* gnu/packages/music.scm (ingen)[arguments]: Use python-2.

gnu: qjackctl: Update 0.5.5.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.5.5.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add a C++14 variant of Boost for packages that need it.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33605> and <https://bugs.gnu.org/33610>.

* gnu/packages/boost.scm (boost-cxx14): New variable.
* gnu/packages/compression.scm (innoextract)[inputs]: Use it.
* gnu/packages/mpd.scm (ncmpcpp)[inputs]: Use it.

gnu: guix: Update to 6ddc63e599a26c.

This fixes a problem introduced with commit
6eac835f178c0c78637b0db8a4585a617b2f7622.  Reported on the #guix IRC channel
by tune.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 6ddc63e599a26c.

guix system: Fix bootloader config file generation by 'guix system roll-back'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33623>.
Reported by Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>.

Regression introduced in commit
46c296dcc4817f15a4b4ef7e5ef622306b4db62e.

* guix/scripts/system.scm (reinstall-bootloader): Add call to
'lower-object'.

maint: update-guix-package: Really register GC roots.

Previously we'd pass a relative file name to 'add-indirect-root', which
the daemon would interpret as relative to "/".  Consequently, checkouts
were not protected from GC.

* build-aux/update-guix-package.scm (main): Pass an absolute file name
to 'add-indirect-root'.

describe: In 'channels' format, quote the channel name.

Fixes a regression introduced in
commit 8548f995494d8d6358e6a8d7bc3b3bb5a0cbecb5.

* guix/scripts/describe.scm (channel->sexp): Quote the channel name.

gnu: emacs-exwm: Update to 0.21.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm): Update to 0.21.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: Add r-fmsb.

* gnu/packages/cran.scm (r-fmsb): New variable.

gnu: guix-daemon: Add dependency on Guile-JSON.

Fixes a bug introduced in 6776af04d4b65c5a9a07784307a6abe395b6f480,
where the configure phase of 'guix-daemon' would abort due to the lack
of Guile-JSON.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[inputs]: Add
GUILE-JSON.

Merge branch 'version-0.16.0'

gnu: linux-libre: Update to 4.19.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.19.7.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.86.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.86.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.143.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.143.

gnu: QEMU: Fix CVE-2018-16847 and CVE-2018-16867.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2018-16847.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2018-16867.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[source]: Use them.

tests: elogind: Adjust to elogind output change.

This is a follow-up to commit 4163f2467bce1a6123f0da1c49e88751d93e634b.

* gnu/tests/desktop.scm (run-elogind-test): s|/dev/tty1/tty1.

gnu: elogind: Update to 239.2.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 239.2.
[source](patches): Remove elogind-glibc-2.27.patch.
[source](snippet): Remove snippet.
[arguments]:
<#:tests?>: Enable tests.
<#:configure-flags>: Adjust build paths. Disable some tests.
<#:make-flags>: Remove argument.
<#:phases>[patch-locale-header]: Remove phase.
<#:phases>[clean-runpath]: Add phase.
<#:phases>[bootstrap]: Remove phase.
<#:phases>[fix-pkttyagent-path]: Add phase.
<#:phases>[fix-service-file]: Remove phase.
<#:phases>[add-libcap-to-search-path]: Remove phase.
<#:phases>[remove-uaccess-tag]: Remove phase.
<#:phases>[change-pid-file-path]: Add phase.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[native-inputs]: Sort native-inputs list.
Remove gperf package version constraint.
Remove: autoconf, automake, libtool, intltool.
Add: docbook-xml-4.2.
[inputs]: Remove: linux-libre-headers.
* gnu/packages/patches/elogind-glibc-2.27.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch file.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: elogind: Use git-fetch.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind)[source]: Use git-fetch.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: efivar: Update to 37.

* gnu/packages/linux.scm (efivar): Update to 37.

gnu: arc-theme: Update to 20181022 and fix build.

* gnu/packages/gnome.scm (arc-theme)[version]: Update to 20181022.
[source]: Use new fork, change to git-fetch.
[inputs]: Remove and move gtk+ to native-inputs.
[native-inputs]: Add gtk+, glib:bin, gnome-shell, inkscape, optipng and sassc.
[home-page]: Adapt to new fork.
[license]: Fix to GPL 3 or later (gpl3+).

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: sassc: Fix build.

* gnu/packages/web.scm (sassc)[arguments]: Delete bootstrap phase; let
phase end on boolean.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

vm: Add padding in the ISO image.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33639>.
Thanks to Ricardo Wurmus and Thomas Schmitt for their suggestions!

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Pass "-padding 10m" to
xorriso.

gnu: ldb: Fix build on 32-bit systems.

* gnu/packages/samba.scm (ldb)[inputs]: Only add LMDB on 64-bit systems.
[arguments]: Make #:tests? conditional on LMDB availability.

gnu: nginx: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.14.2.

Revert "doc: Fix typo"

The use of 'effect' here is actually correct!

This reverts commit 214e55fa87e636bf686ab8b64e9811870e61d22a.

gnu: ruby-json-pure: Fix build.

The version of test-unit used is greater than one of the gemspec files was
specifying. It was already being changed in two places, so this commit changes
the json-java.gemspec file as well.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-json-pure)[arguments]: Add new
fix-json-java.gemspec phase.

gnu: capnproto: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/serialization.scm (capnproto): Update to 0.7.0.
[arguments]: Add new 'use-tmp-for-tempory-files phase.

gnu: mash: Use C++ 14.

I'm looking to upgrade capnproto, and mash fails to build with 0.7. Therefore,
tweak the compilation to allow it to build with 0.7. The package also builds
with the current version of capnproto. I got the idea of changing the c++
version from here [1].

1: https://github.com/marbl/Mash/issues/98

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mash)[arguments]: Add new use-c++14 phase.

gnu: Syncthing: Update to 0.14.54.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 0.14.54.

gnu: filezilla: Update to 3.39.0.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.39.0.

gnu: libfilezilla: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.15.1.
[inputs]: Add nettle.

gnu: balsa: Update to 2.5.6.

* gnu/packages/mail.scm (balsa): Update to 2.5.6.
[source]: Update URI.

gnu: pdfgrep: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/pdf.scm (pdfgrep): Update to 2.1.2.

doc: Fix typo

 * doc/guix.texi (Invoking guix system): Fix typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: eyeD3: Update to 0.8.8.

* gnu/packages/mp3.scm (eyed3): Update to 0.8.8.

gnu: guix: Update to c845323.

gnu: guix: Update to 0.16.0.

guix-install.sh: Use the "ci.guix.info.pub" file name for clarity.

* etc/guix-install.sh (sys_authorize_build_farms): Use the
"ci.guix.info.pub" file name rather "berlin.guixsd.org.pub".

services: guix-daemon: Fix authorization of multiple keys.

Previously, the 'unless (file-exists? "/etc/guix/acl")' guard would mean
that only the first key in the list would get registered since were were
generating one registration snippet per key.  This fixes that.

* gnu/services/base.scm (hydra-key-authorization): Change to be a
'for-each' loop iterating on #$KEYS.

gnu: beets: Make it compatible with Python 3.7.

* gnu/packages/music.scm (beets)[arguments]<#:phases>
[make-python3.7-compatible]: New phase.

gnu: khal: Disable another test.

Normally we shouldn't disable tests just because they fail.  However,
since the recent glibc update, it's not possible to keep using an old
khal, because khal requires locales to be set up properly.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[arguments]: Disable a failing test.

gnu: sbcl-stumpwm: Drop ECL lisp support and rename to 'stumpwm'.

StumpWM version 1.0.0 was the last version to support lisps other than SBCL.
This patch renames the current version of Stumpwm to simply 'stumpwm' instead
of 'sbcl-stumpwm' since it's redundant, and removes the unmaintained
'ecl-stumpwm' package.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-stumpwm): Deprecate in favor of 'stumpwm'.
[name]: Rename to 'stumpwm'.
[arguments]: Set '#:asd-system-name' to 'stumpwm'.
[properties]: Replace ecl-variant with cl-source-variant.
(ecl-stumpwm): Remove variable.
(cl-stumpwm): Replace 'sbcl-stumpwm' with 'stumpwm' and adapt.
(sbcl-stumpwm+slynk): Deprecate in favor of 'stumpwm+slynk'.
[name]: Rename to 'stumpwm-with-slynk'.
[inherit, inputs, arguments]: Replace 'sbcl-stumpwm' with 'stumpwm'.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: go-github-com-client-golang-prometheus: Update to 0.9.1-0.7e9098b.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-client-golang-prometheus):
Update to 0.9.1-0.7e9098b.
[arguments]: Skip the test suite.

gnu: go-github-com-syncthing-notify: Update to 0.0.0-3.116c45b.

* gnu/packages/syncthing (go-github-com-syncthing-notify): Update to 0.0.0-3.116c45b.

gnu: Syncthing: Update to 0.14.53.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 0.14.53.
[source]: Use bundled libraries.
[inputs]: Remove field.
[arguments]: Simplify the 'build' phase.

gnu: Add python-xmltodict.

* gnu/packages/xml.scm (python-xmltodict): New variable.

gnu: sbcl-next: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (sbcl-next): Update to 1.1.0.

gnu: next-gtk-webkit: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (next-gtk-webkit): Update to 1.1.0.

Update NEWS.

maint: update-NEWS: Don't produce full package lists.

The lists of new and upgraded packages in 'NEWS' had become way too long
and redundant with what 'guix pull' reports.

* build-aux/update-NEWS.scm (write-packages-added): Don't print ADDED.
(write-packages-updates)[important, table, latest, noteworthy]: New
variables.
Print NOTEWORTHY rather than all of UPGRADED.
(main): Print PREVIOUS-VERSION and NEW-VERSION.

Update NEWS.

doc: Update "Limitations".

* doc/guix.texi (Limitations): Update package count.

gnu: quilt: Use shorter file names for patches.

We were reaching the 99-character limit of POSIX tar.

* gnu/packages/patches/quilt-compat-getopt-fix-option-with-nondigit-param.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/quilt-getopt-nondigit-param.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/quilt-compat-getopt-fix-second-separator.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/quilt-getopt-second-separator.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/patchutils.scm (quilt)[source](patches): Likewise.

gnu: mongo-tools: Fix build.

I guess this broke when upgrading go. I did try upgrading to the later patch
and minor releases, but they had similar problems, so lets upgrade separately.

* gnu/packages/databases.scm (mongo-tools)[arguments]: Add patch-source phase.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.14.1 [fixes CVE-2018-19608].

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.14.1.

gnu: samba.scm: Sort module imports.

* gnu/packages/samba.scm (gnu): Sort imports.

gnu: ldb: Update to 1.4.3.

* gnu/packages/samba.scm (ldb): Update to 1.4.3.
[inputs]: Add LMDB.

gnu: samba: Update to 4.9.3.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.9.3.
[inputs]: Add GPGME, JANSSON, LIBARCHIVE and LMDB.

gnu: re2: Update to 2018-12-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2018-12-01.

gnu: re2: Download sources from git.

* gnu/packages/regex.scm (re2)[source]: Change to GIT-FETCH.

gnu: python-django: Update to 1.11.17.

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.17.

gnu: go-gopkg.in-tomb.v2: Fix build.

Looks like this test isn't compiling with newer versions of go, so fix it to
get the package building again.

* gnu/packages/golang.scm (go-gopkg.in-tomb.v2)[arguments]: Add new
patch-source phase.

tests: Increase root partitions size to 1.2G.

The system closure has grown slightly above 1GiB so adjust accordingly.

* gnu/tests/install.scm (%simple-installation-script): Increase vdb2 size of
1.2G,
(%extlinux-gpt-installation-script); ditto
(%simple-installation-script-for-/dev/vda): ditto,
(%separate-store-installation-script): ditto for vdb3,
(%encrypted-root-installation-script): ditto.

gnu: Add apertium.

* gnu/packages/dictionaries.scm (apertium): New variable.

gnu: Add lttoolbox.

* gnu/packages/dictionaries.scm (lttoolbox): New variable.

gnu: dictionaries: Use license prefix.

* gnu/packages/dictionaries.scm: Import (guix licenses) with license:
prefix. Fix all license fields.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.5.
[inputs]: Replace snakemake-4 with snakemake.

doc: Update substitute server.

Fixes an accidental revert in commit
0a5fa004f7f21dc3e01747b8e94fbb21e056e4ca.

* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): Really change to ci.guix.info.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.1.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.1.

gnu: emacs-irony-mode: Fetch source using git.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-irony-mode)[source]: Rewrite in terms of GIT-FETCH.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: enlightenment: Use absolute path to 'edje_cc'.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[arguments]: In
'set-system-actions', set absolute file name to 'edje_cc'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: fenics: Skip extra demo in 'check' phase.

* gnu/packages/simulation.scm (fenics)[arguments]: Add 'curl-curl'
demo to list of demos that require meshes supplied by git-lfs.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: petsc-openmpi: Configure with support for HYPRE preconditioner.

* gnu/packages/maths.scm (petsc-openmpi)[inputs]: Add hypre-openmpi.
[arguments]: Add 'with-hypre=1' flag.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

grafts: Mark as non substitutable.

* guix/grafts.scm (graft-derivation/shallow): Pass #:substitutable? to
'build-expression->derivation'.

refresh: '--list-dependents' ignores deprecated packages.

* guix/scripts/refresh.scm (all-packages): Filter out deprecated packages.

build: Default to https://ci.guix.info for substitutes.

* config-daemon.ac (guix_substitute_urls): Always default to
"https://ci.guix.info".
* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): Switch to ci.guix.info.
* guix/scripts/build.scm (%default-log-urls): Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm (%default-substitute-urls): Likewise.
* guix/store.scm (%default-substitute-urls): Likewise.

Remove most references to hydra.gnu.org.

* Makefile.am (assert-binaries-available): Don't mention hydra.gnu.org
in comment.
* build-aux/check-available-binaries.scm: Likewise.
* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm: Likewise.
* doc/guix.texi (SUBSTITUTE-SERVER): New variable.
Use it throughout instead of "mirror.hydra.gnu.org".
* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Likewise.
* gnu/services/base.scm (hydra-key-authorization)
(guix-activation): Remove mentions of "hydra.gnu.org" in comments and
messages.
* gnu/system/install.scm (%installation-services): Likewise.
* guix/scripts/size.scm (guix-size): Likewise.

etc: Add "ci.guix.info.pub" public key file.

* etc/substitutes/ci.guix.info.pub: New file.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Add it.
* guix/self.scm (miscellaneous-files): Add
"share/guix/ci.guix.info.pub".

gnu: dolphin-emu: Update to commit 2c57e70.

* gnu/packages/emulators.scm (dolphin-emu): Update to commit 2c57e70.

services: ddclient: Fix unrecognized keywords.

This patch fixes warnings about unrecognized keywords in logs.

* gnu/services/dns.scm (serialize-field): Skip some field names.

gnu: Beets: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.7.

gnu: python-unidecode: Update to 1.0.23.

* gnu/packages/python.scm (python-unidecode, python2-unidecode): Update to
1.0.23.

gnu: Beets: Fix compatibility with Python 3.7.

* gnu/packages/patches/beets-python-3.7-fix.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
*  gnu/packages/music.scm (beets)[source]: Use it.

gnu: Add hnsd.

Thank you, Handshake!

* gnu/packages/dns.scm (hnsd): New variable.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: python-cryptography: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.4.2.

gnu: python-statsmodels: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/statistics.scm (python-statsmodels): Update to 0.9.0.
[arguments]: Remove obsolete workaround.

gnu: python-scikit-learn: Update source hash.

The upstream git tag moved from 6ccb5e44b188059e9b7459ac02ec97e32a9ab7ba to
55bf5d93e5674f13a1134d93a11fd0cd11aabcd1 two days later...

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn)[source](sha256):
Update for upstream tag change.

gnu: python-scikit-image: Propagate six and numpy.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-image)[native-inputs]: Move
PYTHON-NUMPY and PYTHON-SIX ...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: python-scikit-image: Update to 0.14.1.

Also add explicit Python2 variants for its dependency closure.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-image): Update to 0.14.1.
[source](uri): Use PYPI-URI.
[propagated-inputs]: Add PYTHON-CLOUDPICKLE, PYTHON-DASK, PYTHON-MATPLOTLIB
and PYTHON-PYWAVELETS.
(python2-toolz, python2-cloudpickle, python2-locket, python2-blosc,
python2-partd, python2-dask): New public variables.

gnu: python-dask: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/python.scm (python-dask): Update to 1.0.0.
[arguments]: Disable one test for Python2, and override 'check' phase.

gnu: python-cloudpickle: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/python.scm (python-cloudpickle): Update to 0.6.1.

gnu: Add python-pywavelets.

* gnu/packages/python.scm (python-pywavelets, python2-pywavelets): New public
variables.

gnu: kicad: Fix build with Boost >= 1.68.

* gnu/packages/engineering.scm (kicad)[arguments]: Add phase 'adjust-boost-include'.

gnu: python-greenlet: Update to 0.4.15.

* gnu/packages/python.scm (python-greenlet): Update to 0.4.15.

gnu: python-geventhttpclient: Fix test failure.

* gnu/packages/python-web.scm (python-geventhttpclient)[arguments]: Add
"--import-mode=append" to pytest invokation.

doc: Remove footnotes about guile-json requirements.

Follow-up to 6efccabe4e2e3ea1bd14cd0e81bdb83d5f6baaea.

* doc/guix.texi (Invoking guix import)[pypi, gem, cpan, json]: Remove
footnotes mentioning requirement for Guile-JSON.