gnu: netcdf: Enable HDF4 support.

* gnu/packages/maths.scm (netcdf)[inputs]: Add hdf4-alt and libjpeg.
  [arguments]: Add "--enable-hdf4" configure flag.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: notmuch: Update to 0.23.4.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch, python-notmuch, python2-notmuch): Update to
0.23.4.

gnu: moreutils: Update to 5.9.

* gnu/packages/moreutils.scm (moreutils): Update to 5.9.
[source]: Update the fall-back Debian snapshot URL.
[inputs]: Move docbook-xml, docbook-xsl, libxml2, and libxslt from here...
[native-inputs]: ...to this new variable.
[arguments]: Delete the configure phase altogether.  Set the DOCBOOKXSL path
in #:make-flags instead.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: yadifa: Explicitly enable DNSSEC & caching.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa)[arguments]: Add configure flags to
consistently enable the ‘nsec’, ‘nsec3’, ‘tsig’, and ‘caching’ features.

gnu: yadifa: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa): Update to 2.2.3.
[version, source]: Remove monotonic revision number from the version
string.  Use it only to reconstruct the download URL.

gnu: minetest: Update to 0.4.15.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data, minetest): Update to 0.4.15.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.9.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.9.

gnu: gnurl: Split man pages to doc output.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl)[arguments]: Add 'move-man3-pages' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gnurl: Make tests more verbose.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl)[arguments]: Replace the 'check' phase.
Move the 'disable-test1026' and 'patch-runtests' phases into 'check' phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: gnurl: Update to 7.52.1 [fixes CVE-2016-{9586, 9952, 9953, 9594}].

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.52.1.
[arguments]: Add 'autoconf' and 'disable-test1026' phases.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add asunder.

* gnu/packages/cdrom.scm (asunder): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dnscrypt-proxy: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/dns.scm (dnscrypt-proxy): Update to 1.8.1.

gnu: curl: Update replacement to 7.52.1 [fixes CVE-2016-{9586,9594}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.52.1.
[home-page]: Use HTTPS.
(curl-7.51.0): Replace with ...
(curl-7.52.1): ... this.

gnu: Add wwwoffle.

* gnu/packages/web.scm (wwwoffle): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-hdf4.

* gnu/packages/python.scm (python-hdf4, python2-hdf4): New variables.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: qsyncthingtray: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/sync.scm (qsyncthingtray): Update to 0.5.7.

gnu: xonsh: Fix description.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh)[description]: Two spaces after a period.

gnu: qtimageformats: Add jasper support.

* gnu/packages/qt.scm (qtimageformats)[inputs]: Add jasper.

gnu: xonsh: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.5.0.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: gnupg: Fix build on 32-bit architectures.

* gnu/packages/patches/gnupg-test-segfault-on-32bit-arch.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[source]: Use it.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/python.scm (python-scikit-learn): Update to 0.18.1.
[arguments]: Remove special "check" phase.
[native-inputs]: Add python-cython.

gnu: shotwell: Update to 0.25.2.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.25.2.

gnu: gcc: Update to 6.3.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc): Update to 6.3.0.

gnu: abcde: Add flac support.

* gnu/packages/cdrom.scm (abcde)[inputs]: Add flac.
[arguments]: Wrap the bunary with flac's bin dir also.

guix build: '--with-source' overrides the 'replacement' of a package.

* guix/scripts/build.scm (package-with-source): Set 'replacement' to #f.
* tests/scripts-build.scm ("options->transformation, with-source,
replacement"): New test.

Merge branch 'version-0.12.0'

gnu: Fix typo in comment.

* gnu/services/sddm.scm: Fix typo.

gnu: qemu: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.8.0.
[source]: Remove patches.
[arguments]: Set host_cc during 'configure.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8576.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8577.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-8577.patch: Remove files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: coq: Build coqide

* gnu/packages/ocaml.scm (coq): Build coqide.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lablgtk: use ocamlfind in installation

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk): Use ocamlfind in installation.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lablgtk: Update to 2.18.5

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk): Update to 2.18.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Revert "gnu: curl: Update replacement to 7.52.0 [fixes CVE-2016-{9586,9952,9953}]."

The curl maintainers said this about 7.52.0:

"Attention! We will release a patch update within a few days to fix a
serious security problem found in curl 7.52.0. You may consider holding
off until then."

This message was displayed at <https://curl.haxx.se/download.html> on
2016-12-21.

This reverts commit 42366b35c3f9f8dc8b059d3369b8196a4b832c18.

gnu: mlt: Update to 6.4.1.

* gnu/packages/video.scm (mlt): Update to 6.4.1.

gnu: jsoncpp: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.8.0.

gnu: xf86-video-vmware: Update to 13.2.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware): Update to 13.2.1.
[native-inputs]: Add eudev.

gnu: xcb-util-xrm: Update to 1.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xcb-util-xrm): Update to 1.2.

gnu: xcape: Update to 1.2.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xcape): Update to 1.2.

gnu: curl: Update replacement to 7.52.0 [fixes CVE-2016-{9586,9952,9953}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.52.0.
(curl-7.51.0): Replace with ...
(curl-7.52.0): ... this.

gnu: guix: Really skip "pivot-root" test.

This is a followup to fe9bdb581e6c4a62795f4ced6f4a5a8eab1a34e4 (which
introduced 'test-equal' for the "pivot-root" test) and to
198eac2bca075d0e71e504f1e8c46fddc62171bb (which updated the regexps for
skipped tests.)

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.12.0)[arguments]: In
'disable-container-tests' phase, add "test-equal" to the regexp, so that
"pivot-root" is really skipped.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to b291b327.

gnu: linux-libre: Avoid invalid "kconfig" input on armhf and mips64el.

This fixes a bug whereby:

  guix build linux-libre -s armhf-linux

would fail with:

  guix build: error: gnu/packages/linux.scm:231:2: package `linux-libre-4.8.15' has an invalid input: ("kconfig" #f)

This led 'tests/guix-system.sh' to fail.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Never add #f
as a "kconfig" input.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.7-0.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.7-0.

gnu: nmap: Update to 7.40.

* gnu/packages/admin.scm (nmap): Update to 7.40.

gnu: linux-libre: Avoid invalid "kconfig" input on armhf and mips64el.

This fixes a bug whereby:

  guix build linux-libre -s armhf-linux

would fail with:

  guix build: error: gnu/packages/linux.scm:231:2: package `linux-libre-4.8.15' has an invalid input: ("kconfig" #f)

This led 'tests/guix-system.sh' to fail.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Never add #f
as a "kconfig" input.

gnu: msmtp: Update to 1.6.6.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.6.6.

gnu: getmail: Update to 4.52.0.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 4.52.0.

gnu: bogofilter: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mail.scm (bogofilter)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mutt: Update to 1.7.2.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.7.2.

gnu: mailutils: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: mailutils: Update to 3.1.1.

* gnu/packages/mail.scm (mailutils): Update to 3.1.1.
[inputs]: Build with current readline.
[arguments]: Set sysconfdir as /etc.
[home-page]: Use https.

gnu: gnupg: Remove unneeded input.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[inputs]: Remove adns.

gnu: borg: Update to 1.0.9.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.0.9.
[arguments]: Run the check phase in its own directory. Skip the test
'test_get_security_dir'.

gnu: nss: Add comment about test failures in NSS 3.27.2

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Add comment.

Revert "gnu: nss, nss-certs: Update to 3.27.2."

This reverts commit 7ab3ea426640e4e7ae798a8f72b3c90b383cb824.

import: github: Use 'json-fetch'.

* guix/import/github.scm (json-fetch*): Remove.
(latest-released-version): Adjust accordingly.

environment: Add '--root' option.

* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add --root.
(register-gc-root): New procedure.
(guix-environment): Call 'register-gc-root' when OPTS has a 'gc-root'
option.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.
* tests/guix-environment.sh: Add tests.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to c8e2219c.
(guix): Set to GUIX-DEVEL.

gnu: guix: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.11.0): Rename to...
(guix-0.12.0): ... this.  Adjust users.
(guix): Set to GUIX-0.12.0.

gnu: Add alsa-plugins.

* gnu/packages/linux.scm (alsa-plugins): New variable.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

mailmap: Add alias for Marius Bakke.

* .mailmap: Map m.bakke@warwick.ac.uk to current address.

gnu: gnupg: Update to 2.1.17.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.17.

build: Delete all the .service and .conf files upon 'make clean'.

* nix/local.mk (CLEANFILES): Define to add $(nodist_systemdservice_DATA)
and $(nodist_upstartjob_DATA).

build: Delete all the .service and .conf files upon 'make clean'.

* nix/local.mk (CLEANFILES): Define to add $(nodist_systemdservice_DATA)
and $(nodist_upstartjob_DATA).

import: pypi: Match new 'pypi-uri' domain in updater.

* guix/import/pypi.scm (pypi-package?): Match pypi.io domain.

doc: Replace fingerprint of OpenPGP signing key.

* doc/guix.texi (OPENPGP-SIGNING-KEY-ID): Update to Ricardo's key for
the 0.12.0 release.

build: Bump version number.

* configure.ac: Change version to 0.12.0.

Update NEWS.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: cuirass: Add Cuirass to the system profile.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-service-type): Extend
PROFILE-SERVICE-TYPE.

services: cuirass: Add 'cuirass' field.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cuirass]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

gnu: cuirass: Make sure 'cuirass' has 'evaluate' in $PATH.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Add OUT/bin to 'PATH'.

services: cuirass: Create the database directory.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-activation): Create the database
directory for CONFIG.

gnu: Fix load-extension path in packaging of guile-ncurses.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses) [arguments]: Install shared object before
attempting to build the package.  Patch load-extension path before building instead
of after.

gnu: argon2: Update to 20161029.

* gnu/packages/password-utils.scm (argon2): Update to 20161029.

gnu: cppcheck: Update to 1.76.1.

* gnu/packages/check.scm (cppcheck): Update to 1.76.1.

gnu: hunspell: Add missing perl dependency.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell)[inputs]: Add perl dependency
for ispellaff2myspell.

gnu: hunspell: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell): Update to 1.5.4.
[source]: Add a file-name.

gnu: Add Ancient Greek Aspell dictionary.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-grc): New variable.

gnu: aspell-dictionary: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dictionary)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: weechat: Use new xz-compressed tarball.

* gnu/packages/irc.scm (weechat)[source]: Use ‘.tar.xz’ source.

gnu: cutadapt: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt)[arguments]: Use
‘modify-phases’.

gnu: enlightenment: Update to 0.21.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.5.

gnu: tor: Update to 0.2.9.8.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.9.8.

services: guix: Add 'log-file' configuration option.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[log-file]: New field.
(guix-shepherd-service): Pass #:log-file to 'make-forkexec-constructor'.
* gnu/services/admin.scm (simple-rotation-config): Take a list of
files and join them with commas.
(%default-rotations): Add /var/log/guix-daemon.log.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

services: guix: Remove dependency on lsh.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[lsh]: Remove.
(guix-shepherd-service): Remove lsh from 'PATH'.
* doc/guix.texi (Base Services): Adjust accordingly.

services: cuirass: Cache defaults to /var/cache/cuirass.

The previous default value depended on the 'HOME' environment variable,
which happened to be unset.  Thus, /.cache was being used.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[cache-directory]:
Change default value to "/var/cache/cuirass".
(cuirass-shepherd-service): Always pass "--cache-directory".
(cuirass-activation): New procedure.
(cuirass-service-type): Use it as an extension to
ACTIVATION-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Adjust accordingly.

services: cuirass: Honor 'user' and 'group'.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-shepherd-service): Pass the user and
group of CONFIG to 'make-forkexec-constructor'.

services: cuirass: Add 'log-file' option.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[log-file]: New
field.
(cuirass-shepherd-service): Pass it to 'make-forkexec-constructor'.

gnu: cuirass: Add Git to 'PATH'.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: In 'wrap-program' phase, add
Git to 'PATH'.
[inputs]: Add GIT.

gnu: utox: Fix description.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Fix description.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: utox: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update to 0.11.0.
[source]: Update source uri to new group namespace on github.
[build-system]: Change to cmake-build-system.
[arguments]: Remove previous content and disable tests,
add two new phases.
[inputs]: Remove libtoxcore, add c-toxcore.
[native-inputs]: Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add c-toxcore.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

install: The list of services is now a plain list.

* gnu/system/install.scm (installation-services): Rename to...
(%installation-services): ... this.  Turn into a list instead of a thunk.

gnu: Add grub-efi.

* gnu/packages/grub.scm (grub-efi): New variable.

Revert "gnu: grub: Add dependency on efibootmgr."

This reverts commit 3eee16130d858ae96510ec1c7d38d31290de2699.

Reverted in favor of separate grub-efi package. See discussion at
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-12/msg00765.html .

gnu: grub: Use qemu-minimal for tests.

* gnu/packages/grub.scm (qemu-for-tests): Remove variable.
(grub)[native-inputs]: Replace QEMU-FOR-TESTS with QEMU-MINIMAL.

gnu: linux-libre: Fix typo.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-hash): Remove excess quote.

gnu: cutadapt: Update to 1.12.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.12.
[inputs]: Add python-xopen.

gnu: Add python-xopen.

* gnu/packages/python.scm (python-xopen, python2-xopen): New variables.

gnu: linux-libre: Update to 4.8.15.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.8.15.

Revert "gnu: linux-libre: Update to 4.9."

This reverts commit 5a3849443ac8bdcffea0376b3c7efa30688c10bb.

Module loading is broken on i686 with some configurations, including our
default configuration.  See <https://bugs.gnu.org/25231>.