gnu: graphicsmagick: Fix CVE-2017-{11403,14103}.

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/graphicsmagick-CVE-2017-11403+CVE-2017-14103.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: Add cpputest.

* gnu/packages/check.scm (cpputest): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add stgit.

* gnu/packages/version-control.scm (stgit): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mpv: Update to 0.27.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.27.0.

gnu: Add godot.

* gnu/packages/game-development.scm (godot): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sudo: Update to 1.8.21p2.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.21p2.

gnu: Add John the Ripper.

* gnu/packages/password-utils.scm (john-the-ripper-jumbo): New variable.

gnu: Add os-prober.

* gnu/packages/bootloaders.scm (os-prober): New variable.

uuid: Move tests to 'tests/uuid.scm'.

* tests/file-systems.scm ("uuid->string", "string->uuid")
("uuid", "uuid, syntax error"): Move to...
* tests/uuid.scm: ... here.  New file.
("uuid, ISO-9660, format preserved"): New test.

uuid: Adjust tests.

This is a followup to 9b336338cdc0e46a3bf7a2913c2f61cd2410c4d6.

* tests/file-systems.scm ("uuid"): Add call to 'uuid-bytevector'.
("uuid, syntax error"): Add 'dce to the expected form.

import: cpan: Adjust expected license in tests.

This is a followup to 01ef804d69b2e57dd7b1d3d13e66e3f67e7c548a.

* tests/cpan.scm ("cpan->guix-package"): Expect 'perl-license'.

gnu: Add ikiwiki.

* gnu/packages/web.scm (ikiwiki): New variable.

gnu: Add perl-cgi-session.

* gnu/packages/web.scm (perl-cgi-session): New variable.

gnu: Add perl-yaml-libyaml.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml-libyaml): New variable.

gnu: Add perl-html-scrubber.

* gnu/packages/web.scm (perl-html-scrubber): New variable.

gnu: Add perl-test-eol.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-eol): New variable.

gnu: Add perl-test-notabs.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-notabs): New variable.

gnu: Add perl-test-memory-cycle.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-memory-cycle): New variable.

gnu: Add perl-devel-cycle.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-cycle): New variable.

gnu: Add perl-test-cpan-meta.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-cpan-meta): New variable.

gnu: Add perl-test-cpan-meta-json.

* gnu/packages/perl.scm (perl-test-cpan-meta-json): New variable.

gnu: Add perl-text-markdown-discount.

* gnu/packages/markdown.scm (perl-text-markdown-discount): New variable.
* gnu/packages/patches/perl-text-markdown-discount-use-system-markdown.patch:
  New file.

gnu: Add discount.

This is required by perl-text-markdown-discount, which is required by ikiwiki.

* gnu/packages/markdown.scm (discount) New variable.

gnu: linux-libre@4.9: Fix hash.

The linux-libre-4.9.49 tarball on the distribution site was repacked using a
non-deterministic process, thus changing the tarball hash, although the
contents of the files in the tarball were not changed.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update hash.

gnu: linux-libre: Fix CVE-2017-1000251.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre, linux-libre-4.9)
(linux-libre-4.4, linux-libre-arm-generic): Add patch.

gnu: cuirrass: Default port to 8081.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>): Default port to 8081.
  Fixes conflict with guix-publish default.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Update.

doc: Fix typo in cuirrass config example.

* doc/guix.texi (Continuous Integration): Add missing quote in example spec.

gnu: xorriso: Update to 1.4.8.

* gnu/packages/cdrom.scm (xorriso): Update to 1.4.8.

gnu: bluez: Add replacement to fix CVE-2017-1000250.

* gnu/packages/patches/bluez-CVE-2017-1000250.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/linux.scm (bluez)[replacement]: New field.
(bluez/fixed): New variable.

gnu: gcc@7: Update description.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@7)[description]: Remove Java from the list
of supported languages.

gnu: isl: Update to 0.18.

* gnu/packages/gcc.scm (isl): Update to 0.18.
(isl-0.11): New variable.
(gcc@4.8, cloog)[inputs]: Use isl-0.11.

gnu: gcc: Clean up inputs.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@4.7)[inputs]: Remove isl, cloog.
(gcc@4.8)[inputs]: Add isl, cloog.
(gcc@6)[inputs]: Remove cloog.

gnu: gcc@4.9: Inherit from gcc@4.8.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc@4.9)[inherit]: Inherit from gcc@4.8.
[supported-systems]: Remove field.

gnu: awscli: Update to 1.11.151.

* gnu/packages/python.scm (awscli): Update to 1.11.151.

gnu: python-s3transfer: Update to 0.1.11.

* gnu/packages/python.scm (python-s3transfer): Update to 0.1.11.

gnu: python-botocore: Update to 1.7.9.

* gnu/packages/python.scm (python-botocore): Update to 1.7.9.

import: cpan: Replace '(package-license perl) with 'perl-license.

The perl-license definition is intended to avoid circular dependencies, so
use this as a default when importing packages from CPAN.

* guix/import/cpan.scm (string->license): Replace '(package-license perl) with
  'perl-license.

gnu: Update signing-party.

Also add more inputs to make the caff program run. I haven't successfully used
it yet though.

* gnu/packages/gnupg.scm (signing-party)[version]: Update to 2.6.
  [source]: Update origin sha256.
  [native-inputs]: Add autoconf and automake.
  [inputs]: Add perl-text-template, perl-mime-tools, perl-gnupg-interface and
  perl-net-idn-encode as these are required by caff. Also add libmd as this is
  required by TODO.
  [arguments]: Add the change-directory and wrap-programs phase, and fix a
  regex and Makefile path in the configure phase.

gnu: Add libmd.

* gnu/packages/crypto.scm (libmd): New variable.

gnu: Add perl-gnupg-interface.

* gnu/packages/gnupg.scm (perl-gnupg-interface): New variable.

gnu: Add perl-text-template.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-template): New variable.

gnu: Add perl-net-idn-encode.

* gnu/packages/perl.scm (perl-net-idn-encode): New variable.

gnu: Add perl-mime-tools.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mime-tools): New variable.

gnu: Add perl-mailtools.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mailtools): New variable.

gnu: Add perl-convert-binhex.

* gnu/packages/perl.scm (perl-convert-binhex): New variable.

gnu: Add perl-moox-late.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moox-late): New variable.

gnu: Add perl-moox-handlesvia.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moox-handlesvia): New variable.

gnu: Add perl-data-perl.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-perl): New variable.

gnu: Add perl-moox.

* gnu/packages/perl.scm (perl-moox): New variable.

gnu: texinfo: Add 6.5.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-latest): New variable.

doc: Use Screen and OpenSSH in the bare-bones example.

* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl (packages): Remove TCPDUMP; add
SCREEN and OPENSSH.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Adjust explanation
accordingly.

install: Include the whole bare-bones OS in the image.

* gnu/system/install.scm (%installation-services): Load
"example/bare-bones.tmpl".  Add a 'gc-root-service-type' instance.

system: Add gexp compiler for <operating-system>.

* gnu/system.scm (operating-system-compiler): New procedure.

store: 'run-with-store' has a #:target parameter.

* guix/store.scm (run-with-store): Add #:target and honor it.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.09.11.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.09.11.

gnu: gtksourceview: Update to 3.24.4.

* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview): Update to 3.24.4.

gnu: libpeas: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libpeas): Update to 1.22.0.
[inputs]: Remvoe libxml2.

gnu: network-manager: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.8.2.

gnu: tracker: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker): Update to 1.12.3.

gnu: gnome-shell-extensions: Update to 3.24.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell-extensions): Update to 3.24.3.

gnu: gnome-settings-daemon: Update to 3.24.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-settings-daemon): Update to 3.24.3.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Update to 3.24.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas): Update to 3.24.1.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-12.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-12.

gnu: libraw: Update to 0.18.4.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.18.4.

gnu: ffmpeg: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 3.3.4.

gnu: feh: Update to 2.20.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.20.

gnu: notmuch: Update to 0.25.1.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.25.1.

gnu: python-django: Update to 1.10.8 [fixes CVE-2017-12794].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.10.8.

gnu: neomutt: Update to 20170912.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20170912.

gnu: openmpi: Configure without builtin atomics.

See https://www.mail-archive.com/users@lists.open-mpi.org//msg31400.html

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[arguments]: Don't configure with
--enable-builtin-atomics.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>

guix system: Pretty-print device UUIDs.

* guix/scripts/system.scm (display-system-generation): Check if
ROOT-DEVICE is a UUID and pretty-print it if it is.

gnu: openmpi: Remove Valgrind from closure.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[arguments]: Elide romio config info to
avoid reference to valgrind.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mate.

* gnu/packages/mate.scm (mate): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-control-center.

* gnu/packages/mate.scm (mate-control-center): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-media.

* gnu/packages/mate.scm (mate-media): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-applets.

* gnu/packages/mate.scm (mate-applets): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-settings-daemon.

* gnu/packages/mate.scm (mate-settings-daemon): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add libmatekbd.

* gnu/packages/mate.scm (libmatekbd): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add libmatemixer.

* gnu/packages/mate.scm (libmatemixer): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-panel.

* gnu/packages/mate.scm (mate-panel): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-session-manager.

* gnu/packages/mate.scm (mate-session-manager): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add marco.

* gnu/packages/mate.scm (marco): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add mate-terminal.

* gnu/packages/mate.scm (mate-terminal): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add caja.

* gnu/packages/mate.scm (caja): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: monero: Fix building on aarch64-linux.

* gnu/packages/finance.scm (monero)[arguments]: Add a configure-flag to
set architecture type on aarch64.

gnu: mes: Update to 0.10.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.10.

system: Fix typo in 'read-boot-parameters'.

Fixes a regression introduced in
commit 075681d3501082c6e22df8abf29dfe89d85effc1.

* gnu/system.scm (read-boot-parameters): For 'root-device', use
'device-sexp->device', not 'device->sexp'.

vm: Generate a UUID to identify the root file system.

This makes collisions less likely than when using a label to look up the
partition.  See <https://bugs.gnu.org/27735>.

* gnu/system/vm.scm (operating-system-uuid): New procedure.
(system-disk-image): Define 'root-uuid' and use it for the root file
system.  Pass it to 'iso9660-image' and 'qemu-image'.

vm: Allow users to specify a UUID for the root partition.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Add #:file-system-uuid parameter; pass
it as the 'uuid' field of the root partition.

uuid: 'uuid' macro supports more UUID types.

* gnu/system/uuid.scm (string->uuid): Turn 'type' into an optional
argument.
(uuid): Add clauses to allow for an optional 'type' parameter.

system: Serialize the UUID type in the "parameters" file.

* gnu/system.scm (read-boot-parameters)[device->sexp]: New procedure.
Use it for 'root-device' and 'store-device'.
(device->sexp): Serialize the UUID type in addition to its bytevector.

system: Introduce a disjoint UUID type.

Conceptually a UUID is just a bytevector.  However, there's software out
there such as GRUB that relies on the string representation of different
UUID types (e.g., the string representation of DCE UUIDs differs from
that of ISO-9660 UUIDs, even if they are actually bytevectors of the
same length).  This new <uuid> record type allows us to preserve
information about the type of UUID so we can eventually convert it to a
string using the right representation.

* gnu/system/uuid.scm (<uuid>): New record type.
(bytevector->uuid): New procedure.
(uuid): Return calls to 'make-uuid'.
(uuid->string): Rewrite using 'match-lambda*' to accept a single 'uuid?'
argument.
* gnu/bootloader/grub.scm (grub-root-search): Check for 'uuid?' instead
of 'bytevector?'.
* gnu/system.scm (bootable-kernel-arguments): Check whether ROOT-DEVICE
is 'uuid?'.
(read-boot-parameters): Use 'bytevector->uuid' when the
store device is a bytevector.
(read-boot-parameters-file): Check for 'uuid?' instead of 'bytevector?'.
(device->sexp): New procedure.
(operating-system-boot-parameters-file): Use it for 'root-device' and
'store'.
(operating-system-bootcfg): Remove conditional in definition of
'root-device'.
* gnu/system/file-systems.scm (file-system->spec): Check for 'uuid?' on
DEVICE and take its bytevector.
* gnu/system/mapped-devices.scm (open-luks-device): Likewise.
* gnu/system/vm.scm (iso9660-image): Call 'uuid-bytevector' for the
 #:volume-uuid argument.

services: file-system: Use 'file-system->spec'.

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Use
'file-system->spec' instead of in-line code.

file-systems: Introduce (gnu system uuid).

* gnu/build/file-systems.scm (sub-bytevector)
(latin1->string, %fat32-endianness, fat32-uuid->string)
(%iso9660-uuid-rx, string->iso9660-uuid)
(iso9660-uuid->string, %network-byte-order)
(dce-uuid->string, %uuid-rx, string->dce-uuid)
(string->ext2-uuid, string->ext3-uuid, string->ext4-uuid)
(vhashq, %uuid-parsers, %uuid-printers, string->uuid)
(uuid->string): Move to...
* gnu/system/uuid.scm: ... here.  New file.
* gnu/system/file-systems.scm (uuid): Move to the above file.
* gnu/system/vm.scm: Adjust accordingly.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add uuid.scm.

services: base: Import the closure of (gnu build file-systems).

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Use
'source-module-closure' in the 'with-imported-modules' form.

file-systems: Add UUID type dictionaries.

* gnu/build/file-systems.scm (uuid->string): Rename to...
(dce-uuid->string): ... this.
(string->uuid): Rename to...
(string->dce-uuid): ... this.
(vhashq): New macro.
(%uuid-parsers, %uuid-printers): New variables.
(uuid->string, string->uuid): New procedures.

vm: Allow partitions to be initialized with a given UUID.

* gnu/build/vm.scm (<partition>)[uuid]: New field.
(create-ext-file-system): Add #:uuid and honor it.
(create-fat-file-system): Add #:uuid.
(format-partition): Add #:uuid and honor it.
(initialize-partition): Honor the 'uuid' field of PARTITION.

gnu: mpg123: Update to 1.25.6 [fixes CVE-2017-12797].

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.25.6.

gnu: libchamplain: Update to 0.12.16.

* gnu/packages/gnome.scm (libchamplain): Update to 0.12.16.

gnu: gnome-online-accounts: Update to 3.24.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-online-accounts): Update to 3.24.3.