gnu: Introduce the (gnu services ...) modules.

* gnu/system/dmd.scm: Remove file.  Move contents to...
* gnu/services.scm, gnu/services/base.scm, gnu/services/dmd.scm,
  gnu/services/networking.scm, gnu/services/xorg.scm: ... here.  New
  files.
* gnu/system.scm, gnu/system/vm.scm: Adjust accordingly.
* guix/scripts/system.scm (%user-module): Likewise.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Likewise.
  (Defining Services): Likewise.

gnu: bigloo: Upgrade to 4.1a.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo): Upgrade to 4.1a.

gnu: qemu: Disable debug info.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu-headless): Add '--disable-debug-info' as a
  'configure' flag.

Add 'guix system'.

* guix/scripts/system.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* po/POTFILES.in: Likewise.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Link to "Invoking guix
  system".
  (Invoking guix system): New node.

gnu: curl: Fix tests.

* gnu/packages/curl.scm (curl): Add a new phase and python-2 to native-inputs.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: curl: Update to 7.35.0.

* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.35.0.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: gnurl: Do not disable testcase 1022.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Do not disable testcase 1022.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: ncdc: Update to 1.19.

* gnu/packages/dc (ncdc): Update to 1.19.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: gnutls: Upgrade to 3.2.11.

* gnu/packages/gnutls.scm (gnutls): Upgrade to 3.2.11.  Improve URI
  computation.

gnu: icu4c: Upgrade to 52.1.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c): Upgrade to 52.1.

gnu: patchelf: Fix platform page size determination.

* gnu/packages/patches/patchelf-page-size.patch: New file.
* gnu/packages/elf.scm (patchelf): Add the patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the patch.

guix build: Factorize common options.

* guix/scripts/build.scm (show-build-options-help,
  set-build-options-from-command-line): New procedures.
  (show-help): Remove description of --dry-run,
  --fallback, --no-substitutes, --max-silent-time, and --cores.  Call
  'show-build-options-help'.
  (%standard-build-options): New variable.
  (%options): Remove --dry-run, --fallback, --no-substitutes,
  --verbosity, --max-silent-time, and --cores.  Add
  %STANDARD-BUILD-OPTIONS.
  (guix-build): Use 'set-build-options-from-command-line' instead of
  'set-build-options'.
* guix/scripts/archive.scm (show-help): Remove description of --dry-run,
  --fallback, --no-substitutes, --max-silent-time, and --cores.  Call
  'show-build-options-help'.
  (%options): Remove --dry-run, --fallback, --no-substitutes,
  --verbosity, --max-silent-time, and --cores.  Add
  %STANDARD-BUILD-OPTIONS.
  (export-from-store): Call 'set-build-options-from-command-line'
  instead of 'set-build-options.

gnu: Add xapian.

* gnu/packages/search.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: gnurl: Update to 7.35.0.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.35.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add hdf5.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5): New variable.
* gnu/packages/maths.scm (octave): New input hdf5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dmd: Sleep longer in tests, for slower machines.

* gnu/packages/patches/dmd-tests-longer-sleeps.patch: New file.
* gnu/packages/admin.scm (dmd): Add the patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add ttf-dejavu.

* gnu/packages/fonts.scm (ttf-dejavu): New variable.

Update .gitignore for Guile 2.0.9 bootstrap binaries.

* .gitignore: Change version number in ignored Guile bootstrap
  binaries from 2.0.7 to 2.0.9.

gnu: ratpoison: Patch to use $SHELL instead of /bin/sh.

* gnu/packages/patches/ratpoison-shell.patch: New file.
* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

Add Manolis to 'AUTHORS'.

gnu: Add GNU Mach headers.

* gnu/packages/hurd.scm: New file
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add hurd.scm

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnunet: Fix failing testcases.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Add pkg-config.
* gnu/packages/patches/gnunet-fix-tests.patch: Append fix for integration testcases.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix build: Move 'set-build-options' call earlier.

* guix/scripts/build.scm (guix-build): Move 'set-build-options' call
  before 'show-what-to-build'.

store: Add comments for the stracer.

* guix/store.scm (%worker-magic-1, %worker-magic-2): Add comments.

gnu: isc-dhcp: Upgrade to 4.3.0.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Upgrade to 4.3.0.

gnu: curl, gnurl: Fix failing testcase 172.

* gnu/packages/patches/curl-fix-test172.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the patch file.
* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Apply the patch file.
* gnu/packages/curl.scm (curl): Apply the patch file.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: gnunet: Correct typo.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnunet): Correct typo.

gnu: texinfo: Make version 4.13a available.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-4): New variable.

gnu: gnunet: Add input libmicrohttpd.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnunet): Add input libmicrohttpd and improve
    formatting.

store: Change 'export-paths' to always export in topological order.

* guix/store.scm (export-paths): Pass PATHS through
  'topologically-sorted' before iterating.
* tests/store.scm ("export/import paths, ensure topological order"): New
  test.

gnu: lout: Change docdir from "doc" to "share/doc"

* gnu/packages/lout.scm (lout):
  Change docdir from "doc" to "share/doc".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add GNUnet.

* gnunet/packages/gnunet.scm (gnunet): New variable.
* gnu/package/patches/gnunet-fix-scheduler.patch: New file.
* gnu/package/patches/gnunet-fix-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the above two patch files.

Co-authored-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gstreamer 1.0.10: Temporarily disable tests.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer): Add 'arguments' field.

gnu: openssh: Upgrade to 6.5p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Upgrade to 6.5p1.

gnu: openssl: Upgrade to 1.0.1f.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Upgrade to 1.0.1f.

union: Do not compare directories upon collision.

* guix/build/union.scm (file=?): Return #f if FILE1 and FILE2 are not
  regular files.  Fixes a bug whereby collisions among directories would
  lead to the invocation of 'file=?' and thus 'call-with-input-file' on
  directories.  Reported by Mark H. Weaver <mhw@netris.org>.

download: Provide a 'User-Agent' field in HTTP requests.

Fixes <http://bugs.gnu.org/16703>.
Reported by Raimon Grau <raimonster@gmail.com>.

* guix/build/download.scm (http-fetch)[headers]: New variable.
  Pass it as #:headers or #:extra-headers to 'http-get' and
  'http-get*'.

gnu: dmd: Add SLiM service.

* gnu/system/dmd.scm (xorg-service): Remove.
  (xorg-start-command, slim-service): New procedure.

gnu: dmd: Fix X font directory name in X service.

* gnu/system/dmd.scm (xorg-service)[xserver.conf]: Fix directory name in
  'FontPath' entry for FONT-ADOBE75DPI.

gnu: linux-initrd: When booting, chdir to the new root before calling 'chroot'.

* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): Add 'chdir' call right
  before 'chroot'.

gnu: slim: Work around flaky synchronization with the X server.

* gnu/packages/patches/slim-sigusr1.patch: New file.
* gnu/packages/slim.scm (slim): Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add stalonetray

* gnu/packages/stalonetray.scm: New file
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add stalonetray.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: moe: New module

* gnu/packages/moe.scm: New file
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add moe.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add FUSE.

* gnu/packages/linux.scm (fuse): New variable.

gnu: Move root's home directory to /root.

* gnu/system.scm (operating-system-derivation): Change root's
  'home-directory' to "/root".
* gnu/system/vm.scm (operating-system-default-contents): Add /root.

gnu: python-pysqlite: Point to the latest release tarball.

* gnu/packages/python.scm (python2-pysqlite): Change 'version' to
  "2.6.3a".  Change 'uri' to point to pypi.python.org.
  Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org> and others.
  Update 'home-page' and 'synopsis'.

gnu: Add paperkey.

* gnu/packages/gnupg.scm (paperkey): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gdb: Upgrade to 7.7.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Upgrade to 7.7.  Remove
  'gdb-loongson-madd-fix.patch', no longer needed.
* gnu/packages/patches/gdb-loongson-madd-fix.patch: Remove.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

daemon: Add '--gc-keep-outputs' and '--gc-keep-derivations'.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (GUIX_OPT_GC_KEEP_OUTPUTS,
  GUIX_OPT_GC_KEEP_DERIVATIONS): New macros.
  (options): Add 'gc-keep-outputs' and 'gc-keep-derivations'.
  (string_to_bool): New function.
  (parse_opt): Honor GUIX_OPT_GC_KEEP_DERIVATIONS and
  GUIX_OPT_GC_KEEP_OUTPUTS.
* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon): Document --gc-keep-outputs and
  --gc-keep-derivations.

Add Raimon to 'AUTHORS'.

gnu: Add luajit

* gnu/packages/lua.scm (luajit): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Glade.

* gnu/packages/gnome.scm (glade): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: imagemagick: Upgrade to 6.8.8-4.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Upgrade to 6.8.8-4.

gnu: gnu-pw-mgr: Upgrade to 1.1.

* gnu/packages/gnu-pw-mgr.scm (gnu-pw-mgr): Upgrade to 1.1.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: guile-wm: Upgrade to 1.0.

* gnu/packages/guile-wm.scm (guile-wm): Upgrade to 1.0.

gnu: system: Build /etc/localtime.

* gnu/system.scm (etc-directory)[bashrc]: Use 'text-file*' instead of
  'text-file'.  Adjust users accordingly.
  [files]: Add the /etc/localtime file for TIMEZONE.
  Add TZDATA to the 'file-union' inputs.
  (operating-system-derivation): Pass 'etc-directory' PROFILE-DRV
  instead of PROFILE.

gnu: slim: Upgrade to 1.3.6; allow the choice of a config file at run time.

* gnu/packages/slim.scm (slim): Upgrade to 1.3.6.  Add patches.  Comment
  out systemd-related stuff from CMakeLists.txt.  Add
  "-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF" and "-DCMAKE_SKIP_BUILD_RPATH=ON" to
  #:configure-flags.  Adjust 'home-page' field.
* gnu/packages/patches/slim-config.patch,
  gnu/packages/patches/slim-session.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: inkscape: New module

* gnu/packages/inkscape.scm,
  gnu/packages/patches/inkscape-stray-comma.patch: New files.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add inkscape.scm.
  (dist_patch_DATA): Add inkscape-stray-comma.patch.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Boost.

* gnu/packages/boost.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add boost.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gxmessage: New module

* gnu/packages/gxmessage.scm: New file
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add gxmessage.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dmd: Use 'text-file*' when building Xorg's config file.

* gnu/system/dmd.scm (xorg-service)[xserver.conf]: Change to use
  'text-file*' instead of 'text-file'.
  Adjust body accordingly.  Remove now extraneous packages from the
  service's 'inputs' field.

monads: Add 'text-file*'.

* guix/monads.scm (text-file*): New procedure.
* tests/monads.scm ("text-file*"): New test.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Change example since the previous one
  would erroneously fail to retain a reference to Coreutils.  Document
  'text-file*'.

gnu: file: Upgrade to 5.16.

* gnu/packages/file.scm (file): Upgrade to 5.16.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gtkmm-2 New variable

* gnu/packages/gtk.scm (gtkmm-2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: vm: Create all the user directories.

* gnu/system/vm.scm (operating-system-default-contents)[user-directories]:
  New procedure.  Use it to create each user's home and GC root
  directories.

gnu: Add xterm.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): New variable.

gnu: vm: Add /run/current-system and /bin/sh.

* gnu/system/vm.scm (operating-system-default-contents): Populate
  /run/current-system and create /bin/sh.
* gnu/system.scm (operating-system-profile-derivation,
  operating-system-profile-directory): New procedures.
  (operating-system-derivation): Use it.

offload: Have 'build-machines' honor its argument.

* guix/scripts/offload.scm (build-machines): Honor FILE.

gnu: linux-initrd: Build /dev/input devices.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Make
  dev/input devices.

gnu: Add preliminary Xorg service.

* gnu/system/dmd.scm (xorg-service): New procedure.

gnu: linux-initrd: Make /dev/{mem,kmem}.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Make
  dev/{mem,kmem}.

gnu: xorg-server: Use /var as $localstatedir.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Pass --localstatedir=/var.  In
  'configure' phase, patch 'hw/xfree86/Makefile.in'.

gnu: vm: Add support for running a VM that shares its store with the host.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Check whether GUIX is #f.
  (operating-system-build-gid, operating-system-default-contents): New
  procedures.
  (system-qemu-image): Use 'operating-system-build-gid'.
  (system-qemu-image/shared-store,
  system-qemu-image/shared-store-script): New procedures.
* gnu/system.scm: Add missing exports.

gnu: linux-initrd: Allow the root file system to be volatile.

* gnu/system/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add 'volatile-root?'
  parameter.
* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): Likewise.  Honor it.

gnu: linux: Really build 9p/virtio modules.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Add CONFIG_NET_9P and
  CONFIG_9P_FS.

gnu: linux-initrd: Recognize 9p file systems.

* gnu/system/linux-initrd.scm (qemu-initrd)[virtio-9p-modules]: New
  variable.
  [linux-modules]: Append VIRTIO-9P-MODULES when a 9p file system is in
  MOUNTS.
* guix/build/linux-initrd.scm (mount-qemu-9p): New procedure.
  (boot-system): Recognize '9p' in MOUNTS, and use 'mount-qemu-9p'.

gnu: linux-initrd: Match kernel module file names exactly.

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd)[string->regexp]: New
  procedure.  Use it in the call to 'find-files'.

gnu: linux-initrd: Properly distinguish between /dev/sda* and /dev/vda*.

* guix/build/linux-initrd.scm (make-essential-device-nodes): Rename
  devices with major = 8 to /dev/sda*.  Make /dev/vda* devices.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Change '/dev/vda' to '/dev/sda'.
* gnu/system.scm (operating-system-derivation): Likewise.

gnu: linux-initrd: Start a REPL when the root could not be mounted.

* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): Catch errors when mounting
  ROOT and call 'start-repl' upon error.

gnu: linux-libre: Build more virtio modules.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Append CONFIG_NET_9P_VIRTIO and
  CONFIG_VIRTIO_{NET,BLK,BALLOON} to '.config'.

gnu: vm: Run QEMU with '-enable-kvm'.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Pass QEMU
  '-enable-kvm'.

gnu: Add GNU Octave.

* gnu/packages/maths.scm (octave): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Build virtio modules.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Build modules matching
  CONFIG.*VIRTIO.

gnu: linux-libre: Upgrade to 3.13.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Upgrade to 3.13.

gnu: gnunet: Add gnurl 7.34.0.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): New variable. Thanks to Zerwas for
  the initial recipe.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libgcrypt: Upgrade to 1.6.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Upgrade to 1.6.1.

gnu: linux-initrd: Factorize boot code.

* guix/build/linux-initrd.scm (boot-system): New procedure.
* gnu/system/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Add keyword parameters
  'guile-modules-in-chroot?' and 'mounts'.  Change builder to simply
  call 'boot-system'.
  (gnu-system-initrd): Change to a simple call to 'qemu-initrd'.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Call
  'qemu-initrd' with #:guile-modules-in-chroot?.

gnu: Lower initrd makers from packages to monadic procedures.

* gnu/packages/linux-initrd.scm: Remove.
* gnu/system/linux-initrd.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.
* gnu/system.scm (<operating-system>): Change default 'initrd' value
  to (gnu-system-initrd).
  (operating-system-derivation): Bind 'operating-system-initrd'.  Pass
  'menu-entry' an initrd file name instead of a package.
* gnu/system/grub.scm (grub-configuration-file): Expect 'initrd' to be
  file name.

monads: Add 'imported-modules' and 'compiled-modules'.

* guix/monads.scm (package-file): Fix typo.
  (imported-modules, compiled-modules): New procedures.

gnu: qemu-initrd: Adjust to allow booting with a non-empty /root.

* gnu/packages/linux-initrd.scm (qemu-initrd): Use 'mkdir-p' instead of
  'mkdir' for /root/xchg and /root/{share,lib}.  When TO-LOAD is a
  symlink, resolve it.
  (gnu-system-initrd): Fix typo in message.

download: Add archive.apache.org to the Apache mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors)[apache]: Add archive.apache.org as a last
  resort.

offload: Do not try to retrieve anything upon build failure.

* guix/scripts/offload.scm (offload): Add 'log-port' keyword parameter.
  Handle log display here.  Return the result of (close-pipe pipe).
  (process-request): Adjust 'offload' call site accordingly.  Call
  'retrieve-files' only when 'offload' returns zero; exit when 'offload'
  returns non-zero.

gnu: iotop: Fix typos.

* gnu/packages/linux.scm (iotop): Fix typos introduced by myself.

gnu: linux: Add iotop-0.6.

* gnu/packages/linux.scm (iotop): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add asciidoc.

* gnu/packages/asciidoc.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: qemu: Add note about 9p.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu/smb-shares): Add comment.

gnu: Add gnuplot

* gnu/packages/maths.scm (gnuplot): New variable

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Set 'NIX_LIBEXEC_DIR' in 'pre-inst-env'.

Reported by Nikita Karetnikov <nikita@karetnikov.org>.

* test-env.in: Move 'NIX_LIBEXEC_DIR' setting to...
* pre-inst-env.in: ... here.

gnu: lapack: Update to 3.5.0.

* gnu/packages/maths.scm (lapack): Update to 3.5.0.

gnu: sdl: Explicitly link against libXext.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl): Add #:configure-flags to 'arguments'.
  Move PKG-CONFIG to 'native-inputs'.