gnu: alpine: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/mail.scm (alpine)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: garcon: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/xfce.scm (garcon): Update to 0.6.3.

gnu: tomb: Update to 2.6.

* gnu/packages/crypto.scm (tomb): Update to 2.6.

gnu: Add emacs-multi-term

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-multi-term): New variable

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add trivial-utf-8.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivial-utf-8, ecl-trivial-utf-8): New
variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-validation.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-validation): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-hedgehog.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-hedgehog): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-concurrent-output.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-concurrent-output): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-ansi-terminal: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-ansi-terminal): Update to 0.9.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-ansi-wl-pprint: Use ghc-ansi-terminal-0.8.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-ansi-wl-pprint)[inputs]: Use ghc-ansi-terminal-0.8.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-ansi-terminal-0.8.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-ansi-terminal-0.8): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-wl-pprint-annotated.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-wl-pprint-annotated): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add chafa.

* gnu/packages/image-viewers.scm (chaffa): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: postgres service: More secure default permissions.

This changes to 'peer' authentication for local socket connections,
and password-based authentication for local network connections.

* gnu/services/databases.scm (%default-postgres-hba): Change
authentication method.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

grafts: 'references-oracle' now takes a derivation input.

That way, if we end up calling 'build-derivations', we'll only build the
outputs that we really need.

* guix/grafts.scm (references-oracle): Rename 'drv' to 'input'.
[output-paths]: Remove.
Adjust accordingly.
(graft-derivation): Adjust call to 'references-oracle'.

derivations: Update 'build-derivations' docstring.

This is a followup to 7c690a47381f645ec5ec0a1fd6ffc34dba1b69c2.

* guix/derivations.scm (build-derivations): Update docstring.

gnu: WebKitGTK: Update to 2.24.3.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk-2.24): Update to 2.24.3.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/patches/webkitgtk-sans-gstreamer-gl.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: re2: Update to 2019-07-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2019-07-01.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.1.1.

gnu: octave-cli: Sort inputs alphabetically.

* gnu/packages/maths.scm (octave-cli)[inputs]: Sort inputs alphabetically.

gnu: Wrap program with libraries.

* gnu/packages/package-management.scm (stow)[arguments]: Add custom
'wrap-stow phase to wrap stow with necessary inputs.
[propagated-inputs]: Move perl-clone, perl-clone-choose, perl-hash-merge
to...
[inputs]: ... here.

gnu: emacs-shroud: Update to 1.83.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shroud): Update to 1.83.4.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: faudio: Update to 19.07.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 19.07.

gnu: emacsy: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy): Update to 0.4.1.

import: pypi: Preserve package name case when forming pypi-uri.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33046>.

* guix/build-system/python.scm (pypi-uri): Update the host URI to
"files.pythonhosted.org".
* guix/import/pypi.scm (make-pypi-sexp): Preserve the package name case when
the source URL calls for it.

import: pypi: Update the host URI.

* guix/build-system/python.scm (pypi-uri): Update the host URI to
"files.pythonhosted.org".

import: pypi: Include optional test inputs as native-inputs.

* guix/import/pypi.scm (maybe-inputs): Add INPUT-TYPE argument, and use it.
(test-section?): New predicate.
(parse-requires.txt): Collect the optional test inputs, and return them as the
second element of the returned list.
(parse-wheel-metadata): Likewise.
(guess-requirements): Adapt.
(make-pypi-sexp): Likewise, and include the test inputs requirements as native
inputs in the returned package expression.

* tests/pypi.scm (test-requires.txt): Include a test section in the
test-requires.txt data.
(test-requires.txt-beaker): New variable.
("parse-requires.txt"): Adapt.
("parse-requires.txt - Beaker"): New test.
("parse-wheel-metadata, with extras"): Adapt.
("parse-wheel-metadata, with extras - Jedi"): Adapt.
("pypi->guix-package, no wheel"): Re-indent, and add the expected
native-inputs.
("pypi->guix-package, wheels"): Likewise.

import: pypi: Completely mute the output of the "unzip" command.

* guix/import/pypi.scm (guess-requirements): Completely mute the output of the
"unzip" command.

import: pypi: Fix typo in docstring.

* guix/import/pypi.scm (guess-requirements): Fix typo.

import: pypi: Parse wheel METADATA instead of metadata.json.

With newer Wheel releases, there is no more metadata.json file; the METADATA
file should be used instead (see: https://github.com/pypa/wheel/issues/195).

This change updates our PyPI importer so that it uses the latter.

* guix/import/pypi.scm (define-module): Remove unnecessary modules and export
the PARSE-WHEEL-METADATA procedure.
(parse-wheel-metadata): Add procedure.
(guess-requirements): Use it.
* tests/pypi.scm (test-metadata): Test it.

import: pypi: Support more types of archives.

This change enables the PyPI importer to look for requirements in a source
archive of a different type than "tar.gz" or "tar.bz2".  Also, scan the source
archive to find a requires.txt file.

* guix/import/pypi.scm: (guess-requirements)[tarball-directory]: Remove procedure.
[guess-requirements-from-source]: Use COMRESSED-FILE? to determine if an
archive type is supported, and some file extension logic that chooses either
"tar" or "unzip" as the extractor.  Search for the requires.txt file in the
archive instead of using a static, expected location.
(guess-requirements): Rename the TARBALL argument to ARCHIVE, to denote the
archive format is no longer bound specifically to the Tar format.
(compute-inputs): Likewise.
* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package, no wheel"): Mock the requires.txt at a
non-standard location.
("pypi->guix-package, no usable requirement file."): New test.

import: pypi: Deduplicate requirements.

* guix/import/pypi.scm (parse-requires.txt): Remove potential duplicates.

import: pypi: Improve parsing of requirement specifications.

The previous solution was fragile and could leave unwanted characters in a
requirement name, such as '[' or ']'.

Partially fixes <https://bugs.gnu.org/33047>.

* guix/import/pypi.scm (use-modules): Export SPECIFICATION->REQUIREMENT-NAME
(%requirement-name-regexp): New variable.
(clean-requirement): Rename to...
(specification->requirement-name): this, which now uses
%requirement-name-regexp to select the requirement name from the requirement
specification.
(parse-requires.txt): Adapt.

import: pypi: Do not parse optional requirements from source.

* guix/import/pypi.scm: Export PARSE-REQUIRES.TXT.
(clean-requirement): Move procedure to the top level.
(guess-requirements): Move the READ-REQUIREMENTS procedure to the top level,
and rename it to PARSE-REQUIRES.TXT.  Move the CLEAN-REQUIREMENT procedure to
the top level.  Move the COMMENT? functions inside the PARSE-REQUIRES.TXT
procedure.
(parse-requires.txt): Add a SECTION-HEADER? predicate, and use it to prevent
parsing optional requirements.

* tests/pypi.scm (test-requires-with-sections): New variable.
("parse-requires.txt, with sections"): New test.

tests: pypi: Mute the output of tar.

The output of tar when creating archives for the purpose of tests is not
useful, so we mute it.

* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package"): Mute the output of tar.
("pypi->guix-package, wheels"): Likewise.

import: pypi: Do not consider requirements.txt files.

PyPI packages are mandated to have a setup.py file, which contains a listing
of the required dependencies.  The setuptools/distutils machinery embed
metadata in the archives they produce, which contains this information. There
is no need nor gain to collect the requirements from a "requirements.txt"
file, as it is not the true record of dependencies for PyPI packages and may
contain extraneous requirements or not exist at all.

* guix/import/pypi.scm (guess-requirements): Update comment.
[guess-requirements-from-source]: Do not attempt to parse the file
requirements.txt.  Streamline logic.
* tests/pypi.scm (test-requires.txt): Rename from test-requirements, to hint
at the file being tested.
("pypi->guix-package"): Adapt so that the fake package contains a requires.txt
file rather than a requirements.txt file.
("pypi->guix-package, wheels"): Likewise.

gnu: silkaj: Update to 0.7.2.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj): Update to 0.7.2.

gnu: giac: Update to 1.5.0-61.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.5.0-61.

gnu: python-duniterpy: Update to 0.54.3.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy): Update to 0.54.3.

etc: Do not recommend use of SKS key servers.

* etc/guix-install.sh: Recommend downloading the GPG key from Savannah.

gnu: guile: Add 2.2.6.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2.5): Rename to...
(guile-2.2.6): ... this, and update to 2.2.6.

gnu: behave: Fix build.

* gnu/packages/check.scm (behave)[propagated-inputs]: Add
python-importlib-metadata.

gnu: gtksourceviewmm: Build against gtksourceview@3.

* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceviewmm)[propagated-inputs]: Change
GTKSOURCEVIEW to GTKSOURCEVIEW-3.

guix: import: crate: fix redundant inputs list nesting

* guix/import/crate.scm (maybe-cargo-inputs): Remove one level of lists.
* guix/import/crate.scm (maybe-cargo-development-inputs): Same.
* tests/crate.scm: (crate->guix-package)[package]<#:arguments>: Remove
one level of list nesting.

gnu: miniupnpc: Update to 2.1.20190625.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.1.20190625.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.16.2.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.16.2.

gnu: ungoogled-chromium: Build against ICU 64.

* gnu/packages/icu4c.scm (icu4c-64): New public variable.
* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[inputs]: Change ICU4C to ICU4C-64.

gnu: nginx: Update to 1.17.1.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.1.

gnu: gstreamer: Fix buffer offset problem.

* gnu/packages/patches/gstreamer-buffer-reset-offset.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer)[source](patches): New field.
[arguments]: Do not disable any tests.

gnu: stow: Update license information.

* gnu/packages/package-management.scm (stow)[license]: Update to gpl3+.

download: Remove hydra from content-addressed URL list

* guix/build/download-nar.scm (urls-for-item): Remove
mirror.hydra.gnu.org.
* guix/download.scm (%content-addressed-mirrors): Likewise.

etc: Remove hydra.gnu.org.pub key.

* etc/substitutes/hydra.gnu.org.pub: Delete file.
* guix/self.scm (miscellaneous-files): Don't install it.
* Makefile.am (dist_pkgdata_DATA): Remove it.
* gnu/services/base.scm (%default-authorized-guix-keys): Likewise.
(hydra-key-authorization): Rename to…
(substitute-key-authorization): …this.  Adjust only call site.

doc: Correct the software behind ci.guix.gnu.org.

* doc/guix.texi (Invoking guix publish): It runs Cuirass.

doc: Remove references to hydra.gnu.org.

* doc/contributing.texi (Packaging Guidelines, Submitting Patches):
Replace hydra URL with @value{SUBSTITUTE-SERVER}.
* doc/guix.texi (Official Substitute Server): Remove ‘hydra’ @cindex.
(Substitute Server Authorization): Remove note about hydra.gnu.org.pub.

guix-install.sh: Don't authorise hydra.gnu.org.

* etc/guix-install.sh (sys_authorize_build_farms): Authorise only
ci.guix.gnu.org and make all references to it singular.

gnu: flashrom: Update to 1.1.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (flashrom): Update to 1.1.

gnu: di: Update to 4.47.1.

* gnu/packages/admin.scm (di): Update to 4.47.1.

gnu: stow: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/package-management.scm (stow): Update to 2.3.0.
[propagated-inputs]: New field.

gnu: Add Perl Clone::Choose.

* gnu/packages/perl.scm (perl-clone-choose): New variable.

gnu: rust: use llvm@8

* gnu/packages/llvm.scm (llvm): Rename to...
(llvm-8): ...this.
(llvm): New variable.
* gnu/packages/rust.scm (rust)[inputs]: Use llvm-8

gnu: rust: downgrade older versions to llvm@6

* gnu/packages/rust.scm: (rust-1.30): Remove llvm override.

gnu: rust: remove debug-info patch thanks to newer gdb version

* gnu/local.mk: (dist_patch_DATA): Delete
%D%/packages/patches/rust-1.30-gdb-llvm.patch
* gnu/packages/rust.scm: (rust-1.30): Delete patch overrides.
(rust-1.31): Delete patch overrides.

gnu: r-quantreg: Update to 5.41.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.41.

gnu: r-fpc: Update to 2.2-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fpc): Update to 2.2-3.
[propagated-inputs]: Remove r-mvtnorm.

gnu: r-mclust: Update to 5.4.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mclust): Update to 5.4.4.

gnu: r-mvtnorm: Update to 1.0-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mvtnorm): Update to 1.0-11.

gnu: r-segmented: Update to 1.0-0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-segmented): Update to 1.0-0.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-6.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.4.2.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.0.

gnu: r-gdtools: Update to 0.1.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gdtools): Update to 0.1.9.

gnu: r-cluster: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cluster): Update to 2.1.0.

gnu: r-future-apply: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future-apply): Update to 1.3.0.

gnu: r-bootstrap: Update to 2019.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-bootstrap): Update to 2019.6.

gnu: r-rnifti: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 0.11.0.

gnu: r-rgl: Update to 0.100.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-rgl): Update to 0.100.24.

gnu: r-remotes: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-remotes): Update to 2.1.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.2.2.

gnu: r-emmeans: Update to 1.3.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.3.5.1.

gnu: r-ggstance: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggstance): Update to 0.3.2.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.5.

gnu: r-sjmisc: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjmisc): Update to 2.8.1.

gnu: r-prediction: Update to 0.3.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-prediction): Update to 0.3.14.

gnu: r-officer: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.5.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.2.1.

gnu: r-ellipsis: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ellipsis): Update to 0.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-rlang.

gnu: r-cgdsr: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-cgdsr): Update to 1.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-httr.

gnu: r-quantmod: Update to 0.4-15.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): Update to 0.4-15.

gnu: r-tinytex: Update to 0.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.14.

gnu: r-xfun: Update to 0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.8.

gnu: r-performanceanalytics: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-performanceanalytics): Update to 1.5.3.

gnu: r-abbyyr: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-abbyyr): Update to 0.5.5.

gnu: r-phangorn: Update to 2.5.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-phangorn): Update to 2.5.5.

gnu: r-tximport: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.12.3.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.36.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.36.3.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.20.1.

gnu: r-biomart: Update to 2.40.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.40.1.

gnu: r-edger: Update to 3.26.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.26.5.

gnu: r-systempiper: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-systempiper): Update to 1.18.2.

gnu: r-rsubread: Update to 1.34.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 1.34.4.