services: Add 'system-service-type'.

* gnu/services.scm (system-derivation): New procedure.
  (system-service-type): New variable.
  (boot-script-entry): New procedure.
  (boot-service-type): Extend SYSTEM-SERVICE-TYPE.
  (etc-entry): New procedure.
  (etc-service-type): Extend SYSTEM-SERVICE-TYPE.
  (fold-services): Change default #:target-type to SYSTEM-SERVICE-TYPE.
* gnu/system.scm (operating-system-directory-base-entries): New procedure.
  (essential-services): Use it.  Add an instance of
  SYSTEM-SERVICE-TYPE.
  (operating-system-boot-script): Pass #:target-type to 'fold-services'.
  (operating-system-derivation): Rewrite in terms of 'fold-services'.
* gnu/system/linux-container.scm (system-container): Remove.
  (container-script): Use 'operating-system-derivation'.
* guix/scripts/system.scm (export-extension-graph): Replace
  BOOT-SERVICE-TYPE by SYSTEM-SERVICE-TYPE.
* doc/images/service-graph.dot: Add 'system' node and edges.
* doc/guix.texi (Service Composition): Mention SYSTEM-SERVICE-TYPE.
  (Service Reference): Document it.  Update 'fold-services'
  documentation.

services: Clarify extend/compose of BOOT-SERVICE-TYPE.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Add first placeholder
  parameter.
  (boot-service-type): Change 'compose' to APPEND, and 'extend' to
  COMPUTE-BOOT-SCRIPT.

gnu: gsl: Enable tests.

* gnu/packages/maths.scm (gsl)[arguments]: Enable tests for i686-linux.

gnu: gsl: Update to 2.0.

* gnu/packages/maths.scm (gsl): Update to 2.0.
  [source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/gsl-poly-test-fix-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/gsl-poly-test-fix-pt2.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patches.

doc: Fix typos.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Fix typos.

gnu: Add ruby-permutation.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-permutation): New variable.

gnu: Add ruby-listen.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-listen): New variable.

gnu: Add ruby-rb-inotify.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rb-inotify): New variable.

gnu: Add ruby-simplecov-html.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-simplecov-html): New variable.

gnu: Add ruby-ffi.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ffi): New variable.

gnu: Add ruby-rubygems-tasks.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rubygems-tasks): New variable.

gnu: hisat: Disable build on non-x86_64.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hisat)[supported-systems]: Add field.

scripts: environment: Ignore user shell when spawning container.

* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Remove 'exec'
  association.
  (guix-environment): If the user didn't specify a command, use the
  default shell, or use /bin/sh when a container is requested.

gnu: python-simplegeneric: Add setuptools to native inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-simplegeneric)[native-inputs]: Add
  python-setuptools.

gnu: shogun: Disable build on non-x86_64.

* gnu/packages/machine-learning.scm (shogun)[supported-systems]: Add
  field.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Invoking guix container): Fix typo.

emacs: Enable 'guix-build-log-minor-mode' in shell buffers.

* emacs/guix-build-log.el (guix-build-log-minor-mode-activate): New variable.
  (guix-build-log-minor-mode-activate-maybe): New function.
* emacs/guix-init.el: Add it to 'shell-mode-hook'.
* doc/emacs.texi (Emacs Build Log): Mention it.

emacs: Enable 'guix-build-log-mode' for build log files.

* emacs/guix-build-log.el (auto-mode-alist): Add 'guix-build-log-mode'
  to 'auto-mode-alist'.

emacs: Add completions for '--type' option of 'refresh' popup.

* guix/scripts/refresh.scm: Export '%updaters'.
* emacs/guix-main.scm (refresh-updater-names): New procedure.
* emacs/guix-base.el (guix-refresh-updater-names): New function.
* emacs/guix-read.el (guix-read-refresh-updater-names,
  guix-read-refresh-updater-names-string): New functions.
* emacs/guix-command.el (guix-command-improve-refresh-argument): Use
  'guix-read-refresh-updater-names-string'.

gnu: claws-mail: Update to 3.13.0.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.13.0.
  [url]: Update to new location.

gnu: Add express-beta-diversity.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (express-beta-diversity): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: grub: Use a bigger background image.

* gnu/system/grub.scm (grub-background-image): Increase the default
  values of WIDTH and HEIGHT.  After all, it's 2015 already!

gnu: links: Build with libevent.

* gnu/packages/links.scm (links)[inputs]: Add libevent.

gnu: links: Update to 2.12.

* gnu/packages/links.scm (links): Update to 2.12.
  Various whitespace and line length fixes.

scripts: Add 'container' subcommand.

* guix/scripts/container.scm: New file.
* guix/scripts/container/exec.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add them.
* Makefile.am (MODULES): Add them.
* doc/guix.texi (Invoking guix container): New section.

gnu: synergy: Upgrade to 1.7.4.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy): Upgrade to 1.7.4.

doc: Mention minimum Linux-libre version for containers.

* doc/guix.texi ("invoking guix environment", "invoking guix system"):
  Mention Linux-libre requirements for container features.

doc: Give an example with an encrypted root partition.

* gnu/system/examples/desktop.tmpl: Add 'mapped-devices' field.
  Use it in 'file-systems'.
* doc/guix.texi (System Installation): Suggest encrypted partitions.
  Give an example of a command sequence.

nls: Add Danish translation for packages.

nls: Update 'da' translation.

gnu: xz: Add alternate URL.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21784>.

* gnu/packages/compression.scm (xz)[source]: Add alternate URL.

Revert "services: polkit: Use the right executable name for PAM."

This reverts commit 7f39e181dfb34db8f245f3ffafe34eec9cee910d.

Polkit actually uses the name "polkit-1" in calls to 'pam_start'.

gnu: youtube-dl: Minor fixes.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[url]: Change to http.
  [description]: Fix capitalization.

gnu: youtube-dl: Update to 2015.11.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2015.11.01.

services: Add 'udisks-service'.

* gnu/services/desktop.scm (<udisks-configuration>): New record type.
  (udisks-service-type): New variable.
  (udisks-service): New procedure.
  (%desktop-services): Use it.
* doc/guix.texi (Desktop Services): Document it.

gnu: udisks: Separate HTML documentation.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[outputs]: New field.
  [arguments]: Pass the --with-html-dir configure flag.

gnu: udisks: Mount things under /media.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[arguments]: Add
  --enable-fhs-media.

gnu: udisks: Find the 'mount' command.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[inputs]: Add UTIL-LINUX.
  [arguments]: Add 'set-mount-file-name' phase.

services: 'polkit-service-type' can now be extended.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit)[source]: Adjust snippet so that rules
  and actions are looked for under /etc/polkit-1.
* gnu/services/desktop.scm (<polkit-configuration>): New record type.
  (polkit-directory, polkit-etc-files, polkit-setuid-programs): New
  procedures.
  (polkit-service-type)[compose, extend]: New fields.
  (polkit-service): Refine docstring.
  (colord-service-type): Extend POLKIT-SERVICE-TYPE.
  (elogind-configuration-file): Extend POLKIT-SERVICE-TYPE.
* doc/guix.texi (Desktop Services): Update 'polkit-service'
  documentation.

gnu: hurd-headers: Update to 0.7

* gnu/packages/hurd.scm (hurd-headers): Update to version 0.7.

gnu: mig: Update to 1.6

* gnu/packages/hurd.scm (mig): Update to version 1.6.

gnu: gnumach-headers: Update to 1.6

* gnu/packages/hurd.scm (gnumach-headers): Update to version 1.6.

tests: Make sure the daemon dumps directory entries deterministically.

* tests/store.scm ("write-file & export-path yield the same result"):
  New test.

doc: Suggest diffing things with --no-dereference.

* doc/guix.texi (Invoking guix challenge): Add --no-dereference in
  'diff' example.

Remove unneeded HAVE_UNSHARE.

* src/libstore/build.cc (CHROOT_ENABLED): Remove HAVE_UNSHARE.

gnu: Remove aarddict.

* gnu/packages/aarddict.scm: Remove file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Unregister file.

emacs: Disable minor modes in 'guix-build-log-mode'.

* emacs/guix-build-log.el (guix-build-log-mode-hook): Remove
  'compilation-shell-minor-mode' as it is slow on big buffers, and
  'view-mode' as it rebinds too many keys.
  (guix-build-log-mode-map): Add "c" and "v" key bindings for the
  removed minor modes.

emacs: Add key bindings for 'guix-build-log-minor-mode'.

* emacs/guix-build-log.el (guix-build-log-mode-map): Move keys to ...
  (guix-build-log-common-map): ...here.  New variable.
  (guix-build-log-minor-mode-map): New variable.
  (guix-build-log-minor-mode): Use it.
* doc/emacs.texi (Emacs Build Log): Document it.

guix system: Fix typo in --help message.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Align 'container' the same way as
  other actions.

emacs: Add shell completions for 'guix refresh --type'.

* emacs/guix-pcomplete.el (guix-pcomplete-refresh-updaters): New function.
  (guix-pcomplete-complete-option-arg): Complete '-t/--type' option for
  'guix refresh' command.

Merge branch 'dbus-update'

services: 'tor-service' takes a 'config-file' parameter.

* gnu/services/networking.scm (tor-dmd-service): Take a 'config'
  parameter and honor it.
  (tor-service): Take a 'config-file' parameter.  Pass it in the
  service's value.
* doc/guix.texi (Networking Services): Adjust accordingly.

gnu: guitarix: Compile in C++11 mode.

* gnu/packages/patches/guitarix-c++11.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/audio.scm (guitarix)[source]: Use it.
  [arguments]: Add --cxxflags to #:configure-flags.

gnu: lablgtk: Build sequentially.

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk)[arguments]: Add #:parallel-build? #f.

scripts: environment: Allow lists of packages in expressions.

* guix/scripts/environment.scm (options/resolve-packages): Match against
  lists of packages when evaluating expressions.
* tests/guix-environment.sh: Add test.
* doc/guix.texi ("invoking guix environment"): Add docs.

build: Move 'guild compile' flags to a variable.

* Makefile.am (GUILD_COMPILE_FLAGS): New variable.
  (.scm.go): Use it.

system: Add 'locale-libcs' field.

* gnu/system/locale.scm (localedef-command)[maybe-version-directory]:
  New procedure.
  Use it.
  (locale-directory): Rename to...
  (single-locale-directory): ... this.  Check the version of LIBC to
  determine whether to create a "X.Y" sub-directory or to make it a
  symlink to ".".  Add the version number in the derivation name.
  (locale-directory): New procedure.
  (%default-locale-libcs): New variable.
* gnu/system.scm (<operating-system>)[locale-libcs]: New field.
  (operating-system-locale-directory): Pass it to 'locale-directory'.
* doc/guix.texi (operating-system Reference): Document 'locale-libcs'.
  (Locales)[Locale Data Compatibility Considerations]: New section.

gnu: glibc: Add version 2.21.

* gnu/packages/base.scm (glibc-2.21): New variable.

gnu: ffmpeg: Enable gnutls support.

* gnu/package/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Add gnutls.
  [arguments]: Enable it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

scripts: system: Add 'container' action.

* guix/scripts/system.scm (show-help): Display 'container' action.
  (system-derivation-for-action, guix-system): Add 'container' case.
  (perform-action): Skip GRUB config generation when building a container.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document it.

system: container: Adjust to changes in gexps.

* gnu/system/linux-container.scm (system-container): 'etc' is no longer
  a monadic value, and the result of 'file-union' must be lowered.

gnu: openblas: Make substitutable on MIPS.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Make package
  substitutable when the system is MIPS.

gnu: openblas: Set TARGET to SICORTEX on MIPS.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Add "TARGET=SICORTEX" to
  make-flags when building for MIPS.

Merge branch 'master' into dbus-update

gnu: mesa-utils: Fix build.

* gnu/packages/gl.scm (mesa-utils)[arguments]: Pass "--disable-egl"
  as #:configure-flags.

gnu: xfce4-session: Fix xflock4.

* gnu/packages/patches/xfce4-session-fix-xflock4.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-session)[source]: Add patch.

gnu: Add pcre2.

* gnu/packages/pcre.scm (pcre2): New variable.

gnu: telepathy-glib: Fix tests.

* gnu/packages/glib.scm (telepathy-glib)[source]: Add a patch to
  unique test names.

gnu: freeipmi: Update to 1.4.11.

* gnu/packages/freeipmi.scm (freeipmi): Update to 1.4.11.

gnu: Remove ardour-3.

* gnu/packages/audio.scm (ardour-3): Remove variable.
  (ardour): Copy fields from the removed ardour-3 instead of inheriting
  from it.

gnu: fish: Add python input.

* gnu/packages/fish.scm (inputs): Add python.

doc: Fix outdated description of the bare-bones example.

Reported by fps on #guix.

* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Replace mention of
  Emacs with tcpdump.

services: Add 'linux-bare-metal-service-type'.

* gnu/services.scm (modprobe-wrapper): Remove.
  (activation-script): Do not use it.  Remove calls to
  'activate-modprobe' and 'activate-ptrace-attach' in gexp.
  (%modprobe-wrapper, %linux-kernel-activation,
  linux-bare-metal-service-type, %linux-bare-metal-service): New
  variables.
* gnu/system.scm (essential-services): Add %LINUX-BARE-METAL-SERVICE to
  the list, unless CONTAINER? is true.

gnu: ffmpeg: Move flags into their own argument.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]: Move the configurable
  configure flag literals into the configure-flags argument. Call
  configure with these flags from the configure phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

scripts: environment: Allow mixing regular and ad-hoc packages.

This patch changes the --ad-hoc flag to be positional.  That is, the
packages that appear before --ad-hoc are interpreted as packages whose
inputs should be in the environment; the packages that appear after are
interpreted as packages to be directly added to the environment.

* guix/scripts/environment.scm (tag-package-arg, compact): New
  procedures.
  (%options): Tweak the handlers for --load and --expression options.
  (options/resolve-packages): Preserve package mode tag.
  (parse-args): Tweak argument handler to use package tagging procedure.
  (guix-environment): Apply ad-hoc behavior on a per package basis.
* tests/guix-environment.sh: Add test.
* doc/guix.texi ("invoking guix environment"): Document new behavior of
  --ad-hoc.

services: Add screen-locker service.

* gnu/system/linux.scm (base-pam-services): Remove "xlock" and
  "xscreensaver".
* gnu/services/xorg.scm (<screen-locker>): New record type.
  (screen-locker-pam-services, screen-locker-setuid-programs,
  screen-locker-service): New procedures.
  (screen-locker-service-type): New variable.
* gnu/services/desktop.scm (%desktop-services): Use them.
* doc/guix.texi (X Window): Document 'screen-locker-service'.
  (Desktop Services): Mention it.

system: File systems depend on their corresponding device mappings.

Fixes a regression introduced in commit 0adfe95.

* gnu/system.scm (other-file-system-services)[requirements]: Remove.
  [add-dependencies]: New procedure.
  Use it.
* gnu/system/file-systems.scm (<file-system>)[dependencies]: Update
  comment.
* gnu/services/base.scm (mapped-device->dmd-service-name,
  dependency->dmd-service-name): New procedures.
  (file-system-service-type): Use it.

gnu: Add libchop.

* gnu/packages/backup.scm (libchop): New variable.

gnu: Move gdbm to (gnu packages databases).

* gnu/packages/gdbm.scm: Remove.
* gnu/packages/databases.scm (gdbm): New variable, from gdbm.scm.
* gnu/packages/avahi.scm, gnu/packages/cyrus-sasl.scm,
  gnu/packages/guile.scm, gnu/packages/mail.scm,
  gnu/packages/man.scm, gnu/packages/pulseaudio.scm,
  gnu/packages/python.scm, gnu/packages/ruby.scm,
  gnu/packages/sawfish.scm: Adjust accordingly.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove gdbm.scm.

doc: Mention Nix in the intro.

* doc/guix.texi (Introduction): Mention Nix with a xref to
  "Acknowledgments".
  (Acknowledgments): Add link to nixos.org.

system: grub: Let GRUB choose the best graphics mode.

On PCs, it means that it will typically choose resolutions higher
than 640x480, which is nicer.

* gnu/system/grub.scm (eye-candy)[setup-gfxterm-body]: Leave 'gfxmode'
  unset.

gnu: openblas: Update to 0.2.15.

* gnu/packages/maths.scm (openblas): Update to 0.2.15.

gnu: leptonica: Disable parallel tests.

* gnu/packages/image.scm (leptonica)[arguments]: Add #:parallel-tests?.

gnu: icedtea7: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Update to 2.6.2.

gnu: ghc-glut: Propagate freeglut input.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-glut): Move freeglut to
  propagated-inputs.

gnu: bluez: Update to 5.35.

* gnu/packages/linux.scm (bluez): Update to 5.35.

gnu: magit-svn: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/emacs.scm (magit-svn): Update to 2.1.1.

gnu: magit: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 2.3.0.

services: Add 'modify-services'.

* gnu/services.scm (%modify-service, modify-services): New macros.
* gnu/services/base.scm (mingetty-service-type, guix-service-type):
  Export.
* emacs/guix-devel.el (guix-devel-keywords): Add 'modify-services'.
  Ditto in 'guix-devel-scheme-indent' call.
* doc/guix.texi (Using the Configuration System): Give an example of
  'modify-services'.
  (Service Reference): Document it.

services: 'guix-configuration' has a 'substitute-urls' field.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[substitute-urls]: New
  field.
  (guix-dmd-service): Honor it.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

refresh: Support comma-separated updater types.

* guix/scripts/refresh.scm (%options): Handle comma-separated types for
  '--type' option.
  (guix-refresh): Adjust accordingly.
  (show-help): Likewise.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

gnu: pbtranscript-tofu: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pbtranscript-tofu): Update to 2.2.3.
  [source]: Remove bundled Cython sources in a snippet.  Replace
  ".tar.gz" extension in file-name field with "-checkout".
  [arguments]: Replace "enter-directory-and-clean-up" phase with
  "enter-directory" phase, and add "patch-setuppy" phase.
  [inputs]: Add python2-h5py.  Move python2-cython ...
  [native-inputs]: ... to this field.

gnu: pari-gp: Add X11 input.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp)[inputs]: Add libx11, which enables
  plotting functions.

tests: Print the mounts visible in the container.

* tests/guix-environment-container.sh: Print the content of
  $tmpdir/mounts.

ui: Add 'make-regexp*'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21773>.
Reported by Jan Synáček <jan.synacek@gmail.com>.

* guix/ui.scm (make-regexp*): New procedure.
* guix/scripts/package.scm (options->installable, guix-package): Use it
  when processing user-provided regexps.

container: Remove unnecessary CLONE_CHILD_* flags.

* gnu/build/linux-container.scm (namespaces->bit-mask): Remove
  CLONE_CHILD_CLEARTID and CLONE_CHILD_SETTID, which are unneeded.
  Discussed at <http://bugs.gnu.org/21694>.

store: Use the daemon's substitute URLs by default.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20217>.

* guix/store.scm (set-build-options): Change #:substitute-urls to
  default to #f.  Send the 'substitute-urls' pair only if
  SUBSTITUTE-URLS is true.
* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Do not
  default to %DEFAULT-SUBSTITUTE-URLS for #:substitute-urls.
* guix/scripts/size.scm (%default-options): Remove 'substitute-urls'.

gnu: leptonica: Disable failing tests.

* gnu/packages/image.scm (leptonica)[arguments]: Add 'disable-failing-tests' phase.

scripts: build: Add --file option.

* guix/scripts/build.scm (show-help): Add help text for --file option.
  (%options): Add --file option.
  (options/resolve-packages): Handle 'file' options.
* tests/guix-build.sh: Add tests.
* doc/guix.texi ("invoking guix build"): Add doc.

gnu: python-debian: Avoid @itemize in description.

* gnu/packages/python.scm (python-debian): Use @enumerate instead of
  @itemize.