gnu: coq-stdpp: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/coq.scm (coq-stdpp): Update to 1.2.1.
[arguments]: Remove redundant COQLIB variable.

gnu: coq-bignums: Fix comment spacing.

* gnu/packages/coq.scm (coq-bignums)[arguments]: Fix comment spacing after
  disabling test phase.

gnu: coq-bignums: Update to 8.10.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-bignums): Update to 8.10.0.

gnu: appstream-glib: Fix test failure.

* gnu/packages/patches/appstream-glib-2020.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/glib.scm (appstream-glib)[source](patches): New field.

gnu: libgeotiff: Do not build static library.

* gnu/packages/geo.scm (libgeotiff)[arguments]: Add "--disable-static" in
 #:configure-flags.

gnu: libgeotiff: Propagate proj.

* gnu/packages/geo.scm (libgeotiff)[inputs]: Move PROJ ...
[propagated-inputs]: ... here.  New field.

gnu: colord: Adjust inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (colord)[native-inputs]: Remove unused LIBTOOL and
INTLTOOL.  Add previously propagated GETTEXT-MINIMAL.

gnu: ungoogled-chromium: Lower resource limits.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Decrease maximum
number of open files from 4096 to 2048.

gnu: ungoogled-chromium: Do not set LD_LIBRARY_PATH in wrapper.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[arguments]: Add phase
'add-absolute-references'.  Don't wrap with LD_LIBRARY_PATH.

gnu: Ceph: Update to 14.2.5.

This also removes test-specific code to ease the Python 3 transition, and
because it is mostly obsolete.

* gnu/packages/patches/ceph-detect-rocksdb.patch,
gnu/packages/patches/ceph-skip-unittest_blockdev.patch,
gnu/packages/patches/ceph-skip-collect-sys-info-test.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/ceph-boost-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/storage.scm (ceph): Update to 14.2.5.
[source](patches): Adjust as above.
[source](snippet): Remove bundled "fmt", "c-ares" and "googletest".
[arguments]: Add "-DCMAKE_INSTALL_DATADIR" and "-DWITH_RADOSGW_AMQP_ENDPOINT"
and "-DWITH_TESTS" in #:configure-flags; remove "-DWITH_XIO".  Remove obsolete
substitutions.  Don't install 'ceph-disk' and 'ceph-detect-init', which no
longer exists.  Remove test-specific substitutions and phases.  Adjust for
Python 2->3 in inputs.
[native-inputs]: Remove INETUTILS, JQ, PERL, XMLSTARLET, PYTHON2-CRAM,
PYTHON2-VIRTUALENV, PYTHON2-CONFIGOBJ, PYTHON2-COVERAGE, PYTHON2-DISCOVER,
PYTHON2-FLAKE8, PYTHON2-MOCK, PYTHON2-NOSE, PYTHON2-PIP, PYTHON2-PYTEST,
PYTHON2-SUBUNIT PYTHON2-TESTREPOSITORY, PYTHON2-TESTTOOLS, and PYTHON2-TOX.
[inputs]: Change from BOOST to BOOST-WITH-PYTHON3.  Remove GPTFDISK, PARTED,
PYTHON-2, PYTHON2-SIX, PYTHON2-PRETTYTABLE, and PYTHON-3.  Add PYTHON-SIX,
PYTHON-PRETTYTABLE, PYTHON-WRAPPER, LIBCAP-NG, LIBNL, NCURSES, and RDMA-CORE.

gnu: rocksdb: Update to 6.5.2.

* gnu/packages/databases.scm (rocksdb): Update to 6.5.2.

gnu: python-patsy: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/statistics.scm (python-patsy): Update to 0.5.1.
[source](uri): Adjust for new archive.
[native-inputs]: Remove UNZIP.

gnu: googletest: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/check.scm (googletest): Update to 1.10.0.
(googletest-1.8): New public variable.
* gnu/packages/audio.scm (cli-visualizer)[inputs]: Change from GOOGLETEST to GOOGLETEST-1.8.
* gnu/packages/serialization.scm (msgpack)[native-inputs]: Likewise.

gnu: icecat: Update to 68.4.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2019-17015, CVE-2019-17016, CVE-2019-17017,
CVE-2019-17021, CVE-2019-17022, and CVE-2019-17024.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update hash of upstream firefox source tarball,
'upstream-icecat-base-version', and commit and hash of gnuzilla checkout.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to upstream changes.

Merge branch 'staging'

gnu: vimb: Update to 3.6.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (vimb): Update to 3.6.0.

gnu: sdl-mixer: Fix fluidsynth in dependents.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39008>.
Reported by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[arguments]<#:phases>[fix-fluidsynth]: New
phase.

download, git: Refer to the right module in 'module-use!' call.

This fixes a regression introduced in
6a7c4636d4dec47eefa03c95da5a1315bd0e0413.

* guix/build/download.scm (load-gnutls): Call 'resolve-module' instead
of 'current-module'.
* guix/git.scm (load-git-submodules): Likewise.

More module autoload changes.

This is a followup to 6a7c4636d4dec47eefa03c95da5a1315bd0e0413.

* guix/scripts/build.scm: Adjust #:autoload clauses.
* guix/scripts/gc.scm: Likewise.

gnu: lapack: Update to 3.9.0.

* gnu/packages/maths.scm (lapack): Update to 3.9.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: coq-equations: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/coq.scm (coq-equations): Update to 1.2.1.
[arguments]: Replace configure phase to run configure shell script. Remove
redundant COQLIB.

gnu: coq-interval: Update to 3.4.1.

* gnu/packages/coq.scm (coq-interval): Update to 3.4.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake for remake.

gnu: coq-coquelicot: Truncate home-page.

* gnu/packages/coq.scm (coq-coquelicot)[home-page]: Truncate home-page.

gnu: coq-coquelicot: Update to 3.0.3.

* gnu/packages/coq.scm (coq-coquelicot): Update to 3.0.3.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.

gnu: coq-gappa: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/coq.scm (coq-gappa)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: coq-gappa: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/coq.scm (coq-gappa): Update to 1.4.2.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake for remake, as well as campl5 for
parsing.
[propagated-inputs]: coq-gabba now depends on coq-flocq.
[arguments]: Temporarily disable check chase until error resolution is identified.

gnu: coq-flocq: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/coq.scm (coq-flocq)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: coq-flocq: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-flocq): Update to 3.2.0.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake for remake.
[arguments]: Add remove-failing-examples phase to work around union error.

gnu: coq: Reword several comments.

* gnu/packages/coq.scm (coq): Reword several comments to improve readability.

gnu: coq: Update to 8.10.2.

* gnu/packages/coq.scm (coq): Update to 8.10.2.
[inputs]: Replace lablgtk with lablgtk3.
[arguments]: Remove remove-lablgtk-references phase, as it no longer appears
to be necessary.

gnu: Add lablgtk3.

* gnu/packages/ocaml.scm (lablgtk3): New variable.

Co-authored-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>.

gnu: Add ocaml-cairo2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-cairo2): New variable.

Co-authored-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>.

gnu: emacs-treemacs: Install icons and scripts.

Reported by Christopher Howard <christopher@alaskasi.com>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs)[inputs]: Add 'python'.
[arguments]: Add 'patch-paths' and 'install-data' phases.

gnu: next: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (next): Update to 1.4.0.

gnu: supertux: Fix description.

* gnu/packages/games.scm (supertux)[description]: Remove unnecessary words in
GNU Guix.

gnu: supertux: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/games.scm (supertux): Update to 0.6.1.

gnu: Add emacs-helm-clojuredocs.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-clojuredocs): New variable.

gnu: Add emacs-edn.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-edn): New variable.

activation: Check whether /proc/sys/kernel/modprobe exists.

* gnu/build/activation.scm (activate-modprobe): Check whether
/proc/sys/kernel/modprobe exists before writing to it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-py3status: Fix patch of file path

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-py3status): Fix patch of file
  path.
  [arguments]: Replace single-quotes with double-quotes so that the
  regex matches again. The "replace-with" value is not changed as it's
  not necessary and would introduce escaping noise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-characters: Wrap program to provide the necessary Typelib files.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-characters)[arguments]: Add #:phases
with a 'wrap' phase.
[inputs]: Add GNOME-DESKTOP.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ibus-rime: Record the right file name in "rime.xml".

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-rime)[arguments]: Add 'fix-file-names' phase.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Adjust module autoloads.

In Guile < 2.9.7, autoloading a module would give you access to all its
bindings.  In future versions, autoloading a module gives access only to
the listed bindings, as per #:select (see <https://bugs.gnu.org/38895>).

This commit adjusts autoloads to the new semantics, allowing Guix to be
built with Guile 2.9.7/2.9.8.

* guix/build/download.scm <top level>: Remove call to 'module-autoload!'.
(load-gnutls): New procedure.
(tls-wrap): Call it.
* guix/git.scm <top level>: Remove call to 'module-autoload!'.
(load-git-submodules): New procedure.
(update-submodules): Call it instead of 'resolve-interface'.
* gnu/bootloader/grub.scm: Replace #:autoload with #:use-module.
* gnu/packages.scm: Likewise.
* gnu/packages/ssh.scm: Likewise.
* gnu/packages/tex.scm: Likewise.
* gnu/services/cuirass.scm: Likewise.
* gnu/services/mcron.scm: Likewise.
* guix/lint.scm: Augment list of bindings in #:autoload.
* guix/scripts/build.scm: Likewise.
* guix/scripts/gc.scm: Likewise.
* guix/scripts/pack.scm: Likewise.
* guix/scripts/publish.scm: Likewise.
* guix/scripts/pull.scm: Likewise.
* guix/utils.scm: Remove unnecessary #:autoload clauses; replace one
of them with #:use-module.

gnu: guix: Ensure the bootstrap binary tarballs aren't GC'd.

Previously, they could be GC'd by 'tests/guix-gc.sh' for instance, and
thus lacking by the time 'tests/guix-daemon.sh' runs, thereby leading to
a test failure.

Reported by Gábor Boskovits.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: In
'copy-bootstrap-guile' phase, change 'intern' to register a GC root.

gnu: Add emacs-helm-cider.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-cider): New variable.

gnu: lua-luv: Update to 1.32.0-0.

* gnu/packages/lua.scm (lua-luv): Update to 1.32.0-0.

gnu: lua5.1-sec: Update to 0.9.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.1-sec): Update to 0.9.

gnu: lua-filesystem: Update to 1.7.0.2.

* gnu/packages/lua.scm (lua-filesystem): Update to 1.7.0.2.

gnu: make-lua-socket: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/lua.scm (make-lua-socket)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: lua-lgi: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/lua.scm (lua-lgi)[source]: Download using git-fetch.

gnu: make-lua-sec: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/lua.scm (make-lua-sec)[source]: Download using git-fetch.

gnu: make-lua-filesystem: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/lua.scm (make-lua-filesystem)[source]: Download using
git-fetch. Parameterize commit version.

gnu: sdl-mixer: Describe runtime configuration.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[description]: Add information about runtime
MIDI playback options.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

system: linux-container: Recommend guix container.

* gnu/system/linux-container.scm (container-script)[script]: Recommend
using 'guix container' to get a shell inside the running container.

gnu: python-anaconda-client: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/package-management.scm (python-anaconda-client)[source]:
Download using git-fetch.

gnu: python-conda: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/package-management.scm (python-conda)[source]: Download
using git-fetch.
[arguments]: Adjust custom 'remove-failing-tests to make a file writable.

gnu: python2-unicodecsv: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-unicodecsv)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: python2-numpy@1.8: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-numpy-1.8)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: Add emacs-lsp-lua-emmy.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-lua-emmy): New variable.

gnu: Add emacs-lsp-java.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-java): New variable.

gnu: Add emacs-treemacs-extra.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs-extra): New variable.

gnu: Add emacs-treemacs.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs): New variable.

gnu: Add emacs-pfuture.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pfuture): New variable.

gnu: swh-plugins: Update home-page to new uri.

* gnu/packages/audio.scm (swh-plugins)[home-page]: Update to new uri.

gnu: python-axolotl: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-axolotl)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: perl-net-patricia: Fix build.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-patricia)[arguments]: Add custom
phase to prevent linking with 'nsl'.

gnu: perl-ole-storage-lite: Update to 0.20.

* gnu/packages/perl.scm (perl-ole-storage-lite): Update to 0.20.

gnu: python-whatever: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-whatever)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: python-urwidtrees: Don't use setuptools.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-urwidtrees)[arguments]: Build
without setuptools.

gnu: python-urwidtrees: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-urwidtrees)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: python-mwclient: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-mwclient): Update to 0.10.0.
[source]: Download using git-fetch.
[propagated-inputs]: Remove python-requests.
[native-inputs]: Remove python-pytest-pep8, python-pytest-cov. Add
python-pytest-runner.

gnu: python-jsonpatch-0.4: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonpatch-0.4)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: python-jsonpatch: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jsonpatch)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: python-docopt: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-docopt)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: libtgvoip: Fix failing build on i686-linux.

* gnu/local.mk (libtgvoip): Add patches for libtgvoip-disable-sse2.patch
and libtgvoip-disable-webrtc.patch

* gnu/packages/patches/libtgvoip-disable-sse2.patch: New file.

* gnu/packages/patches/libtgvoip-disable-webrtc.patch: New file.

* gnu/packages/telephony.scm (libtgvoip): Fix building on i686-linux.
[source]: Reference patches for correcting failing build on i686-linux
architecture.

Reported-by: Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>
Fixes <bugs.gnu.org/38944>.

gnu: libtgvoip: Update to 2.4.4.

* gnu/packages/telephony.scm (libtgvoip): Update to 2.4.4.
[source]: Change source URI to reflect upstream.
[inputs]: Add pulseaudio and alsa-lib.

This change corrects a bug, and allows for cross-compilation on armhf architectures.

gnu: coq-mathcomp: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/coq.scm (coq-mathcomp): Update to 1.10.0.
[arguments]: Modify comment about tests. Remove redundant setting of COQLIB
environment variable.

gnu: agi-bio: Update hash.

The previous hash corresponded to the previous commit.

* gnu/packages/opencog.scm (agi-bio)[source]: Update hash.

gnu: Add agi-bio.

* gnu/packages/opencog.scm (agi-bio): New variable.

gnu: Add cl-pdf.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-pdf, ecl-cl-pdf, cl-pdf): New variables.

gnu: Add cl-flexichain.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-flexichain, ecl-flexichain, cl-flexichain):
New variables.

gnu: Add cl-spatial-trees.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-spatial-trees, ecl-spatial-trees,
cl-spatial-trees): New variables.

gnu: Add cl-vectors.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-vectors, ecl-cl-vectors, cl-vectors): New
variables.

gnu: Add cl-paths-ttf.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-paths-ttf, ecl-cl-paths-ttf,
cl-paths-ttf): New variables.

gnu: Add cl-paths.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-paths, ecl-cl-paths, cl-paths): New
variables.

gnu: Add cl-aa.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-aa, ecl-cl-aa, cl-aa): New variables.

gnu: stellarium: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.19.3.

gnu: file-roller: Update to 3.32.3.

* gnu/packages/gnome.scm (file-roller): Update to 3.32.3.

services: host-name: Make service one-shot.

* gnu/services/base.scm (host-name-service-type): Remove 'respawn?'
keyword from shepherd-service-type, add 'one-shot?'.

gnu: arandr: Fix build.

This is a follow-up to commit 218c785850d5ecf3a7646d81ce90445419a5103b.

[arguments]: Remove unnecessary #:python flag.  Add 'wrap-gi-typelib' phase.
[inputs]: Remove python2-pygtk and add gtk+, python-pycairo, and
python-pygobject.
[native-inputs]: Replace python2-docutils with python-docutils.

gnu: Add swh-plugins.

* gnu/packages/audio.scm (swh-plugins): New variable.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-16.c7e3a1b.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-16.c7e3a1b.

gnu: sdl2-mixer: Enable opus support.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer)[inputs]: Add opusfile.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[arguments]<#:configure-flags>: Add "--disable-music-opus-shared".

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: sdl-mixer: Enable fluidsynth MIDI backend.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[inputs]: Add fluidsynth and alphabetize.
[arguments]: Reformat.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: sdl2-mixer: Fix configure flags.

Some configure options were renamed between SDL / SDL2 mixer; add new variants
to the derived package.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer)[arguments]: Fix flags to disable dynamic
  library loading.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: sdl-mixer: Remove unused configure flag.

The flag --disable-music-mp3-shared is only used when building with smpeg
instead of libmad, which is linked at build time by default.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[arguments]: Remove unused configure flag.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: sdl-mixer: Use correct inputs for MOD file support.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl-mixer)[inputs]: Remove libmodplug.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl2-mixer)[inputs]: Add libmodplug.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

file-systems: Handle LUKS2 header.

* gnu/build/file-systems.scm (luks-superblock?): Handle LUKS2 header.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: linux-libre: Update to 5.4.8.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.8.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.93.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.93.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.