tests: Warn about test module load failures.

Reported by Clément Lassieur <clement@lassieur.org>
and Leo Famulari <leo@famulari.name> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=32545#11>.

* gnu/tests.scm (test-modules): Pass #:warn to 'scheme-modules'.

records: Adjust 'record-abi-mismatch-error' arguments.

Previously, 'display-error' (as used by 'warn-about-load-error', for
instance) would be called with a wrong number of arguments when a
'record-abi-mismatch-error' was caught:

  warning: failed to load '(gnu tests install)':
  Backtrace:
  [...]
  ERROR: In procedure display-error:
  Wrong number of arguments to #<procedure display-error (_ _ _ _ _ _)>

Now you get warnings and error reports as intended:

  warning: failed to load '(gnu tests install)':
  In procedure abi-check: <openssh-configuration>: record ABI mismatch; recompilation needed
  warning: failed to load '(gnu tests ssh)':
  In procedure abi-check: <openssh-configuration>: record ABI mismatch; recompilation needed

* guix/records.scm (print-record-abi-mismatch-error): Remove.
Remove top-level call to 'set-exception-printer!'.
(abi-check): Use arguments as expected by 'display-error'.

gnu: emacs-racket-mode: Update to commit 92c3348.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-racket-mode): Update to commit 92c3348.

gnu: python-trezor: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/finance.scm (python-trezor): Update to 0.10.2.
[arguments]: Replace check with tests that do not require hardware device.
[propagated-inputs]: Add python-click, python-libusb1, python-pyblake2 and
python-typing.
[native-inputs]: Add python-mock and python-pytest.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add gffcompare.

gnu/packages/bioinformatics.scm (gffcompare): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-abcoptim.

gnu/packages/cran.scm (r-abcoptim): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add solaar.

* gnu/packages/admin.scm (solaar): New variable.

gnu: Add python-pyudev.

* gnu/packages/admin.scm (python-pyudev): New variable.

gnu: Add python-scanpy.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-scanpy): New variable.

gnu: Add python-anndata.

* gnu/packages/python.scm (python-anndata): New variable.

gnu: Add python-numba.

* gnu/packages/python.scm (python-numba): New variable.

gnu: Add python-llvmlite.

* gnu/packages/llvm.scm (python-llvmlite): New variable.

Revert "gnu: snappy: Optimise."

This causes too many rebuilds for the master branch.

This reverts commit f96ed06805db934ff735e80596f1373dc1c2b5a8.

gnu: Add ghc 8.4.3.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8): Rename this...
(ghc-8.0): ...to this.
(ghc): Point at ghc-8.0.
(ghc-8): New variable for GHC 8.4.3.

Co-authored-by: Timothy Samplet <samplet@ngyro.com>

gnu: Add r-infotheo.

* gnu/packages/cran.scm (r-infotheo): New variable.

gnu: capstone: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/engineering.scm (capstone)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: r-plotrix: Update to 3.7-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-plotrix): Update to 3.7-3.

gnu: python-apipkg: Update home page.

* gnu/packages/python.scm (python-apipkg)[home-page]: Update.

gnu: r-pracma: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/maths.scm (r-pracma): Update to 2.1.5.

gnu: claws-mail: Update to 3.17.1.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail): Update to 3.17.1.

gnu: libntlm: Update to 1.5.

* gnu/packages/gsasl.scm (libntlm): Update to 1.5.
[source]: Use HTTPS.

gnu: snappy: Optimise.

* gnu/packages/compression.scm (snappy)[source]: Build with ‘-O2’.
* gnu/package/patches/snappy-add-O2-flag-in-CmakeLists.txt.patch:
New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add urlscan.

* gnu/packages/mail.scm (urlscan): New variable.

gnu: Add ephoto.

* gnu/packages/enlightenment.scm (ephoto): New variable.

gnu: electron-cash: Update to 3.3.1.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 3.3.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dropbear: Fix CVE-2018-15599.

* gnu/packages/patches/dropbear-CVE-2018-15599.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ssh.scm (dropbear)[source]: Use it.

services: openssh: Add 'log-level' field.

* gnu/services/ssh.scm (<openssh-configuration>)[log-level]: New field.
(openssh-config-file): Honor it.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: dico: Update to 2.6.

* gnu/packages/dico.scm (dico): Update to 2.6.
[inputs]: Switch to GUILE-2.2.

gnu: Add SpaceFM.

* gnu/packages/lxde.scm (spacefm): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-build-farm.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-build-farm): New variable.

gnu: openmw: Update to 0.44.0.

* gnu/packages/game-development.scm (openmw): Update to 0.44.0.

services: tor: Make it easier to use UNIX sockets.

* doc/guix.texi (Networking Services): Document it, and mention that
tor-service is deprecated.
* gnu/services/networking.scm (<tor-configuration>) <socks-socket-type>:
New field.
(tor-configuration->torrc): When socks-socket-type is 'unix, set
SocksPort to UNIX domain socket /var/run/tor/socks-sock and set
UnixSocksGroupWritable to 1.
* gnu/tests/networking.scm (%tor-os/unix-socks-socket): Instead of using
a custom config file, just set socks-socket-type to 'unix.

tests: tor: Add more test cases.

* gnu/tests/networking.scm (%tor-os/unix-socks-socket): New variable.
(run-tor-test) <os/unix-socks-socket, marionette/unix-socks-socket>
<socket-directory>: New variables.
<"tor is alive">: Move common code from this test case...
<tor-is-alive?>: ...into this new procedure.
<"tor is listening", "tor is alive, even when using a SOCKS socket">
<"tor is listening, even when using a SOCKS socket">: New test cases.

marionette: Add wait-for-unix-socket.

* gnu/build/marionette.scm (wait-for-unix-socket): New variable.

marionette: Add support for QEMU's "quit" command.

* gnu/build/marionette.scm (marionette-control): Don't wait for the
monitor prompt when the command was "quit".

services: tor: Rename activation procedure.

* gnu/services/networking.scm: Rename the procedure
tor-hidden-service-activation to tor-activation.

services: tor: Add a system test.

* gnu/services/networking.scm (tor-configuration->torrc): Set PidFile to
/var/run/tor/tor.pid in the base torrc configuration.
(tor-shepherd-service) <start>: Call make-forkexec-constructor/container with
a new #:pid-file argument to tell Shepherd where to find the PID file.  Add a
a new <file-system-mapping> to its existing #:mappings argument to share
/var/run/tor with the the container.
(tor-hidden-services-activation): Update docstring.  Create /var/run/tor and
set its permissions so only the tor user can access it.
* gnu/tests/networking.scm (%test-tor, %tor-os): New variables.
(run-tor-test): New procedure.

gnu: GRUB: Check for errors from efibootmgr.

* gnu/packages/patches/grub-check-error-efibootmgr.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[source](patches): New field.

gnu: seabios: Update source URI.

* gnu/packages/firmware.scm (seabios)[source](uri): Download from seabios.org.

gnu: slang: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/slang.scm (slang): Update to 2.3.2.

gnu: emacs-async: Download using git.

The MELPA tarball hash changed.  Prevent this problem in the future
by downloading a git checkout.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-async)[home-page]: Update to actual.
[source]: Use GIT-FETCH.

pull: Use (git) and (guix git) unconditionally.

The autoload hack was added a year ago, before 0.14.0, i.e., before any
release would depend on Guile-Git.  Both 0.14.0 and 0.15.0 required
Guile-Git, and 'guix pull' now automatically pulls it in, so this hack
is no longer necessary.

* guix/scripts/pull.scm: Use (git) and (guix git).  Remove top-level
call to 'module-autoload!'.
(ensure-guile-git!): Remove.
(guix-pull): Remove call to 'ensure-guile-git!'.

self: Shrink the module search path of the 'guix' command.

Previously we'd have lots of useless entries on the search paths, such
as libtasn1, libidn2, zlib, gmp, etc. because they are propagated by
gnutls.

* guix/self.scm (guix-command)[source-directories, object-directories]:
New variables.  Use them in the body of "guix-command".  Filter their
items with 'file-exists?'.

gnu: feh: Enable EXIF support.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh)[arguments]: Enable EXIF support.
(inputs): Add libexif.

gnu: libexif: Update home-page URL.

* gnu/packages/photo.scm (libexif)[home-page]: Update URL.

gnu: python-pygit2: Update to 0.26.4.

* gnu/packages/python.scm (python-pygit2, python2-pygit2): Update to 0.26.4.
[source]: Remove 'python-pygit2-disable-network-tests.patch'.
* gnu/packages/patches/python-pygit2-disable-network-tests.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: cuirass: Update to 8d40c49.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 8d40c49.

Update email for Pierre Neidhardt.

* .mailmap: Add name and email for Pierre Neidhardt.
* gnu/packages/c.scm, gnu/packages/code.scm, gnu/packages/compression.scm,
gnu/packages/disk.scm, gnu/packages/emacs.scm, gnu/packages/freedesktop.scm,
gnu/packages/golang.scm, gnu/packages/image.scm, gnu/packages/music.scm,
gnu/packages/networking.scm, gnu/packages/password-utils.scm,
gnu/packages/perl-check.scm, gnu/packages/perl.scm,
gnu/packages/textutils.scm, gnu/packages/video.scm, gnu/packages/xdisorg.scm:
Update email for Pierre Neidhardt.

gnu: weston: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (weston): Update to 5.0.0.

gnu: Add Lepton-EDA.

* gnu/packages/engineering.scm (lepton-eda): New variable.

gnu: Add guile-aa-tree.

* gnu/packages/guile.scm (guile-aa-tree): New variable.

gnu: emacs-racket-mode: Update to commit add0190.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-racket-mode): Update to commit add0190.

nls: Update 'fr' translation.

gnu: ghc-scientific: Update to 0.3.6.2.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-scientific): Update to 0.3.6.2.
[inputs]: Move ghc-tasty ...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: ghc-integer-logarithms: Update to 1.0.2.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-integer-logarithms): Update to 1.0.2.1.
[inputs]: Move ghc-quickcheck, ghc-smallcheck, ghc-tasty, ghc-tasty-hunit,
ghc-tasty-quickcheck, ghc-tasty-smallcheck ...
[native-inputs]: ... to here.
[home-page]: Update URI.

gnu: ghc-smallcheck: Update to 1.1.5.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-smallcheck): Update to 1.1.5.

gnu: ghc-optparse-applicative: Update to 0.14.2.0.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-optparse-applicative): Update to 0.14.2.0.
[arguments]: Enable tests.

gnu: linux-libre: Update to 4.18.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.18.5.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.67.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.67.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.124.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.124.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.152.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.152.

gnu: emacs-recent-addresses: Switch to a branch that works with Helm.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-recent-addresses)[source]: Change URL
and update to afbbfdc.

cve: Update feed URL.

* guix/cve.scm (yearly-feed-uri): Remove "static." from the URL since
the web site now redirects to the URL without "static.".

gnu: Add emacs-git-annex.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-git-annex): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-recent-addresses: Add missing words to description.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-recent-addresses)[description]: Add missing
words.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add avogadro.

* gnu/packages/chemistry.scm (avogadro): New variable.
* gnu/packages/patches/avogadro-boost148.patch,
gnu/packages/patches/avogadro-eigen3-update.patch,
gnu/packages/patches/avogadro-python-eigen-lib.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: libx11: Replace with 1.6.6 [security fixes].

This fixes CVE-2018-14599, CVE-2018-14600, and CVE-2018-14598.

* gnu/packages/xorg.scm (libx11)[replacement]: New field.
(libx11-1.6.6): New public variable.

gnu: dante: Disable preloading to make 'sockd' work.

* gnu/packages/networking.scm (dante)[arguments]: Pass '--disable-preload'
to #:configure-flags.

gnu: OpenSSH: Update to 7.8p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.8p1.
[source]: Remove 'openssh-CVE-2018-15473.patch'.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2018-15473.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

nls: Update 'de' translation.

import: cpan: Adjust test to new URL.

This is a followup to 9aba9b127840a116c806a2cbac901cf8077abcd0.

* tests/cpan.scm ("cpan->guix-package"): Adjust 'home-page' URL.

grafts: Add (guix build debug-link) and use it.

Fixes <https://bugs.gnu.org/19973>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/build/debug-link.scm: New file.
* guix/build/graft.scm (%graft-hooks): New variable.
(graft): Add #:hooks and honor it.
* guix/grafts.scm (graft-derivation/shallow): Add (guix build
debug-link) and (guix elf) to #:modules.
* tests/debug-link.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add guix/build/debug-link.scm.
(SCM_TESTS): Add tests/debug-link.scm.

grafts: Add high-level 'graft' procedure on the build side.

* guix/build/graft.scm (graft): New procedure.
* guix/grafts.scm (graft-derivation/shallow)[build]: Use it instead of
inline code.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 11.0.02.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 11.0.02.
[arguments]: Adjust code to install 'unifont.info.gz' in 'install'
phase.

gnu: gdb: Update to 8.1.1.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Update to 8.1.1.

gnu: Add find-circ.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (find-circ): New variable.

gnu: r-catools: Update to 1.17.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): Update to 1.17.1.1.

gnu: keepassxc: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.3.4.
[arguments]: Remove obsolete ‘patch-sources’ phase.

gnu: capstone: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/engineering.scm (capstone): Update to 3.0.5.
[arguments]: Set cstool's LDFLAGS in the environment instead of
SUBSTITUTE*ing the Makefile.

gnu: r-trimcluster: Update to 0.1-2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-trimcluster): Update to 0.1-2.1.

gnu: r-synchronicity: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-synchronicity): Update to 1.3.5.

gnu: guile-lib: Update to 0.2.6.1.

* gnu/packages/guile.scm (guile-lib): Update to 0.2.6.1.
[source]: Remove obsolete snippet.

gnu: tuxguitar: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar): Update to 1.5.2.
[source]: Remove obsolete snippet.

gnu: libgig: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/music.scm (libgig): Update to 4.1.0.

gnu: denemo: Use INVOKE.

* gnu/packages/music.scm (denemo)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: ncmpc: Update to 0.29.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpc): Update to 0.29.
[build-system]: Switch to Meson.
[arguments]: Find ncurses.h.
[native-inputs]: Add gettext.

gnu: parallel: Update to 20180822.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180822.

gnu: boost: Move 1.59.0 definition to boost.scm.

Fixes a regression introduced in commit
7cbf06d8c2935abfc6c688cf3f9b99e0e5393960 where the top-level code of
these two modules would depend on each other, leading to "boost: unbound
variable" kind of errors in some circumstances.

* gnu/packages/databases.scm (boost-for-mysql): Move to...
* gnu/packages/boost.scm (boost-for-mysql): ... here.  Make public and
add 'properties' field.

gnu: r-devtools: Update to 1.13.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-devtools): Update to 1.13.6.

gnu: drumkv1: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.9.2.

gnu: synthv1: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.9.2.

gnu: samplv1: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.9.2.

gnu: padthv1: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/music.scm (padthv1): Update to 0.9.2.

gnu: Update home pages for the V1 synth family.

* gnu/packages/music.scm (synthv1, drumkv1, samplv1, padthv1)
[home-page]: Update & use HTTPS.

gnu: Add r-a3.

gnu/packages/cran.scm (r-a3): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-manipulatewidget.

gnu/packages/cran.scm (r-manipulatewidget): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-slam.

gnu/packages/cran.scm (r-slam): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-abcanalysis.

gnu/packages/cran.scm (r-abcanalysis): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-miniui.

gnu/packages/web.scm (r-miniui): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: qjackctl: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/audio.scm (qjackctl): Update to 0.5.3.