gnu: r-rtracklayer: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.32.0.

gnu: r-genomicalignments: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicalignments): Update to 1.8.0.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.2.0.

gnu: r-rsamtools: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Update to 1.24.0.

gnu: r-biostrings: Update to 2.40.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Update to 2.40.0.

gnu: r-biocparallel: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Update to 1.6.0.

gnu: r-biomart: Update to 2.28.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.28.0.

gnu: r-annotationdbi: Update to 1.34.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Update to 1.34.0.

gnu: r-biobase: Update to 2.32.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biobase): Update to 2.32.0.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.24.0.

gnu: r-xvector: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xvector): Update to 0.12.0.

gnu: r-variantannotation: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to
  1.18.0.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.8.0.

gnu: r-iranges: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics (r-iranges): Update to 2.6.0.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.10.0.

gnu: r-dnacopy: Update to 1.46.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dnacopy): Update to 1.46.0.

gnu: r-biocgenerics: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocgenerics): Update to 0.18.0.

import cran: Use URL for Bioconductor 3.3.

* guix/import/cran.scm (%bioconductor-svn-url): Update to release URL
  for version 3.3.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.4-1.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.4-1.

gnu: libgit2: Update to 0.24.1.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.24.1.

gnu: tmux: Update to 2.2.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 2.2.

build: Accept dates with space-padded hour field.

* guix/build/download.scm: Replace "parse-rfc-822-date" from the (web
  http) module.

gnu: Add ledger.

* gnu/packages/finance.scm (ledger): New variable.

Co-authored-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add utfcpp.

* gnu/packages/textutils.scm (utfcpp): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: asymptote: Install Emacs data.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote)[arguments]: Add a phase to
  install Emacs-Lisp files in an appropriate place.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: mu: Update to 0.9.16.

* gnu/packages/mail.scm (%mu-gtester-patch): Remove.
(mu): Update to 0.9.16.
[source]: Remove 'patches'.

gnu: mu: Install emacs autoloads.

* gnu/packages/mail.scm (mu)[arguments]: Add 'install-emacs-autoloads'
  phase.  Use appropriate modules and imported-modules.

gnu: mu: Install emacs files in a proper place.

* gnu/packages/mail.scm (mu)[arguments]: Add 'patch-configure.ac' phase
  to avoid adding "mu4e" sub-directory to 'lispdir' variable.

gnu: mu: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Use 'modify-phases'.

gnu: python-pandas: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pandas): Update to 0.18.1.
[native-inputs]: Remove python-setuptools.
[properties]: Define python2-pandas.
(python2-pandas)[native-inputs]: Add python2-setuptools.
* gnu/packages/patches/python-pandas-fix-tslib-test-failure.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu:: java-swt: Use ant-build-system.

* gnu/packages/java.scm (java-swt): Use ant-build-system.
[native-inputs]: Remove JDK.

gnu: Add SBC.

* gnu/packages/linux.scm (sbc): New variable.

gnu: rapicorn: Fix tests.

* gnu/packages/graphics.scm (rapicorn)[arguments]: Add build phases
"fix-tests" and "pre-check".  Generalize "replace-/bin/ls" phase to
"replace-fhs-paths".
[propagated-inputs]: Add python2-enum34.
[native-inputs]: Add xorg-server.

gnu: hugs: Update urls.

* gnu/packages/hugs.scm (hugs)[source]: Update url.
[home-page]: Use https.

gnu: hmmer: Update urls.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hmmer)[source]: Project has moved to
eddylab, with their downloads.
[home-page]: Update to new homepage.

gnu: guile-irregex: Update to 0.9.4.

* gnu/packages/guile.scm (guile-irregex): Update to 0.9.4.

gnu: gkrellm: Update urls.

* gnu/packages/gkrellm.scm (gkrellm)[source]: Download from new site.
[home-page]: Update to new site.

gnu: giblib: Add mirror for source.

* gnu/packages/image.scm (giblib)[source]: Add a download mirror from
slackbuilds.

gnu: geeqie: Update source location.

* gnu/packages/geeqie.scm (geeqie)[source]: Download from Github.
[home-page]: Project has moved to new url.

gnu: fvwm: Update to 2.6.6.

* gnu/packages/fvwm.scm (fvwm): Update to 2.6.6.
[source]: Change download location to Github.

download: Update debian mirrors.

* guix/download.scm (mirrors)[debian]: Add Debian's archive to the
Debian mirror list.

gnu: gmsh: Add missing inputs.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh)[inputs]: Add fontconfig, libxft.

gnu: python-cryptography, python-cryptography-vectors: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography): Update to 1.3.2.
(python-cryptography-vectors): Update to 1.3.2.

gnu: unixodbc: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/databases.scm (unixodbc): Update to 2.3.4.

gnu: tdb: Update to 1.3.9.

* gnu/packages/databases.scm (tdb): Update to 1.3.9.

gnu: postgresql: Update to 9.5.3.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.5.3.

gnu: wireless-regdb: Update to 2016.05.02.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-regdb): Update to 2016.05.02.

gnu: iw: Update to 4.3.

* gnu/packages/linux.scm (iw): Update to 4.3.
[source]: Use kernel mirror.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: mdadm: Update to 3.4.

* gnu/packages/linux.scm (mdadm): Update to 3.4.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/mdadm-gcc-4.9-fix.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: bluez: Update to 5.39.

* gnu/packages/linux.scm (bluez): Update to 5.39.
[source]: Use kernel mirror.

gnu: libical: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/calendar.scm (libical): Update to 2.0.0.
[arguments]: Add configure-flag to add "/lib64" to the rpath.

gnu: qemu: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.6.0.
[arguments]: Re-enable parallel tests.

gnu: libqmi: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libqmi): Update to 1.14.2.

gnu: libmbim: Update to 1.12.4.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim): Update to 1.12.4.
[home-page]: Use https.

gnu: Add gtkspell3.

* gnu/packages/gtk.scm (gtkspell3): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: exempi: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (exempi): Update to 2.3.0.

gnu: libinput: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.3.0.

gnu: owncloud-client: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/owncloud.scm (owncloud-client): Update to 2.2.0.

gnu: libidn: Update license.

* gnu/packages/libidn.scm (libidn)[license]: Change the license to
gpl2+ gpl3+ lgpl3+ fdl1.3+.

gnu: Add libbsd.

* gnu/packages/libbsd.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: minetest: Update to 0.4.14.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data, minetest): Update to 0.4.14.

gnu: Add gnome-tweak-tool.

* gnu/packages/patches/gnome-tweak-tool-search-paths.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gnome-tweak-tool): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: libnotify: Add dependency on gobject-introspection.

* gnu/packages/gnome.scm (libnotify)[native-inputs]: Add
gobject-introspection.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: love: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/game-development.scm (love): Update to 0.10.1.

gnu: wxmaxima: Update to 16.04.2.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 16.04.2.

gnu: cross-base: Add srfi-26 for glibc.

Fixes a regression introduced in
commit efc4eb147512fa7a2c6d74d9b296cfc22b1ef198.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-libc)[arguments]: Add (srfi
srfi-26).

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

download: Support content-addressed mirrors.

* guix/download.scm (%content-addressed-mirrors)
(%content-addressed-mirror-file): New variables.
* guix/download.scm (url-fetch)[builder]: Define
'value-from-environment.  Pass #:hashes and
 #:content-addressed-mirrors to 'url-fetch'.
Define "guix download hashes" environment variable.
* guix/build/download.scm (url-fetch): Add #:content-addressed-mirrors
and #:hashes.
[content-addressed-urls]: New variable.
Use it.

guix build: Catch 'getaddrinfo-error' for '--log-file'.

* guix/scripts/build.scm (log-url)[valid-url?]: Catch
'getaddrinfo-error'.

guix build: Do not show what to build when '-d' is used.

* guix/scripts/build.scm (guix-build): Don't call 'show-what-to-build'
when OPTS contains 'derivations-only?'.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to e9017c9.
Use http URL.

gnu: git: Fix search path specification for 'GIT_SSL_CAINFO'.

Reported by ng0 <ng0@n0.is>.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[native-search-paths]: Add
'file-type'.

gnu: certbot: Update home page URL.

This is a followup to commit 9495cf9a804e63b7173a78c22b9c91991b9520a6.

* gnu/packages/tls.scm (certbot)[home-page]: Update to new location.

gnu: Rename letsencrypt to certbot. Upgrade certbot and python-acme to 0.6.0.

* gnu/packages/tls.scm (letsencrypt): Rename to...
(certbot): ... this.
(letsencrypt): Inherit from certbot.
[source]: Update to 0.6.0
[arguments]: Adjust paths.
(python-acme, python2-acme): Update to 0.6.0.

gnu: jemalloc: No longer build with gcc-4.8 on i686.

* gnu/packages/jemalloc.scm (jemalloc)[native-inputs]: Remove field.

gnu: Update module imports for asciidoc and doxygen.

This is a followup to commit 0573a923def01e54bf104e0015ade44ab42f694f.

* gnu/packages/algebra.scm, gnu/packages/bioinformatics.scm,
gnu/packages/fcitx.scm, gnu/packages/fish.scm,
gnu/packages/freedesktop.scm, gnu/packages/game-development.scm,
gnu/packages/gcc.scm, gnu/packages/graphics.scm, gnu/packages/image.scm,
gnu/packages/kodi.scm, gnu/packages/libreoffice.scm,
gnu/packages/linux.scm, gnu/packages/messaging.scm,
gnu/packages/mpd.scm, gnu/packages/music.scm, gnu/packages/rdf.scm,
gnu/packages/serialization.scm, gnu/packages/version-control.scm,
gnu/packages/web.scm, gnu/packages/wm.scm, gnu/packages/xdisorg.scm,
gnu/packages/xiph.scm: Change imports of (gnu packages asciidoc) or
(gnu packages doxygen) to (gnu packages documentation).

Merge branch 'gnome-updates'

gnu: linux-libre: Update to 4.5.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.5.4.

gnu: linux-libre-4.4: Update to 4.4.10.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.10.

gnu: linux-libre-4.1: Update to 4.1.24.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.24.

gnu: icecat: Update to 38.8.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2805.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2807-pt1.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2807-pt2.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2807-pt3.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2807-pt4.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2807-pt5.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2808.patch,
gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-2814.patch,
gnu/packages/patches/icecat-re-enable-DHE-cipher-suites.patch,
gnu/packages/patches/icecat-update-bundled-graphite2.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.8.0-gnu1.
[source] Remove deleted patches.

gnu: Add NetCDF.

* gnu/packages/maths.scm (netcdf, netcdf-parallel-openmpi): New variables.

gnu: Add Matio.

* gnu/packages/maths.scm (matio): New variable.

gnu: Add h5check.

* gnu/packages/maths.scm (h5check): New variable.

gnu: Add hdf5-openmpi.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5-openmpi): New variable.

gnu: hdf5: Have configure honor SOURCE_DATE_EPOCH.

* gnu/packages/patches/hdf5-config-date.patch: New patch.
* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[source]: Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: hdf5: Patch output references to zlib.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5)[arguments]: Use modify-phases.  Add
'patch-references' phase.

gnu: hdf5: Update to 1.8.17.

* gnu/packages/maths.scm (hdf5): Update to 1.8.17.

gnu: Add HYPRE.

* gnu/packages/maths.scm (hypre, hypre-openmpi): New variables.
* gnu/packages/patches/hypre-doc-tables.patch,
gnu/packages/patches/hypre-ldflags.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add doc++.

* gnu/packages/documentation.scm (doc++): New variable.
* gnu/packages/patches/doc++-include-directives.patch,
  gnu/packages/patches/doc++-segfault-fix.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Move asciidoc and doxygen to new module.

* gnu/packages/asciidoc.scm (asciidoc): Move this...
* gnu/packages/doxygen.scm (doxygen): ...and this...
* gnu/packages/documentation.scm: ...to here.  New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add accordingly.

gnu: claws-mail: Add shared-mime-info input.

* gnu/packages/mail.scm (claws-mail)[inputs]: Add shared-mime-info.
[arguments]: Add 'patch-mime' phase.

gnu: nmap: Update to 7.12.

* gnu/packages/admin.scm (nmap): Update to 7.12.

gnu: tinc: Update to 1.0.28.

gnu: openvpn: Update to 2.3.9.

* gnu/packages/vpn.scm (openvpn): Update to 2.3.9.

gnu: libarchive: Fix CVE-2016-1541.

* gnu/packages/backup.scm (libarchive)[replacement]: New field.
(libarchive/fixed): New variable.
* gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2016-1541.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: aseprite: Fix build.

* gnu/packages/game-development.scm (aseprite)[arguments]: Remove #:phases.

Merge branch 'master' into gnome-updates

gnu: libxkbcommon: Move to (gnu packages xdisorg).

* gnu/packages/qt.scm (libxkbcommon): Move to...
* gnu/packages/xdisorg.scm (libxkbcommon): ... here.  New variable.
* gnu/packages/wm.scm, gnu/packages/gnome.scm,
gnu/packages/games.scm: Adjust accordingly.

gnu: Add entr.

* gnu/packages/entr.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: thinkfan: Fix daemon path in init scripts.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan): Fix daemon path in init scripts.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>