upstream: Move KDE updater into a separate module.

As it was done for (guix import gnome).

* guix/import/kde.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/gnu-maintenance.scm (%kde-updater) (%kde-file-list-uri)
  (download.kde.org-files) (latest-kde-release): Remove.

gnu-maintenance: KDE updater no longer relies on FTP access.

Fetch the ls-lR.bz2 file list for download.kde.org, convert it into a list of
file paths and cache the list.

* guix/gnu-maintenance.scm (%kde-file-list-uri): New variable.
  (download.kde.org-files): New procedure.
  (latest-kde-release): Change to use DOWNLOAD.KDE.ORG-FILES and search
  for files in this list.

guix: Rename and move sans-extension to tarball-sans-extension.

* guix/gnu-maintenance.scm (sans-extension): Move and rename to ...
* guix/utils.scm (tarball-sans-extension): ... here.

gnu: ghc@8.6: Add missing 'native-search-paths'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37064>.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-8.6)[native-search-paths]: Set search
paths explicitly instead of inheriting them.

gnu: rclone: Update to 1.49.2.

* gnu/packages/sync.scm (rclone): Update to 1.49.2.

gnu: fakeroot: Update to 1.24.

* gnu/packages/linux.scm (fakeroot): Update to 1.24.
[source]: Adjust and use HTTPS.

gnu: eclib: Update to 20190909.

* gnu/packages/algebra.scm (eclib): Update to 20190909.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.9.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.9.

gnu: monero-gui: Update to 0.14.1.2.

* gnu/packages/finance.scm (monero-gui): Update to 0.14.1.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero: Activate Trezor support.

* gnu/packages/finance.scm (monero):
  [native-inputs]: Add python and protobuf.
  [inputs]: Add libusb and protobuf.
  [arguments]: Add delete-dead-links phase.
  (monero-gui)[inputs]: Add libusb and protobuf.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: monero: Fix detection of readline library.

* gnu/packages/finance.scm (monero)[arguments]: Define 'Readline_ROOT_DIR'
  in 'configure-flags'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add copyright header.

* gnu/packages/xfce.scm: Add copyright header.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: orage: Fix build.

* gnu/packages/xfce.scm (orage)[arguments]: Add phase fixing build with libical3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ristretto: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/xfce.scm (ristretto): Update to 0.10.0.
[inputs] Add gtk+. Remove gtk+-2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: mousepad: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): Update to 0.4.2.
[arguments] Remove unnecessary --enable-gtk3 flag from #:configure-flags.
[inputs] Add xfconf.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: crate: Allow imports of a specific version.

* guix/import/crate.scm (crate->guix-package): Add optional 'version'
argument and honor it.
* guix/scripts/import/crate.scm (guix-import-crate): Assume the first
argument is a spec and destructure it with
'package-name->name+version'.  Pass both to 'crate->guix-package'.
* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

refresh: Distinguish between "no updater" and "failing updater".

Previously, something like "guix refresh texmacs" would report "no
updater".  Now, it reports that the 'gnu-ftp' updater failed to list
releases.

* guix/upstream.scm (lookup-updater): Use 'find' instead of 'any' to
return the <upstream-updater>.
(package-latest-release): Adjust accordingly.
* guix/scripts/refresh.scm (check-for-package-update): When
'package-latest-release' returns #f, distinguish between "no updater"
and "failing updater".

packages: 'package-field-location' really catches 'system-error.

This had been wrong since forever (i.e., 2013).

* guix/packages.scm (package-field-location): Catch 'system-error, not
'system.

gnu: zeromq: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/networking.scm (zeromq)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: zeromq: Update to 4.3.2.

* gnu/packages/networking.scm (zeromq): Update to 4.3.2.
[source]: Download GitHub release tarball.

gnu: libmbim: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim): Update to 1.20.0.

gnu: libmbim: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libmbim)[source]: Hard-code NAME.

gnu: libsecret: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): Update to 0.19.1.

gnu: libsecret: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret)[source]: Hard-code NAME.

gnu: mes: Update to 0.20.

* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.20.  Use nyacc-0.99.0.

gnu: mescc-tools: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/mes.scm (mescc-tools): Update to 0.6.1.

gnu: nyacc: Update to 0.99.0.

* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 0.99.0.

gnu: grammalecte: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.4.0.
[synopsis]: Remove spurious space.

gnu: Add scron.

* gnu/packages/suckless.scm (scron): New package.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: kdeconnect: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/kde.scm (kdeconnect): Update to 1.3.5.
[source]: Update source uri.

gnu: kdeconnect: Set upstream-name.

* gnu/packages/kde.scm (kdeconnect)[properties]: New field.

gnu: Add r-soupx.

* gnu/packages/cran.scm (r-soupx): New variable.

gnu: retroarch: Update to 1.7.8.3.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.7.8.3.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.2.2.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.2.2.

gnu: glib-networking: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (glib-networking)[source]: Hard-code NAME.

services: Add ‘/usr/bin/env’ special file.

* gnu/services/base.scm (%base-services): Add ‘/usr/bin/env‘ to
special-files-service-type.

gnu: bs1770gain: Return #t from source snippet.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain)[source]: Return #t from snippet.

gnu: bs1770gain: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain): Update to 0.6.0.
[source]: Adjust snippet.

gnu: diffoscope: Add zip and unzip for test suite.

* gnu/packages/package-management (diffoscope)[native-inputs]: Add zip, unzip.

gnu: Add pgpdump.

* gnu/packages/gnupg (pgpdump): New variable.
* gnu/packages/package-management (diffoscope)[native-inputs]: Add pgpdump.

gnu: js-respond: Don't use unstable-tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-respond)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-respond: Use minify-build-system.

* gnu/packages/javascript.scm (js-respond)[build-system]: Use
minify-build-system.
[arguments]: Remove custom builder code.
[native-inputs]: Remove uglify-js, source, gzip, tar.

gnu: js-filesaver: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-filesaver)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-es5-shim: Update to 4.5.13.

* gnu/packages/javascript.scm (js-es5-shim): Update to 4.5.13.

gnu: js-es5-shim: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-es5-shim)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-selectize: Update to 0.12.6.

* gnu/packages/javascript.scm (js-selectize): Update to 0.12.6.

gnu: js-selectize: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-selectize)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-highlight: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-highlight)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-strftime: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-strftime)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: js-html5shiv: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/javascript.scm (js-html5shiv)[source]: Use 'git-fetch'.

services: openntpd: Fix the config generation code.

This fixes issue #37318 (see: http://bugs.gnu.org/37318).

* gnu/services/networking.scm (openntpd-configuration->string): Rewrite in
order to make the "openntpd configuration generation sanity check" test pass.

services: openntpd: Add test for issue #3731.

See http://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=37318.

* gnu/services/networking.scm (openntpd-configuration->string): New procedure,
extracted from top of the `openntpd-shepherd-service' to make it testable.
(openntpd-shepherd-service): Adapt following the move of the code to the above
procedure.
* tests/networking.scm: Add a test for the `openntpd-configuration->string'
procedure.

services: openntpd: Remove useless let.

* gnu/services/networking.scm (openntpd-shepherd-service): Remove useless let.

gnu: openntpd: Fix error CA errors when using constraints.

The error printed by nttpd was "constraint: failed to load constraint ca" when
libressl tried loading the file /etc/ssl/cert.pem.  The problem was
investigated as part of fixing issue 37318 (see:
http://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=37318).

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd)[configure-flags]: Use the '--with-cacert'
flag to specify the location of the certificate authority file of libressl.

services: ntp: Support different NTP server types and options.

* gnu/services/networking.scm (ntp-server-types): New enum.
(<ntp-server>): New record type.
(ntp-server->string): New procedure.
(%ntp-servers): Define in terms of <htp-server> records.  Use the first
entrypoint server as a pool instead of a list of static servers.  This is more
resilient since a new server of the pool can be interrogated on every
request.  Add the 'iburst' options.
(ntp-configuration-servers): Define a custom accessor that warns but honors
the now deprecated server format.
(<ntp-configuration>): Use it.
(%openntpd-servers): New variable,
(<openntpd-configuration>): Use it, as a pool ('servers' field) instead of a
regular server.
* tests/networking.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Register it.
* doc/guix.texi: Update documentation.

doc: Add index to find 'ntpd'.

* doc/guix.texi (Networking Services): Add @cindex to find 'ntpd'

services: ntp: Fix KOD warning.

Otherwise the following messages would be printed by ntpd:

Sep  2 05:18:21 localhost ntpd[15849]: restrict default: KOD does nothing without LIMITE.
Sep  2 05:18:21 localhost ntpd[15849]: restrict ::: KOD does nothing without LIMITED.

Debian uses the same set of "restrict" keywords (see:
https://sources.debian.org/src/ntp/1:4.2.8p13+dfsg-2/debian/ntp.conf).

* gnu/services/networking.scm (ntp-shepherd-service): Add the 'limited'
keyword to both the IPv4 and IPv6 'restrict' directives.

services: ntp: Allow large adjustment by default.

This is documented as best practice in `man ntpd', and is required to allow
the date to be set correctly when traveling (without having to manually update
the hardware clock in the BIOS/UEFI).

* gnu/services/networking.scm (<ntp-server>)[allow-large-adjustment?]: Set the
default value to #t.
* doc/guix.texi (Networking Services): Update documentation.

doc: Fix verb conjugation.

* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Change "run" to "ran".

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: thunar-volman: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/xfce.scm (thunar-volman): Update to 0.9.5.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: github: Fix incorrect no-release case.

This is a followup to 81c3dc32244a17241d74eea9fa265edfcb326f6d.

Since that commit, when /releases returned an empty JSON array, we would
not fall back to /tags because of the incorrect match.

* guix/import/github.scm (fetch-releases-or-tags): Match the empty
vector instead of the empty list.

gnu: tumbler: Remove unused gstreamer.

* gnu/packages/xfce.scm (tumbler)[inputs]: Remove gstreamer.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: tumbler: Fix pdf thumbnailer.

* gnu/packages/xfce.scm (tumbler)[inputs]: Add cairo.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libraft: Fetch source from Git.

* gnu/packages/cluster.scm (libraft)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: Add libraft

* gnu/packages/cluster.scm (libraft): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update to cc98b00.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to cc98b00.
(guix-daemon)[arguments]: Remove 'install' phase; add
'change-default-guix' phase.

gnu: micropython: Update to 1.11.

* gnu/packages/python.scm (micropython): Update to 1.11.

gnu: wget2: Update to 1.99.2.

* gnu/packages/wget.scm (wget2): Update to 1.99.2.
[source]: Download from gnu mirrors.
[arguments]: Remove custom 'bootstrap phase, update custom
'skip-network-tests phase. Don't build static library.
[inputs]: Add bzip2, gpgme, zlib.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, flex, gettext-minimal,
libtool, python-2.

gnu: wget.scm: Use license: prefix.

* gnu/packages/wget.scm (wget, wgetpaste, wget2)[license]: Use
'license:' prefix.

etc: Remove references to libexec/guix* from SELinux policy.

* etc/guix-daemon.cil.in: Remove references to libexec/guix*.

daemon: Remove 'NIX_LIBEXEC_DIR'.

* nix/libstore/globals.hh (Settings)[nixLibexecDir]: Remove.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::processEnvironment): Remove
reference to 'nixLibexecDir'.
* nix/local.mk (libstore_a_CPPFLAGS): Remove -DNIX_LIBEXEC_DIR flag.
* build-aux/pre-inst-env.in: Remove references to 'NIX_LIBEXEC_DIR'.

daemon: Run 'guix substitute' directly and assume a single substituter.

The daemon had a mechanism that allows it to handle a list of
substituters and try them sequentially; this removes it.

* nix/scripts/substitute.in: Remove.
* nix/local.mk (nodist_pkglibexec_SCRIPTS): Remove.
* config-daemon.ac: Don't output 'nix/scripts/substitute'.
* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal)[subs, sub, hasSubstitute]:
Remove.
[tryNext]: Make private.
(SubstitutionGoal::SubstitutionGoal, SubstitutionGoal::init): Remove now
unneeded initializers.
(SubstitutionGoal::tryNext): Adjust to assume a single substituter: call
'amDone' upfront when we couldn't find substitutes.
(SubstitutionGoal::tryToRun): Adjust to run 'guix substitute' via
'settings.guixProgram'.
(SubstitutionGoal::finished): Call 'amDone(ecFailed)' upon failure
instead of setting 'state' to 'tryNext'.
* nix/libstore/globals.hh (Settings)[substituters]: Remove.
* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::~LocalStore): Adjust to
handle a single substituter.
(LocalStore::startSubstituter): Remove 'path' parameter.  Adjust to
invoke 'settings.guixProgram'.  Don't refer to 'run.program', which no
longer exists.
(LocalStore::querySubstitutablePaths): Adjust for 'runningSubstituters'
being a singleton instead of a list.
(LocalStore::querySubstitutablePathInfos): Likewise, and remove
'substituter' parameter.
* nix/libstore/local-store.hh (RunningSubstituter)[program]: Remove.
(LocalStore)[runningSubstituters]: Remove.
[runningSubstituter]: New field.
[querySubstitutablePathInfos]: Remove 'substituter' parameter.
[startSubstituter]: Remove 'substituter' parameter.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Remove references to
'settings.substituters'.
* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (performOp): Ignore the user's
"build-use-substitutes" value when 'settings.useSubstitutes' is false.

daemon: Run 'guix offload' directly.

* nix/scripts/offload.in: Remove.
* nix/local.mk (nodist_pkglibexec_SCRIPTS) [BUILD_DAEMON_OFFLOAD]:
Remove 'scripts/offload'.
* config-daemon.ac: Don't output 'nix/scripts/offload'.
* build-aux/pre-inst-env.in: Don't set 'NIX_BUILD_HOOK'.
* nix/libstore/build.cc (HookInstance::HookInstance): Run 'guix
offload'.
(DerivationGoal::tryBuildHook): Remove reference to 'NIX_BUILD_HOOK'.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main) [HAVE_DAEMON_OFFLOAD_HOOK]: Don't
set 'NIX_BUILD_HOOK'.
* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (performOp) [!HAVE_DAEMON_OFFLOAD_HOOK]:
Leave 'settings.useBuildHook' unchanged.

daemon: Run 'guix perform-download' directly.

* nix/scripts/download.in: Remove.
* nix/local.mk (nodist_pkglibexec_SCRIPTS): Remove 'scripts/download'.
* config-daemon.ac: Don't output 'nix/scripts/download'.
* nix/libstore/builtins.cc (builtinDownload): Invoke 'guix
perform-download' directly.

daemon: Run 'guix authenticate' directly.

* nix/scripts/authenticate.in: Remove.
* nix/local.mk (nodist_pkglibexec_SCRIPTS): Remove
scripts/authenticate.
* config-daemon.ac: Don't output 'nix/scripts/authenticate'.
* nix/libstore/local-store.cc (runAuthenticationProgram): Run 'guix
authenticate'.

daemon: Invoke 'guix gc --list-busy' instead of 'list-runtime-roots'.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in: Remove.
* guix/store/roots.scm (%proc-directory): New variable.
(proc-file-roots, proc-exe-roots, proc-cwd-roots)
(proc-fd-roots, proc-maps-roots, proc-environ-roots)
(referenced-files, canonicalize-store-item, busy-store-items): New
procedures, taken from 'list-runtime-roots.in'.
* nix/libstore/globals.hh (Settings)[guixProgram]: New field.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::processEnvironment): Initialize
'guixProgram'.
* nix/libstore/gc.cc (addAdditionalRoots): Drop code related to
'NIX_ROOT_FINDER'.  Run "guix gc --list-busy".
* nix/local.mk (nodist_pkglibexec_SCRIPTS): Remove
'scripts/list-runtime-roots'.
* config-daemon.ac: Don't output nix/scripts/list-runtime-roots.
* build-aux/pre-inst-env.in: Don't set 'NIX_ROOT_FINDER'.
Set 'GUIX'.
* doc/guix.texi (Invoking guix gc): Document '--list-busy'.
* guix/scripts/gc.scm (show-help, %options): Add "--list-busy".
(guix-gc)[list-busy]: New procedure.
Handle the 'list-busy' action.

gnu: Add fmit.

* gnu/packages/music.scm (fmit): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: haskell-xyz.scm: Correctly hide packages.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-attoparsec-bootstrap,
ghc-integer-logarithms-bootstrap, ghc-scientific-bootstrap,
ghc-semigroups-bootstrap, ghc-unordered-containers-bootstrap,
ghc-wcwidth-bootstrap)[properties]: Fix typo, make 'hidden?' a tuple.

gnu: Add emacs-tao-theme.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tao-theme): New variable.

gnu: Add odt2txt.

* gnu/packages/textutils (odt2txt): New variable.
* gnu/packages/package-management (diffoscope)[native-inputs]: Add odt2txt.
  [use-modules]: Remove accidentally added libreoffice package module.

gnu: Add sng.

* gnu/packages/images (sng): New variable.
* gnu/packages/package-management (diffoscope)[native-inputs]: Add sng.

gnu: Add pngsuite.

* gnu/packages/image (pngsuite): New variable.

gnu: diffoscope: Enable even more tests.

* gnu/packages/package-management (diffoscope)[native-inputs]: Add additional
  dependencies for tests.
  [use-module]: Add corresponding package modules.

gnu: diffoscope: Enable additional tests.

* gnu/packages/package-management (diffoscope) [native-inputs]: Add additional
  packages used for tests.

gnu: diffoscope: Update to 123.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Update to 123.
  [arguments]: Update phase writable-test-data to include tests directory.
    Add phase remove-ocaml-test.

gnu: python-debian: Update to 0.1.36.

* gnu/packages/python-xyz (python-debian): Update to 0.1.36.
  [source]: Switch to using git-fetch.
  [arguments]: Add phase to delete tests depending on tools not yet present in
  guix.
  [propagated-inputs]: Add python-chardet.

gnu: r-rsubread: Update to 1.34.7.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 1.34.7.

gnu: r-regioner: Update to 1.16.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.16.3.

gnu: r-gprofiler: Update to 0.6.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gprofiler): Update to 0.6.8.

gnu: r-annotationhub: Update to 2.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationhub): Update to 2.16.1.

gnu: r-edger: Update to 3.26.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-edger): Update to 3.26.8.

gnu: r-ggraph: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggraph): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Add r-graphlayouts, r-rlang, and r-tidygraph; remove
r-plyr.

gnu: r-msigdbr: Update to 7.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-msigdbr): Update to 7.0.1.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.12.0.

gnu: r-ggformula: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggformula): Update to 0.9.2.

gnu: r-insight: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.5.0.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.2.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.2.3.

gnu: r-geometry: Update to 0.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-geometry): Update to 0.4.4.

gnu: r-feather: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-feather): Update to 0.3.4.

gnu: r-matrixstats: Update to 0.55.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-matrixstats): Update to 0.55.0.