doc: Add "lightweight desktop" OS config example.

* gnu/system/examples/desktop.tmpl (packages): Remove XFCE and
RATPOISON.
(services): Add 'gnome-desktop-service' and 'xfce-desktop-service'.
* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: New file.
* Makefile.am (EXAMPLES): Add it.
* doc.am (OS_CONFIG_EXAMPLES_TEXI): Add
doc/os-config-lightweight-desktop.texi.
* gnu/system/install.scm (/etc/configuration-files)[directory]: Add
lightweight-desktop.tmpl.

derivations: Raise an error when a module file is not found.

Suggested by Jookia.

* guix/derivations.scm (&file-search-error): New error condition.
(search-path*): Raise it when 'search-path' returns #f.
* guix/gexp.scm (search-path*): Remove.
* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Add case for
'file-search-error?'.
* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation and invalid
module name"): New test.

derivations: Add 'module->source-file-name'.

* guix/derivations.scm (module->source-file-name): New procedure.
(%imported-modules): Use it.
* guix/gexp.scm (imported-modules): Likewise.

substitute: Gracefully handle TLS errors.

* guix/scripts/substitute.scm (with-networking): Use 'match-lambda*' and
add case for 'gnutls-error'.

import: cran: Accept single URL in addition to single URL.

* guix/import/cran.scm (package->upstream-name): Match single URL in
  addition to list of URLs.

gnu: webkitgtk-2.4: Update to 2.4.10 [fixes many security flaws].

Fixes CVE-2014-1748, CVE-2015-1071, CVE-2015-1076, CVE-2015-1081,
CVE-2015-1083, CVE-2015-1120, CVE-2015-1122, CVE-2015-1127, CVE-2015-1153,
CVE-2015-1155, CVE-2015-3658, CVE-2015-3659, CVE-2015-3727, CVE-2015-3731,
CVE-2015-3741, CVE-2015-3743, CVE-2015-3745, CVE-2015-3747, CVE-2015-3748,
CVE-2015-3749, CVE-2015-3752, CVE-2015-5788, CVE-2015-5794, CVE-2015-5801,
CVE-2015-5809, CVE-2015-5822, and CVE-2015-5928.

* gnu/packages/patches/webkitgtk-2.4-sql-init-string.patch: Delete file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk-2.4): Update to 2.4.10.
[source]: Remove patch.

gnu: linux-libre-4.1: Update to 4.1.20.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.20.

Merge branch 'security-updates'

gnu: chicken: Build with GCC 4.8.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken)[native-inputs]: Add GCC 4.8.

gnu: chicken: Disable port tests.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken)[arguments]: Do not run port tests.

gnu: chicken: Use "modify-phases" syntax.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken)[arguments]: Use "modify-phases"
  syntax.

gnu: chicken: Update to 4.10.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 4.10.0.

gnu: mutt: Enable header caching.

* gnu/packages/mail.scm (mutt)[inputs]: Add gdbm.
[arguments]: Pass --enable-hcache to #:configure-flags.

gnu: gmtp: Update to 1.3.10.

* gnu/packages/libusb.scm (gmtp): Update to 1.3.10.

gnu: artanis: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/guile.scm (artanis): Update to 0.1.2.
[arguments]: Set DESTDIR.

gnu: Add r-doparallel.

* gnu/packages/statistics.scm (r-doparallel): New variable.

gnu: Add r-foreach.

* gnu/packages/statistics.scm (r-foreach): New variable.

gnu: Add r-codetools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-codetools): New variable.

gnu: Add r-iterators.

* gnu/packages/statistics.scm (r-iterators): New variable.

gnu: Add ustr.

* gnu/packages/textutils.scm (ustr): New variable.

gnu: ddrescue: Update to 1.21.

* gnu/packages/disk.scm (ddrescue): Update to 1.21.

build: Rewrite comments for man pages.

* doc.am <Man pages>: Rewrite comments to describe the build process and
the meaning of the noticeable idiosyncrasies in a more general way.

build: Build man pages in $(srcdir).

Before that the doc/guix.1 rule was always triggered when doing a VPATH
build from a tarball.

* doc.am (sub_commands_mans, dist_man1_MANS): man pages are now
generated in $(srcdir) like the info manual.
(doc/guix.1, doc/guix-%.1): Prepend $(srcdir) to target name.
[BUILD_DAEMON] (doc/guix-daemon.1): Likewise.

build: Make 'guix' man page depend on scripts/guix.in.

* doc.am (doc/guix.1): Add scripts/guix.in prerequisite.

Revert "build: Do not remake doc/guix.1."

This reverts commit 97966e6d65bd3d450f12c7bb41af5f9eafd35a60.

gnu: udisks: Enforce non-reference of the "doc" output.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[arguments]: Add
  #:disallowed-references.

build-system/gnu: Add #:disallowed-references.

* guix/build-system/gnu.scm (gnu-build): Add #:disallowed-references and
honor it.
(gnu-cross-build): Likewise.

gexp: Add #:disallowed-references.

* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:disallowed-references and
honor it.
* tests/gexp.scm ("gexp->derivation #:disallowed-references, allowed")
("gexp->derivation #:disallowed-references"): New tests.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Adjust accordingly.

derivations: Add #:disallowed-references.

* guix/derivations.scm (derivation): Add #:disallowed-references.
[user+system-env-vars]: Honor it.
(build-expression->derivation): Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation #:disallowed-references, ok")
("derivation #:disallowed-references, not ok"): New tests.
* doc/guix.texi (Derivations): Adjust accordingly.

system: Make sure fonts are searched for in the system profile.

This fixes a bug whereby fonts in /run/current-system/profile would be
invisible to Fontconfig.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontconfig): Add comment about system
profile not being searched.
* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons)[fonts.conf-content,
fonts.conf]: New variable.
Add FONTS.CONF to the skeletons.

gnu: gnome: Add dependency on font-abattis-cantarell.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]: Add
FONT-CANTARELL.

system: Allow account skeletons to be directories.

* gnu/system/shadow.scm (skeleton-directory): Use 'copy-recursively'
instead of 'copy-file'.
* gnu/build/activation.scm (copy-account-skeletons): Likewise.

gnu: Add font-abattis-cantarell.

* gnu/packages/fonts.scm (font-cantarell): New variable.

import: pypi: Emit 'pypi-uri' only when it yields the right URL.

Fixes <http://bugs.gnu.org/23062>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* guix/import/pypi.scm (make-pypi-sexp): Check whether 'pypi-uri'
returns SOURCE-URL and fall back to the full URL otherwise.
* tests/pypi.scm ("pypi->guix-package"): Adjust expected URI
accordingly.

Co-authored-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: fontforge: Make builds bit-reproducible.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontforge)[source](snippet, modules): New
fields.

gnu: fontforge: Update to 20150824.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontforge): Update to 20150824.
[inputs]: Add libltdl, libxft, python.
[native-inputs]: New field.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Protect against misconfiguration of localstatedir.

Suggested by Jookia <166291@gmail.com>.

* m4/guix.m4 (GUIX_CURRENT_LOCALSTATEDIR, GUIX_CHECK_LOCALSTATEDIR): New
macros.
* config-daemon.ac: Use 'GUIX_CHECK_LOCALSTATEDIR'.
* Makefile.am (DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS): Add --localstatedir.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention --localstatedir.
(The Store): Mention LOCALSTATEDIR as such.

gnu: kodi: Remove @acronym from description.

This works around <http://bugs.gnu.org/21772>.

* gnu/packages/kodi.scm (crossguid): Remove @acronym.

gnu: r-dnacopy: Fix home page URL.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-dnacopy)[home-page]: Add missing
URI scheme.

gnu: gnome: Disable hardware acceleration check via 'gnome.desktop'.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session)[arguments]: Add
'disable-hardware-acceleration-check' phase.

services: xorg: Accept session commands with arguments.

Before that, a session command with several items, such as
'gnome-session --disable-acceleration-check', would trigger the fallback
session.

* gnu/services/xorg.scm (xinitrc)[builder]: Accept command lines with
more than one arguments.

gnu: gnome-session: Make sure 'gsettings' is found.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session)[arguments]: Add
'wrap-gnome-session' phase.

gnu: Add beets.

* gnu/packages/music.scm (beets): New variable.

gnu: Add python-rarfile.

* gnu/packages/python.scm (python-rarfile, python2-rarfile): New
variables.
* gnu/packages/patches/python-rarfile-fix-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add python2-unicodecsv.

* gnu/packages/python.scm (python2-unicodecsv): New variable.

gnu: Add python-jellyfish.

* gnu/packages/python.scm (python-jellyfish, python2-jellyfish): New variables.

gnu: Add python-mpd2.

* gnu/packages/mpd.scm (python-mpd2, python2-mpd2): New variables.

gnu: Add python2-pathlib.

* gnu/packages/python.scm (python-pathlib, python2-pathlib): New variables.

gnu: Add python-responses.

* gnu/packages/python.scm (python-responses, python2-responses): New variables.

gnu: Add python-cookies.

* gnu/packages/python.scm (python-cookies, python2-cookies): New variable.

gnu: Add python-pylast.

* gnu/packages/music.scm (python-pylast, python2-pylast): New variables.

gnu: Add python-pyechonest.

* gnu/packages/music.scm (python-pyechonest, python2-pyechonest): New variables.

gnu: Add python-flask.

* gnu/packages/python.scm (python-flask, python2-flask): New variables.

gnu: Add python-musicbrainzngs.

* gnu/packages/music.scm (python-musicbrainzngs, python2-musicbrainzngs): New
variables.

gnu: Add python-munkres.

* gnu/packages/python.scm (python-munkres, python2-munkres): New variables.

gnu: Add python-mutagen.

* gnu/packages/music.scm (python-mutagen, python2-mutagen): New variables.

gnu: linux-libre-4.4: Update to 4.4.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.6.

gnu: bundler: Update to 1.11.2.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.11.2.

gnu: vigra: Update to 1.11.0.

* gnu/packages/image.scm (vigra)[source]: Update to 1.11.0.
  [arguments]: Disable parallel builds.

gnu: aria2: Update to 1.21.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (aria2): Update to 1.21.0.

gnu: libotr: Fix tests on mips64el.

* gnu/packages/patches/libotr-test-auth-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/messaging.scm (libotr)[source]: Add patch.

substitute: Do not leak file descriptors for TLS connections.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/20145>.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch, download-cache-info):
(http-multiple-get, fetch-narinfos, progress-report-port): Use
'close-connection' instead of 'close-port'.

substitute: Cache transient HTTP errors for 10mn.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch-narinfos)[handle-narinfo-response]:
Cache transient errors for 10mn.
(%narinfo-transient-error-ttl): New variable.

lint: Do not leak file descriptors for TLS connections.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/20145>.

* guix/scripts/lint.scm (probe-uri): Use 'close-connection' instead of
'close-port'.

download: Add 'close-connection'.

Partially fixes <http://bugs.gnu.org/20145>.

* guix/build/download.scm (add-weak-reference): Remove.
(%tls-ports): New variable.
(register-tls-record-port): New procedure.
(tls-wrap): Use it instead of 'add-weak-reference'.
(close-connection): New procedure.

substitute: Update progress for responses different from 200/404.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch-narinfos)[handle-narinfo-response]:
Add missing call to 'update-progress!'.

gnu: postgresql: Update to 9.5.1.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.5.1.

gnu: mysql: Update to 5.7.11.

* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.7.11.
[source]: Add archives as alternate download location.
[arguments]: Remove custom phase 'strip-extra-references. Add
substitution to target boost-1.60.

gnu: gnome-session: Add elogind input.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session): Add elogind input, while
  disabling the use of systemd's journal.

gnu: bless: Remove bundled sources for sparsehash.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bless)[source]: Delete
"google-sparsehash" sources.
[inputs]: Add "sparsehash".

gnu: Add CD-HIT.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cd-hit): New variable.

doc: Add missing comma after @xref.

Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Service Reference): Add comma after @xref.

doc: GNOME is now available.

* doc/guix.texi (Limitations): Rephrase item about GNOME and KDE.

gnu: elogind: Update to 219.14.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 219.14.

gnu: emacs-pdf-tools: Add missing input.

This is a followup to commit eccd0b57a1f05b3caca28604f4d2c06556e2fe05.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pdf-tools)[propagated-inputs]: Add
'let-alist'.

gnu: emacs-pdf-tools: Use emacs-build-system for elisp side.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pdf-tools)[arguments]: Add phases from
emacs-build-system to build elisp side.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add WAH plugins.

* gnu/packages/audio.scm (wah-plugins): New variable.

gnu: Add STE plugins.

* gnu/packages/audio.scm (ste-plugins): New variable.

gnu: Add FIL plugins.

* gnu/packages/audio.scm (fil-plugins): New variable.

gnu: Add REV plugins.

* gnu/packages/audio.scm (rev-plugins): New variable.

gnu: Add AMB plugins.

* gnu/packages/audio.scm (amb-plugins): New variable.

gnu: Add g2reverb.

* gnu/packages/audio.scm (g2reverb): New variable.

gnu: Add vco-plugins.

* gnu/packages/audio.scm (vco-plugins): New variable.

gnu: Add mcp-plugins.

* gnu/packages/audio.scm (mcp-plugins): New variable.

licenses: Add Apache Software License 1.1.

* guix/licenses.scm (asl1.1): New variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add perl-text-neattemplate.

* gnu/packages/perl.scm (perl-text-neattemplate): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add freefall.

* gnu/packages/linux.scm (freefall): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: mariadb: Update to 10.1.12.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.12.

build: Do not remake doc/guix.1.

* doc.am (doc/guix.1): Do not depend on $(sub_commands_mans) which will
  always appear out-of-date.

gnu: petsc: Fix compiler configuration references.

* gnu/packages/maths.scm (petsc)[arguments]: When patching compiler
  driver paths, do not assume they come from fortran input.

gnu: slepc: Set origin file-name.

* gnu/packages/maths.scm (slepc)[source]: Add file-name.

gnu: Fix definitions of gcc-toolchain-4.8 and gcc-toolchain-4.9.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-4.8): Use gcc-4.8,
not gcc-final.
(gcc-toolchain-4.9): Use gcc-final, not gcc-4.9.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc): Add reminder comment for the future.

gnu: guix: Update development snapshot to 71e2065.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 71e2065.

gnu: offlineimap: Update to 6.7.0.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 6.7.0.

substitute: Honor client-provided empty URL list.

Before that, 'guix build --substitute-urls=""' would lead to using the
daemon's own URL list instead of the empty list.  The 'or*' hack, which
is to blame, had become unnecessary since commit
fb4bf72be3fbc23bca35ba4b842b7e1517ef0e3a.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/substitute.scm (or*): Remove.
(%cache-urls): Use 'or' instead of 'or*'.
* tests/store.scm ("substitute query, alternating URLs"): Add test with
empty URL list.
* doc/guix.texi (Common Build Options): Mention the empty string.

build: Write emacs-autoloads.el to $(builddir).

* emacs.am ($(AUTOLOADS)): Write to $(builddir), not $(srcdir).

substitute: Honor the 'max-age' of 'Cache-Control' headers.

This allows substitute servers to tell 'guix substitute' how long they
can cache narinfo lookups.

* guix/scripts/substitute.scm (cache-narinfo!): Add 'ttl' parameter.
[cache-entry]: Honor it.
(fetch-narinfos)[handle-narinfo-response]: Check the 'Cache-Control'
header of RESPONSE and pass its 'max-age' value to 'cache-narinfo!'.

substitute: Make room for a 'ttl' field in cached entries.

* guix/scripts/substitute.scm (cached-narinfo): Expect 'narinfo' sexp
version 2 with a 'ttl' field.
(cache-narinfo!)[cache-entry]: Produce 'narinfo' sexp version 2 with a
'ttl' field.
(remove-expired-cached-narinfos)[expired?]: Read 'narinfo' sexp version 2.

gnu: cm: Update to 0.3.

* gnu/packages/algebra.scm (cm): Update to 0.3.
  [license]: Change to gpl3+.

build: Default to "https://mirror.hydra.gnu.org/" for substitutes.

* config-daemon.ac: Check for (gnutls) and define 'GUIX_SUBSTITUTE_URLS'.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Use GUIX_SUBSTITUTE_URLS.
* guix/store.scm (%default-substitute-urls): Use 'https' when (gnutls)
is available.
* doc/guix.texi (Binary Installation): Mention mirrors
(Invoking guix-daemon): Mention mirror.hydra.gnu.org.
(Substitutes): Mention mirrors.
(Invoking guix archive): Show https URLs.