gnu: runc: Update to 1.0.0-rc6 [fixes CVE-2019-5736].

* gnu/packages/virtualization.scm (runc): Update to 1.0.0-rc6.
[source]: Use a descriptive file-name. Add 'runc-CVE-2019-5736.patch'
* gnu/packages/patches/runc-CVE-2019-5736.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: lzlib: Remove minilzip comment.

It lacks lzip's dependency on libstdc++.so and libm.so and may have its
uses.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib): Don't judge.

gnu: lzlib: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib): Update to 1.11.

gnu: lzlib: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib)[source]: Hard-code NAME.

gnu: clzip: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (clzip): Update to 1.11.

gnu: clzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (clzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: lunzip: Update to 1.11.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip): Update to 1.11.

gnu: lunzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: plzip: Update to 1.8.

* gnu/packages/compression.scm (plzip): Update to 1.8.

gnu: plzip: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (plzip)[source]: Hard-code NAME.

gnu: lziprecover: Update to 1.21.

* gnu/packages/compression.scm (lziprecover): Update to 1.21.

gnu: lziprecover: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/compression.scm (lziprecover)[source]: Hard-code NAME.

gnu: perl-dbi: Update to 1.642.

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbi): Update to 1.642.

gnu: kyotocabinet: Update to 1.2.77.

* gnu/packages/databases.scm (kyotocabinet): Update to 1.2.77.

gnu: os-prober: Update to 1.77.

* gnu/packages/bootloaders.scm (os-prober): Update to 1.77.

gnu: feh: Update to 3.1.2.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 3.1.2.

gnu: python-pybedtools: Update to 0.8.0 and fix build.

From 40db2b4eae5ca61a3134cdaf7b156ed1ae9f7415 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Date: Sun, 10 Feb 2019 23:39:25 -0500
Subject: [PATCH] gnu: python-pybedtools: Update to 0.8.0 and fix build.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybedtools): Update to 0.8.0.
[phases]{disable-broken-tests}: Do not disable "test_issue_157" and
"test_to_dataframe" tests.  Disable the "test_getting_example_beds".
{remove-cython-generated-files}: Add phase.
{generate-cython-extensions}: Add phase.
{check}: Move from python2-pybedtools to here.  Add a scripts
subdirectory of the build directory to the PATH, so that the tests can call
them.  Invoke pytest rather than nosetests.
[modules]: Move from python2-pybedtools to here.
[propagated-inputs]: Depend on the current BEDTOOLS rather than version 1.26.
[native-inputs]: Replace python-nose by python-pytest and add python-psutil.

gnu: efilinux: Set ARCH variable on some architectures.

Even with this patch efilinux does not build for arm*.

* gnu/packages/efi.scm (efilinux)[arguments]: On armhf-linux and
aarch64-linux set the ARCH variable apropriately.

gnu: Add cnvkit.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cnvkit): New variable.

gnu: Add r-dnacopy.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dnacopy): New variable.

gnu: python-reportlab: Update to 3.5.13.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlab): Update to 3.5.13.
[inputs]: Add freetype.

gnu: glibc@2.27: fix CVE-2018-11236, CVE-2018-11237.

* gnu/packages/base.scm (glibc@2.27)[sources]: Add patches.
[properties]: New field, mark CVE-2017-18269 fixed.
* gnu/packages/patches/glibc-CVE-2018-11236.patch,
gnu/packages/patches/glibc-CVE-2018-11237.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: parallel: Update to 20190122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20190122.

gnu: maven-resolver-api: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/maven.scm (maven-resolver-api)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: multipath-tools: Update to 0.7.9.

* gnu/packages/linux.scm (multipath-tools): Update to 0.7.9.

gnu: websockify: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (websockify)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: libyajl: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (libyajl)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: rapidjson: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: qjson: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (qjson)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: fcgiwrap: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (fcgiwrap)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: mod-wsgi: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (mod-wsgi)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: Guix: Update snapshot to 0.16.0-10.2637cfd.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34444>.

*  gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0.16.0-10.2637cfd.

Avoid name clash with 'build' from (guix store) and (guix status).

Since commit 976ef2d97887d16eab8d4eb9dad811786b04d690, (guix status)
exports 'build', which clashes with 'build' from (guix store).

* build-aux/run-system-tests.scm: Select 'with-status-verbosity'
from (guix status).
* guix/scripts/archive.scm: Likewise.
* guix/scripts/build.scm: Likewise.
* guix/scripts/copy.scm: Likewise.
* guix/scripts/environment.scm: Likewise.
* guix/scripts/pack.scm: Likewise.
* guix/scripts/package.scm: Likewise.
* guix/scripts/pull.scm: Likewise.
* guix/scripts/system.scm: Likewise.

pack, vm: Fix incorrect use of 'package-transitive-propagated-inputs'.

In practice the error was not triggered because
'package-transitive-propagated-inputs' currently returns the empty list
for these two packages.

* guix/scripts/pack.scm (gcrypt-sqlite3&co): Remove labels from the
result.
* gnu/system/vm.scm (gcrypt-sqlite3&co): Likewise.

git: Add an exception printer for 'git-error'.

* guix/git.scm (print-git-error): New procedure.
<top level>: Call 'set-exception-printer!'.

ui: Always print the exception upon load errors.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34402>.
Reported by <pkill9@runbox.com>.

Previously 'display-error' could be called with the wrong number of
arguments (e.g., for 'git-error' exceptions), and thus nothing at all
was displayed.

* guix/ui.scm (report-load-error): Check whether ARGS matches the
parameters for 'display-error' and call 'print-exception' otherwise.

status: Erase the current line upon new builds or downloads.

* guix/status.scm (print-build-event): Add 'erase-current-line*' call
upon 'build-started, 'substituter-started, 'download-started.

HACKING: Update key server.

* HACKING (Commit Access): Recommend pool.sks-keyservers.net.

gnu: guile-picture-language: Update to 0-2.1ea8b78.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-picture-language): Update to 0-2.1ea8b78.

gnu: disorderfs: Update to 0.5.6.

* gnu/packages/file-systems (disorderfs): Update to 0.5.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: diffoscope: Update to 111.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Update to 111.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-cython: Update to 0.29.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cython): Update to 0.29.5.

gnu: pixman: Update source URI.

* gnu/packages/xdisorg.scm (pixman)[source](uri): Use HTTPS.

gnu: python-django: Update to 1.11.20 [fixes CVE-2019-6975].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.20.

gnu: ffmpeg: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 4.1.1.

gnu: miniupnpc: Update to 2.1.20190210.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.1.20190210.

gnu: lv2: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/audio.scm (lv2): Update to 1.16.0.
[arguments]: Remove #:python.
(lv2-devel): Remove variable.
* gnu/packages/music.scm (ingen)[inputs]: Change LV2-DEVEL to LV2.

gnu: vlc: Use libvpx-1.7.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34439>.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Remove libvpx.  Add libvpx-1.7.

services: docker: Make shepherd service also require "dbus-system",
"elogind" and "udev".

Fixes <https://bugs.gnu.org/34333>.

* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Require "dbus-system",
"elogind" and "udev".

gnu: gama: Update to 2.03.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.03.

services: docker: Make shepherd service require "networking".

Fixes <https://bugs.gnu.org/34333>.

* gnu/services/docker.scm (docker-shepherd-service): Require "networking".

gnu: gloox: Update to 1.0.22.

* gnu/packages/messaging.scm (gloox): Update to 1.0.22.

gnu: python-ecpy: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-ecpy): Update to 0.10.0.

gnu: python-pycryptodome: Update to 3.7.3.

* gnu/packages/python-crypto (python-cryptodome): Update to 3.7.3.

gnu: u-boot-novena: Allow booting from raw device offset.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-novena): Disable loading u-boot.img
from a partition.

gnu: Add python-pymsgbox.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pymsgbox): New variable.

gnu: Add python-daemon.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-daemon): New variable.

gnu: dmenu: Update to 4.9.

* gnu/packages/suckless.scm (dmenu): Update to 4.9.

gnu: Dropbear: Add a comment about bundled libraries.

* gnu/packages/ssh.scm (dropbear): Comment.

gnu: curl: Update to 7.64.0 [fixes CVE-2018-16890 and CVE-2019-{3822,3823}].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: New field.
(curl-7.64.0): New variable.

gnu: Dovecot: Update to 2.3.4.1 [fixes CVE-2019-3814].

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.4.1.

gnu: Syncthing: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.0.1.

gnu: MPD: Update to 0.21.4.

We no longer install any systemd unit files for MPD because this is no longer
supported upstream as a matter of policy or via MPD's build system. [0]

Specifically, they don't support using MPD with systemd unless MPD was linked
with libsystemd. The unit files are only built when this is the case.

[0]
<https://github.com/MusicPlayerDaemon/MPD/issues/124#issuecomment-334930456>

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.4.
[build-system]: Use meson-build-system.
[native-inputs]: Add gcc-8, gcc-8:lib, and python-sphinx.
[arguments]: Add a 'expand-C++-include-path' phase. Remove the
'install-service-files' phase. Make sure to build the documentation.

services: gdm: Disable debugging output.

* gnu/services/xorg.scm (gdm-etc-service)[gdm-configuration-file]:
Comment out debugging setting.

gnu: gnome-shell: Customize the GDM log-in screen.

* gnu/packages/patches/gnome-shell-theme.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[source](patches, modules)
(snippet): New fields.
[arguments]: Add 'rebuild-css' phase.
[native-inputs]: Add RUBY-SASS.

artwork: Update snapshot to e951905.

* gnu/artwork.scm (%artwork-repository): Update to e951905.

gnu: gnome: Remove '--disable-acceleration-check' flag from 'gnome.desktop'.

With this change the GNOME session is now listed in the log-in screen of
GDM.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-session)[arguments]: Remove
'disable-hardware-acceleration-check' phase.  That phase was apparently
no longer needed.  Furthermore, GDM expects 'TryExec' to be a file name,
not a file name followed by arguments; thus, the option led GDM to
discard 'gnome.desktop' with "GdmSession: Command not found: TryExec".

gnu: qtwebkit: Build sequentially.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34062>.

* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit)[arguments]: Add #:parallel-build? #f.

gnu: Add ghc-stylish-haskell.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-stylish-haskell): New variable.

gnu: Add ghc-base-unicode-symbols.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-base-unicode-symbols): New variable.

gnu: Add ghc-alsa-core.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-alsa-core): New variable.

gnu: python-trezor: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/finance.scm (python-trezor): Update to 0.11.1.
[arguments]: Remove obsolete "slow_cosi" test.
Delete "test_tx_api" test, which requires network access.
[propagated-inputs]: Add python-construct and python-typing-extensions,
Remove python-hidapi, python-protobuf and python-typing.
[native-inputs]: Remove python-mock, Add protobuf, python-black,
python-protobuf and python-isort.

gnu: Add python-construct.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-construct): New variable.

gnu: Add python-typing-extensions.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-typing-extensions): New variable.

gnu: python-keepkey: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/finance.scm (python-keepkey): Update to 6.0.2.
[propagated-inputs]: Add python-libusb1.

gnu: electron-cash: Update to 3.3.5.

* gnu/packages/finance.scm (electron-cash): Update to 3.3.5.
[source]: Update uri.

gnu: java-xstream: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-xstream)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-xom: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-xom)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add 'make-git-checkout-writable' phase.

gnu: java-jettison: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-jettison)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: tinyxml2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (tinyxml2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-jdom2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-jdom2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-kxml2: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-kxml2)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add 'make-git-checkout-writable' phase.

gnu: java-dom4j: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (java-dom4j)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: java-groovy-bootstrap: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/groovy.scm (java-groovy-bootstrap)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xlsx2csv: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/xml.scm (xlsx2csv)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xlsx2csv: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/xml.scm (xlsx2csv): Update to 0.7.4.

gnu: clojure-tools-macro: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-tools-macro)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: clojure-algo-monads: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-algo-monads)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: clojure-algo-generic: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/clojure.scm (clojure-algo-generic)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: xinetd: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (xinetd)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

install: Use (gnu package certs) module for the nss-certs package.

* gnu/system/install.scm: Use (gnu package certs).

install: Add nss-certs to the image.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add nss-certs.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.174.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.174.

gnu: emacs-pdf-tools: Update to 0.90.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pdf-tools): Update to 0.90.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/emacs-pdf-tools-poppler.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove reference to deleted file.

gnu: electrum: Update to 3.3.3.

* gnu/packages/finance.scm (electrum): Update to 3.3.3.
  [inputs]: Add python-aiohttp, python-aiohttp-socks, python-aiorpcx and
    python-certifi.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-aiorpcx.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiorpcx): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-aiohttp-socks.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp-socks): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: lookingglass: Build with spice-protocol@0.12.14.

* gnu/packages/virtualization.scm (lookingglass)[inputs]: Use
spice-protocol@0.12.14 instead of spice-protocol.

gnu: Add spice-protocol@0.12.14.

* gnu/packages/spice.scm (spice-protocol@0.12.14): New variable.

gnu: python-pytest: Update home page.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest)[home-page]: Follow redirects to
https://docs.pytest.org/en/latest/.