gnu: python-xsge: Update to 2017.06.09.

* gnu/packages/game-development.scm (python-xsge): Update to 2017.06.09.

gnu: python-sge-pygame: Update to 1.5.

* gnu/packages/game-development.scm (python-sge-pygame,
python2-sge-pygame): Update to 1.5.
[inputs]: Add python-uniseg.

gnu: Add python-uniseg.

* gnu/packages/python.scm (python-uniseg, python2-uniseg): New
variables.

gnu: emacs-org: Update to 20170622.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20170622 a.k.a. Org 9.0.9.

gnu: grfcodec: Fix a typo.

* gnu/packages/game-development.scm (grfcodec)[description]: Reorder the
acronym and its expansion using @dfn.

gnu: nml: Fix a typo.

* gnu/packages/game-development.scm (nml)[description]: Reorder the
acronym and its expansion using @dfn. Delete a duplicated word.

gnu: python2-bx-python: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-bx-python): Update to 0.7.3.

gnu: julia: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/julia.scm (libuv-julia): Update to 1.9.0-5.52d72a52.
(julia): Update to 0.6.0.
[arguments]: Remove phase "fix-llvm-flag"; add phase "disable-documentation";
use threaded fftw variant in phase "hardcode-soname-map"; disable "file" tests
in phase "disable-broken-tests"; add "USE_LLVM_SHLIB=0" to make flags.
[native-inputs]: Add "unicode-data".

gnu: surfraw: Fix broken symlinks in manpages.

* gnu/packages/web.scm (surfraw)[arguments]: Add new 'compress-elvi.1sr' phase.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kei@openmailbox.org>

gnu: qtsensors: Lengthen test timeout.

* gnu/packages/qt.scm (qtsensors)[arguments]: Lengthen test
timeout so it passes on slower machines.

gnu: Remove unnecessary module import.

This is a followup to d2885c83929b66a0cf98e740372bddb7e8787631.

* gnu/packages/version-control.scm: Remove needless module import.

daemon: Set TCP_NODELAY and TCP_QUICKACK on remote sockets.

* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (acceptConnection): Set TCP_NODELAY and
TCP_QUICKACK on REMOTE.

daemon: '--listen' can be passed several times, can specify TCP endpoints.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (DEFAULT_GUIX_PORT): New macro.
(listen_options): New variable.
(parse_opt): Push back '--listen' options to LISTEN_OPTIONS.
(open_unix_domain_socket, open_inet_socket)
(listening_sockets): New functions.
(main): Use it.  Pass SOCKETS to 'run'.
* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (matchUser): Remove.
(SD_LISTEN_FDS_START): Remove.
(acceptConnection): New function.
(daemonLoop): Rewrite to take a vector of file descriptors, to select(2)
on them, and to call 'acceptConnection'.
(run): Change to take a vector of file descriptors.
* tests/guix-daemon.sh: Add test.

store: Define a default port for TCP connections.

* guix/store.scm (%default-guix-port): New variable.
(connect-to-daemon)[connect]: Use it when (uri-port uri) is #f.
* doc/guix.texi (The Store): Mention the default port number.

store: Pass a socket type hint to 'getaddrinfo'.

* guix/store.scm (open-inet-socket): Pass hints in the 'getaddrinfo'
call.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.4 [fixes CVE-2017-2538].

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.4.

gnu: python-drmaa: Update source URL.

* gnu/packages/python.scm (python-drmaa)[source]: Use pypi-uri.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.5.1.

gnu: openvpn: Update to 2.4.3 [fixes CVE-2017-{7508,7512,7520,7521,7522}].

See 'Changes.rst' in the source distribution for more information about the
security-related changes.

* gnu/packages/vpn.scm (openvpn): Update to 2.4.3.

gnu: Update calibre to 3.0.0.

* gnu/local.mk: Remove patch.
* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 3.0.0.
* gnu/packages/patches/calibre-dont-load-remote-icons.patch: Remove file.

gnu: propeller-gcc: Default to version 4.

* gnu/packages/embedded.scm (propeller-gcc): Rename this...
(propeller-gcc-6): ...to this.
(propeller-gcc-4): Inherit from propeller-gcc-6.
(propeller-gcc): New alias for propeller-gcc-4.

gnu: knot: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.5.1.
[inputs]: Add python-2 and python2-lmdb.
[arguments]: Adapt #:configure-flags.  Add ‘wrap-python-scripts’ phase.

gnu: Add python-lmdb.

* gnu/packages/databases.scm (python-lmdb, python2-lmdb): New variables.

gnu: lmdb: Expand description.

* gnu/packages/databases.scm (lmdb)[synopsis]: Capitalise.
[description]: Elaborate.

gnu: python-pycodestyle: Update to 2.3.1.

* gnu/packages/python.scm (python-pycodestyle): Update to 2.3.1.

gnu: cracklib: Fix up description.

* gnu/packages/password-utils.scm (cracklib)[description]: Fix typos, add
mark-up, and drop unclear reference to the ancient ‘Crack 5’ tool.

gnu: libpwquality: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/password-utils.scm (libpwquality): Update to 1.4.0.

gnu: Remove unused python-flake8-2.2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-flake8-2.2.4): Remove variable.

gnu: python-hacking: Update to 0.13.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-hacking): Update to 0.13.0.
[arguments]: Re-enable tests.
[propagated-inputs]: Use latest python-flake8.
[native-inputs]: Add python-eventlet, python-mock, python-reno, and
python-testrepository for tests.

gnu: python-eventlet: Skip failing test phase.

* gnu/packages/python.scm (python-eventlet)[arguments]: Disable tests.

gnu: python-vobject: Update to 0.9.4.1.

* gnu/packages/python.scm (python-vobject): Update to 0.9.4.1.

gnu: mpd: Build with the default GCC.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd)[native-inputs]: Remove gcc-5.

gnu: opus-tools: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/xiph.scm (opus-tools): Update to 0.1.10.
[home-page]: Use HTTPS URL.

gnu: opus: Update to 1.2.

* gnu/packages/xiph.scm (opus): Update to 1.2.
[home-page]: Use HTTPS URL.

gnu: gsl: Update to 2.4.

* gnu/packages/maths.scm (gsl): Update to 2.4.
[arguments]: Remove #:parallel-tests?.

gnu: services: use seconds instead of duration strings.

* gnu/services/dns.scm (zone-file, knot-policy-configuration): Use numbers
instead of duration strings.
(verify-knot-policy-configuration): Fix typo.
* doc/guix.texi (DNS Services): Update documentation.

environment: Disable profile collision checks.

Reported by Efraim Flashner.
This is a followup to a654dc4bcf7c8e205bdefa1a1d5f23444dd22778.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Add #:allow-collisions? and
honor it.
* guix/scripts/environment.scm (inputs->profile-derivation): Pass
 #:allow-collisions? #f to 'profile-derivation'.
* tests/guix-environment.sh: Test "guix environment guix".

gnu: a2ps: Build reproducibly.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[source](modules, snippet): New
fields.

services: network-manager: Specify a default value.

* gnu/services/networking.scm (network-manager-service-type)[default-value]:
New field.

profiles: Move 'manifest-entry-dependencies' user after definition.

Reported by Efraim Flashner.

* guix/profiles.scm (manifest-transitive-entries): Move after
<manifest-entry> definition.

gnu: efl: Add missing inputs.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[inputs]: Add libxau, libxdamage,
libxfixes, libxrender. Remove libxkbfile.

guix package: '--search-paths' shows search paths from propagated inputs.

* guix/scripts/package.scm (process-query) <'search-paths>: Use
'manifest-transitive-entries' instead of 'manifest-entries'.

profiles: Catch and report collisions in the profile.

* guix/profiles.scm (&profile-collision-error): New error condition.
(manifest-transitive-entries, manifest-entry-lookup, lower-manifest-entry)
(check-for-collisions): New procedures.
(profile-derivation): Add call to 'check-for-collisions'.
* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Handle '&profile-collision-error'.
* tests/profiles.scm ("collision", "collision of propagated inputs")
("no collision"): New tests.

guix package: Always upgrade packages that have propagated inputs.

* guix/scripts/package.scm (transaction-upgrade-entry): Always upgrade
packages that have propagated inputs.

profiles: Manifest entries keep a reference to their parent entry.

* guix/profiles.scm (<manifest-entry>)[parent]: New field.
(package->manifest-entry): Add #:parent parameter.  Fill out the
'parent' field of <manifest-entry>; pass #:parent in recursive calls.
* guix/profiles.scm (sexp->manifest)[sexp->manifest-entry]: New
procedure.  Use it for version 3.
* tests/profiles.scm ("manifest-entry-parent"): New procedure.
("read-manifest")[entry->sexp]: Add 'manifest-entry-parent' to the
result.

profiles: Represent propagated inputs as manifest entries.

* guix/profiles.scm (package->manifest-entry): Turn DEPS into a list of
manifest entries.
(manifest->gexp)[entry->gexp]: Call 'entry->gexp' on DEPS.
Bump version to 3.
(sexp->manifest)[infer-dependency]: New procedure.
Use it for versions 1 and 2.  Parse version 3.
(manifest-inputs)[entry->gexp]: New procedure.
Adjust to 'dependencies' being a list of <manifest-entry>.
* tests/profiles.scm ("packages->manifest, propagated inputs")
("read-manifest"): New fields.

gnu: unbound: Do not build static libraries.

* gnu/packages/dns.scm (unbound)[arguments]: Add "--disable-static" to
  #:configure-flags.  Suggested by Gregor Giesen <giesen@zaehlwerk.net>.

gnu: Add python-regex.

* gnu/packages/python.scm (python-regex, python2-regex): New variables.

tests: Add extlinux gpt test.

* gnu/tests/install.scm (%test-installed-extlinux-os): New exported
  variable.
(%minimal-extlinux-os, %minimal-extlinux-os-source): New variables.
(%extlinux-gpt-installation-script): New variable.
(run-install)[packages]: New argument. The packages specified are
appended to the installation image.

bootloader: extlinux: Add extlinux-bootloader-gpt.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (extlinux-bootloader-gpt): New exported
  variable.
 (install-extlinux)[mbr]: New argument.
 (install-extlinux-mbr, install-extlinux-gpt): New variables.
 (extlinux-bootloader)[installer]: Use install-extlinux-mbr.

gnu: xmonad: Update to 0.13.

* gnu/packages/wm.scm (xmonad): Update to 0.13.
[inputs]: Add ghc-directory.
(ghc-xmonad-contrib): Update to 0.13.

gnu: ghc-x11: Update to 1.8.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-x11): Update to 1.8.

gnu: busybox: Fix indentation.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox)[arguments]: Whitespace changes.

gnu: busybox: Update to 1.26.2.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox): Update to 1.26.2.

gnu: cvs-fast-export: Update to 1.43.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs-fast-export): Update to 1.43.
[arguments]: Add phases to not build architecture-specific optimized
code and to force python-2. Disable parallel building.

gnu: openttd: Add 'install-data' phase.

* gnu/packages/games.scm (openttd)[arguments]: Add it.
[native-inputs]: Add openttd-opengfx.

gnu: Add openttd-opengfx.

* gnu/packages/games.scm (openttd-opengfx): New variable.

gnu: Add grfcodec.

* gnu/packages/game-development.scm (grfcodec): New variable.

gnu: Add dos2unix.

* gnu/packages/textutils.scm (dos2unix): New variable.

gnu: Add nml.

* gnu/packages/game-development.scm (nml): New variable.

gnu: wine64: Remove redundant description.

* gnu/packages/wine.scm (wine64)[description]: Remove.

gnu: Add nzbget.

* gnu/packages/networking.scm (nzbget): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: tor: Add seccomp support.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[inputs]: Add libseccomp.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add unbound.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: xf86-video-intel: Update to 2.99.917-6-6babcf1.

Consult this URL for changes since the last update (six commits):

<https://cgit.freedesktop.org/xorg/driver/xf86-video-intel/log/?qt=range&q=b57abe20e81f4b8e4dd203b6a9eda7ff441bc8ce..6babcf15dd605ef40de53f5c34f95b7fd195edbe>

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-intel): Update to 2.99.917-6-6babcf1.

gnu: Add wine64.

* gnu/packages/wine.scm (wine64): New variable.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: nasm: Update to 2.13.01.

* gnu/packages/assembly.scm (nasm): Update to 2.13.01.
[arguments]: Adjust Makefile substitutions.

gnu: gstreamer: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good,
gst-plugins-bad, gst-plugins-ugly, gst-libav, python-gst, python2-gst): Update
to 1.12.1.

gnu: c-ares: Update to 1.13.0 [fixes CVE-2017-1000381].

* gnu/packages/adns.scm (c-ares): Update to 1.13.0.

gnu: Move contents of zip module into compression module.

* gnu/packages/zip.scm (zip, unzip, zziplib, perl-zip): Move to...
* gnu/packages/compression.scm: ...here.
* gnu/packages/zip.scm: Delete file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Unregister deleted file.
* po/packages/POTFILES.in: Unregister deleted file.
* gnu/packages/{audio, avr, bioinformatics, busybox, cdrom, ci, compression,
docbook, documentation, fonts, fpga, game-development, games, gl, gnome,
gnuzilla, graphics, guile, haskell, image, java, kodi, ldc, libreoffice,
markup, maths, mc, monitoring, music, php, pretty-print, python, scheme,
smalltalk, statistics, synergy, tex, textutils, video, web-browsers, xml,
zip}.scm, guix/build-system/{ant, font}.scm, guix/{download, packages}.scm:
Adapt module import.

gnu: linux-libre-arm-generic: Add mitigation for CVE-2017-1000364.

This is a followup to commit 91c623aae0f10992aa46957b9072679534e4cd28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-arm-generic): Add patch to mitigate
CVE-2017-1000364.

gnu: giac-xcas: Update to 1.2.3-51.

* gnu/packages/algebra.scm (giac-xcas): Update to 1.2.3-51.

gnu: rustc: Enable tests.

* gnu/packages/rust.scm (rustc)[source]: Remove bundled llvm.
[native-inputs]: Add bison, flex, procps.
[inputs]: Update llvm to llvm-3.9.1.
[arguments]: Patch and enable tests.

gnu: guile@2.2: Increase max-silent-time to 10 hours.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2)[properties]: Increase max-silent-time to
10 hours.

gnu: linux-libre: Add mitigation for CVE-2017-1000364.

This increases the stack guard gap size from one page to 1 MiB in
linux-libre-4.11, 4.9, and 4.4, to mitigate CVE-2017-1000364 (Stack Clash).

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre, linux-libre-4.9, linux-libre-4.4): Add
patch.

gnu: exim: Update to 4.89.

* gnu/packages/mail.scm (exim): Update to 4.89.

gnu: exim: Fix CVE-2017-1000369.

* gnu/packages/patches/exim-CVE-2017-1000369.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (exim)[source]: Use it.

store: Buffer RPC writes.

For a command like:

  guix build python2-numpy -n

this reduces the number of 'write' syscalls from 9.5K to 2.0K.

* guix/store.scm (<nix-server>)[buffer, flush]: New fields.
(open-connection): Adjust accordingly.  Call 'buffering-output-port' to
compute the two new fields.
(write-buffered-output, buffering-output-port): New procedures.
(operation): Write to (nix-server-output-port server).  Call
'write-buffered-output'.

gnu: wireshark: Update to 2.2.7.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.2.7.

gnu: httpd: Update to 2.4.26 [fixes CVE-2017-7659].

* gnu/packages/web.scm (httpd): Update to 2.5.26.

gnu: glpk: Update to 4.62.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): Update to 4.62.

gnu: certbot: Build with Python 3.

* gnu/packages/tls.scm (certbot): Use python-3 to build.
[native-inputs, propagated-inputs]: Use Python 3 variants of dependencies. Use
python-mock-2.

gnu: Add python-mock-2.

* gnu/packages/python.scm (python-mock-2): New variable.

gnu: enlightenment: Patch more hardcoded paths.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[arguments]: Patch
hardcoded paths to mount, umount, eject, halt, reboot.
[native-inputs]: Add util-linux.

build-system/texlive: Update to texlive-2017.1, revision 44591.

* guix/build-system/texlive.scm (%texlive-tag): Change to texlive-2017.1.
(%texlive-revision): Change to 44591.

gnu: texlive-latex-l3packages: Update to revision 44591.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-l3packages): Update to revision 44591.

gnu: texlive-latex-l3kernel: Update to revision 44591.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-l3kernel): Update to revision 44591.

gnu: texlive-latex-graphics: Update to revision 44591.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-graphics): Update to revision 44591.

gnu: texlive-generic-ifxetex: Use %texlive-revision as version.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-ifxetex)[version]: Change to
%texlive-revision.

gnu: texlive-tex-plain: Update to revision 44591.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-tex-plain): Update to revision 44591.

gnu: texlive-dvips: Update to revision 44591.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-dvips): Update to revision 44591.

gnu: gnome-planner: Fix building on aarch64.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-planner)[arguments]: Add configure-flag
to set build-target when building on aarch64.

gnu: python-efl: Update to 1.19.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (python-efl): Update to 1.19.0.

gnu: edi: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (edi): Update to 0.5.0.
[arguments]: Set home directory.

gnu: efl: Update to 1.19.1.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.19.1.
[arguments]: Add flag to disable systemd support.
[phases]: Add phase to set home directory.
(terminology, rage)[arguments]: Set home directory before building.
* gnu/packages/connman.scm (econnman)[arguments]: Same.

gnu: enlightenment: Update to 0.21.8.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.21.8.

gnu: libbluray: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/video.scm (libbluray): Update to 1.0.1.
[arguments]<#:configure-flags>: Adjust deprecated flag.

gnu: pcsc-lite: Update to 1.8.22.

* gnu/packages/security-token.scm (pcsc-lite): Update to 1.8.22.

gnu: miniupnpc: Update to 2.0.20170509.

* gnu/packages/upnp.scm (miniupnpc): Update to 2.0.20170509.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/miniupnpc-CVE-2017-8798.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: bitcoin-core: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.14.2.