gnu: Move content of openssl module into tls module.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl, perl-net-ssleay): Move to...
* gnu/packages/tls.scm: ...here.
* gnu/packages/openssl.scm: Delete file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Unregister deleted file.
* gnu/packages/{admin.scm, bittorrent.scm, certs.scm, ci.scm,
  cyrus-sasl.scm, databases.scm, dns.scm, ebook.scm, enlightenment.scm,
  gnunet.scm, libreoffice.scm, links.scm, mail.scm, messaging.scm,
  networking.scm, ntp.scm, openldap.scm, package-management.scm, pdf.scm,
  python.scm, qt.scm, rdesktop.scm, rdf.scm, ruby.scm, ssh.scm,
  synergy.scm, tor.scm, version-control.scm, video.scm, vpn.scm,
  w3m.scm, web.scm, weechat.scm, xiph.scm}: Adapt module import.

gnu: Rename module gnutls to tls.

* gnu/packages/gnutls.scm: Rename to...
* gnu/packages/tls.scm: ... this.  Change module name accordingly.
* gnu/packages/{admin.scm, cups.scm, curl.scm, dc.scm, dns.scm, emacs.scm,
  ftp.scm, gnome.scm, gnunet.scm, gnupg.scm, gsasl.scm, lynx.scm,
  mail.scm, messaging.scm, package-management.scm, shishi.scm,
  task-management.scm, version-control.scm, video.scm, vpn.scm,
  webkit.scm, weechat.scm, wget.scm, wine.scm, xml.scm}: Adapt module
  import to new name.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Rename gnutls module to tls.

gnu: avidemux: Drop version 2.5.

* gnu/packages/video.scm (avidemux-2.5): Delete variable.

gnu: Add prodigal.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (prodigal): New variable.

gnu: shogun: Build with install RPATH.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (shogun)[arguments]: Add configure flag to
  build with install RPATH.

gnu: englightenment: Use https URLs.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl, elementary, emotion-generic-players,
  terminology, enlightenment): Use https instead of http since the latter
  redirects to the former.

gnu: enlightenment: Update to 0.19.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.19.5.

gnu: emotion-generic-loaders: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (emotion-generic-loaders): Update
  to 1.14.0.

gnu: evas-generic-loaders: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evas-generic-loaders): Update
  to 1.14.0.

gnu: elementary: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (elementary): Update to 1.14.2.

gnu: efl: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.14.2.

gnu: Add ruby-rake-compiler.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rake-compiler): New variable.

gnu: eigen: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/algebra.scm (eigen): Update to 3.2.5.

gnu: icecat: Fix CVE-2015-{2722,2724,2728,2733,2735,2736,2738,2739,2740,2743}.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2722-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2722-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2724-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2724-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2724-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2724-pt4.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2728-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2728-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2733-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2733-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2735.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2736.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2738.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2739.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2740.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2015-2743.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add patches.

Add '.mailmap'.

* .mailmap: New file.

Clean up 'THANKS' and 'AUTHORS'.

* THANKS: Add Konrad Hinsen, Cyprien Nicolas, Yakkala Yagnesh Raghava
  and Alexander Shendi.  Remove Federico Beffa, Marek Benc, John
  Darrington, rekado, Cyrill Schenkel and Andy Wingo because they are
  placed in AUTHORS.  Move Amirouche Boubekki and Alex Kost to ...
* AUTHORS: ... here.  Add Arne Babenhauserheide, Ian Denhardt, Kevin
  Lemonnier, Mathieu Lirzin, Pierre-Antoine Rault and Ben Woodcroft.
  Fix some names and emails.

gnu: unrtf: Fix download location.

* gnu/packages/unrtf.scm (unrtf): Fix download location.

gnu: r: Replace "atlas" with "openblas".

* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Replace "atlas" with "openblas".

gnu: gnutls: Move man3 pages to "doc" output.

* gnu/packages/gnutls.scm (gnutls)[arguments]: Add #:phases.

gnu: qt-4: Remove reference from "out" to "doc".

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[arguments]: Remove '-docdir' configure flag.
  Add 'move-doc' phase.

gnu: qt-4: Use a more standard directory layout.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[arguments]: Pass -datadir, -importdir,
  -plugindir, and -translationdir.

gnu: qt-4: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[arguments]: Use 'modify-phases' instead of
  'alist-replace'.

gnu: cups-filter: Install backends and filters under lib/cups.

This ensures that they are stripped during the 'strip' phase, thereby removing
references to GCC and linux-libre-headers that would otherwise be found in
debugging symbols.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters)[source]: Change pkgbackenddir and
  pkgfilterdir to $(PREFIX)/lib/cups/{filter,backend}.
  (cups)[arguments]: Adjust accordingly.

gnu: mysql: Remove unnecessary binaries.

This saves ~42 MiB on x86_64.

* gnu/packages/databases.scm (mysql)[arguments]: Add 'remove-extra-binaries'
  phase.

gnu: mysql: Strip references and GCC and other build-time dependencies.

* gnu/packages/databases.scm (mysql)[arguments]: Add 'strip-extra-references'
  phase.

gnu: mutt: Don't retain reference to GCC.

* gnu/packages/patches/mutt-store-references.patch: New file.
* gnu/packages/mail.scm (mutt)[source]: Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: ghostscript: Add "doc" output.

* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[source](snippet): New field.
  [outputs]: New field.
  [arguments]: Add 'remove-doc-reference' phase.

derivations: Add #:substitutable?, distinguished from #:local-build?.

Fixes <http://bugs.gnu.org/18747>.

* guix/derivations.scm (substitutable-derivation?): Rewrite to check for
  "allowSubstitutes".
  (derivation): Add #:substitutable? parameter.
  [user+system-env-vars]: Honor it.
  (build-expression->derivation): Add #:substitutable? and honor it.
* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build and substitutes,
  non-substitutable build"): Use #:substitutable? instead of #:local-build?.
  ("substitutable-derivation?", "derivation-prerequisites-to-build and
  substitutes, local build"): New tests.
* guix/download.scm (url-fetch): Adjust comment.
* guix/git-download.scm (git-fetch): Likewise.
* guix/build-system/gnu.scm (gnu-build, gnu-cross-build): Use #:substitutable?
  instead of #:local-build?.
* doc/guix.texi (Derivations, G-Expressions): Adjust accordingly.

Merge branch 'nix'.

This is a squashed commit of the following:

commit 0dccab9f417b406f5d4aedc81900fc7b2f16c9f6
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Thu Jul 2 00:30:16 2015 +0200

    Typo

commit 2cd28517b13524c242c7758783b0b2d8250fdded
Author: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
Date:   Wed Jul 1 14:56:34 2015 +0200

    Preserve supplementary groups of build users

    The following patch is an attempt to address this bug (see
    <http://bugs.gnu.org/18994>) by preserving the supplementary groups of
    build users in the build environment.

    In practice, I would expect that supplementary groups would contain only
    one or two groups: the build users group, and possibly the “kvm” group.

    [Changed &at(0) to data() and removed tabs - Eelco]

commit 6e38685ef65284093df79ebe7378bac33b0e7e5d
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Tue Jun 30 21:41:26 2015 +0200

    GC: Handle ENOSPC creating/moving to the trash directory

    Issue #564.

commit 5e0a9ae2e25a1016389f4893a6ed6682aadcf51d
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Mon Jun 22 15:54:55 2015 +0200

    Use posix_fallocate to create /nix/var/nix/db/reserved

commit 4e5ab98d6d14f8b0e3bd1d77b2f4f2354e7a49a8
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Mon Jun 22 15:47:40 2015 +0200

    Make /nix/var/nix/db/reserved bigger

    Issue #564.

commit 60bda60fc06135aa97a93301b1a9e2270768f5b3
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Wed Jun 10 16:17:06 2015 +0200

    Export outputPaths function

    This is useful for the new hydra-queue-runner.

commit 5dfea34048aa8541f20aeb2fbcd163561b609a49
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Thu Jul 2 22:51:33 2015 +0200

    Use std::vector::data()

commit 2459458bc8257734ca78cb7a2db3df20bd730ec0
Author: Eelco Dolstra <eelco.dolstra@logicblox.com>
Date:   Thu Jun 4 16:04:41 2015 +0200

    Allow substitutes for builds that have preferLocalBuild set

    Not substituting builds with "preferLocalBuild = true" was a bad idea,
    because it didn't take the cost of dependencies into account. For
    instance, if we can't substitute a fetchgit call, then we have to
    download/build git and all its dependencies.

    Partially reverts 5558652709f27e8a887580b77b93c705659d7a4b and adds a
    new derivation attribute "allowSubstitutes" to specify whether a
    derivation may be substituted.

scripts: environment: Return the exit status of the command.

* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Return the exit
  status of the command.

gnu: gnupg: Enable TLS support.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg)[native-inputs]: Add pkg-config.
  [inputs]: Add gnutls.
  (gnupg-2.0, gnupg-1)[native-inputs]: Override inherited value to be '().

gnu: gnupg: Update to 2.1.6.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.6.

gnu: Add WarpedLMM.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-warpedlmm): New variable.

gnu: r: Set default pager.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Add phase "set-default-pager" to
  avoid "false" as a default pager.

environment: Define 'GUIX_ENVIRONMENT'.

* guix/scripts/environment.scm (create-environment): Define 'GUIX_ENVIRONMENT'.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.
* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Adjust 'PS1' depending on whether
  'GUIX_ENVIRONMENT' is defined.

doc: Mention .bashrc vs. .bash_profile for 'guix environment'.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add footnote about .bashrc
  vs. .bash_profile.

environment: Improve error reporting for '-l'.

This fixes two problems:

  1. Load errors would print an ugly backtrace.
  2. When FILE was an absolute name, 'load' was passed an incorrect file
     name.

* guix/scripts/environment.scm (options/resolve-packages): Use 'load*' instead
  of 'load'.

environment: For --ad-hoc, allow users to specify an output.

* guix/scripts/environment.scm (package+propagated-inputs): Add 'output'
  parameter.  Use it in return value.
  (options/resolve-packages): Use 'append-map' instead of 'map'.  For 'load'
  and 'expression', return all the outputs of the resulting package.  For
  'package', use 'specification->package+output' instead of
  'specification->package'.
  (guix-environment): Adjust uses of PACKAGES accordingly.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.
* tests/guix-environment.sh: Add test for --ad-hoc guile-bootstrap:out.

environment: Add --system.

* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add -s/--system.
  (%default-options): Add 'system' pair.
  (guix-environment): Pass 'system' value from OPTS to 'lower-inputs'.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Document it.

environment: Add only the specified outputs of the dependencies.

Before that, 'guix environment guile' (for instance) would define environment
variables that would refer to the "include" output of Bash, the "debug" output
of libgc, etc., even though these are not listed as inputs in the recipe of
'guile'.

* guix/gexp.scm (lower-inputs): Export.
* guix/scripts/environment.scm (evaluate-input-search-paths): Remove
  'derivations' parameter; add 'search-paths'.  Expect 'inputs' to be
  a list of tuples.  Adjust callers.
  (create-environment): Remove 'derivations' parameter; add 'search-paths'.
  (show-search-paths): Likewise.
  (package+propagated-inputs): New procedure.
  (packages->transitive-inputs, packages+propagated-inputs): Remove.
  (build-inputs): Expect INPUTS to be a list of derivation tuples.
  (guix-environment): Compute INPUTS using 'package+propagated-inputs',
  'package->bag', and 'bag-transitive-inputs'.  Move 'run-with-store' higher.
* tests/guix-environment.sh: Add test with FINDUTILS-BOOT0.

tests: Add tests for 'guix environment'.

* tests/guix-environment.sh: New file.
* Makefile.am (SH_TESTS): Add it.

gnu: powertabeditor: Replace "gcc" with "libiberty".

* gnu/packages/music.scm (powertabeditor)[inputs]: Replace "gcc" with
  "libiberty".

gnu: Add Hydrogen.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.1.1.

gnu: git: Add inputs for send-email.

* gnu/packages/version-control.scm (package-transitive-propagated-labels*)
  (package-propagated-input-refs): New procedures.
  (git)[inputs]: Add perl-authen-sasl, perl-net-smtp-ssl, and perl-io-socket-ssl.
  [outputs]: Add send-email output.
  [arguments]: Add #:modules argument with srfi-1.  In 'split phase, wrap
  git-send-email.

gnu: Add perl-authen-sasl.

* gnu/packages/web.scm (perl-authen-sasl): New variable.

gnu: Add perl-gssapi.

* gnu/packages/web.scm (perl-gssapi): New variable.

gnu: Add perl-net-smtp-ssl.

* gnu/packages/web.scm (perl-net-smtp-ssl): New variable.

gnu: curl: Disable test that fails on Hydra.

* gnu/packages/curl.scm (arguments): Disable test 1510.

gnu: curl: Update to 7.43.0.

* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.43.0.

gnu: Add deal.II.

* gnu/packages/maths.scm (dealii, dealii-openmpi): New variables.
* gnu/packages/patches/dealii-p4est-interface.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add SLEPc.

* gnu/packages/maths.scm (slepc, slepc-complex, slepc-openmpi)
  (slepc-complex-openmpi): New variables.

gnu: Add arpack-ng-openmpi.

* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng-openmpi): New variable.

gnu: petsc: Upgrade to 3.6.0.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Upgrade to 3.6.0.
* gnu/packages/patches/petsc-fix-threadcomm.patch: Delete patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add MUMPS.

* gnu/packages/maths.scm (mumps, mumps-metis, mumps-openmpi)
  (mumps-metis-openmpi): New variables.
* gnu/packages/patches/mumps-build-parallelism.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add METIS.

* gnu/packages/maths.scm (metis): New variable.

gnu: Add p4est.

* gnu/packages/maths.scm (p4est, p4est-openmpi): New variables.

gnu: Add ScaLAPACK.

* gnu/packages/maths.scm (scalapack): New variable.

gnu: scotch, pt-scotch: Build esmumps libraries.

* gnu/packages/maths.scm (scotch)[arguments]: Add 'build-esmumps
  phase.  Install esmumps libraries and headers in 'install phase.
  (pt-scotch)[arguments]: Build ptesmumps in 'build phase.  Add
  make parallelism.

gnu: scotch, pt-scotch: Use modify-phases.

* gnu/packages/maths.scm (scotch, pt-scotch)[arguments]: Use modify-phases.

gnu: Update scotch to 6.0.4.

* gnu/packages/maths.scm (scotch): Update to 6.0.4.
  [arguments]: Add -fPIC to CFLAGS.
* gnu/packages/patches/scotch-test-threading.patch: Adjust patch for a
  new set of test fixes.
* gnu/packages/patches/pt-scotch-build-parallelism.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: openmpi: Upgrade to 1.8.5.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi): Upgrade to 1.8.5.
  [native-inputs]: Add perl.
  [arguments]: Add configure flags for thread support.

gnu: hwloc: Move numactl to inputs.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc)[propagated-inputs]: Move numactl from here...
  [inputs]: ...to here.
  [arguments]: New 'refine-libnuma' phase.

gnu: hwloc: Upgrade to 1.10.1.

* gnu/packages/patches/hwloc-gather-topology-lstopo.patch: New patch.
* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Upgrade to 1.10.1.
  [source]: Use patch.
  [propagated-inputs]: Remove libpci.
  [inputs]: Add libpciaccess.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: python-mccabe: Fix license field.

* gnu/packages/python.scm (python-mccabe)[license]: 'expat' ->
  'license:expat'.

gnu: Add python-flake8.

* gnu/packages/python.scm (python-flake8, python2-flake8): New variables.

gnu: Add python-mccabe.

* gnu/packages/python.scm (python-mccabe, python2-mccabe): New variables.

gnu: Add python-pyflakes.

* gnu/packages/python.scm (python-pyflakes, python2-pyflakes): New variables.

gnu: Add python-pep8.

* gnu/packages/python.scm (python-pep8, python2-pep8): New variables.

doc: Add 'guix environment' examples.

* doc/environment-gdb.scm: New file.
* doc.am (EXTRA_DIST): Add it.
* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Clarify wording of the first
  example.  Add a --ad-hoc example upfront.  Add an example for '-e', and one
  for '-l'.

gnu: withershins: Use new "libiberty" package.

* gnu/packages/code.scm (withershins)[inputs]: Replace "gcc" with "libiberty".
   [arguments]: Simplify "find-libiberty" phase.

gnu: Add libiberty.

* gnu/packages/gcc.scm (make-libiberty, libiberty): New variables.

gnu: r: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.1.
* gnu/packages/patches/r-fix-15899.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add Blast+.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+): New variable.

gnu: global: Update to 6.5.

* gnu/packages/code.scm (global): Update to 6.5.

gnu: help2man: Update to 1.47.1.

* gnu/packages/man.scm (help2man): Update to 1.47.1.

gnu: parallel: Update to 20150622.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150622.

gnu: screen: Update to 4.3.1.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Update to 4.3.1.

gnu: texinfo: Add version 6.0.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-6): New variable.

gnu: gcc-4.8: Update to 4.8.5.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Update to 4.8.5.

doc: Add quote about running a monadic value.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Add funny quote about "running" a monadic
  value.

gnu: Add plink.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (plink): New variable.
* gnu/packages/patches/plink-1.07-unclobber-i.patch: New file.

gnu: synergy: Upgrade to 1.7.3.

* gnu/packages/synergy.scm (synergy)[version]: Upgrade to 1.7.3
  [source]: Use github for source download.  Add snippet to remove
  bundled source and binaries.
  [inputs]: Add openssl.
  [arguments]: Copy example configuration files to out during 'install
  phase.

gnu: Add sfarkxtc.

* gnu/packages/compression.scm (sfarkxtc): New variable.

gnu: Add sfarklib.

* gnu/packages/compression.scm (sfarklib): New variable.

gnu: Add Guitarix.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): New variable.

gnu: ardour: Update to 4.1.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 4.1.

gnu: Add libtar.

* gnu/packages/compression.scm (libtar): New variable.

Add Claes Wallin to 'AUTHORS'.

gnu: Add pv.

 * gnu/package/pv.scm (pv): New file.
 * gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Refer to 'gcc' instead of 'gcc-4.9'.

* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0, cross-gcc-wrapper,
  libstdc++, gcc-final): Refer to GCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/cross-base.scm (%xgcc): New variable.
  (cross-gcc-arguments, cross-gcc): Refer to %XGCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm): Refer to GCC instead of GCC-4.9.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (package-with-relocatable-glibc,
  %gcc-static, %gcc-stripped): Likewise.

gnu: youtube-dl: Update to 2015.06.25.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2015.06.25.

gnu: Add python2-fastlmm.

* gnu/packages/python.scm (python2-fastlmm): New variable.

gnu: Add python2-pysnptools.

* gnu/packages/python.scm (python2-pysnptools): New variable.

emacs: Add 'guix-root-map'.

* emacs/guix-base.el (guix-define-buffer-type): Move common key bindings
  from here...
  (guix-root-map): ... to here.  New variable.
* emacs/guix-info.el (guix-info-mode-map): Use it.
* emacs/guix-list.el (guix-list-mode-map): Use it.
* doc/emacs.texi (Emacs Keymaps): Document it.

gnu: nettle: Disable ifunc method of library initialization.

* gnu/packages/nettle.scm (nettle)[arguments]: Add 'disable-ifunc-init-method'
  phase.

gnu: Replace versioned gfortran inputs with just "gfortran".

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Replace "gfortran-4.8" with
  "gfortran".
* gnu/packages/machine-learning.scm (randomjungle)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (arpack-ng, lapack, petsc, superlu)
   (superlu-dist, openblas, openspecfun, atlas)[inputs]: Likewise.
   (octave)[native-inputs]: Likewise.
   (gmsh)[propagated-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-numpy-bootstrap)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Replace "gfortran-4.9" with
  "gfortran".

gnu: Add default GCC and default gfortran.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc): New variable.
* gnu/packages/gcc.scm (gfortran): New variable.

gnu: gstreamer: Add search path specification for 'GST_PLUGIN_SYSTEM_PATH'.

This reverts commit e53fc0c8a, which add it wrongly to gst-plugins-base.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer)[native-search-paths]: New field.
  (gst-plugins-base)[native-search-paths]: Remove.

import: pypi: Detect inputs.

* guix/import/pypi.scm (python->package-name, maybe-inputs, compute-inputs,
  guess-requirements): New procedures.
* guix/import/pypi.scm (guix-hash-url): Now takes a filename instead of an
  URL as input.
* guix/import/pypi.scm (make-pypi-sexp): Now tries to generate the inputs
  automagically.
* tests/pypi.scm: Update the test.