gnu: Add compton.

* gnu/packages/compton.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add compton.scm

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add geos.

* gnu/packages/geo.scm (geos): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gflags: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/popt.scm (gflags): Update to 2.2.0.
[source]: Use tarball release.

gnu: r-vegan: Update to 2.4-2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vegan): Update to 2.4-2.

gnu: diamond: Update to 0.8.34.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.34.

gnu: linux-libre: Update to 4.9.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version, %linux-libre-hash)
(linux-libre): Update to 4.9.5.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.44.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.44.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.38.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.38.

gnu: gnutls: Add 'guile2.2-gnutls'.

Suggested by Chris Webber.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls/guile-2.2): New variable.

services: Reindent vpn.scm.

This fixes indentation of 'match' forms.

* gnu/services/vpn.scm: Pass through 'indent-code.el'.

etc: indent-code.el: Add indentation info for non-Guix Scheme constructs.

* etc/indent-code.el.in (guix-syntax--scheme-indent): New macro.
Use it.

gnu: Add fcitx-configtool.

* gnu/packages/fcitx.scm (fcitx-configtool): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: datamash: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/datamash.scm (datamash): Update to 1.1.1.

gnu: gd: Fix source URL.

This is a followup to 3f0603ea653cefa9ff728c2637d3cd0d778b3602.

* gnu/packages/gd.scm (gd-2.2.4)[source]: Fix URL.

gnu: gd: Replace with gd-2.2.4 [fixes CVE-2016-{6912,9317} and others].

'CHANGELOG.md' in the development repository lists several fixed bugs with
potential security implications:

https://github.com/libgd/libgd/blob/gd-2.2.4/CHANGELOG.md

* gnu/packages/gd.scm (gd)[replacement]: New field.
(gd-2.2.4): New variable.

gnu: r-msnid: Expand abbreviation in description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnid)[description]: Expand "MS/MS"
to "tandem mass spectrometry".

gnu: r-msnbase: Expand abbreviation in description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase)[description]: Expand "MS"
to "mass spectrometry".

gnu: Add r-fastica.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fastica): New variable.

gnu: Add r-lars.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lars): New variable.

gnu: Add r-mixtools.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mixtools): New variable.

gnu: Add r-cowplot.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cowplot): New variable.

services: network-manager: Use record for configuration.

* gnu/services/network-manager.scm (<network-manager-configuration>): New
record type.
(network-manager-shpeherd-service): Change to use the
network-manager-configuration record, rather than a package.  Generate a
simple configuration file from the network-manager-configuration record.
(network-manager-service-type): Update extensions to take the
network-manager-configuration rather than a package.
(network-manager-service): Remove function, the network-manager-service-type
can be used instead, and this avoids keeping the function signature and value
coresponding to the service type in sync.
* doc/guix.texi (Networking Services): Remove documentation for the removed
network-manager-service procedure, and add documentation of the
network-manager-service-type variable and network-manager-configuration
record.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: obs: Update to 17.0.2.

* gnu/packages/video.scm (obs): Update to 17.0.2.
[inputs]: Add alsa-lib, fontconfig, speex.

gnu: mariadb: Update to 10.1.21 [security fixes].

Fixes CVE-2016-3238 and CVE-2017-{3238,3243,3244,3257,3258,3265,3291,3312,3317,
3318}.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.21.

services: Create /var/run/utmpx upon activation.

This fixes a bug whereby /var/run/utmpx would never be created, and thus
accounting information would be missing.

* gnu/services.scm (activation-script): Create /var/run/utmpx.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["utmpx entry"]: New test.

syscalls: Add utmpx procedures and data structure.

* guix/build/syscalls.scm (<utmpx-entry>): New record type.
(%utmpx): New C struct.
(login-type): New bits.
(setutxent, endutxent, getutxent, utmpx-entries): New procedures.

syscalls: Extract 'bytes->string'.

* guix/build/syscalls.scm (bytes->string): New procedure.
(bytevector->string-list): Use it.

gnu: ansible: Update to 2.2.1 [fixes CVE-2016-9587].

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.2.1.

import: github: Catch HTTP 403 error during fetch.

* guix/import/github.scm (json-fetch*): Catch 403 HTTP error that may be
  raised if a github token has not been set.

Signed-off-by: Mathieu OTHACEHE <m.othacehe@gmail.com>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Add 'nginx-service-type' test.

* gnu/tests/web.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

services: nginx: Add default values for <nginx-configuration> fields.

* gnu/services/web.scm (<nginx-configuration>)[nginx, log-directory]
[run-directory, server-blocks, upstream-blocks, file]: Add default
values.

services: nginx: Add support for 'location' blocks.

* gnu/services/web.scm (<nginx-server-configuration>): Add field 'locations'.
(<nginx-location-configuration>): New record type.
(<nginx-named-location-configuration>): New record type.
(nginx-location-config): New function.
(default-nginx-server-config): Include locations.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the new nginx-location-configuration
and nginx-named-location-configuration data types, as well as the changes to
the nginx-server-configuration.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: nginx: Add support the 'upstream' module.

* gnu/services/web.scm (<nginx-upstream-configuration>): New record type.
(<nginx-configuration>): Add new field upstream-blocks.
(nginx-upstream): New function.
(default-nginx-config): Add upstream-list parameter.
(nginx-service): Add optional upstream list keyword argument.
* doc/guix.texi (Web Services): Document the new nginx-upstream-configuration
data type and changes to the nginx function.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dnsmasq: Enable dbus support.

* gnu/pacakges/dns.scm (dnsmasq): Enable dbus support to allow for
NetworkManager to use dnsmasq.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[inputs]: Add dbus.
[arguments]: Add COPTS="-DHAVE_DBUS" to make-flags.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: Add libgig.

* gnu/packages/music.scm (libgig): New variable.

doc: Show how to deploy any version of Guix.

* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Give some examples of how to deploy
arbitrary Guix versions with the --url option.

guix environment, build: Allow absolute file names with '--root'.

Reported by Chris Webber.

* guix/scripts/build.scm (register-root): If ROOT is absolute, keep it
as is.
* guix/scripts/environment.scm (register-gc-root): Likewise.
* tests/guix-environment.sh (expected): Add test.

gnu: Add Heimdal.

* gnu/packages/kerberos.scm (heimdal): New variable.

gnu: Move Kerberos implemetations to (gnu packages kerberos).

* gnu/packages/mit-krb5.scm: Remove.
* gnu/packages/shishi.scm: Remove.
* gnu/packages/kerberos.scm: New file, from the concatenation of these
two.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.
* gnu/packages/admin.scm, gnu/packages/cyrus-sasl.scm,
gnu/packages/gnome.scm, gnu/packages/gnuzilla.scm,
gnu/packages/gsasl.scm, gnu/packages/java.scm,
gnu/packages/networking.scm, gnu/packages/nfs.scm,
gnu/packages/onc-rpc.scm, gnu/packages/ssh.scm,
gnu/packages/web.scm: Adjust accordingly.

gnu: stagit: Update to 0.5.

* gnu/packages/version-control.scm (stagit): Update to 0.5.

gnu: qemu: Fix CVE-2017-5525, CVE-2017-5526.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu)[source]: Add patches.
* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5525.patch,
gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-5526.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: Add python-cram.

* gnu/packages/python.scm (python-cram, python2-cram): New variables.

gnu: Add leveldb.

* gnu/packages/databases.scm (leveldb): New variable.

gnu: Add mcabber.

* gnu/packages/messaging.scm (mcabber): New variable.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add loudmouth.

* gnu/packages/messaging.scm (loudmouth): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add menumaker.

* gnu/packages/wm.scm (menumaker): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: xf86-input-evdev: Update to 2.10.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-evdev): Update to 2.10.5.

gnu: xf86-video-r128: Update to 6.10.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-r128): Update to 6.10.2.

gnu: xf86-video-savage: Update to 2.3.9.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-savage): Update to 2.3.9.

gnu: xf86-video-trident: Update to 1.3.8.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-trident): Update to 1.3.8.

gnu: xf86-video-glint: Update to 1.2.9.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-glint): Update to 1.2.9.
[source]: Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/xf86-video-glint-remove-mibstore.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xf86-video-nv: Update to 2.1.21.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-nv): Update to 2.1.21.
[source]: Remove upstreamed patch.
* gnu/packages/patches/xf86-video-nv-remove-mibstore.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: xf86-video-siliconmotion: Update to 1.7.9.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-siliconmotion): Update to 1.7.9.

gnu: xf86-video-mga: Update to 1.6.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-mga): Update to 1.6.5.

gnu: xf86-video-sis: Update to 0.10.9.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-sis): Update to 0.10.9.

gnu: xf86-video-tdfx: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-tdfx): Update to 1.4.7.

gnu: multiqc: Add python-nose to inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (multiqc)[propagated-inputs]: Add
python-nose.

gnu: screen: Update to 4.5.0.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Update to 4.5.0.
[home-page]: Use https.

gnu: Add emacs-sx.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-sx): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-ag.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ag): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add font-wqy-microhei.

* gnu/packages/fonts.scm (font-wqy-microhei): New variable.

gnu: Add mlmmj.

* gnu/packages/mail.scm (mlmmj): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Add '--manifest' example using 'specification->package+output'.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Add --manifest example using
'specification->package+output'.

gnu: guile-json: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json): Update to 0.6.0.

gnu: Add ocaml-ocurl.

* gnu/pcakages/ocaml.scm (ocaml-ocurl): New variable.

gnu: Add ocaml-jsonm.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-jsonm): New variable.

gnu: Add ocaml-uutf.

* gna/packages/ocaml.scm (ocaml-uutf): New variable.

gnu: Add ocaml-uchar.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uchar): New variable.

gnu: Add ocaml-ulex.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ulex): New variable.

gnu: Add ocaml-xmlm.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-xmlm): New variable.

gnu: Add ocaml-bos.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-bos): New variable.

gnu: Add ocaml-fpath.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-fpath): New variable.

gnu: Add ocaml-logs.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-logs): New variable.

gnu: Add r-msnid.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnid): New variable.

gnu: Add r-msnbase.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): New variable.

gnu: Add r-pcamethods.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-pcamethods): New variable.

gnu: Add r-mzid.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzid): New variable.

gnu: Add r-vsn.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-vsn): New variable.

gnu: Add r-affy.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-affy): New variable.

gnu: Add r-affyio.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-affyio): New variable.

gnu: Add r-mzr.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mzr): New variable.

gnu: Add r-protgenerics.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-protgenerics): New variable.

gnu: Add r-maldiquant.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-maldiquant): New variable.

gnu: Add r-raremetals2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-raremetals2): New variable.

gnu: Add r-seqminer.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seqminer): New variable.

gnu: Add r-compquadform.

* gnu/packages/statistics.scm (r-compquadform): New variable.

gnu: Add ribodiff.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (ribodiff): New variable.

gnu: Add hisat2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hisat2): New variable.

gnu: Add r-fivethirtyeight.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fivethirtyeight): New variable.

gnu: powertabeditor: Update to 2.0.0-alpha9.

* gnu/packages/music.scm (powertabeditor): Update to 2.0.0-alpha9.
[source]: Simplify snippet.
[arguments]: Adjust phases; remove unnecessary configure flag.

Revert "gnu: cups-filters: Disable mutool integration."

This change would cause 594 packages to be rebuilt, so it was moved to
the staging branch.

This reverts commit 58a7bbc5fe52f20910fb0fe7fddb9012f2049034.

gnu: webkitgtk: Update to 2.14.3 [security fixes].

Fixes CVE-2016-{7586,7589,7592,7599,7623,7632,7635,7639,7641,7645,7652,7654,7656}.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.14.3.

gnu: cups-filters: Disable mutool integration.

* gnu/packages/cups.scm (cups-filters)[arguments]: Add ‘--disable-mutool’
to #:configure-flags.
[inputs]: Remove mupdf.

gnu: libpsl: Update to 0.17.0.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.17.0.

gnu: proxychains-ng: Update to 4.12.

* gnu/packages/networking.scm (proxychains-ng): Update to 4.12.

gnu: password-store: Install bash completions.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)[arguments]: Add
'install-shell-completions' phase.

gnu: gnucash: Update to 2.6.15.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash): Update to 2.6.15.

gnu: Add proj.4.

* gnu/packages/geo.scm (proj.4): New variable.
(gnome-maps): Use license: prefix.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: xscreensaver: Update to 5.36.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.36.

gnu: perl-image-exiftool: Update to 10.40.

* gnu/packages/photo.scm (perl-image-exiftool): Update to 10.40.
[synopsis, description]: Mention more capabilities.