packages: Recommend against the use of 'package-file'.

* guix/packages.scm (package-file): Recommend against its use in the
docstring.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Likewise.

Revert "system: Don’t create a module database when no modules are available."

This reverts commit b2fff3b5de7d510fe4809e9a97089dddf2a39ffc.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40713>.
Reported by pkill9 <pkill9@runbox.com>.

This commit is incorrect: its effect depends on whether KERNEL's build
output is already available in the store, it breaks with non-package
kernels as reported at <https://bugs.gnu.org/40713>, and the
LINUX-MODULE-DATABASE hook is required at all times since
5c79f238634c5adb6657f1b4b1bb4ddb8bb73ef1 removed the relevant bits from
the 'linux-libre' package.

services: etc: Detect and report duplicate entries.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40729>.
Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* gnu/services.scm (files->etc-directory)[assert-no-duplicates]: New
procedure.
Use it.

services: dovecot: 'stop' method returns #f upon success.

* gnu/services/mail.scm (dovecot-shepherd-service)[stop]: Use 'invoke'
instead of 'make-forkexec-constructor'.  Previously, the 'stop' method
would return the PID of the "dovecot stop" process, which would be
interpreted as a failure to stop the service.

services: Don't use the deprecated 'make-forkexec-constructor' call.

Passing 'make-forkexec-constructor' a string or several string arguments
has been deprecated since dmd 0.1.

* gnu/services/base.scm (rngd-service-type): In 'start' method, pass a
list as the first argument to 'make-forkexec-constructor'.
* gnu/services/desktop.scm (bluetooth-shepherd-service): Likewise.
* gnu/services/spice.scm (spice-vdagent-shepherd-service): Likewise.

gnu: mcron: Remove now unneeded phase.

This is a followup to a52aa7fdef19f95fc1755ecd88e979ba07d8b392.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (mcron)[arguments]: Remove
'fix-finding-guile'.

gnu: cgit: Update Git source code to 2.25.4.

* gnu/packages/version-control.scm (cgit)[inputs]: Update git-source to 2.25.4.

gnu: Git: Update to 2.26.2 [fixes CVE-2020-11008].

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.26.2.
[native-inputs]: Update git-manpages.

gnu: xfce.scm: Sort module imports.

* gnu/packages/xfce.scm: Sort module imports.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

installer: Rename uvesafb shepherd service to maybe-uvesafb.

Because the installer's uvesafb service loads uvesafb only on some machines.

This is a follow-up to commit 0ad60b2a89d6d387236466e0bcdd61ac489fca37.

* gnu/system/install.scm (uvesafb-shepherd-service): Adjust provision and
description fields.

gnu: libqalculate: Fix libcurl gnutls CA cert bundle file.

* gnu/packages/patches/libqalculate-3.8.0-libcurl-ssl-fix.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/maths.scm (libqalculate)[source]: Use it.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add midori.

* gnu/packages/web-browsers.scm (midori): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

syscalls: Fix Linux detection in 'readdir*'.

* guix/build/syscalls.scm (readdir*): Fix Linux detection for
`arm-unknown-linux-gnueabihf'.

gnu: Add r-bridgesampling.

* gnu/packages/cran.scm (r-bridgesampling): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

tests: Update expected values for package->code.

Reported by janneke on IRC.

* tests/print.scm: Update expected package definitions produced by package->code.

gnu: java-bouncycastle: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-bouncycastle)[source]: Download using
git-fetch. Use upstream's repo, not a mirror.

gnu: java-lz4: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-lz4)[source]: Download using git-fetch.
[arguments]: Add phase to make files writable.

gnu: java-fest-assert: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-fest-assert)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: java-fest-test: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-fest-test)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: java-fest-util: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-fest-util)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: graphene: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/gtk.scm (graphene): Update to 1.10.0.
[build-system]: Switch to meson-build-system.
[arguments]: Update configure-flags to not install tests.
[inputs]: Remove python2. Move gobject-introspection ...
[native-inputs]: ... to here. Remove autoconf, automake, libtool, which.

gnu: sparql-query: Sort inputs alphabetically.

* gnu/packages/databases.scm (sparql-query)[inputs]: Sort alphabetically.

gnu: sparql-query: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/databases.scm (sparql-query)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: mu: Update to 1.4.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.
[arguments]: Remove 'fix-date-tests phase. Add 'patch-bin-sh-in-tests phase.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

services: Add 'simulated-wifi-service-type'.

* gnu/services/networking.scm (simulated-wifi-shepherd-services): New
procedure.
(simulated-wifi-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

services: Add 'hostapd-service-type'.

* gnu/services/networking.scm (<hostapd-configuration>): New record
type.
(hostapd-configuration-file, hostapd-shepherd-services): New
procedures.
(hostapd-service-type): New variable.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document it.

gnu: php: Update to 7.4.5.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.5.

Revert "gnu: libxfce4util: Update to 4.15.0."

This reverts commit c0bff513a41a12b446565f3c0de06343acbb6e23.

gnu: emacs-org-superstar: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-superstar): Update to 1.2.1.

doc: Make install script more prominent.

Suggested by Steven vanZyl <rushsteve1@rushsteve1.us>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add @example showing how to
download the script.  Use "systemctl enable --now".

gnu: Add notification-daemon.

* gnu/packages/gnome.scm (notification-daemon): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Invoke 'git' with a custom '.gitconfig' and ignore the system config.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37679>.
Reported by Gábor Boskovits <boskovits@gmail.com>.

* guix/tests/git.scm (call-with-environment-variables): New procedure.
(with-environment-variables): New macro.
(populate-git-repository)[git]: Wrap (git-command) invocation in
'call-with-temporary-directory' and 'with-environment-variables'.

gnu: Add trezord-udev-rules.

* gnu/packages/finance.scm (trezord-udev-rules): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

status: Remove extra space before ellipsis.

Extra space was introduced in 8fa4ac5be4d5f8a1e62635842b16486832ff49f1.

* guix/status.scm (print-build-event): Remove extra space before
ellipsis.

installer: connman: Fix Wifi connection.

Issue reported by SergioBG here:
https://lists.gnu.org/archive/html/bug-guix/2020-04/msg00432.html.

Due to default buffering mode, the installer was reading from the pipe without
having actually written a command before.

* gnu/installer/connman.scm (connman-connect-with-auth): Set pipe buffering
mode to 'line.

services: sddm: Have sddm provision xorg-server.

* gnu/services/sddm.scm (sddm-shepherd-service)[shepherd-service]: Have
sddm provision 'xorg-server like the other display managers.

gnu: python-cython: Update to 0.29.16.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cython): Update to 0.29.16.

gnu: qrcodegen-cpp: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/aidc.scm (qrcodegen-cpp): Update to 1.6.0.

gnu: vim-asyncrun: Update to 2.7.5.

* gnu/packages/vim.scm (vim-asyncrun): Update to 2.7.5.

gnu: libavif: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/image.scm (libavif): Update to 0.7.1.
[arguments]: Run the test suite.

gnu: Add node-semver.

* gnu/packages/node-xyz.scm (node-semver): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: chess: Update to 6.2.6.

* gnu/packages/games.scm (chess): Update to 6.2.6.

gnu: chess: Set upstream name and ftp-directory.

* gnu/packages/games.scm (chess)[properties]: New field. Add
upstream-name and ftp-directory.

installer: Fix backtrace display.

The 'syslog' macro cannot be resolved in the pre-unwind-handler
context. Failed to resolve 'syslog' in this context resulted in the swallowing
of all installation errors.

Fixes 5c04b00cf463a543b8ffc9eb55991f6b4cc145dd.

* gnu/installer.scm (installer-program): Use (gnu installer utils) module.

gnupg: Accept revoked keys.

I (nckx) have revoked all RSA subkeys, in favour of my older and
freshly-refreshed ECDSA ones.  This was merely a precaution: to my
knowledge all my RSA private keys have been carefully destroyed and
were never compromised.  This commit keeps ‘make authenticate’ happy.

* guix/gnupg.scm (revkeysig-rx): New variable for revoked keys.
(gnupg-verify): Parse it.
(gnupg-status-good-signature?): Accept it as ‘good’ for our purposes.
* build-aux/git-authenticate.scm (%committers): Clarify nckx's subkeys.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Use the test-only time zone database where appropriate.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity)[inputs]: Remove tzdata.
[native-inputs]: Add tzdata-for-tests.
* gnu/packages/finance.scm (ledger): Likewise.
* gnu/packages/compression.scm (lhasa)[native-inputs]: Use tzdata-for-tests.
* gnu/packages/cran.scm (r-rstan)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/databases.scm (mongodb)[native-inputs]: Likewise.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kdelibs4support)[native-inputs]: Likewise.

gnu: trezord: Update to 2.0.29.

* gnu/packages/finance.scm (trezord): Update to 2.0.29.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

ui: Fix typos, 80-col & grammar in comments & docstrings.

* guix/ui.scm (load*): Fix comment line length.
(leave-on-EPIPE): Fix typo in docstring.
(substitutable-info): Fix typo in comment.
(indented-string): Fix typo in docstring.
(%package-metrics): Fix typo in comment.
(run-guix): Fix grammar in docstring.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: fulcrum: Update to 1.1.0

* gnu/packages/finance.scm (fulcrum): Update to 1.1.0

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update nar decompression examples.

* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Show /gzip URL.
Add cross-reference to "Invoking guix challenge".
(Invoking guix challenge): Show /lzip URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: account: Have 'user-processes' depend on 'user-homes'.

Until now, 'user-homes' happened to start right after 'user-processes'
and before services that depend on a home directory but the dependency
was not explicit.  This addresses it.

* gnu/system/shadow.scm (account-service-type): Extend
USER-PROCESSES-SERVICE-TYPE.

services: Move 'user-processes' to (gnu services shepherd).

* gnu/services/base.scm (%do-not-kill-file)
(user-processes-shepherd-service, user-processes-service-type): Move
to...
* gnu/services/shepherd.scm: ... here.

maint: Provide the configuration file in the VM image.

This fixes a bug introduced in 362bcdb1b076c8c46f71781add56dfbe532736dc
whereby the VM image would no longer contain /etc/config.scm, contrary
to what the manual says.

Reported by dbdude on #guix.

* Makefile.am (release): Pass '--save-provenance' to 'guix system
vm-image'.
* doc/guix.texi (Running Guix in a VM): Adjust file name accordingly.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.33.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.33.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.5.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.116.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.116.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 81.0.4044.113-0.b484ad4 [fixes CVE-2020-6457].

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 81.0.4044.113.
(%chromium-origin): Update hash.

status: Allow double-click select of URLs.

Various places while downloading or compiling guix prints
the source URL. This change makes the URL easier to use by
placing a space between the URL and the trailing dots.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-pygenometracks: Update to 3.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pygenometracks): Update to 3.3.
[arguments]: Add phase "relax-requirements"; disable tests.
[propagated-inputs]: Remove python-configparser and python-hicexplorer; add
python-gffutils, python-pysam, and python-tqdm.

gnu: Add python-hicmatrix.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-hicmatrix): New variable.

gnu: python-cooler: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-cooler): Update to 0.8.7.
[propagated-inputs]: Add python-asciitree, python-numpy, python-pyyaml, and
python-simplejson.
[native-inputs]: Remove python-nose, python-numpydoc, and python-sphinx; add
python-pytest.

gnu: python-pybigwig: Update to 0.3.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybigwig): Update to 0.3.17.

gnu: python-tables: Update to 3.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-tables): Update to 3.6.1.
[arguments]: Adjust use-gcc phase.

gnu: python-podcastparser: Run tests.

* gnu/packages/gpodder.scm (python-podcastparser)[native-inputs]: Add
python-coverage.
[arguments]: Replace 'check phase and invoke "nosetests".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpodder: Run tests.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder)[native-inputs]: Add python-coverage and
python-minimock.
[arguments]: Replace the 'check phase and invoke "make unittest".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gpodder: Update to 3.10.15.

* gnu/packages/gpodder.scm (gpodder): Update to 3.10.15.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

maint: Build binary tarball without '-K'.

This is a followup to 8b292ffd3cd969286ee9cbdb70fde8cf384b9b8b.

* Makefile.am (guix-binary.%.tar.xz): Remove '-K' to allow for offloading.

doc: Replace incorrect uses of @var with @code.

@var is for meta-syntactic variables but it is used in some places for
mere variables, which is incorrect and leads to inconsistent layout in
PDF and HTML.

* doc/guix.texi (package Reference, The Store Monad)
(G-Expressions, operating-system Reference)
(File Systems, Base Services, Log Rotation)
(Networking Services, Invoking guix deploy): Replace incorrect uses of
@var with @code.

gnu: dovecot: Add libunwind input for arm.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot)[inputs]: Add libunwind when targetting arm.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: khard: Move propagated-inputs to inputs.

As a package one would install we can rely on wrapping the package and
not propagating inputs to make it work correctly.

* gnu/packages/mail.scm (khard)[propagated-inputs]: Move all python
packages ...
[inputs]: ... to here.

gnu: khal: Move propagated inputs to inputs.

As a package one would install we can rely on wrapping the package and
not propagating inputs to make it work correctly.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[propagated-inputs]: Move all python
packages...
[inputs]: ... to here.

gnu: khal: Fix build with python-urwid-2.1.0.

* gnu/packages/calendar.scm (khal)[source]: Download upstream patch to
fix compatibility with newer python-urwid.

gnu: diffoscope.scm: Add missing import.

This follows on from 2d9886f7e8838d6aeb0cfb20a2a49fc7d8fb233c.

* gnu/packages/diffoscope.scm: Import (gnu packages maths).

gnu: diffoscope: Update to 141.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 141.
  [arguments]: Add phase add-known-tools.
  [native-inputs]: Add hdf5.

gnu: disorderfs: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/file-systems (disorderfs): Update to 0.5.9.

gnu: python-jedi: Fix test failure on some file systems.

Reported by sirgazil on #guix.

* gnu/packages/patches/python-jedi-sort-project-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi)[source](patches): Add it.
[arguments]: Run tests more verbosely while at it.

gnu: xournalpp: Remove outdated comments.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp): Remove outdated comments.  This is
a followup to 9cb2f28c5a737576ec28099d69aa35ff687e7778.

doc: Document building and installing from JSON files.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Augment pargraphs for
"--install-from-file".
(Invoking guix build): Document building from JSON files.
* doc/package-hello.json: New file.
* doc/local.mk (EXTRA_DIST): Add it.

import/print: Don't factorize URI if there's no version match.

* guix/import/print.scm (package->code): If FACTORIZE-URI returns just the
unmodified string use that as the URI.

import/utils: alist->package: Include arguments.

* guix/import/utils.scm (alist->package): Process arguments field in input
data and include it in the generated package.

import/json: json->code: Handle files with more than one definition.

* guix/import/json.scm (json->code): Convert JSON arrays to lists of package
definitions.
(json->scheme-file): Write all expressions to the target file.

import/utils: alist->package: Ignore known inputs.

* guix/import/utils.scm (alist->package): Accept optional list of known
inputs, which are excluded from the specification lookup.
* guix/import/print.scm (package->code)[package-lists->code]: Handle inputs
which are just symbols.

import/print: package->code: Wrap S-expression in definition.

* guix/import/print.scm (package->code): Return a definition, not just a
package expression.

import/json: Use json->code.

* guix/import/json.scm (json->code): Export procedure.
* guix/scripts/import/json.scm (guix-import-json): Use json->code.

scripts/package: Handle JSON files.

* guix/scripts/package.scm (%options): Support loading from JSON files when
"install-from-file" is used.

scripts/build: options->things-to-build: Handle .json files.

* guix/scripts/build.scm (options->things-to-build): Handle files that end on
.json.

import/json: Add json->scheme-file.

* guix/import/json.scm (json->code, json->scheme-file): New procedures.

import/print: package->code: Wrap build system value in module reference.

* guix/import/print.scm (package->code): Return build system value with
corresponding module.

import/print: Return license with prefix.

* guix/import/print.scm (license->code): Prepend license: prefix.

gnu: wireshark: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.2.3.

gnu: python-hy: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-hy): Update to 0.18.0.
[arguments]: Make all phases return #t.
[propagated-inputs]: Remove python-clint, python-fastentrypoints. Add
python-colorama.
(python2-hy): Remove variable.

gnu: python-icalendar: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-icalendar): Update to 4.0.5.

gnu: toot: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/mastodon.scm (toot): Update to 0.26.0.

gnu: python-urwid: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-urwid): Update to 2.1.0.

gnu: python-vobject: Update to 0.9.6.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-vobject): Update to 0.9.6.1.

gnu: python-pyicu: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyicu): Update to 2.4.3.
[properties]: Remove field.
(python2-pyicu): Remove package customizations.

gnu: khard: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/mail.scm (khard): Update to 0.16.1.
[arguments]: Remove custom 'install-doc phase. Add 'install-completions
phase.

gnu: xournalpp: Update to 1.0.18.

* gnu/packages/pdf.scm (xournalpp): Update to 1.0.18.

installer: Remove guile-newt definition.

This is no longer necessary since 0.0.2 release of Guile-Newt.

* gnu/installer.scm (guile-newt): Remove variable.

gnu: guile-newt: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-newt): Update to 0.0.2,
[source]: remove Guile 3.0 snippet.