gnu: r-bioassayr: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bioassayr): Update to 1.26.0.

gnu: r-chemminer: Update to 3.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chemminer): Update to 3.40.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bigpint: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigpint): Update to 1.4.0.
[propagated-inputs]: Add r-delayedarray and r-summarizedexperiment.

gnu: r-bigmemoryextras: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmemoryextras): Update to 1.36.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biggr: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biggr): Update to 1.24.0.

gnu: r-hyperdraw: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hyperdraw): Update to 1.40.0.

gnu: r-hypergraph: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hypergraph): Update to 1.60.0.

gnu: r-rsbml: Update to 2.46.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsbml): Update to 2.46.0.

gnu: r-bifet: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bifet): Update to 1.8.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-bicare: Update to 1.46.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bicare): Update to 1.46.0.

gnu: r-bhc: Update to 1.40.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bhc): Update to 1.40.0.

gnu: r-bgx: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgx): Update to 1.54.0.

gnu: r-bgmix: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bgmix): Update to 1.48.0.

gnu: r-unifiedwmwqpcr: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-unifiedwmwqpcr): Update to 1.24.0.

gnu: r-htqpcr: Update to 1.42.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-htqpcr): Update to 1.42.0.

gnu: r-variancepartition: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): Update to 1.18.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-variantfiltering: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variantfiltering): Update to 1.24.0.

gnu: r-timeseriesexperiment: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-timeseriesexperiment): Update to 1.6.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-wavcluster: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wavcluster): Update to 2.22.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-reqon: Update to 1.34.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reqon): Update to 1.34.0.

gnu: r-seqbias: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-seqbias): Update to 1.36.0.

gnu: r-bigmelon: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bigmelon): Update to 1.14.0.

gnu: r-gdsfmt: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gdsfmt): Update to 1.24.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-watermelon: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-watermelon): Update to 1.32.0.

gnu: r-roc: Update to 1.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-roc): Update to 1.64.0.

gnu: r-genie3: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genie3): Update to 1.10.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-cicero: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.6.0.

gnu: r-rcistarget: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rcistarget): Update to 1.8.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-depecher: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-depecher): Update to 1.4.0.

gnu: r-mixomics: Update to 6.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.12.1.

gnu: r-flowsom: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowsom): Update to 1.20.0.

gnu: r-cytoml: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-ncdfflow; add r-rcpparmadillo, r-rhdf5lib, and
r-tibble.

gnu: r-opencyto: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-opencyto): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-flowstats: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowstats): Update to 4.0.0.

gnu: r-flowworkspace: Update to 4.0.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowworkspace): Update to 4.0.3.
[propagated-inputs]: Remove r-flowviz, r-gridextra, and r-rcolorbrewer; add
r-ggplot2, r-rcpparmadillo, r-rhdf5lib, and r-xml.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rprotobuflib: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rprotobuflib): Update to 2.0.0.
[arguments]: Adjust phase "unpack-bundled-sources".
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-flowclust: Update to 3.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowclust): Update to 3.26.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-flowviz: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowviz): Update to 1.52.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ggcyto: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ggcyto): Update to 1.16.0.
[propagated-inputs]: Add r-hexbin.

gnu: r-ncdfflow: Update to 2.34.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ncdfflow): Update to 2.34.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-flowmeans: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowmeans): Update to 1.48.0.

gnu: r-flowcore: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowcore): Update to 2.0.1.
[propagated-inputs]: Add r-rcpparmadillo and r-rprotobuflib.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-cytolib: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytolib): Update to 2.0.3.
[inputs]: Add zlib.
[propagated-inputs]: Add r-bh, r-rcpp, r-rcpparmadillo, r-rcppparallel,
r-rhdf5lib, and r-rprotobuflib.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-consensusclusterplus: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-consensusclusterplus): Update to 1.52.0.

gnu: r-flowutils: Update to 1.52.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-flowutils): Update to 1.52.0.

gnu: r-rsubread: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.2.2.
[propagated-inputs]: Add r-matrix.

gnu: r-annotatr: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotatr): Update to 1.14.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-biosigner: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): Update to 1.16.0.

gnu: r-ropls: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ropls): Update to 1.20.0.

gnu: r-multidataset: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-multidataset): Update to 1.16.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-birta: Update to 1.31.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birta): Update to 1.31.0.

gnu: r-birewire: Update to 3.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birewire): Update to 3.20.0.

gnu: r-rqc: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rqc): Update to 1.22.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-quasr: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-quasr): Update to 1.28.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rhisat2: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rhisat2): Update to 1.4.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-sgseq: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-sgseq): Update to 1.22.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rbowtie: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rbowtie): Update to 1.28.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-iclusterplus: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-iclusterplus): Update to 1.24.0.

gnu: r-biocfilecache: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocfilecache): Update to 1.12.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-arrmnormalization: Update to 1.28.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-arrmnormalization): Update to 1.28.0.

gnu: r-progeny: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-progeny): Update to 1.10.0.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr, r-ggplot2, r-ggrepel, r-gridextra, and
r-tidyr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rbowtie2: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rbowtie2): Update to 1.10.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-zfpkm: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-zfpkm): Update to 1.10.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-webbioc: Update to 1.60.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-webbioc): Update to 1.60.0.

gnu: r-widgettools: Update to 1.66.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-widgettools): Update to 1.66.0.

gnu: r-wiggleplotr: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wiggleplotr): Update to 1.12.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-wrench: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wrench): Update to 1.6.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-xcms: Update to 3.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xcms): Update to 3.10.1.
[propagated-inputs]: Remove r-multtest; add r-summarizedexperiment.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-massspecwavelet: Update to 1.54.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-massspecwavelet): Update to 1.54.0.

gnu: r-xbseq: Update to 1.20.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xbseq): Update to 1.20.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-roar: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-roar): Update to 1.24.0.

gnu: r-yarn: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yarn): Update to 1.14.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-quantro: Update to 1.22.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-quantro): Update to 1.22.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-yaqcaffy: Update to 1.48.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yaqcaffy): Update to 1.48.0.

gnu: r-simpleaffy: Update to 2.64.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-simpleaffy): Update to 2.64.0.

gnu: r-gcrma: Update to 2.60.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gcrma): Update to 2.60.0.

gnu: r-yapsa: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yapsa): Update to 1.14.0.
[propagated-inputs]: Add r-biostrings, r-bsgenome-hsapiens-ucsc-hg19,
r-doparallel, r-dplyr, r-ggbeeswarm, r-magrittr, and r-pracma.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-somaticsignatures: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-somaticsignatures): Update to 2.24.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-gtrellis: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gtrellis): Update to 1.20.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-yamss: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-yamss): Update to 1.14.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-ebimage: Update to 4.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ebimage): Update to 4.30.0.

gnu: r-aucell: Update to 1.10.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-aucell): Update to 1.10.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-allelicimbalance: Update to 1.26.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-allelicimbalance): Update to 1.26.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-annotationtools: Update to 1.62.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationtools): Update to 1.62.0.

gnu: r-annotationfuncs: Update to 1.38.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationfuncs): Update to 1.38.0.

gnu: r-abaenrichment: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abaenrichment): Update to 1.18.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-gofuncr: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gofuncr): Update to 1.8.0.

gnu: r-atacseqqc: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-atacseqqc): Update to 1.12.3.

gnu: r-genomicscores: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicscores): Update to 2.0.0.
[propagated-inputs]: Remove r-bsgenome; add r-delayedarray, r-hdf5array, and r-rhdf5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-motifstack: Update to 1.32.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifstack): Update to 1.32.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-motifbreakr: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifbreakr): Update to 2.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-summarizedexperiment.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-motifdb: Update to 1.30.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motifdb): Update to 1.30.0.
[propagated-inputs]: Add r-genomicranges.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-motiv: Update to 1.43.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-motiv): Update to 1.43.0.

gnu: r-rgadem: Update to 2.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgadem): Update to 2.36.0.

gnu: r-bacon: Update to 1.16.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-bacon): Update to 1.16.0.

gnu: r-abseqr: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-abseqr): Update to 1.6.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-a4: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-a4): Update to 1.36.0.

gnu: r-a4base: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-a4base): Update to 1.36.0.

gnu: r-a4reporting: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-a4reporting): Update to 1.36.0.

gnu: r-a4preproc: Update to 1.36.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-a4preproc): Update to 1.36.0.